• 한국어류학회지
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• 제23권1호
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• pp.1-9
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• 2011

ACP (annealing control primer)를 사용하여 DDRT (differential display reverse transcription)-PCR 방법으로 볼락의 성장단계에 따라 발현량 차이를 나타내는 DEG (differentially expressed gene)를 확보하였다. ACP 120개를 분석하여 18개월령 근육조직에서보다 6개월령 근육조직에서 발현량이 많은 DEG 16개와 6개월령 근육조직에서보다 18개월령 근육조직에서 발현량이 더 많은 DEG22개의 염기서열을 분석하였다. DEG 염기서열을 BLAST 검색한 결과, parvalbumin (PVALB) 등 18개의 유전자(PVALB, NDKB, TPM, TnI, GAPDH, CKM2, factor 2 SERF2, AMPD, TRICA, ARHGAP15, ESD, hsp70, COL1A2, GST, Midllip1, MYL1, SERCA1B, FTH1)와 69~95%의 상동성을 나타냈다. Real time PCR 분석법으로 6개월령 근육조직에서 발현량이 많은 DEG14와 PVALB 유전자의 성장단계별 발현양상을 조사한 결과, 볼락이 성장함에 따라 발현량이 감소하였으며, 특히 PVALB 유전자는 6개월령 이후에는 발현량이 극히 적었다. 6개월령 근육조직에서보다 18 개월령 근육조직에서 발현량에서 많았던 CKM2 유전자는 성장함에 따라 발현량이 계속 증가하였고, 4세 이후에는 발현량이 감소하였다. DEG의 조직특이적 발현양상을 분석한 결과, DEG14는 근육, 간, 신장, 및 비장조직에서 발현되었으며, PVALB 유전자는 근육과 신장조직에서 발현되었고, 간과 비장조직에서는 발현되지 않았다. CKM2 유전자는 근육, 신장 및 비장조직에서 발현되었고, 간 조직에서는 발현되지 않았다. PVALB 유전자의 mRNA 크기는 659 bp 이며, 110개의 아미노산으로 구성되어 있다. Parvalbumin과 CKM2 유전자는 성장속도가 빠른 어류 선발에 이용할 수 있는 분자마커 개발에 활용하고자한다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제19권4호
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• pp.389-396
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• 2001

목적 : 임상에서 사용하는 방사선량을 조사하여 환자의 자궁경부암 세포에서 유도되는 유전자를 검색하고자 하였다. 대상 및 방법 : 자궁경부암 환자에서 방사선치료 하루 전(대조군)과 1.8 Gy 조사후 40분 지나서(조사군) 자궁경부암 조직을 생검하여 각 군에서 total RNA를 추출하였다. differential display reverse transcription-polymerase chain reaction기법(DDRT-PCR)으로 발현이 증가 또는 감소된 유전자를 탐색하였다. 발현에 변화가 있는 cDNA를 추출하고 증폭하여 얻은 클론을 reverse Northern Blot방법을 이용하여 screening하였고, Northern Blot으로 확인하였다. sequencing을 실시한 후 NCBI database를 이용하여 blast search를 하였다. 발현이 감소한 유전자를 대상으로 다른 환자에서의 발현 양상을 확인하기 위하여 방사선치료를 받는 5명의 자궁경부암 환자를 대상으로 RT-PCR로 검사 하였다. 결과 : DDRT-PCR기법을 이용하여 방사선 조사군에서 발현이 증가 혹은 감소된 18개의 cDNA band를 발견하였다. reverse northern blot을 이용한 screening에서 발현이 증가된 10개의 클론과 감소된 1개의 클론을 확인하였다. 클로닝된 cDNA 조각들은 대부분 $400\~500\;bp$ 정도 되었으며, 그중 1개의 클론은 잘 알려져 있는 chemokine receptor CXCR4 유전자와 높은 상동성을 보였으며, 4개의 클론은 Human ESTs로 확인되었고 5개의 클론은 기능이 아직 확인되지 않은 알려져 있는 염기서열로 확인되었다. 방사선에 의하여 발현이 감소한 CxCa-11 클론이 모든 환자에서 방사선치료 전 시료에서 발현을 보였으나, 방사선치료 후 시료에서는 그 발현량이 감소하거나 발현이 안되었다. 결론 : DDRT-PCR을 이용하여 임상에서 자주 사용되는 방사선량을 환자의 자궁경부암에 조사했을 때 발현되는 유전자를 확인하였다. 이러한 유전자 발현의 확인은 방사선치료과정 중에 발생하는 일련의 기전들을 이해하는데 도움이 되리라 생각된다.

• 한국식품저장유통학회지
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• 제17권3호
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• pp.410-417
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• 2010

우리나라 전통발효식품의 하나인 청국장으로부터 고 비활성 세포외 protease 생산능이 우수한 균주를 분리하고 그 특성을 조사하였다. 분리된 균주 중 D14 균주 배양 상징액의 protease 활성이 15.2 U/mL로서 가장 강하였으며 비활성 또한 40.0 U/mg protein으로서 가장 강하게 나타났다. 이 균주의 특성을 조사한 후 Berge's Manual of Systematic Bacteriology에 준하여 Bacillus subtilis로 동정하였다. 균주 D14의 16S rDNA 염기서열을 분석하여 B. subtilis subsp. subtilis NCIB 3610 균주와 99.9%의 상동성을 가짐을 확인 하였다. 또한 16S rDNA의 염기서열을 토대로 계통분석을 통하여 다른 Bacillus sp.의 균주들보다 NCIB 3610 균주와 유전적으로 매우 가까운 관계에 있음을 확인하였다. Soluble starch는 사용한 탄소원 중 가장 높은 수준의 protease 생산능을 보였으나 단당류, 이당류 등은 모두 효소 생산능에 대하여 저해효과를 나타내었다. 특히 fructose를 첨가한 경우에는 12.7%, glucose를 첨가한 경우에는 35.9% 수준의 효소 생산능을 나타내었다. 질소원의 경우는 soytone의 첨가구에서 대조구에 비하여 약 61.4% 수준의 효소활성을 나타내어 저해효과가 가장 높았으며 다른 질소원은 효소 생산에 크게 영향을 미치지 않았다.

• 한국버섯학회지
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• 제6권1호
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• pp.20-26
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• 2008

흰목이버섯 균주와 공생균을 수집하고 ITS 5.8S rDNA sequencing을 하여 유전자 서열을 분석하였다. Gene Bank Data homology search 결과 분리된 균의 rDNA 서열이 이 Tremella fuciformis AF042409의 rDNA 서열과 99% 일치하는 것으로 확인되었다. 그리고 함께 분리된 공생균은 같은 방법으로 Annulohhypoxylon stygium 으로 확인하였다. 분리된 T. fuciformis KG 103과 A. stygium KG 201 균주는 PD배지에서 각각 14 mm/14 days과 85 mm/14 days의 균사생육을 나타내었다. T. fuciformis KG 103 균주의 생육최적온도는 $25^{\circ}C$ (14mm/14days) 이었으며, $35^{\circ}C$ 고온과 $15^{\circ}C$이하 저온에서 균사 생장이 억제되었다. A. stygium KG 201은 흰목이버섯균과 유사한 최적온도를 나타내었다. T. fuciformis KG 103 균의 생육 최적 pH는 5.0이었으며, A. stygium KG 201도 pH 5.0에서 생육이 가장 왕성하였다. 흰목이버섯 종균용 최적 배지로 참나무톱밥 77.5%, 미강 20%, 석고 1.5%, 황백당 1%가 선정되었다. T. fuciformis KG 103과 A. stygium KG 201혼합 종균을 제조하고 흰목이버섯 자실체생산을 위한 병속재배 방법을 확립하였다. 콘코브(Corn cob) (77%와 52%)가 사용한 재료 중 최적의 자실체 성장률을 나타냈으며, 콘코브 함량을 줄일수록 생육이 저조하였다. 면실박과 참나무톱밥은 단독 사용시 생육이 저조하였고, 콘코브를 첨가시 수율이 증대되었다. 최적수분농도는 55%로 결정되었다.

• 한국환경농학회지
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• 제37권2호
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• pp.135-140
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• 2018

한국에서 말벌은 양봉 산업에 큰 영향을 미치는 종이다. 특히 비교적 최근에 전국적으로 번식하는 말벌 종인 등검은말벌 (Vespa velutina nigrithorax)은 작은 체구에도 불구하고 높은 사냥 능력으로 꿀벌을 공격하여 양봉 업계에 큰 피해를 주고 있다. 그러나 이 새로운 침입 종에 대한 연구는 아직 시작단계에 있으며, 본 연구에서는 등검은말벌의 장내 박테리아 군집을 조사하고 이 결과를 꿀벌의 장내 박테리아 군집과 비교하여 등검은말벌의 방제를 위한 자료로 이용하고자 했다. 아시아 말벌과 꿀벌 장의 박테리아 게놈 DNA를 수집하여 16S rDNA를 증폭시켜 가변 부위인 V3, V4 염기서열을 판독 하였다. 계통별 분석결과 목 (order) 수준에서 Flavobacteriales는 등검은말벌에서 가장 우점인 박테리아였고, Aeromonadales와 Pseudomonadales가 그 뒤를 이었다. Flavobacteriaes는 꿀벌의 박테리아 군집과 비교했을 때 등검은말벌에서 증가하였으며, Aeromonadales와 Pseudomonadales는 우점종이지만 꿀벌에 비해 낮은 점유율을 보이는 등 두 개체 간의 차이를 확인할 수 있었다. 한편 이번 연구를 통해 이전에 동정되지 않은 등검은말벌 장 박테리아의 16S rDNA 염기 서열을 분석하였고, 이들 박테리아는 Thalassomonas, Caedobacter, Vampirovibrio, Alkaliphilus 및 Calothrix 속으로 분류되었다.

• 환경생물
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• 제30권1호
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• pp.31-38
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• 2012

한국 내 전국적으로 5곳의 담수에서 2010년 4월부터 2011년 6월에 걸쳐 담수시료를 채취한 후, 각 담수시료에서 $Botryococcus$ $braunii$의 출현을 확인하고 microcapillary-pipetting method를 이용하여 5주를 분리하였다. 분리된 $B.$ $braunii$의 18S rRNA sequencing 후, BLAST search를 통한 분석 결과는 $B.$ $braunii$와 가장 높은 상동성을 나타낸 것으로 확인되어 형태적 동정결과와 일치하였다. 진화, 계통분류학적 분석결과, 분리된 5주의 $B.$ $braunii$는 단일 계통인 Trebouxiophyceae으로 분류되었다. 18S rRNA sequence의 계통 분류학적 분석에서 $B.$ $braunii$ KNU6는 다른 분리된 $B.$ $braunii$와 같은 분류군 내에서 거리의 차이가 있었고, 또한 세포크기, 점액질의 양 등의 형태적 특징도 차이를 보였다. 한국에서 분리된 5주의 $B.$ $braunii$는 모두 race A type의 분류군에 포함되며, 탄소수 $C_{23}-C_{33}$의 지방산에서 유래된 alkadienes과 alkatrienes를 생산하는 것으로 사료되며, $B.$ $braunii$를 이용한 바이오디젤을 생산하기 위한 최적의 배양조건을 찾는 연구가 필요하다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제33권5호
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• pp.478-487
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• 2017

Soybean is the most important legume crop in the world. Several diseases in soybean lead to serious yield losses in major soybean-producing countries. Moreover, soybean can be infected by diverse viruses. Recently, we carried out a large-scale screening to identify viruses infecting soybean using available soybean transcriptome data. Of the screened transcriptomes, a soybean transcriptome for soybean seed development analysis contains several virus-associated sequences. In this study, we identified five viruses, including soybean mosaic virus (SMV), infecting soybean by de novo transcriptome assembly followed by blast search. We assembled a nearly complete consensus genome sequence of SMV China using transcriptome data. Based on phylogenetic analysis, the consensus genome sequence of SMV China was closely related to SMV isolates from South Korea. We examined single nucleotide variations (SNVs) for SMVs in the soybean seed transcriptome revealing 780 SNVs, which were evenly distributed on the SMV genome. Four SNVs, C-U, U-C, A-G, and G-A, were frequently identified. This result demonstrated the quasispecies variation of the SMV genome. Taken together, this study carried out bioinformatics analyses to identify viruses using soybean transcriptome data. In addition, we demonstrated the application of soybean transcriptome data for virus genome assembly and SNV analysis.

• 식물병연구
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• 제25권4호
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• pp.220-225
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• 2019

2018년 경북 김천 지역 포도 하우스 재배 농가에서 포도송이가 무르고 마른 포도 과실이 낙과되는 피해가 발생하였다. 병반 표면에는 검갈색의 곰팡이 포자가 형성된 것을 확인할 수 있었으며, 이병과실에서 병원균을 분리하여 균학적 특징 및 염기서열 분석결과 병원균은 Aspergillus tubingensis로 동정하였다. 이 증상의 원인균을 증명하기 위해 이병과실에서 병원균을 분리하여 병원성 검정을 수행한 결과, 고온으로 갈수록 급격히 병이 진전되고 하우스에서 발생한 병징과 일치하였다. 또한, 포도송이 썩음 병원균에 대하여 화학농약 약제의 선발을 통해 병원균의 확산을 막고 예방을 하고자 단제 7종 균사생장 억제 효과 검정을 실시하였다. Dipenoconazole, tebuconazole, metconazole, iminoctadine, captan 5가지의 약제에서 균사생장 억제 효과가 확인되었다. A. tubingensis에 의한 포도송이썩음병(가칭)은 2018년도부터 국내 샤인머스켓 포도에 처음 발생되고 있음을 보고하고, 효과적으로 포도송이썩음병의 발생을 예방할 수 있는 5종의 약제를 보고한다.

• 한국균학회지
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• 제45권3호
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• pp.234-240
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• 2017

충남 서천군 한산면 신성리 금강하구 갈대밭 토양의 야생효모 분포특성을 알아보기 위하여 갈대밭 토양 20점을 채취하여 야생효모들을 분리하여 총 11종 20균주의 야생효모를 동정하였다. Candida속의 효모가 10균주로 가장 많이 분리되었고, 그 중 Candida subhashii 균이 6균주로 가장 많았다. 분리된 균주 중에서 Candida tropicalis (Y5-1,Y5-2, Y6-1), Candida subhashii (J7-1, J7-3, J8-1, Y9-1, Y9-2, Y9-3), Lachancea thermotolerans (MJS 007, MJS 019) 균주 등 12균주들이 알코올 발효능을 보였다. Bullera japonica YJ10-1, C. subhashii J7-1, Kluyveromyces yarrowii YJ11-1, Ustilago shanxiensis Y10-1등 4균주들이 국내 미기록 효모 균주들로 최종 선별되었다. 이들 국내 미기록 균주들은 구형으로 Candida subhashii J7-1만이 자낭포자와 의균사를 형성하였다. Kluyveromyces yarrowii YJ11-1은 비타민을 함유하지 않은 배지에서도 생육하였고 Candida subhashii J7-1는 YM과 YPD 배지 및 5% NaCl을 함유한 YPD 배지에서 생장하지 않았다.

• 식물병연구
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• 제21권4호
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• pp.337-340
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• 2015

2014년 7월 중순부터 11월까지 전라남도 여수시 금오도의 농가포장에 갯기름나물 녹병이 발생되었다. 녹병은 새로운 잎보다는 아래로 늘어진 오래된 잎에서 주로 발병되었는데, 병징은 잎 앞면과 뒷면, 그리고 잎자루에 주황색 모양의 여름포자퇴를 만들었으며, 그 안에는 대량의 포자를 가지고 있었다. 그러나 갯기름나물 꽃에는 녹병이 관찰되지 않았다. 녹병에 심하게 감염된 식물체는 여름포자퇴 주변에서 갈색형태의 반점을 보였으며, 잎이 황화되거나 고사되고 조기 노화를 가져왔다. 녹병균의 여름포자퇴는 잎 표면의 앞 뒷면과 잎자루에 발생하였으며, 개별적으로 형성되거나 때때로 군집하여 형성되기도 하였다. 둥근 원형에서 길쭉한 반구 형태로 표피로 덮여 있거나, 벗겨진 표피로 둘러 쌓여진 형태로 직경은 0.1-4 mm이며, 분말형태의 구릿빛 갈색을 띄고 있었다. 여름포자는 달걀모양에서 타원형으로 겉 표면에 가시 같은 돌기가 있는 밝은 갈색으로 $20-45{\times}15-35{\mu}m$이며, 벽의 두께는 $2-4{\mu}m$이었다. 28S rDNA의 염기서열을 NCBI에서 BLAST search한 결과 등록된 GenBank accession number는 없는 것으로 확인되었다. 따라서 녹병의 발생생태, 균학적 특징, 28S rDNA의 D1/D2의 염기서열 분석 등의 결과를 바탕으로 기존의 보고된 P. jogashimensis에 의한 갯기름나물 녹병을 다시 보완하고자 한다.