• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권10호
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• pp.1386-1392
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• 2010

A bacterial strain designated GR5$^T$, previously isolated from a freshwater culture pond in Taiwan while screening for bacteria for antimicrobial compounds, was characterized using a polyphasic taxonomic approach. Strain GR5$^T$ was found to be Gram-negative, aerobic, greenish-yellow colored, rod-shaped, and motile by means of a single polar flagellum. Growth occurred at $10-40^{\circ}C$ (optimum, $35^{\circ}C$), pH 7.0-8.0 (optimum pH 8.0), and with 0-2.0% NaCl (optimum, 0.5-1.0%). The major fatty acids were $C_{16:1}{\omega}7c$(36.3%), $C_{16:0}$(16.6%), $C_{12:0}$ 3-OH (12.5%), and $C_{18:1}{\omega}7c$(9.1%). The major respiratory quinone was Q-8, and the DNA G+C content of the genomic DNA was 51.9 mol%. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene sequences showed that strain GR5$^T$ belongs to the genus Rheinheimera, where its most closely related neighbors are Rheinheimera texasensis A62-14B$^T$ and Rheinheimera tangshanensis JA3-B52$^T$ with sequence similarities of 98.1% and 97.5%, respectively, and the sequence similarities to any other recognized species within Gammaproteobacteria are less than 96.5%. The mean level of DNA-DNA relatedness between strain GR5$^T$ and R. texasensis A62-14B$^T$, the strain most closely related to the isolate, was $26.5{\pm}7.6%$. Therefore, based on the phylogenetic and phenotypic data, strain GR5$^T$ should be classified as a novel species, for which the name Rheinheimera aquatica sp. nov. is proposed. The type strain is GR5$^T$ (=BCRC 80081$^T$=LMG 25379$^T$).

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제11권1_2호
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• pp.31-39
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• 1996

Leachate from municipal solid waste (MSW) landfill, effluent from leachate treatment plant, and ground water sample from a monitoring well near landfill site were tested for an acute toxicity. Microtox toxicity test was used for testing the acute toxicity of leachate and other samples. EC$_{50}$ values which a concentration of pollutant for reducing 50% light output from luminescent bacteria, Photobacterium phosphoreum were determined to assess the toxicity of pollutants as well as the relative toxicity. In addition, characteristics of leachate were studied and compared to those of phenol and pentachlorophenol (PCP) which are typical aquatic toxic pollutants. For leachate, EC$_{50}$ for 30 min incubation was 10.8%, while for phenol and PCP, 46 ppm and 1.2 ppm, respectively. the relative toxicity of treated leachate by in situ aeration with activated sludge was reduced to more than 75% of toxicity of the untreated leachate. Microtox toxicity test was failed to figure out EC$_{50}$ values for groundwater from a monitoring well since the relative toxicity of the unconcentrated sample was too low to estimate EC$_{50}$. Addition of activated carbon to leachate was reduced the relative toxicity. The reduction Pattern of the relative toxicity of leachate by mechanical aeration was similar to that of PCP, but different from that of phenol. These findings suggest that the toxicity of leachate may come from PCP-like toxic compounds rather than phenol-like one. In conclusion, the process of aeration with activated sludge might be very important to reduce the environmental toxicity of leachate. And Microtox test could be a reasonable bioassay for screening and monitoring the environmental toxicity of leachate from municipal solid waste landfill as well as for determining the reduction efficiency of the leachate toxicity by various treatment processes in leachate treatment plant.

• 한국식품과학회지
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• 제33권2호
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• pp.252-255
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• 2001

뽕잎 분말이 1, 10%가 되도록 사료에 첨가시켜 4주동안 SD 흰쥐에게 급여한 후 이들의 대장 내용물로부터 총균수와 주요장내미생물의 생균수를 배지를 이용하여 혐기배양한 후 측정한 결과 총균수는 뽕잎 투여군에서 대조군에 비해 감소하는 경향을 보였다. 그리고 유해균으로 분류할 수 있는 Clostridium은 대조군보다 뽕잎투여군에서 유의성있게 감소하였고, E. coli와 Staphylococcus도 감소하는 경향을 보였다. 뽕잎 메탄올 추출물과 분획물들의 미생물의 생장억제효과를 측정한 결과, 헥산분획과 물분획물이 Clostridium perfringens에 대하여 억제효과를 보였다. 장내균총의 개선 측면에서 뽕잎은 기능성 식품소재로서의 이용가능성이 있는 것으로 나타났다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.116-123
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• 2006

생물체의 cDNA를 유리기판위에 고밀도로 첨착 시킨 유전자 칩과 정량적인 방법으로 개별 유전자 발현을 진단 가능한 Real- time PCR (실시간 고분자중합연쇄반응 기술) 기법은 첨단 의학분야와 신약개발 및 독성유전체 연구분야에 활발히 도입되고 있는 기술이다. 본 발표의 첫 번째 부분에서는 유전자칩 에서 얻어진 유전자 발현패턴분석에 기반한 바이오마커 선정 및 real time PCR에 의한 확증 관련 기술 과 유전자칩에서 얻어지는 수많은 데이터를 재정렬 및 다양한 분석기법과 display기술을 활용하여 광범위한 화학물질에 대한 독성효과 분석을 가능하게 해주며, 특정 독성물질에 대한 관련유전자 그룹 발견 및 독성영향에 따른 분류방법에 관한 결과를 발표할 것이다. 또한 바이오마커 활용의 하나로 박테리아세포 기반 바이오센서 제작및 세포칩 개발등에 대한 결과도 추가될 것이다. 두 번째 부분에서는 non-model organism(유전체정보가 확보되지 않은 생물체)인 송사리를 이용하여 새로운 2K 유전자칩을 개발하고, 여기서 각종 화학물질에 대하여 얻어진 수많은 유전자칩 분석 데이타를 활용하여 각각의 화학물질이 보여주는 독성효과를 매우 효과적이고 쉽게 이해할 수 있는 display기술을 개발, 적용함으로써 유전자칩 발현에 기반한 화학물질 독성 screening 및 specificity discrimination을 가능케 하는 예가 발표될 것이다. 이 연구에서 개발한 송사리 유전자칩은 간조직의 RNA를 직접 cDNA화 하는 방식을 취하고 있어 전체 송사리의 유전정보를 필요로 하지 않아 비용 및 효율에서 전체 송사리의 유전정보를 얻는 비용과 노력을 취하지 않고 간에서 발생하는 독성학적 영향 및 유전자의 발현정도를 정밀하고 효율적인 방법으로 얻어 낸다. 현재 2000여개의 cDNA유전자중 50%이상의 유전자가 17베타에스트라디올, 페놀, 노닐페놀, 비스페놀, 감마레이조사, 잔류약품중 이보프란, 다이클로펜악, 농약중의 파라???R, 돌연변이 유발물질 중의 이티비알, 금속류중의 카드뮴을 통해 발현양상과 특정 캐미칼별 발현 특이성이 조사되었고, 이들 유전자는 염기서열 분석을 통해 염기서열이 분석되었으며, 미국 NCBI의 유전자 은행과의 비교를 통해 일부유전자는 새로운 유전자로 밝혀지고 있다. 또한 이 발표에서는 소염진통제계열 의약품인 dichlofenac 이 송사리의 각종 조직에 미치는 독성영향을 Real-time PCR을 이용하여 대표적 스트레스 유전자의 발현에 미치는 영향에 대한 분석 예가 발표될 것이다.

• KSBB Journal
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• 제22권2호
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• pp.78-83
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• 2007

제주도 자생식물의 80% 메탄올 추출물 10종의 항균 효과 및 항산화 효과를 검색하였다. 실험 대상 식물은 생체 채집하여 음건한 후 세절하여 80% 메탄올로 추출하여 추출된 시료를 10% 농도로 희석한 후 어류 질병미생물에 대한 항균실험을 하였고 80% 메탄올 추출물에 대한 항산화 실험은 각각의 시료를 0.1%, 0.5%, 0.8%, 1.0%, 2.0%로 희석하여 각 식물의 항산화 효과를 측정하였다. 항균 실험은 어류 질병미생물로 분류된 그람 음성균 12종과 그람 양성균 1종에 대하여 디스크 확산법으로 측정하였는데 그 결과 두메꿀풀 꽃과 잎 추출물에서 가장 강한 항균 효과를 나타내었고 다음으로 풀고사리 잎과 돌잔고사리 잎, 들깨 잎, 들깨 열매 순으로 나타났으며 큰천남성 뿌리나 왕모시풀 잎, 열매에서는 눈에 띄는 항균 효과를 나타내지는 않았다. 그리고 항산화 효과를 측정하기 위해 DPPH radical 소거능과 SOD 유사활성, Hyoxyl radical 소거 활성을 실험하였다. 각 식물의 80% 메탄올 추출물을 농도별로 희석하여 측정 한 결과 농도가 높아질수록 항산화 효과가 증가하는 것을 확인 할 수가 있었으며 2.0% 농도에서 두메꿀풀 잎과 열매 그리고 들깨 잎과 열매, 돌잔고사리 잎은 합성 항산화제인 BHT, BHA와 활성을 비교하여 보았을 때 BHT, BHA보다 높거나 유사한 항산화 효과를 나타내었다.

• KSBB Journal
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• 제21권2호
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• pp.164-169
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• 2006

제주도 자생식물의 열수 추출물 10종의 항균 효과 및 항산화 효과를 검색하였다. 실험 대상 식물은 생체 채집하여 음건 한 후 열수 추출하여 시료화하여 어류 질병미생물에 대한 항균실험과 각 식물의 열수 추출물의 항산화 효과를 측정 하였다. 항균 실험은 어류 질병미생물로 분류된 그람 음성균 12종과 그람 양성균 1종에 대하여 디스크 확산법으로 측정하였는데 그 결과 두메꿀풀 꽃 추출물에서 가장 강한 항균효과를 나타내었고 다음으로 풀고사리 잎과 돌잔고사리 잎, 들깨 잎, 들깨 열매 순으로 나타났으며 큰천남성 뿌리나 왕모시풀 잎, 열매에서는 눈에 띄는 항균 효과를 나타내지는 않았다. 그리고 항산화 효과를 측정하기 위해 DPPH radical 소거능과 SOD 유사활성, Hydroxyl radical 소거 활성을 실험하였다. 각 식물의 열수 추출물을 농도별로 희석하여 측정한 결과 농도가 높아질수록 항산화 효과가 증가하는 것을 확인 할 수가 있었으며 2.0%(20 mg/ml)농도에서 두메꿀풀 잎과 열매 그리고 들깨 잎과 열매, 돌잔고사리 잎은 합성 항산화제인 BHT, BHA와 높거나 유사한 항산화 효과를 나타내었다.

• 한국균학회지
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• 제40권1호
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• pp.44-48
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• 2012

인삼의 뿌리썩음병 방제를 위하여 다양한 식물 근권 토양으로부터 유용방선균을 분리하였으며 이들의 생물활성을 조사하였다. 93종의 분리 방선균 중 콜로니가 상이하고 항균활성이 우수한 방선균 8종을 선발하였다. 이들 방선균(A75, A501, A515, A523, A704, A03-1444, A3265, A3283)은 siderophore를 생산하며 cellulase와 protease와 같은 곰팡이 세포벽 분해효소를 생산하였다. 또한 인삼뿌리썩음의 주요 원인균인 C. destructans, B. cinerea, R. solani 등에 대하여 강한 길항 활성을 나타내었다.

• 한방안이비인후피부과학회지
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• 제16권1호
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• pp.94-99
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• 2003

Objectives : Gram-positive bacteria have became increasing resistant to antibacterial agents, and hence multi-drug-resistant bacterial pathogens are now a major problem in clinical medicine. There is, therefore, a need for new antibacterial agents. In the course of our screening program for potent antibacterial agent from medicinal plants, the extract of Salvia miltiorrhiza (S. miltiorrhiza) showed antibacterial activity against methcillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and antibiotic-resistant S. aureus. Methods : S. miltiorrhiza was extracted with 80$\%$ EtOH. The extract was suspended in H2O and fractionated successively with hexane chloroform, ethyl acetate, and n-buthanol. The chloroform fraction, which showed the highest antibacterial activity(MICs, 78㎍/ml) against MRSA, was chromatographed on a silica gel column and recycling prep-LC to give the pure antibacterial component. Results and Conclusions : The second fraction among the chloroform soluble portion of an aqueous EtOH extract of S. miltiorrhiza root showed outstanding antibacterial activity against MRSA and antibiotic-resistant S. aureus compared to the other fraction. An active compound was isolated from the second fraction using silica gel column chromatoraphy and recycling prep-LC. Based on these data together with the IH-, 13C-NMR, mass and mp, the active compounds were identified tanshinone Ⅰ, dehydrotanshinone Ⅰ and cryptotanshinone. Among tanshinones, cryptotanshinone and dihydrotanshinone Ⅰ MICs against MRSA and antibiotics-resistant S. aureus were 12.5, 12.5 and 6.3㎍/ml, respectively.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제32권10호
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• pp.1580-1590
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• 2019

Objective: The aims of this study were to select one strain of Lactobacillus plantarum (L. plantarum) for a potential indigenous safe starter culture with low level antibiotic resistant and low biogenic amine production and evaluate its effect on biogenic amines reduction in Moo som. Methods: Three strains of indigenous L. plantarum starter culture (KL101, KL102, and KL103) were selected based on their safety including antibiotic resistance and decarboxylase activity, and fermentation property as compared with a commercial starter culture (L. plantarum TISIR543). Subsequently, the effect of the selected indigenous safe starter culture on biogenic amines formation during Moo som fermentation was studied. Results: KL102 and TISIR 543 were susceptible to penicillin G, tetracycline, chloramphenicol, erythromycin, gentamycin, streptomycin, vancomycin, ciprofloxacin and trimethoprim (MIC90 ranging from 0.25 to $4{\mu}g/mL$). All strains were negative amino acid-decarboxylase for lysis of biogenic amines in screening medium. For fermentation in Moo som broth, a relatively high maximum growth rate of KL102 and TISIR543 resulted in a generation time than in the other strains (p<0.05). These strain counts were constant during the end of fermentation. Similarly, KL102 or TISIR543 addition supported increases of lactic acid bacterial count and total acidity in Moo som fermentation. For biogenic amine reduction, tyramine, putrescine, histamine and spermine contents in Moo som decreased significantly by the addition KL102 during 1 d of fermentation (p<0.05). In final product, histamine, spermine and tryptamine contents in Moo som inoculated with KL102 were lower amount those with TISIR543 (p<0.05). Conclusion: KL102 was a suitable starter culture to reduce the biogenic amine formation in Moo som.

• The Plant Pathology Journal
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• 제35권3호
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• pp.234-242
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• 2019

Thirty-four strains of bacteria were isolated from Phellodendron amurense. Using Nectria haematococca as an indicator strain, the best strain, B18, was obtained by the growth rate method. The morphological, physiological and biochemical characteristics of strain B18 and its 16S DNA gene sequence were identified, and the biocontrol effect of strain B18 was assessed in pot and field tests, as well as in a field-control test. Drilling methods were used to determine the antibacterial activity of metabolites from strain B18 and their effects on the growth of pathogen mycelia and spores. The best bacteriostatic rate was 85.4%. B18 can hydrolyse starch and oxidize glucose but does not produce gas; a positive result was obtained in a gelatine liquefaction test. According to 16S DNA gene sequencing, strain B18 is Bacillus methylotrophicus (GenBank accession number: MG457759). The results of pot and field-control trials showed 98% disease control when inoculating $10^8cfu/ml$ of the strain. The disease control effect of the B18 culture liquid (concentrations of $10^8$, $2{\times}10^6$, $10^6$, $5{\times}10^5$ and $2.5{\times}10^5cfu/ml$) in the field-control test was higher than 80%, and the cure rate of the original delivery solution was 96%. Therefore, in the practical forestry production, a $2.5{\times}10^5cfu/ml$ culture liquidshould be applied in advance to achieve good control effects.