• Genomics & Informatics
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• 제20권3호
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• pp.29.1-29.12
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• 2022

Several studies have shown associations between irinotecan toxicity and UGT1A genetic variations in colorectal and lung cancer, but only limited data are available for gastric cancer patients. We evaluated the frequencies of UGT1A polymorphisms and their relationship with clinicopathologic parameters in 382 Korean gastric cancer patients. Polymorphisms of UGT1A1*6, UGT1A1*27, UGT1A1*28, UGT1A1*60, UGT1A7*2, UGT1A7*3, and UGT1A9*22 were genotyped by direct sequencing. In 98 patients treated with irinotecan-containing regimens, toxicity and response were compared according to the genotype. The UGT1A1*6 and UGT1A9*22 genotypes showed a higher prevalence in Korean gastric cancer patients, while the prevalence of the UG1A1*28 polymorphism was lower than in normal Koreans, as has been found in other studies of Asian populations. The incidence of severe diarrhea after irinotecan-containing treatment was more common in patients with the UGT1A1*6, UGT1A7*3 and UGT1A9*22 polymorphisms than in controls. The presence of the UGT1A1*6 allele also showed a significant association with grade III-IV neutropenia. Upon haplotype and diplotype analyses, almost every patient bearing the UGT1A1*6 or UGT1A7*3 variant also had the UGT1A9*22 polymorphism, and all severe manifestations of UGT1A polymorphism-associated toxicity were related to the UGT1A9*22 polymorphism. By genotyping UGT1A9*22 polymorphisms, we could identify high-risk gastric cancer patients receiving irinotecan-containing chemotherapy, who would experience severe toxicity. When treating high-risk patients with the UGT1A9*22 polymorphism, clinicians should closely monitor them for signs of toxicity such as severe diarrhea or neutropenia.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제6권2호
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• pp.155-160
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• 2009

목 적: 자간전증은 인간의 임신 특이적 증후군으로 임신 기간 동안 감소된 자궁 관류 압에 의해 나타나는 태반 허열에 의해 시작된다. 자간전증은 염증성 싸이토카인의 비정상적인 발현과 연관되어 있는 것으로 알려져 있다. 싸이토카인 중 대표적인 종양 사멸 인자-알파(tumor necrosis factor-alpha; TNF-alpha)는 자간전증 여성에서 증가되는 것으로 보고되었다. 하지만 TNF-alpha 유전자 다형성과 자건전증 사이의 연관성에 관한 연구는 미비한 실정이다. 따라서 이번 연구에서는 TNF-alpha 유전자 프로모터 지역의 C-850T의 단일염기다형성을 한국인 자간전증 여성에서 확인하고 자간전증의 발달과의 연관성을 연구하고자 한다. 대상 및 방법: 이 유전자 다형성은 SNapShot kit와 ABI Prism3100 Genetic analyzer를 사용하여 198명의 자간전증 임산부와 194명의 정상 임산부의 말초 혈액에서 분석하였다. 결 과: C-850T 유전자형과 대립유전자 빈도는 자간전증 임산부와 정상 임산부 사이에 차이가 없었다. 유전자형인CC, CT, TT는 자간전증 임산부에서 각각 74.3%, 22.2%, 3.5% 였고, 정상 임산부에서 71.6%, 25.8%, 2.6%였다. 그리고 C와 T 대립유전자 빈도는 자간전증 임산부에서 각각 0.85, 0.15 였고 정상 임산부에서 0.84, 0.16였다. 자간전증 발생 위험도는 C-850T의 이종접합 유전자형(CT)이나 돌연변이 유전자형(TT)을 수반하는 그룹에서 증가되지 않았다. 결 론: 우리는 이번 연구에서 자간전증과 정상 임신부 사이에 C-850T의 유전자형과 대립유전자 빈도는 차이가 없음을 발견했다. 따라서 이번 연구는 TNF-alpha 유전자 다형성인 C-850T가 한국인 임신부의 자간전증 발생과 관련이 없을 가능성을 시사한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제19권5호
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• pp.627-631
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• 2006

The objective of this study was to evaluate the association of genetic differences in the bovine leptin gene and milk yield, reproduction, body condition score (BCS), and plasma glucose level in Iranian Holstein cows. In total, two hundred and thirty eight cows were used and genotyped for a restricted fragment length polymorphism at the leptin gene locus. Two genotypes, AA and AB, have been distinguished which have the frequencies of 0.89 and 0.11, respectively. The genotypes were distributed according to the Hardy - Weinberg equilibrium ($x^2$ = 0.733). During the first 12 wk of lactation, milk yield and composition, live weight, BCS and plasma glucose were measured in 50 cows. Data were analyzed based on a repeated measures ANOVA. During this period, milk yield and composition, live weight, BCS and plasma glucose level were similar among the genotypes. The first cumulative 60-d milk yield, 305-d milk yield, days to first breeding, days open and days from first breeding to conception using previous lactation records were also analyzed using Standard Least Square within mixed models. Fixed effects were year, season, parity and age at calving, and sire. For the reproductive traits the cumulative first 60-d milk yield was also added to the model. Animal was fitted as a random effect. A significant association was detected between the RFLP-AB genotype and 305-d milk yield (p<0.05). The first 60-d cumulative milk yield was similar for the two genotypes (p = 0.21) and tended to be higher in the heterozygous cows. The heterozygous genotypes at the above mentioned locus had a trend to better reproductive performance than the homozygous. The results demonstrate that the RFLP B-allele can yield a higher 305-d milk production with a trend to better reproductive performance.

• 생물정신의학
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• 제6권2호
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• pp.170-175
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• 1999

가족연구, 쌍생아연구, 양자연구 등은 정신분열병의 발생에 유전적 원인이 작용하고 있음을 보여주고 있으며, 생화학적 연구들은 도파민이 중요한 역할을 하는 것으로 보고하고 있다. 한편, tyrosine hydroxylase(TH)는 도파민의 생성에 속도제한효소로 중요한 작용한다. 따라서 본 연구에서는 TH의 유전적 다형성과 정신분열병의 발생, 임상아형 등과의 관련연구를 시행하였다. 환자군은 가톨릭대학교 강남성모병원에 입원하였던 환자중 정신장애 진단 및 통계를 위한 편람 III-R의 진단기준에 의하여 정신분열병으로 진단된 환자로 신경과 질환이나 다른 정신과적 질환이 없는 374명을 대상으로 하였으며, 대조군은 강남성모병원에서 근무하는 직원, 가톨릭대학교 의과대학생, 그리고 강남성모병원 건강진단센터를 방문한 사람중 지원자를 대상으로 하여 393명을 포함하였다. TH 대립유전자의 분포는 환자군과 대조군 사이에 유의한 차이를 보이지 않았으나, 환자군에서는 양성군인 경우 대립유전자 A형의 빈도가 음성군에 비해 높은 것으로 나타났다. 또한 대립유전자 A형을 가지고 있는 환자군은 A형을 가지고 있지 않은 환자군 보다 유의하게 양성증상점수가 높은 것으로 나타났다. 이상의 결과들은 정신분열병의 양성증상과 TH 대립유전자 A형이 관련되어 있음을 시사해 준다고 하겠다.

• 생명과학회지
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• 제20권5호
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• pp.703-709
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• 2010

Glucuronidation은 NNAL [4-(methylnitrosamno)-1-(3-pyridyl)-1-butanol]의 주요 pathway이며, UGT2B의 family인 UGT2B17 (UGT, uridine diphospho-glucuronosyltransferase) 유전자는 발암원의 glucuronidation에 관여 한다. UGT2B17 결손은 NNAL의 감소 수준과 특정 암에 있어 위험도를 증가시킨다. UGT2B17 유전자의 copy 수는 사람에서 개인별로 0~2로 다양하다. 본 연구에서는 UGT2B17 결손이 폐암의 위험도와 연관성을 가지는 가를 알아보기 위해 한국인인 271명의 대조군과 176명의 폐암환자의 샘플로 PCR 방법으로 CNV를 조사하였다. 그 결과, 현재까지 보고된 백인과 흑인에 비해 한국인에서 결실 대립형질이 현저히 높게 나타났다. 백인에서 유전자 두 개 모두가 결실된 0 copy 수가 약 10%를 나타낸 것에 비해, 본 연구의 한국인에서는 0 copy 수가 약 74%를 나타내었다. 더욱이 양 쪽 결실이 여성그룹에서 전반적으로 남성그룹에 비해 높게 나타났다. 그러나 UGT2B17 유전자가 CNV와 폐암과의 연관성은 찾을 수 없었다. 이러한 결과는 UGT2B17 유전자의 결실이 폐암의 감수성과는 연관되어 있지 않으나, UGT2B17 CNV 다형성이 인종간의 진화적 분석의 유용한 마커로 사용이 가능할 것으로 사료된다.

• 대한화학회지
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• 제50권2호
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• pp.123-128
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• 2006

혈관염이 특징적인 질환으로 구강궤양, 음부궤양, 안구염증과 관절, 피부, 중추신경계, 위장관 등 여러 장기를 침범할 수 있는 만성 염증성 질환이다. 베체트병의 발병원인이나 기전에 대해 확실히 밝혀지지는 않았으나 유전적인 소인이 있는 사람에서 감염 등 환경적인 요인이 면역 반응에 이상을 일으켜 질병의 여러 증상이 발현된다. 주조직복합체 (major histocompatibility complex, MHC)와 non-MHC gene등 다양한 유전자들이 베체트병의 병인으로 관여한다. 이 연구에서는 IL-6의 유전적 다형성이 한국인 베체트병의 감수성에 관여하는지를 확인하였다. 유전자 다형성은 VNTR (variable number of tandem repeat), RFLP (restriction fragment length polymorphism), DHPLC (denaturing high performance liquid chromatography) 방법을 이용하여 확인하였다. 실험 결과, 베체트 환자와 대조군에서 IL-6prom의 유전적 다형성은 관련성이 없었지만 IL-6vntr에서는 유전형과 대립형질의 빈도가 다르게 나타났다. IL-6vntr*C 대립유전자가 한국인 베체트병과 연관성이 높게 나타났다. 이런 결과를 확인하기 위해 앞으로 여러 집단과 다른 유전자의 연구가 필요하다.

• 수면정신생리
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• 제14권1호
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• pp.26-32
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• 2007

목 적：유전학에서 안지오텐신 전환 효소(Angiotensinconverting enzyme, ACE) 유전자 다형성에 대한 관심이 높아지면서, 정신과 영역에서는 ACE 유전자 다형성과 우울증, 우울증 치료 반응과의 연관성 등이 보고되어왔다. ACE 유전자가 인간의 다른 행동 특성과 연관이 있을 가능성이 있으며 본 연구에서는 건강한 한국인 대학생을 대상으로 기분과 행동의 계절성 변동과 ACE 유전자 다형성 사이에 유전학적 연관성이 있는지를 알아보고자 하였다. 방 법：이 연구는 297명의 의과대학 학생을 대상으로 하였으며 모든 대상자들은 주요 내과적 질환과 정신과적 질환을 가지고 있지 않았다. 대상자들에게서 ACE 유전자 다형성에 대한 유전자형 분석을 실시하였으며 계절성 양상 평가 질문지(Seasonal Pattern Assessment Questionnaire, SPAQ)를 이용하여 기분과 행동의 계절성 변동을 평가하였다. 결 과：세가지 ACE 유전자형에 따른 GSS 및 수면시간, 사회활동, 기분, 체중, 에너지 수준, 식욕의 계절성 척도를 살펴본 결과, 모든 항목에서 통계적으로 유의한 차이는 나타나지 않았다. 겨울형 계절성군, 여름형 계절성군, 비계절성군에서 ACE 유전자형의 빈도와 대립유전자 빈도를 비교한 결과에서는 겨울형 계절성군에서 세가지 유전자형의 빈도에 통계적으로 유의한 차이가 있었다($x^2=6.79$, p=0.034). 또한 겨울형 계절성군에서 D 대립유전자를 보유한 경우(D+)와 D 대립유전자를 보유하지 않은 경우(D-)의 빈도에 통계적으로 유의한 차이가 있는 것으로 나타났다($x^2=6.59$, p=0.010；odds ratio [OR]=2.27, 95% confidence interval [CI] 1.20-4.28). 결 론：이 연구결과는 ACE 유전자형이 기분과 행동의 계절성 변동과 연관되어 있을 가능성을 시사하는 것이다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권11호
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• pp.4633-4639
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• 2015

Background: Previous studies suggested that the H63D and C282Y polymorphisms in the HFE genes were susceptible to many cancer types, nevertheless, the present results were inconclusive. Thus, the present study was aimed to evaluate the association between the HFE polymorphisms (H63D and C282Y) and cancer risk via meta-analysis. Materials and Methods: We retrieved PubMed, Google Scholar, Embase and Web of Science databases for all eligible studies up to April 1, 2015. All the statistical analysis was conducted by STATA 12.0. Results: Finally, a total of 20 publications including 24 case-control studies, comprising 6,524 cases and 31,080 controls for HFE-C282Y polymorphism and 19 publications including 21 case control studies, comprising 5,648 cases and 14,257 controls for HFE-H63D polymorphism were enrolled in our analysis. An increased risk for overall cancer risk was identified in HFE-H63D polymorphism under allele contrast (D vs H: OR=1.153; 95%CI=1.031-1.289, Pheterogeneity=0.002), homozygotes vs wide type (DD vs HH: OR=1.449; 95%CI=1.182-1.777, Pheterogeneity=0.391), dominant model (DD+HD vs HH: OR=1.145; 95%CI=1.007-1.301, Pheterogeneity=0.002) and recessive model (DD vs HD+HH: OR=1.416 ; 95%CI=1.156-1.735, Pheterogeneity=0.549), as well as HFE-C282Y under homozygotes vs wide type (YY vs CC: OR=1.428, 95%CI=1.017-2.006, Pheterogeneity=0.220). In addition, in the stratified analysis by cancer type, an increased risk was identified in hepatocellular carcinoma and breast cancer in C282Y polymorphism, as well as pancreatic cancer in H63D polymorphism, whereas a decreased risk of colorectal cancer was identified in C282Y polymorphism. Conclusions: Present study suggested that H63D and C282Y polymorphisms associated with an increased risk of overall cancer. Nevertheless, well-designed study with large sample size will be continued on this issue of interest.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권1호
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• pp.399-403
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• 2013

Background: Several studies have reported the role of the miR-146a rs2910164 G > C polymorphism as a susceptibility factor for several digestive cancers. However, the results have been controversial. Therefore, we conducted the present meta-analysis to obtain the most reliable estimate of the association. Methods: PubMed, Embase and Web of Science databases were searched. Crude odds ratios (ORs) with 95% confidence intervals (CIs) were extracted and pooled to assess the strength of the association between miR-146a rs2910164 G > C polymorphism and digestive cancer risk. A total of four eligible studies including 3,447 cases and 5,041 controls based on the search criteria were included. Results: We observed that miR-146a rs2910164 G > C polymorphism was not significantly correlated with digestive cancer risks when all studies were pooled into the meta-analysis. While we found that miR-146a rs2910164 polymorphism was not associated with gastric cancer, it was significantly linked with hepatocellular cancer risk (the homozygote codominant model: OR = 1.40, 95% CI = 1.04-1.87). In the stratified analysis by ethnicity, significant associations were observed in Chinese population for the allele contrast model (OR = 1.25; 95% CI = 1.12-1.38), for the homozygote codominant model (OR = 1.62; 95% CI = 1.28-2.04), and for the recessive model (OR = 1.38; 95% CI = 1.16-1.64). However, studies with Asian groups presented no significant association for all genetic models. Conclusions: This meta-analysis suggests that the miR-146a rs2910164 G > C polymorphism is a low-penetrant risk factor for digestive cancers in Chinese.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권1호
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• pp.299-304
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• 2014

Cholangiocarcinoma (CCA), a malignancy of biliary duct with a very poor prognosis, is the leading cause of cancer death in countries of the Mekong subregion. Liver fluke infection is the main etiological factor, but genetic variation has been recognized as also important in conferring susceptibility to CCA risk. Nuclear factor (erythroid derived 2)-like 2 (NRF2) is a key transcription factor in detoxification and antioxidant defense. Emerging evidence has demonstrated that genetic polymorphisms in the NRF2 gene may be associated with cancer development. The objectives of this study were to investigate the association of NRF2 genetic polymorphism with CCA risk and to evaluate the influence of the NRF2 genotype on survival time of affected patients. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the NRF2 gene, including rs6726395: A/G, rs2886161: C/T, rs1806649: C/T, and rs10183914: C/T, were analyzed using TaqMan$^{(R)}$ SNP genotyping assays. Among 158 healthy northeastern Thai subjects, the allele frequencies were 41, 62, 94, and 92%, respectively. The correlation of NRF2 SNPs and CCA risk was analyzed in the 158 healthy subjects and 198 CCA patients, using unconditional logistic regression. The results showed that whereas the NRF2 SNPs were not associated with CCA risk (p>0.05), Kaplan-Meier analysis of 88 intrahepatic CCA patients showed median survival time with rs6726395 genotypes of GG and AA/AG to be $344{\pm}138$ (95%CI: 73-615) days and $172{\pm}37$ (95%CI: 100-244) days, respectively, (p<0.006). On multivariate Cox proportional hazard analysis, the GG genotype of rs6726395 was found to be associated with longer survival with a hazard ratio of 0.54 (95%CI: 0.31-0.94). In addition, non-papillary adenocarcinoma was associated with poor survival with a hazard ratio of 2.09 (95%CI: 1.16-3.75). The results suggest that the NRF2 rs6726395 polymorphism can be a potential prognostic biomarker for CCA patients.