• 한국미생물·생명공학회지
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• 제29권2호
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• pp.78-83
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• 2001

본 연구는 phytic acid를 myo-inositol과 무기태인으로 분해시키는 효소인 phytase 생산균주의 분리 및 효소생산의 배지최적하에 관한 것이다. 1차로 calcium phytate를 기질로 함유한 phytase screening 배지를 이용하여 phytase 생산을 나타내는 균주 35가지를 이용하여 분리한 후, sodium phytate를 기질로 하여 재현성 있는 phytase 활성을 나타내는 균주 12가지를 선발하였다. 12개의 균주 중 BHI broth에서 배양한 조효소액의 phytase 활성이 가장 우수한 것으로 나타난 YH100을 선발하여 주사현미경 관찰, 16S rRNA sequence 분석, GC conten(mol%) 조성, 지방산 분석, API 20E kit를 이용한 test 결과 Enterobacter cloacae로 동정되어, 이 균주를 Enterobacter cloacae YH100이라 명명하였다. Enterobacter cloacae YH100에 의한 phytase 생산을 위한 최적 배지 조성을 파악한 결과 glucose 2.0%(w/v), peptone 1.0%(w/v), beef extract 1.0%(w/v), KCI 0.1%(w/v), sodium phytate 0.1%(w/v)로 나타났다.

• 한국어병학회지
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• 제17권2호
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• pp.91-98
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• 2004

본 연구의 목적은 국내 어류 연쇄구균증 병원체 동정에 있어서 Streptococcus iniae에 대한 구체적인 국내 연구 보고가 없어, 기존에 수행되고 있는 동정방법을 근간으로 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석하여 보다 명확한 동정을 실시하고자 하였다. API 20 strep system에 의한 생화학적 성상을 분석해본 결과 정확한 종 동정은 이루어지지 않았지만 기존의 연구에서 보고된 API 20 strep system에 의한 S. iniae의 생화학적 성상과 높은 유사성을 보이는 10균주를 분리할 수 있었다. S. iniae 16S rRNA gene 서열 유래 종 특이적 primer Sin-1 5'-CTAGAGTACACATGTACT(AGCT)AAG-3'와 Sin-2 5'-GGATTTTC CACTCCCATTAC-3'에 의한 PCR-assay 결과 시험균주 10 균주 모두 동일하게 약 300bp의 증폭산물이 관찰되었고, 비 특이적인 반응은 관찰되지 않았다. 시험균주 모두 3개의 16S-23S ISR operon 구조가 관찰되었으나 S. iniae 표준균주 (KCTC 3657)의 경우 단일 구조가 관찰되었다. 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석해본 결과 기존에 보고된 S. iniae (Genbank accession number AF 048773)와 96%의 상동성을 보였으며 전체서열에서 상동성을 보이는 근연종이나 근연속은 검색되지 않아 최종적으로 S. iniae로 동정하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제42권5호
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• pp.461-467
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• 2009

A bacterial strain was screened and identified from sea sediments in Tongyeong coastal area in order to obtain proteases or peptidase cleaving C-terminal of glutamic acid. Strain TS0611, which showed the highest activity from 5 isolated protease producing strains, was selected and its properties investigated. Strain TS0611 was a gram-positive rod, $1.2\;{\mu}m$ in cell length, catalase positive, motility-positive, melanin-negative and grew at 15~$50^{\circ}C$, and hydrolyzed gelatin and casein. This strain was identified as Bacillus thuringiensis or Bacillus cereus based on results from the API system(API 50 CHB) which examined saccharides properties, fatty acid composition of cell wall, and 16S rRNA gene sequence.

• Journal of Species Research
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• 제12권3호
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• pp.197-202
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• 2023

The purpose of this study was to isolate and identify wild yeasts from the soil collected in Gwangju and Pocheon City, Gyeonggi Province, Republic of Korea. Among 10 strains, six strains were already reported, but four strains were unrecorded in Republic of Korea. To identify wild yeast strains, pairwise sequence comparisons of the D1/D2 region of the 26S rRNA gene sequence were performed using Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). The cell morphologies were observed by phase contrast microscope and assimilation tests were carried out using API 20C AUX kit. The 10 strains were assigned to the phyla Basidiomycota (8 strains) and Ascomycota (2strains). The unrecorded four yeast strains, NH33, NH19, NH20, and YP416, belong to the phylum Basidiomycota and the genera Buckleyzyma, Leucosporidium, Holtermanniales, and Mrakia, respectively. All strains had oval-shaped and polar budding cells. In this research, the morphological and biochemical properties of four unreported yeast species were characterized intensively, which were not officially reported in Korea.

• International Journal of Computer Science & Network Security
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• 제23권8호
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• pp.49-62
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• 2023

There has been a rapid increase in the creation and alteration of new malware samples which is a huge financial risk for many organizations. There is a huge demand for improvement in classification and detection mechanisms available today, as some of the old strategies like classification using mac learning algorithms were proved to be useful but cannot perform well in the scalable auto feature extraction scenario. To overcome this there must be a mechanism to automatically analyze malware based on the automatic feature extraction process. For this purpose, the dynamic analysis of real malware executable files has been done to extract useful features like API call sequence and opcode sequence. The use of different hashing techniques has been analyzed to further generate images and convert them into image representable form which will allow us to use more advanced classification approaches to classify huge amounts of images using deep learning approaches. The use of deep learning algorithms like convolutional neural networks enables the classification of malware by converting it into images. These images when fed into the CNN after being converted into the grayscale image will perform comparatively well in case of dynamic changes in malware code as image samples will be changed by few pixels when classified based on a greyscale image. In this work, we used VGG-16 architecture of CNN for experimentation.

• 미생물학회지
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• 제50권3호
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• pp.245-248
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• 2014

Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 참다래 속(genus Actinidia) 식물에 궤양병을 일으키는 원인세균이다. 7개의 필수 유전자와 11개의 타입 III 효과기 유전자에 대한 다중염기서열 분석을 통해 전 세계 여러 곳에서 분리된 병원성 균주들은 세 그룹으로 나눌 수 있었고 각각 Psa1-Psa3 그룹으로 명명되었다. 본 연구에서는 3개의 Psa1, 3개의 Psa2 및 우리나라와 이탈리아에서 분리된 3개씩의 Psa3 균주 등 총 12 균주를 대상으로 그룹별 표현형을 비교하였다. 그 결과 모든 그룹의 균주가 $22^{\circ}C$ 이하에서 최대의 성장을 보였으며, Psa3 균주들은 $30^{\circ}C$ 이상의 온도에서 성장이 정지되었다. 또한 우리나라의 Psa3 균주의 지연기가 이탈리아 Psa3 균주 보다 긴 특징을 보였다. API 20NE 시험에서 Psa2 균주는 potassium gluconate, capric acid 및 trisodium citrate를 이용하지 못하는 점에서 Psa1과 Psa3 균주와 구별되었다. 다른 그룹과 달리 우리나라 Psa3 균주는 esculin을 가수분해할 수 있었다. API ZYM 시험에서는 Psa3에 속하는 균주들에서만 ${\beta}$-glucosidase 활성이 있는 것으로 나타났다. Psa 그룹에 따라 ampicillin, novobiocin 및 oleandomycin 등의 항생물질에 대한 민감성 양상이 서로 달랐다.

• Journal of Microbiology
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• 제41권2호
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• pp.165-168
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• 2003

We report a new PCNB-degrading strain (PCNB-2) that is able to utilize and grow on PCNB (100 ppm) as a sole carbon source. This strain was identified as Alcaligenes xylosoxidans based upon 16S rDNA sequence analysis, API 20 NE tests and cell membrane lipid analysis. The new PCNB degrader Alcaligenes xylosoxidans PCNB-2 could find use in bioremediation of PCNB, which is environmentally persistent.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2007년도 가을 학술발표논문집 Vol.34 No.2 (B)
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• pp.11-16
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• 2007

최근 컴퓨터를 이용한 유전자 해석 기술이 급속히 발전함에 따라 DNA서열분석도구의 필요성도 늘어나고 있다. 그러나 DNA서열분석에 필요한 데이터베이스는 다양한 형태의 포맷이 제공되어 지고 있고, 유전자 서열 데이터의 처리를 위한 애플리케이션에서도 서로 다른 양식의 포맷이 사용되고 있다. 이로 인해 다른 형태의 포맷이 필요한 경우 별도의 파서를 구현 하는 문제가 발생한다. 이러한 단점을 보안하는 하나의 방법으로 GenBank에서 제공되는 XML파일을 이용한 웹2.0 환경인 RIA(Rich Internet Application)개발방식을 제안한다. RIA개발방식은 XML파서와 XML을 처리할 수 있는 E4X(ECMAScript for XML)와 같은 API를 제공 하여 XML로 리턴 되는 데이터를 쉽게 처리하여 화면으로 보여준다.

• 한국수산과학회지
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• 제51권3호
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• pp.254-261
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• 2018

From 2014 to 2017, mortalities of seawater-cultured rainbow trout Oncorhynchus mykiss, were observed in the Goheung and Jeju areas of Korea, with Vibrio anguillarum (seven strains: RT1, 2, 3, 4, 5, 6, and 7) identified as the etiological agent. The phenotypic (based on API 20NE, API ZYM, and E-test kits), serotypic (slide agglutination tests with O1, O2, O3, O4, and O7 antisera), and genotypic (16S rRNA and ompU sequencing) characteristics of the seven RT strains were analyzed and compared to those of seven additional V. anguillarum stains (SF, isolated from sweet fish; FM, isolated from flathead mullet; ATCC43305; ATCC43311; ATCC43307; ATCC43308; and KCTC2711). The phenotypes of the RT strains showed variance, while the slide agglutination tests of the RT1-7, SF, and FM strains all showed positive reactions with serotype O1 antiserum. The 16S rRNA and ompU sequences of the RT1-7, SF, and FM strains were affiliated with V. anguillarum ATCC43305 (Serotype O1), but the ompU sequence of the SF strain differed from those of the RT1-7, FM, and ATCC43311 strains, including one amino acid substitution. We thus confirmed that serotype O1 V. anguillarum, with multiple phenotypes, continues to infect seawater-cultured rainbow trout in Korea.

• 한국식품과학회지
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• 제43권4호
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• pp.446-452
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• 2011

항균활성을 나타내는 야생형 유산균을 분리 동정하기 위하여 김치에서 480종의 유산균을 분리하였으며, S. enterica serovar Typhimurium, P. aeruginosa, B. subtilis에 대한 항균활성을 agar diffusion 법을 사용하여 검사하였다. 이들 중 항균활성을 나타내는 균주 340종에 대하여 multiplex PCR과 API 50CHL Kit을 이용한 생화학적 특성검사 및 16S rDNA sequencing을 통해 Lb. plantarum 169균주, Lb. fermentum 20균주, Lb. paracasei spp. paracasei 2균주, Lactobacillus 속 2균주와 Pediococcus 속 15균주를 동정하였다. 이들 균주 중 Lb. fermentum의 경우는 프로바이오틱스로서의 활성이 보고되고 있는 균으로 추가적인 연구가 필요하다고 사료된다.