Kim, Eunji;Choi, Sungmi;Bae, Jin-Woo;Cha, Chang-Jun;Im, Wan-Taek;Jahng, Kwang-Yeop;Joh, Ki-seong;Yi, Hana
Journal of Species Research
/
v.5
no.2
/
pp.235-240
/
2016
To investigate the indigenous prokaryotic species diversity in Korea, various environmental samples from diverse ecosystems were examined taxonomically. The isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and those exhibiting at least 98.7% sequence similarity with known bacterial species but never reported in Korea were selected as unrecorded species. As an outcome of this study, 10 unrecorded bacterial species belonging to the phylum Firmicutes were discovered from various sources such as soil, tidal flat, fresh water, sea water, kimchi and gut of Fulvia mutica. The unrecorded species were assigned to 7 different genera of 5 families, namely Bacillus and Ornithinibacillus of Bacillaceae, Exiguobacterium of Exiguobacteriaceae, Brevibacillus and Paenibacillus of Paenibacillaceae, Staphylococcus of Staphylococcaceae, and Lactococcus of Streptococcaceae. The selected isolates were subjected to further taxonomic characterization including the analysis of Gram reaction, cellular and colonial morphology, biochemical activities, and phylogenetic trees. The descriptive information on the 10 unrecorded species are provided.
In the present study, an efficient mercury-tolerant bacterial strain (RS-5) was isolated from heavy-metalcontaminated industrial effluent. Under shake flask conditions, 97% of the supplemented mercuric chloride was sequestered by the biomass of RS-5 grown in a tryptone soy broth. The sequestered mercuric ions were transformed inside the bacterial cells, as an XRD analysis of the biomass confirmed the formation of mercurous chloride, which is only feasible following the reaction of the elemental mercury and the residual mercuric chloride present within the cells. Besides the sequestration and intracellular transformation, a significant fraction of the mercury (63%) was also volatilized. The 16S rRNA gene sequence of RS-5 revealed its phylogenetic relationship with the family Bacillaceae, and a 98% homology with Lysinibacillus fusiformis, a Gram-positive bacterium with swollen sporangia. This is the first observation of the sequestration and volatilization of mercuric ions by Lysinibacillus sp.
Baek, Min-gyung;Kim, Wonyong;Cha, Chang-Jun;Joh, Kiseong;Kim, Seung-Bum;Kim, Myung Kyum;Seong, Chi-Nam;Yi, Hana
Journal of Species Research
/
v.8
no.4
/
pp.337-350
/
2019
In an investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 35 bacterial strains assigned to the phylum Firmicutes were isolated from diverse habitats including natural and artificial environments. Based on their high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.7%) and formation of robust phylogenetic clades with species of validly published names, the isolates were identified as 35 species belonging to the orders Bacillales (the family Bacillaceae, Paenibacillaceae, Planococcaceae, and Staphylococcaceae) and Lactobacillales (Aerococcaceae, Enterococcaceae, Lactobacillaceae, Leuconostocaceae, and Streptococcaceae). Since these 35 species in Korean environments has not been reported in any official report, we identified them as unrecorded bacterial species and investigated them taxonomically. The newly found unrecorded species belong to 20 species in the order Bacillales and 15 species in the order Lactobacillales. The morphological, cultural, physiological, and biochemical properties of the isolates were examined and the descriptive information of the 35 previously unrecorded species is provided here.
Kim, Ju-Young;Maeng, Soohyun;Park, Yuna;Lee, Sang Eun;Han, Joo Hyun;Cha, In-Tae;Lee, Ki-eun;Kim, Myung Kyum
Journal of Species Research
/
v.10
no.4
/
pp.321-335
/
2021
In 2020, a total of 12 bacterial strains were isolated from soil after a comprehensive investigation of indigenous prokaryotic species in Korea. It was determined that each strain belonged to independent and predefined bacterial species, with high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.7%) and formation of a robust phylogenetic clade with the closest species. This study identified four families in the phylum Actinobacteria, two families in the phylum Proteobacteria, one family in the phylum Bacteroidetes one family in the phylum Firmicutes; and four species in the family Nocardiaceae, two species in the family Nocardioidaceae, one species in the family Cellulomonadaceae, one species in the family Hymenobacter, one species in the family Methylobacteriaceae, one species in the family Microbacteriaceae, one species in the family Bacillaceae and one species in the family Sphingomonadaceae. There is no official report of these 12 species in Korea, so they are described as unreported bacterial species in Korea in this study. Gram reaction, basic biochemical characteristics, colony, and cell morphology are included in the species description section.
Chi Young Hwang;Eui-Sang Cho;Dong-Hyun Jung;Ki-Eun Lee;In-Tae Cha;Won-Jae Chi;Myung-Ji Seo
Journal of Species Research
/
v.12
no.2
/
pp.158-164
/
2023
In March 2021, marine sediment from East Sea samples were suspended in a 2% NaCl solution, and serial dilution was performed in fresh marine and Reasoner's 2A agar. Isolated bacterial strains were identified based on 16S rRNA gene sequences, and showed at least 98.7% sequence similarity with previously reported bacterial species. Finally, seven bacterial strains which were validly published but not reported in Korea, were obtained. These isolates were allocated to the orders Bacillales and Flavobacteriales. The three Flavobacteriales strains are classified into the family Flavobacteriaceae. The other four Bacillales belong to the families Bacillaceae and Paenibacillaceae. The seven unrecorded bacterial strains in this study are classified into seven different genera, which are assigned to Mesobacillus, Paenibacillus, Gramella, Gillisia, Arenibacter, Fictibacillus, and Brevibacillus. During the investigation, the possibility of excavation of various unrecorded species in domestic marine sediment was confirmed. Gram-staining, cell morphology, physiological and basic biochemical characteristics, and phylogenetic analysis were performed in this study and provided in the description of each strain.
Kwak, Kyu-Won;Nam, Sung-Hee;Choi, Ji-Young;Lee, Seokhyun;Kim, Hong Geun;Kim, Sung-Hyun;Park, Kwan-Ho;Han, Myung-Sae
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
v.30
no.2
/
pp.64-74
/
2015
Beetles Protaetia brevitarsis seulensis Kolbe (Coleoptera: Cetoniidae) and Allomyrina dichotoma Linn. (Coleoptera: Scarabaeidae) are widely used in traditional medicine, and the number of insect-rearing farms is increasing in South Korea. The purpose of this study was to establish a multiplex PCR-based assay for rapid simultaneous detection of multiple pathogens causing insect diseases. Six insect parasites such as fungi Beauveria bassiana (Bals.-Criv.) Vuill. (Hypocreales: Cordycipitaceae) and Metarhizium anisopliae (Metschn.) Sorokin (Hypocreales: Clavicipitaceae), bacteria Bacillus thuringiensis Berliner (Bacillales: Bacillaceae), Pseudomonas aeruginosa Migula (Pseudomonadales: Pseudomonadaceae), and Serratia marcescens Bizio (Enterobacteriales: Enterobacteriaceae), and Oryctes rhinoceros nudivirus were chosen based on the severity and incidence rate of insect diseases in South Korea. Pathogen-specific primers were designed and successfully applied for simultaneous detection of multiple infectious agents in farm-bred insects P. b. seulensis and A. dichotoma using multiplex PCR and high resolution capillary electrophoresis. Our results indicate that multiplex PCR is an effective and time-saving method for simultaneous detection of multiple infections in insects, and the QIAxcel capillary electrophoresis system is useful for quantitative evaluation of the individual impact of each infectious agent on the severity of insect disease. The approach designed in this study can be utilized for rapid and accurate diagnostics of infection in insect farms.
To study the diversity of heterotrophic bacteria isolated from intestine of starfish, Asterias amurensis, we collected starfishes from the coastal area near Jangheung-Gun, Jeollanam-Do, Korea during July, 2000. Population density and bacterial diversity in the intestine of starfish were measured. The results were as follows; The population densities of heterotrophic bacteria in the intestine of starfish were 8.65${\pm}$0.65${\times}10^3\;dfu\;g^{-1}$. Gram positive bacteria occupied 59% among 29 isolates. The community structure of dominant heterotrophic bacteria in the intestine of starfish consisted of Bacillaceae in the low G+C gram positive bacteria subphylum, Microbacteriaceae in the high G+C gram positive bacteria subphylum, and Alteromonadaceae in ${\gamma}$-Proteobacteria subphylum. Among eight strains of Bacillus spp., three strains showed more than 97% identity, but five strains showed about 90% identity with type strain on the basis of partial 16S rDNA sequence.
Lead is a highly toxic heavy metal that causes serious health problems. Nonetheless, it is increasingly being used for industrial applications and is often discharged into the environment without adequate purification. In this study, Pb(II) was removed by powdered waste sludge (PWS) based on the biosorption mechanism. Different PWSs were collected from a submerged moving media intermittent aeration reactor (SMMIAR) and modified Ludzack-Ettinger (MLE) processes. The contents of extracellular polymeric substances were similar, but the surface area of MLE-PWS (2.07 ㎡/g) was higher than that of SMMIAR-PWS (0.82 ㎡/g); this is expected to be the main parameter determining Pb(II) biosorption capacity. The Bacillaceae family was dominant in both PWSs and may serve as the major responsible bacterial group for Pb(II) biosorption. Pb(II) biosorption using PWS was evaluated for reaction time, salinity effect, and isotherm equilibrium. For all experiments, MLE-PWS showed higher removal efficiency. At a fixed initial Pb(II) concentration of 20 mg/L and a reaction time of 180 minutes, the biosorption capacities (qe) for SMMIAR- and MLE-PWSs were 2.86 and 3.07 mg/g, respectively. Pb(II) biosorption using PWS was rapid; over 80% of the maximum biosorption capacity was achieved within 10 minutes. Interestingly, MLE-PWS showed enhanced Pb(II) biosorption with salinity values of up to 30 g NaCl/L. Linear regression of the Freundlich isotherm revealed high regression coefficients (R2 > 0.968). The fundamental Pb(II) biosorption capacity, represented by the KF value, was consistently higher for MLE-PWS than SMMIAR-PWS.
Objective: The microbiota of dairy cow milk varies with the season, and this accounts in part for the seasonal variation in mastitis-causing bacteria and milk spoilage. The microbiota of the cowshed may be the most important factor because the teats of a dairy cow contact bedding material when the cow is resting. The objectives of the present study were to determine whether the microbiota of the milk and the cowshed vary between seasons, and to elucidate the relationship between the microbiota. Methods: We used 16S rRNA gene amplicon sequencing to investigate the microbiota of milk, feces, bedding, and airborne dust collected at a dairy farm during summer and winter. Results: The seasonal differences in the milk yield and milk composition were marginal. The fecal microbiota was stable across the two seasons. Many bacterial taxa of the bedding and airborne dust microbiota exhibited distinctive seasonal variation. In the milk microbiota, the abundances of Staphylococcaceae, Bacillaceae, Streptococcaceae, Microbacteriaceae, and Micrococcaceae were affected by the seasons; however, only Micrococcaceae had the same seasonal variation pattern as the bedding and airborne dust microbiota. Nevertheless, canonical analysis of principle coordinates revealed a distinctive group comprising the milk, bedding, and airborne dust microbiota. Conclusion: Although the milk microbiota is related to the bedding and airborne dust microbiota, the relationship may not account for the seasonal variation in the milk microbiota. Some major bacterial families stably found in the bedding and airborne dust microbiota, e.g., Staphylococcaceae, Moraxellaceae, Ruminococcaceae, and Bacteroidaceae, may have greater influences than those that varied between seasons.
Han, Ji-Hye;Joung, Yochan;Kim, Tae-Su;Bae, Jin-Woo;Cha, Chang-Jun;Chun, Jongsik;Im, Wan-Taek;Jahng, Kwang Yeop;Jeon, Che Ok;Joh, Kiseong;Seong, Chi Nam;Yoon, Jung-Hoon;Cho, Jang-Cheon;Kim, Seung Bum
Journal of Species Research
/
v.4
no.2
/
pp.127-136
/
2015
As an outcome of the study on the bacterial species diversity in Korea, we report 24 unrecorded bacterial species of Korea belonging to the phylum Firmicutes. The unrecorded species excavated through this study were assigned to 12 different genera of 7 families, namely Bacillus, Halobacillus, Lysinibacillus and Thalassobacillus of Bacillaceae, Brevibacillus and Paenibacillus of Paenibacillaceae, Viridibacillus of Planococcaceae, Salinicoccus and Staphylococcus of Staphylococcaceae, Enterococcus of Enterococcaceae, Lactobacillus of Lactobacillaceae, and Lactococcus of Streptococcaceae, respectively. The bacterial isolates were obtained from various ecosystems in Korea. The isolates were identified based on 16S rRNA gene sequences, and those exhibiting at least 99% sequence similarity with known bacterial species but never reported in Korea were selected as unrecorded species. The selected isolates were subjected to further taxonomic characterization including the analysis of cell shape and fine structure using electron microscope, colony color and shapes, enzyme activities and carbon source utilization. The descriptive information on the 24 unrecorded species are provided.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.