• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권9호
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• pp.1584-1589
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• 2008

Although resistance of Helicobacter pylori to clarithromycin is a major cause of failure of eradication therapies, little information is available regarding gene mutations of clarithromycin-resistant primary and secondary H. pylori isolates in Korea. In the present study, we examined gene mutations of H. pylori 238 rRNA responsible for resistance to clarithromycin. DNA sequences of the 238 rRNA gene in 21 primary clarithromycin-resistant and 64 secondary clarithromycin-resistant strains were determined by PCR amplification and nucleotide sequence analyses. Two mutations of the 238 rRNA gene, A2143G and T2182C, were observed in primary clarithromycin-resistant isolates. In secondary isolates, dual mutation of A2143G+T2182C was frequently observed. In addition, A2143G+T2182C+ T2190C, A2143G+T2182C+C2195T, and A2143G+T2182C+A2223G were observed in secondary isolates. Furthermore, macrolide binding was tested on purified ribosomes isolated from T2182C or A2143C mutant strains with $[^{14}C]$erythromycin. Erythromycin binding increased in a dose-dependent manner for the susceptible strain but not for the mutant strains. These results indicate that secondary isolates show a greater variety of 238 rRNA gene mutation types than primary isolates, and triple mutations of secondary isolates are associated with A2143G+T2182C in H. pylori isolated from Korean patients.

• Asian Journal of Atmospheric Environment
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• 제5권3호
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• pp.164-171
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• 2011

This work focuses on the analysis of bioaerosols in the atmosphere at higher altitudes over Noto Peninsula, Japan. We carried out direct sampling via aircraft, separated cultures, and identified present isolates. Atmospheric bioaerosols at higher altitudes were collected using a Cessna 404 aircraft for an hour at an altitude of 3,500 m over the Noto Peninsula. The aircraft-based direct sampling system was devised to improve upon the system of balloon-based sampling. In order to examine pre-existing microorganism contamination on the surface of the aircraft body, bioaerosol sampling was carried out just before takeoff using the same method as atmospheric sampling. Identification was carried out by a homology search for 16S or 18S rDNA isolate sequences in DNA databases (GenBank). Isolate sampling just before takeoff revealed Stretpomyces sp., Micrococcus sp., and Cladosporium sp. One additional strain, Bacillus sp., was isolated from the sample after bioaerosol collection at high altitude. As the microorganism contamination on the aircraft body before takeoff differed from that while in the air, the presence of additional, higher atmosphere-based microorganisms was confirmed. It was found that Bacillus sp. was floating at an altitude of 3,500 m over Noto Peninsula.

• 한국균학회지
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• 제40권4호
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• pp.254-257
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• 2012

경기도 지방의 된장 시료로부터 악취감소 효과 미생물 중에서 효모가 분리되었으며 rDNA염기서열분석에 의하여 Pichia farinosa로 동정 되었다. 공시균주 P. farinosa NASS-2로 대량배양조건 확립 및 미생물처리제를 제조하였다. 분리한 효모로 제조한 악취저감효과 처리제의 실내 시험결과 돈분에 미생물제를 처리하고 15일 경과 후 악취가스 감소율을 조사한 결과, 암모니아가스($NH_3$ gas)는 처리 전 19.49 ppm에서 처리 후는 1.38 ppm으로, 황화수소가스($H_2S$ gas)는 처리 전 5.89 ppb에서 처리 후는 0.32 ppb으로 감소하는 효과를 나타내었다. 일반적으로 박테리아가 악취저감효과 미생물로 사용되고 있으나 본 연구에서 사용한 된장에서 분리한 효모 특히 산막효모인 P. farinosa NASS-2의 악취효과(암모니아가스, 황화수소 가스)는 처음 보고이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제52권5호
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• pp.471-478
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• 2014

Trichomonad species inhabit a variety of vertebrate hosts; however, their potential zoonotic transmission has not been clearly addressed, especially with regard to human infection. Twenty-one strains of trichomonads isolated from humans (5 isolates), pigs (6 isolates), rodents (6 isolates), a water buffalo (1 isolate), a cow (1 isolate), a goat (1 isolate), and a dog (1 isolate) were collected in Indonesia and molecularly characterized. The DNA sequences of the partial 18S small subunit ribosomal RNA (rRNA) gene or 5.8S rRNA gene locus with its flanking regions (internal transcribed spacer region, ITS1 and ITS2) were identified in various trichomonads; Simplicimonas sp., Hexamastix mitis, and Hypotrichomonas sp. from rodents, and Tetratrichomonas sp. and Trichomonas sp. from pigs. All of these species were not detected in humans, whereas Pentatrichomonas hominis was identified in humans, pigs, the dog, the water buffalo, the cow, and the goat. Even when using the high-resolution gene locus of the ITS regions, all P. hominis strains were genetically identical; thus zoonotic transmission between humans and these closely related mammals may be occurring in the area investigated. The detection of Simplicimonas sp. in rodents (Rattus exulans) and P. hominis in water buffalo in this study revealed newly recognized host adaptations and suggested the existence of remaining unrevealed ranges of hosts in the trichomonad species.

• 한국균학회지
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• 제40권4호
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• pp.187-190
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• 2012

다양한 향미를 가진 막걸리의 개발을 위해 전통누룩으로부터 분리한 곰팡이로 입국을 제조한 후 품질특성을 분석하여 입국의 규격에 적합하며 이취가 없고 관능이 우수한 9균주를 입국 제조용 우수균주로 최종 선발하였다. 선발된 균주는 Aspergillus oryzae(C1-5-2-2, C20-7-3, CN1.3.1-4, CN16.19.1-1, N152-1, N220-1), Mycocladus corymbiferus(N162-2), Rhizopus oryzae(N20), Lichtheimia corymbifera(N21)로 동정되었으며, 제조한 입국의 산도는 5.0~6.8, 당화력은 128~241sp이었다.

• 한국어병학회지
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• 제28권2호
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• pp.79-85
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• 2015

동해안에서 어획된 청자갈치 (Bothrocara hollandi)의 체측 근육에 유백색의 불투명한 시스트를 형성하고 있는 점액포자충이 발견되었다. 시스트를 마쇄하여 광학현미경으로 관찰해본 결과, 원형에 가까운 점액포자충의 성숙 포자가 관찰되었다. 성숙 포자의 평균 길이는 $11.9(11.0{\sim}13.5){\mu}m$, 평균 폭은 $11.6(10.7{\sim}13.6){\mu}m$, 평균 두께는 $7.8(6.9{\sim}8.8){\mu}m$이었다. 극낭의 평균 길이는 $4.4(3.2{\sim}5.3){\mu}m$이었으며, 평균 폭은 평균 $3.3(2.4{\sim}4.2){\mu}m$이었다. 감염숙주와 성숙포자의 형태학적 특징, 각 부위의 측정값으로부터 본 연구에서 발견된 점액포자충은 Myxobolus aeglefini Auerbach 1906으로 동정하였다. 또한 18S rDNA sequences를 이용한 계통분석 결과 M. albi와 M. groenlandicus와 같은 분지에 속하는 것이 확인되었으며 각각 97.7%와 96.9%의 상동성을 나타내었다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제4권2호
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• pp.155-160
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• 2001

목적: H. pylori의 vacA 대립유전자는 종족과 지역에 따라 다양하게 나타나고 있다. 저자들은 H. pylori에 감염된 소아의 위생검조직에서 vacA 대립 유전자에 대한 중합효소연쇄반응과 유전자염기분석을 실시하여 한국의 signal sequence와 mid-region의 다형성 및 고유의 시발체를 연구하고자 하였다. 방법: 상부 위내시경을 시행한 후 H. pylori 감염으로 진단된 10~18세 50명의 환아를 대상으로 위생검조직을 이용하여 vacA 대립유전자에 대한 PCR과 DNA 분석을 실시하였다. 이들 결과와 다른 나라의 vacA 대립유전자를 비교분석하였고 우리나라의 고유한 염기배열을 갖는 시발체를 제작하였다. 결과: 1) 서구의 시발체를 사용한 50명 중 30명(60%)에서 모두 s1이 검출되었고 이중 s1a가 14명, s1c 15명, s1a/s1c hybrid가 한 명이었으며 s1b는 발견되지 않았다. s1c/m1이 가장 많은 형이었다. 2) 우리 나라에 공통으로 발견되는 염기변이가 s1a에서는 GGGAGCGTTR, s1c는 GGGGYTATTG 이었으며 이들을 이용하여 새로운 시발체를 고안하였다(VASK-F, VASK-R, S1AK-F, S1CK-F). 새로이 제작된 시발체로 처음의 50개 조직을 재검한 결과 50개 모두에서 s region이 양성이었다. 결론: 우리 나라의 주된 vacA 대립유전자형조합은 s1c/m1이었고, vacA signal sequence의 한국 고유의 시발체를 만들었음을 보고하는 바이다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권4호
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• pp.445-452
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• 2016

야외에서 채집된 멸강나방(Mythimna separata) 유충 및 번데기로부터 우화한 기생파리를 NCBI 데이터베이스에 등록되어 있는 유전자 염기서열 정보(16S, 18S, 28S 그리고 CO I)와 비교하여 긴등기생파리(Exorista japonica)로 동정하였다. 긴등기생파리의 알부터 성충우화까지 발육 기간을 담배거세미나방(Spodoptera litura) 5~6령 유충을 숙주 곤충으로 하여 7개 항온조건(16, 19, 22, 25, 28, 31, $34{\pm}1^{\circ}C$)에서 조사하였고 온도에 따른 발육율과 발육완료 모델들의 매개변수들을 추정하였다. $34^{\circ}C$를 제외한 다른 항온 조건에서 알부터 성충우화까지 발육이 가능하였다. 알부터 번데기까지 발육 기간을 보면 $16^{\circ}C$(23.4일)에서 가장 길었고 $34^{\circ}C$(8.3일)에서 가장 짧았으나, 번데기부터 성충까지 발육기간은 $28^{\circ}C$(7.3일)에서 가장 짧았다. 알부터 성충우화까지 전체 발육 기간은 $31^{\circ}C$에서 16.3일로 가장 짧았고 $16^{\circ}C$에서 45.4일로 가장 길었으며 온도가 상승함에 따라 발육기간은 짧아졌다. 선형 발육율 모델을 이용하여 추정한 알부터 성충우화까지 발육영점온도와 유효적산온도는 각각 $7.8^{\circ}C$, 370.4DD 였다. 4개 비선형 발육율 모델(Briere 1, Lactin 2, Logan 6, Performance) 중에서는 Briere 1 모델($r^2_{adj}=0.96$)이 가장 높은 해석력을 보여주었다. 동일 연령 집단의 발육완료 분포를 설명하기 위해 사용된 3개 모델(2-parameter Weibull, 3-parameter-Weibull, Sigmoid)은 모두 같은 결정력($r^2_{adj}=0.90$)을 보였다.

• 한국수산과학회지
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• 제52권1호
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• pp.67-73
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• 2019

We presented detailed morphological descriptions of the eggs, larvae and juvenile of Acanthaphritis unoorum based on specimens collected with bongo nets from Korean waters during the period May 2017-July 2018. We collected 18 individuals including eggs (n= 4, 0.77-0.85 mm in egg diameter), preflexion larvae (n= 6, 4.11-6.31 mm in standard length, SL), flexion larvae (n= 4, 6.60-7.82 mm SL), postflexion larvae (n= 3, 8.94-13.46 mm SL), and one juvenile (n= 1, 14.67 mm SL). The mitochondrial (mt) DNA 16S rRNA sequences of the eggs, and the cytochrome c oxidase subunit I (COI) sequences of the larvae were identical to those of A. unoorum adults (genetic distances <0.01). The A. unoorum larvae and the juvenile that we collected were morphologically similar to those of Dactylopsaron dimorphicum, but the A. unoorum specimens were readily distinguishable by the presence of lateral melanophores. This is the first record of A. unoorum in Korean waters. We propose a new Korean name for A. unoorum: "O-ri-bu-ri-nuntung-i".

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권7호
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• pp.1290-1297
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• 2008

To investigate the diversities of Accumulibacter phosphatis and its polyhydroxyalkanoate (PHA) synthase gene (phaC) in enhanced biological phosphorus removal (EBPR) sludge, an acetate-fed sequencing batch reactor was operated. Analysis of microbial communities using fluorescence in situ hybridization and 16S rRNA gene clone libraries showed that the population of Accumulibacter phosphatis in the EBPR sludge comprised more than 50% of total bacteria, and was clearly divided into two subgroups with about 97.5% sequence identity of the 16S rRNA genes. PAO phaC primers targeting the phaC genes of Accumulibacter phosphatis were designed and applied to retrieve fragments of putative phaC homologs of Accumulibacter phosphatis from EBPR sludge. PAO phaC primers targeting $G_{1PAO},\;G_{2PAO},\;and\;G_{3PAO}$ groups produced PCR amplicons successfully; the resulting sequences of the phaC gene homologs were diverse, and were distantly related to metagenomic phaC sequences of Accumulibacter phosphatis with 75-98% DNA sequence identities. Degenerate NPAO (non-PAO) phaC primers targeting phaC genes of non-Accumulibacter phosphatis bacteria were also designed and applied to the EBPR sludge. Twenty-four phaC homologs retrieved from NPAO phaC primers were different from the phaC gene homologs derived from Accumulibacter phosphatis, which suggests that the PAO phaC primers were specific for the amplification of phaC gene homologs of Accumulibacter phosphatis, and the putative phaC gene homologs by PAO phaC primers were derived from Accumulibacter phosphatis in the EBPR sludge. Among 24 phaC homologs, a phaC homolog (GINPAO-2), which was dominant in the NPAO phaC clone library, showed the strongest signal in slot hybridization and shared approximately 60% nucleotide identity with the $G_{4PAO}$ group of Accumulibacter phosphatis, which suggests that GINPAO-2 might be derived from Accumulibacter phosphatis. In conclusion, analyses of the 16S rRNA and phaC genes showed that Accumulibacter phosphatis might be phylogenetically and metabolically diverse.