• 한국미생물·생명공학회지
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• 제45권2호
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• pp.168-177
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• 2017

Strain A28-5는대한민국 제주도 연안의 해수샘플로부터 고체배지내 xylan과 agar를 분해하는 균주로 분리되었다. Strain A28-5는그람 음성균으로 한 개의 polar flagella로 운동성을 갖는 $Na^+$ 이온 요구성 균주로 분석되었다. 또한 ampilcillin과 thiostreptone 등의 항생제에 내성을 보였다. Genome 내 G+C content는 43.96%이고, Menaquinone-7 (MK-7)을 predominant quinone으로 함유하고 있었다. Strain A28-5의 세포벽을 구성하는 주요 지방산은 $C_{16:1}$ ${\omega}7c/iso-C_{15:0}$ 2-OH (23.32%), $C_{16:0}$ (21.83%), $C_{18:1}$ ${\omega}7c$ (17.98%)였다. strain A28-5의 16S rRNA gene sequence는 Catenovulum agarivorans YM01와 가장 높은 상동성(98.94%)을 보였으며, Neighbor-Joining phylogenetic tree 제작을 통해서 Catenovulum agarivorans YM01와 가장 높은 근연관계를 보이는 것을 증명하였다. Catenovulum agarivorans YM01과의 DNA-DNA hybridization 분석을 통하여 A28-5을 Catenovulum 속의 신종으로 분류하여Catenovulum jejuensis A28-5로 명명하였다. 이 균주의 액체배양으로부터 준비된 두 종류의 조효소를 이용한 xylan 또는 agarose와의 효소반응액을 Thin layer chromatography로 분석하여 각각 tetramer와 hexamer의 xylooligosaccharides와 (neo)agarooligosacchardes가 생산되는 것을 확인하였다.

• 식물병연구
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• 제28권4호
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• pp.248-251
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• 2022

2022년 10월 충청남도 예산군(36°40'12.7"N, 126°51'36.4"E)에서 좀돌팥 흰가루병을 조사하였다. 병징은 주로 잎의 앞면에 발생하였으며 뒷면에는 흰가루병이 약하게 발병하였다. 흰가루병의 자낭구는 잎의 뒷면에서 확인하였다. 흰가루병균 무성세대 및 유성세대의 형태적 특징과 더불어 internal transcribed spacer rDNA, 28S large subunit 염기서열을 계통분석한 결과, 흰가루병균은 Podosphaera xanthii로 동정되었다. 이는 한국에서 Podosphaera xanthii에 의한 좀돌팥 흰가루병을 처음으로 보고한다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제62권1호
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• pp.85-97
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• 2024

This study aimed to describe the morphological and molecular characteristics of Paralecithodendrium longiforme (Digenea: Lecithodendriidae) adults and cercariae isolated in Thailand. Adult flukes were isolated from the Chinese pipistrelle bat (Hypsugo sp.), and cercariae were detected in the viviparid snail (Filopaludina martensi martensi) from Chiang Mai province. The morphological characteristics were observed and described using conventional methods, and the molecular characteristics with internal transcribed spacer 2 (ITS2) and 28S rDNA gene sequences. The adult flukes were fusiform, 0.84-0.98 mm in length, and 0.37-0.49 mm in width, and were distinguishable from other species by the presence of longitudinal uterine coils. The cercariae were nonvirgulate xiphidiocercariae, with the oral sucker bigger than the acetabulum, the tail without fin fold, a body size of 117.5-138.3×48.3-52.2 ㎛, and a tail size of 100.7-103.7×15.0-18.9 ㎛. Molecular studies revealed that the adults and cercariae shared 99.3% (ITS2) and 99.6% (28S rDNA) homology with each other. They were phylogenetically close to P. longiforme with an identity of 94.5% for ITS2 and 98.7% for 28S rDNA. This study provides new information on the natural definitive host and first intermediate host of P. longiforme in Thailand. The discovery of its cercarial stage in Filopaludina snails highlights the importance of monitoring the associated second intermediate host and prevention and control of this potentially zoonotic trematode.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제28권2호
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• pp.178-183
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• 2003

The purpose of this study was to investigate the frequency of 7 putative pathogens in endodontic infections. The specimens were collected from infected pulpal tissue of patients who were referred for root canal treatment to the department of conservative dentistry, Chosun University Samples were collected aseptically using a barbed broach and a paper point. The cut barbed broaches and paper points were transferred to an eppendorf tube containing 500 ml of 1 X PBS. DNAs were extracted from the samples by direct DNA extraction method using lysis buffer (0.5% EDTA, 1% Triton X-100). Identification of 7 putative pathogens was performed by PCR based on 16S rDNA. The target species were as follows : Porphyromonas endodontalis, Porphyromonas gingivalis, Prevotella intermedia, Prevotella nigrescens, Bacteroides forsythus, Actinobacillus actinomycetemcomitans, and Treponema denticola. Our data revealed that the prevalence of P. endodontalis was found in 88.6% (39/54), P. ginivalis 52.3% (23/44), P. nigrescens 18.2% (8/44), P intermedia 15.9% (7/44) B. forsythus 18.2% (8/44), A. actinomycetemcomitans 3.3% (1/44), T. denticola 25% (l1/44) of the samples. The high prevalence of P. endodontalis and P. ginivalis suggests that they may play an important role in the etiology of endodontic infections.

• Mycobiology
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• 제40권2호
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• pp.94-99
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• 2012

During an investigation of fungi from an elm tree infested with bark beetles in Korea, one isolate, DUCC401, was isolated from elm wood. Based on morphological characteristics and phylogenetic analysis of the internal transcribed spacer and 28S rDNA (large subunit) sequences, the isolate, DUCC401, was identified as Mariannaea samuelsii. Mycelia of the fungus grew faster on malt extract agar than on potato dextrose agar and oatmeal agar media. Temperature and pH for optimal growth of fungal mycelia were 25oC and pH 7.0, respectively. The fungus demonstrated the capacity to degrade cellobiose, starch, and xylan. This is the first report on isolation of Mariannaea samuelsii in Korea.

• The Korean Journal of Ecology
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• 제28권3호
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• pp.129-134
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• 2005

금강호에서 이화학적 수질과 미생물학적 수질을 월별로 측정하고, 조시기간 중 분리된 60균주에 대하여 16S rDNA를 증폭하고 부분석인 염기 서열 분석을 통하여 계통분류학적 분석을 하였다. 측정 결과 조사기간 중 수온은 $2\sim30.8^{\circ}C$, pH $3.9\sim9.14$, DO는 $5.04\sim14.95\;mg\;l^{-1}$의 범주에서 변화하였다. BOD와 무기영양염류($NH_4$-N, $NO_2$-N, $NO_3$-N, $PO_4$-P)의 농도는 금강 중류지역에 비해 비교적 낮은 값을 나타냈다. 종속영양세균과 총대장균군의 균체수 변화는 각각 $4.1{\pm}1.0{\times}10^2\sim6.7{\pm}1.1\times10^3\;cfu\;ml^{-1}$와 $0{\sim}2.3{\pm}0.6{\times}10^2\;cfu\;ml^{-1}$의 범주에서 변화하였다. 생리적 특성균으로 단백질 분해 세균, 전분 분해 세균, 지방분해 세균 및 셀룰로스 분해 세균의 분포를 측정하였다. 조사기간 중 셀룰로스 분해 세균이 다른 생리적 특성균에 비해 비교적 높은 값을 나타냈다. 분리된 60 균주는 16S rDNA 분석 결과 우점속은 Pseudomonas 속 20 균주로 나타났다.

• Mycobiology
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• 제33권2호
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• pp.109-112
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• 2005

The internal transcribed spacer (ITS) regions including the 3'-end of 18S rRNA gene, 5.8S rRNA gene and the 5'-end of the 28S rRNA gene of Rhizopus spp. were amplified by PCR and analyzed by DNASIS program. Length polymorphism of these region ranged from 564 bp in R. oryzae to 789bp in R. stolonifer. The length and sequence of 5.8S was very conserved with $154{\sim}155\;bp$. The sequence of ITS2 was more variable than that of ITS1. The base substitution rates were ranged from 0 to 0.6069 per site, and higher rate was found in R. stolonifer. In general, transition was usually more frequent than transversion. On the basis of sequencing results, four groups were clustered with value of 61.9% similarity; R. oryzae, R. micros pores, R. homothallicus, and R. stolonifer groups.

• 한국약용작물학회지
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• 제28권5호
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• pp.325-330
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• 2020

Background: Dried tuberous roots of Cynanchum wilfordii are known to relieve menopause symptoms. However, the dried roots of C. wilfordii are morphologically similar to those of C. auriculatum, which makes it difficult to distinguish when used as a medicine. Various comparative studies have focused on chemical or molecular analysis of these roots. However, the differences between the two species at the cytogenetic level based on chromosome structure and composition remain to be elucidated. Methods and Results: For chromosome slides, the roots were fixed in 8-hydroxyquinoline, digested with enzyme mixture, and spread on slides. 5S and 45S rDNA were used as cytogenetic markers for the analysis of nuclear genomes by FISH. The chromosome number of the two species was 2n = 22, with a relatively short length, 1.13 ㎛ - 4.24 ㎛ and 1.00 ㎛ - 3.42 ㎛ with respect to each other. Both species represent one pair of 5S and 45S rDNA signal on chromosome 1, at the proximal region and peri-centromeric region, respectively. Conclusions: These preliminary cytogenetic data using FISH in C. wilfordii and C. auriculatum could be valuable for the comprehension of Cynanchum genome history.

• 생명과학회지
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• 제28권9호
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• pp.1118-1126
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• 2018

본 논문은 양식 어류에게 많은 경제적 피해를 입히고 있는 다양한 어류질병세균 중에서 연쇄구균증에 대한 일반적인 특성과 종류, 진단 방법에 대하여 기존에 연구 보고된 논문을 기반으로 알아보고자 한다. 대표적인 어류연쇄구균증의 원인체로는 Lactococcus garvieae, Streptococcus iniae, S. parauberis가 있다. 연쇄구균증에 감염 시 나타나는 증상으로는 체색변화, 안구이상, 아가미 퇴색, 출혈, 복부팽만, 신장과 비장의 종대 등의 보이다 폐사가 일어난다. 또한 수온이 상승하는 6월부터 10월까지 주로 일어나며 집단적으로 발병하여 폐사가 일어난다. 현재 연쇄구균증을 진단하기 위한 기술로는 16S rRNA, 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR), Random Amplified polymorphic DNA (RAPD), Ribotyion (RT), Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) 등이 있다. 이중에서 현장에서 적용 가능성이 높은 LAMP법이 각광을 받고 있지만 결과 확인 등의 문제로 인하여 현재는 어려움을 겪고 있는 실정이다. 이에 현장에서 진단부터 결과 확인까지 손쉽게 사용할 수 있도록 문제점을 보완하면 연쇄구균증에 대한 경제적 손실을 최소화 할 것으로 사료된다.

• 한국균학회지
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• 제46권1호
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• pp.1-8
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• 2018

국내에 보고되지 않은 3종의 균류가 담수환경으로 부터 분리되었다. NNIBRFG108은 강원도 삼척의 담수침전식물체에서 분리되었고, NNIBRFG1139와 NNIBRFG1480은 경북 김천과 제주지역의 토양으로부터 분리되었다. 형태적 특징 및 internal transcribed spacers (ITS), 18S rDNA, 28S rDNA 및 ${\beta}$-tubulin 유전자를 이용한 분자계통학적 분류를 통해 동정한 결과, NNIBRFG108, NNIBRFG1139, NNIBRFG1480 균주는 각각 Didymella segeticola, D. ellipsoidea 및 D. aeria으로 확인되었다. 이는 국내에서는 발견되지 않은 미기록종으로 본 보고가 국내 최초이다.