• The Plant Pathology Journal
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• 제18권5호
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• pp.251-258
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• 2002

A potyvirus was isolated from cultivated Iris plants showing leaf streak mosaic symptom. Reverse transcription and polymerase chain reaction (RT-PCR) product of 1 kb long which encoded partial nuclear inclusion B and N-terminal region of viral coat protein (CP) genes for potyviruses was successfully amplified with a set of potyvirus-specific degenerate primers with viral RNA samples from the infected leaves: The RT-PCR product was cloned into the plasmid vector and its nucleotide sequences were determined. The nucleotide sequence of a CDNA clone revealed that the virus was an isolate of Ornithogalum moseic virus (OrMV) based on BLAST search analysis and was denoted as OrMV Korean isolate (OrMV-Ky). To further characterize the CP gene of the virus, a pair of OrMV-specific primers was designed and used for amplification of the entire CP gene of OrMV-Kr, The virus was easily and reliably detected from virus-infected Iris leaves by using the RT-PCR with the set of virus-specific primers. The RT-PCR product of the CP gene of the virus was cloned and its sequences were determined from selected recombinant CDNA clones. Sequence analysis revealed that the CP of OrMV-Kr consisted of 762 nucleotides, which encoded 253 amino acid residues. The CP of OrMV-Ky has 94.1-98.0% amino acid sequence identities (20 amino acid alterations) with that of other three isolates of OrMV, Two NT rich potential N-glycosylation motif sequences, NCTS and NWTM, and a DAC triple box responsible for aphid transmission were conserved in CPs of all the strains of OrMV. The virus has 58.5-86.2% amino acid sequence identities with that of other 16 potyviruses, indicating OrMV to be a distinct species of the genus. OrMV-Ky was the most related with Pterostylia virus Yin the phylogenetic tree analysis of CP at the amino acid level. This is the first report on the occurrence of OrMV in Iris plants in Korea. Data in this study indicate that OrMV is found in cultivated Iris plants, and may have mixed infection of OrMV and Iris severe mosaic virus in Korea.

• 한국약용작물학회지
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• 제22권5호
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• pp.339-348
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• 2014

The transcriptomes of four ginseng accessions such as Cheonryang (Korean ginseng cultivar), Yunpoong (Korean ginseng cultivar), G03080 (breeding line of Korean ginseng), and P. quinquefolius (American ginseng) was characterized. As a result of sequencing, total lengths of the reads in each sample were 156.42 Mb (Cheonryang cultivar), 161.95 Mb (Yunpoong cultivar), 165.07 Mb (G03080 breeding line), and 166.48 Mb (P. quinquefolius). Using a BLAST search against the Phytozome databases with an arbitrary expectation value of 1E-10, over 20,000 unigenes were functionally annotated and classified using DAVID software, and were found in response to external stress in the G03080 breeding line, as well as in the Cheonryang cultivar, which was associated with the ion binding term. Finally, unigenes related to transmembrane transporter activity were observed in Cheonryang and P. quinquefolius, which involves controlling osmotic pressure and turgor pressure within the cell. The expression patterns were analyzed to identify dehydrin family genes that were abundantly detected in the Cheonryang cultivar and the G03080 breeding line. In addition, the Yunpoong cultivar and P. quinquefolius accession had higher expression of heat shock proteins expressed in Ricinus communis. These results will be a valuable resource for understanding the structure and function of the ginseng transcriptomes.

• 한국환경농학회지
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• 제36권4호
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• pp.241-248
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• 2017

본 연구는 최근 RNAi 기반 LMO의 연구 개발이 활발히 진행됨에 따라 향후 이러한 기술을 이용한 LMO의 유해성 및 자연생태계 위해성평가가 필요할 때 실험실 수준에서 dsRNA를 대량으로 발현시키는 시스템을 확립하고, 수분(화분)매개 곤충인 꿀벌을 대상으로 유해성평가 시험을 수행하는 방법을 제시하고자 하였다. L4440 vector에 Snf7과 GFP 유전자를 클로닝한 plasmid를 HT115 (DE3) 대장균에 형질 전환한 후 온도, 배양시간, IPTG 농도를 각기 다르게 하여 최적의 발현조건을 탐색한 결과 $37^{\circ}C$, 0.4 mM IPTG, 4시간의 배양시간에서 가장 많은 양의 dsRNA가 발현됨을 확인하였다. 국내 외 제시된 꿀벌 위해성평가 가이드라인을 바탕으로 대장균에서 분리한 dsRNA를 꿀벌 성충에 급성섭식으로 처리한 결과 생사율과 일반중독증상에서 차이를 보이지 않는 것으로 보아 대장균으로부터 분리한 Snf7 dsRNA와 GFP dsRNA는 꿀벌 성충에 유해하지 않음을 알 수 있었다. 본 연구를 통해 dsRNA 물질의 유해성평가 및 자연생태계 위해성 평가를 위한 대량 추출 방법과 위해성평가 대상종의 사육 및 물질 처리 방법을 확립하여 향후 이뤄질 dsRNA의 꿀벌 위해성평가에 활용될 것으로 사료된다.

• 한국식품과학회지
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• 제34권2호
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• pp.283-289
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• 2002

속성 발효 및 기능성 멸치액젓의 제조에 사용할 수 있는 미생물 starter의 개발을 목적으로 1, 3 그리고 5년 숙성한 멸치액젓으로부터 단백질 분해활성 및 혈전 용해 활성 우수한 균주를 분리, 동정하였고, 분리균주들 중 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성 가장 강하였던 B. subtilis JM-3의 최적 성장 조건과 단백질 분해효소 및 혈전 용해효소 최적 생산조건들을 조사하였으며, 그 결과를 요약하면 다음과 같다. 1, 3 그리고 5년 숙성한 멸치액젓으로부터 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성 가지는 3균주를 분리하였으며, 분리균주 JM-1, JM-2 그리고 JM-3는 모두 Bacillus subtilis로 동정되었다. 분리균주들 중 가장 강력한 단백질 분해활성과 혈전 용해 활성 나타낸 B. subtilis JM-3의 최적 성장조건은 $40^{\circ}C$, pH 5.0 그리고 NaCl를 첨가하지 않았을 때 성장이 가장 좋은 것으로 나타났다. B. subtilis JM-3의 단백질 분해효소 및 혈전 용해효소 최적 생산 조건은 최적 성장 조건과 일치하는 것으로 나타났다. 또한 멸치액젓의 일반적인 염농도인 NaCl 20% 첨가구에서도 식염 무첨가구의 약 60%의 활성을 나타내어 B. subtilis JM-3의 멸치액젓의 starter로서의 충분한 이용 가능성을 나타내었다.

• KSBB Journal
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• 제17권4호
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• pp.370-375
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• 2002

새로운 유전자를 클로닝하고 그 발현양상을 결정하는 것은 유전자의 기능을 이해하는데 필수적이다. 인간유전자 12q13의 고해상 물리지도를 작성하면서 이 지역의 D12S359와 D12S1618 사이에 내재하는 것으로 mapping된 stSG 3435 EST의 유전자를 클로닝하고 그 발현양상을 조사하였다. NIBI library를 조사하여 stSG 3435를 포함하는 클론 325E4를 분리하여 순차적 결실 방법으로 클로닝하여 자동염기서열분석으로 염기서열을 결정하였다. 1,331 bp의 염기서열을 가진 이 유전자는 Blast search에 의하면 376 개의 아미노산으로 이루어진 단백질로써 인간의 MYGI과 동일하며 마우스의Gamml, melanocyte proliferation gene 1과 86%의 동질성을 보였다. MYGI은 인간염색체의 12에 내재하며 마우스의 Gamml은 syntenic 부위인 마우스 염색체 15에 내재하므로 마우스의 Gamml의 homolog으로 간주된다. Northern blot analysis 결과 MYG1은 인간의 모든 조직에서 발현되며 정소에서 가장 강한 발현을 보였다. 이 유전자의 세포내 발현을 green fluorescence protein과 융합시켜 발현 귀착지를 confocal 현미경으로 동정한 결과 MYG1 단백질은 핵과 리소좀을 제외한 소기관에서 발현되는 것을 관찰하였다.

• 대한소아치과학회지
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• 제33권2호
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• pp.304-310
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• 2006

본 연구는 치주질환 주요 병인균주 중의 하나인 P. intermedia를 대상으로 하여, 이 균주에서의 hemin 결합 단백질 유전자를 분리하고 염기서열을 결정하기 위하여 수행되었다. 본 연구에서는 약 5,000개의 recombinant colony들을 스크리닝하여 hemin 결합 단백질 유전자를 포함하고 있는 것으로 여겨지는 1개의 클론(pHem1)을 확인하였다. Restriction enzyme mapping 결과 pHem1의 insert DNA의 크기는 약 2.5kb이었으며 P. intermedia chromosomal DNA 내에는 hemin 결합 단백질 유전자가 single copy로 존재하였고, transcript의 크기는 약 1.8kb이었다. 분리한 pHem1 유전자는 1개의 ORF를 가지고 있으며, ORF의 크기는 2,550bp로 약 850개의 아미노산 폴리펩타이드로 구성되어 있다. 또한, pHem1 유전자는 이미 밟혀진 다른 유전자들과 상동성을 보이지 않았다. 본 연구는 P. intermedia에서의 porphyrin생리 및 hemin 획득기전을 분자생물학적으로 규명하는데 있어 중요한 의의가 있으리라 사료된다. 향후 pHem1 유전자의 특성 분석 등이 수행되어야 할 것으로 여겨진다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제40권1호
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• pp.66-69
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• 2012

Raffaelea quercus-mongolicae에 대한 항균작용을 하는 미생물을 분리하기 위하여 200개의 균주를 분리하였으며 이 중 SG 1-9, 1-12와 SG 2-8, 2-10, 2-17 5개의 균주에서 항균활성을 확인하였다. 5개의 균주는 확인을 위하여 16S rDNA 염기서열 분석을 하였으며, SG 1-9는 Streptomyces cinnamoneus와 98%의 homology가 SG 1-12는 Burkholderia cepacia와 98% homology가 같은 것으로 나타났다. 또한 SG 2-8은 Streptomyces fradiae와 99%의 homology를 SG 2-10은 Staphylococcus epidermidis와 97%를 SG 2-17은 Staphylococcus epidermidis와 99%의 homology를 나타내었다. 위 5개의 균주 중 활성이 가장 강한 SG 2-17의 유기용매추출물과 단백질추출물을 분리하여 활성을 조사하였으며 유기용매추출물에서 강한 활성을 확인하였다. 3개의 유기용매 중 benzene 추출물이 가장 높은 Raffaelea quercus-mongolicae의 균사성장을 억제하였다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제36권4호
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• pp.331-341
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• 2021

본 연구에서는 DNA barcode 시험법을 이용하여 시중 유통 중인 도미와 옥돔 수산가공식품의 위변조현황을 분석하였다. 참돔 12건, 돌돔 4건, 황돔 7건, 감성돔 2건, 나일틸라피아 7건, 옥돔 6건, 옥두어 8건 총 46건의 시료에 대해 실험을 진행하였다. 생물 종 판별에 주로 이용되는 mitochondrial DNA의 COX I (cytochrome C oxidase subunit I) 유전자 영역을 분석하여 원재료의 종을 판정하였다. NCBI에서 제공하는 BLAST Search 프로그램을 이용하여 분석된 염기서열과 NCBI에 등록된 각각 어류의 유전자 염기서열을 비교하였다. 분석 결과 염기서열 상동성(identity)이 97% 이상인 종을 원재료 종으로 판별하였다. DNA barcode 시험법을 이용해 시중 유통되는 참돔, 돌돔, 황돔, 감성돔, 나일틸라피아, 옥돔, 옥두 수산가공품 46건에 대해 조사한 결과 위변조 사례는 나타나지 않았다. 그러나 시장에서 통용되는 일반명칭과 식품공전에 기술된 표준명칭이 상이하여 소비자의 혼란을 야기할 수 있어 수산물 가공식품 표기에 일반명칭과 더불어 표준명칭 또는 학명을 같이 기술하여야 할 것으로 판단되었다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제26권9호
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• pp.558-568
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• 2023

Vibrio vulnificus is an aquatic bacterium causing septicemia and wound infection in humans. To understand this pathogen at the genomic level, it was performed whole genome sequencing of a cefoxitin-resistant strain, V. vulnificus 1908-10 possessing virulence-related genes (vvhA, viuB, and vcgC) isolated from Gadeok island coastal seawater in South Korea. The genome of V. vulnificus 1908-10 consisted of two circular contigs and no plasmid. The total genome size was estimated to be 5,018,425 bp with a guanine-cytosine (GC) content of 46.9%. We found 119 tRNA and 34 rRNA genes respectively in the genome, along with 4,352 predicted protein sequences. Virulence factor (VF) analysis further revealed that V. vulnificus 1908-10 possess various virulence genes in classes of adherence, antiphagocytosis, chemotaxis and motility, iron uptake, quorum sensing, secretion system, and toxin. In the comparison of the presence/absence of virulence genes, V. vulnificus 1908-10 had fur, hlyU, luxS, ompU, pilA, pilF, rtxA, rtxC, and vvhA. Of the 30 V. vulnificus comparative strains, 80% of the C-genotype strains have all of these genes, whereas 40% of the E-genotype strains have all of them. In particular, pilA were identified in 80% of the C-type strains and 40% of the E-type strains, showing more difference than other genes. Therefore, V. vulnificus 1908-10 had similar VF characteristics to those of type C strains. Multifunctional-autoprocessing repeats-in-toxin (MARTX) toxin of V. vulnificus 1908-10 contained 8 A-type repeats (GXXGXXXXXG), 25 B.1-type repeats (TXVGXGXX), 18 B2-type repeats (GGXGXDXXX), and 7 C-type repeats (GGXGXDXXX). The National Center for Biotechnology Information (NCBI) Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) showed that the RtxA protein of V. vulnificus 1908-10 had the effector domain in the order of cross-liking domain (ACD)-C58_PaToxP-like domain- α/β hydrolase-C58_PaToxP-like domain.

• 한국해양학회지:바다
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• 제15권1호
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• pp.25-35
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• 2010

플랑크톤의 종다양성은 특정 지역의 수계환경 변화 모니터링에 있어 중요 생태지표로써, 환경 평가에 유용한 정보로 사용되고 있다. 기존의 종다양성 평가는 주로 형태학적 형질에 근거한 종동정을 통해 이루어졌으나, 많은 시간과 전문성을 필요로 하고 연구자의 주관적 판단에 의존하는 단점이 있다. 따라서, 본 연구에서는 채수된 환경시료에 대해 보다 빠르고 정확한 플랑크톤 종다양성을 파악하기 위하여 분자마커를 활용한 분자모니터링 기법을 도입하였다. 서낙동강(김해교)과 남해 연얀(남해도) 정점에서 각각 채수된 환경시료에서 DNA를 추출한 후 18S nuclear ribosomal RNA 유전자를 대상으로 중합효소연쇄반응을 수행하였다. 클로닝 과정을 통해 만들어진 각각의 클론 라이브러리에서 클론을 무작위로 선택하여 제한효소절편다형성 패턴분석을 한 후 특이성을 가지는 클론을 선별하였다. 김해교에서는 60개 블론을 대상으로 44개의 특이적 클론을 선별하였고 남해에서는 150개 클론을 대상으토 27개의 클론을 선별하였다. 이틀 클론틀에 대한 염기서열 분석결과 다양한 계통분류군에 속승하는 플랑크톤의 종조성 결과를 보여주었다(김해교: Heterokontophyta(7), Ciliophora(23), Dinophyta(l), Chytridiomycota(l), Rotifera(I), Arthropoda (11), 남해: Ciliophora( 4), Dinophyta(3), Crγptophyta(l)，Arthropoda(19)). 본 연구를 통하여 분자마커를 활용한 분자모니터링 기법이 기존 형태학적 형질에 근거한 분석이 가지는 한계를 보완하여 채수된 환경시료의 종조성 분석에 효율적으로 사용될 수 있다고 판단된다.