• 한국어류학회지
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• 제25권3호
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• pp.149-156
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• 2013

우리나라 망둑어과 어류 중 말뚝망둥어아과에 속하며 형태학적으로 흡사한 짱뚱어 (B. pectinirostris)와 남방짱뚱어(S. gigas)를 대상으로 12S rRNA, 16S rRNA 및 mitochondria cytochrome b 유전자의 염기서열 분석을 통해, 종내 및 종간의 분자유전학적 특성을 파악하고자 하였다. 짱뚱어 종내 개체간 유전적 차이를 밝히기 위해 mitochondria내에 3가지 유전자를 분석한 결과, 순천지역과 군산지역간의 염기서열은 12S rRNA는 총 434 bp (base pair)의 염기서열을 얻었으며 이를 비교 분석한 결과, 순천지역과 군산지역의 집단 간에는 100% 동일한 염기서열을 보였고, 16S rRNA 유전자는 총 484 bp의 염기서열 중 99.6%의 차이로 단지 2 bp가 치환된 것으로 나타났고, mitochondria cytochrome b 유전자의 경우, 444 bp의 염기서열을 얻었으며 두 지역 간 염기서열은 100%의 일치도를 보였다. 한국산 짱뚱어를 대상으로 한 동일한 종내에서 서식지 (서해, 남해)에 따른 유전적 차이나 지리적 거리의 차이가 있을 것으로 예상하였으나 이상의 3가지 유전자를 비교해 본 결과를 종합해 보면, 종내 개체 변이와 지역별 변이는 일어나지 않은 것으로 밝혀졌다. 또한 짱뚱어와 남방짱뚱어 2종간 비교 (inter-species)에서는 순천지역 짱뚱어와 해남지역 남방짱뚱어를 12S rRNA 유전자와 16S rRNA 유전자 및 mitochondria cytochrome b 유전자 염기서열을 비교 분석한 결과, 각각 96.1% (17 bp), 94.0 (29 bp), 그리고 82.9% (76 bp)로 나타나 두 종의 유전학적 차이는 크게 나타났다. 따라서 본 연구에서 나타난 짱뚱어와 남방짱뚱어 두 종간에 3.9~17.1%를 보여 서로 다른 종으로 볼 수 있을 것으로 사료되었다.

• 미생물학회지
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• 제41권2호
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• pp.125-128
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• 2005

S. chungbukensis DJ77로부터 16S rRNA유전자의 염기서열을 분식하였다. 염기서열은 총 1,502 bp로 2000 년에 등록된 부분 서열(1,435 bp)보다 5' 방향과 3' 방향으로 29 bp와 37 bp 길이만큼 각각 확장하였으며, 1 bp가 추가로 삽입되었다. E. coli의 16S rRNA유전자를 모델로 이차구조를 제작하였으며, 네 부위가 특이적임을 발견하였다. Sphnigomonas spp.의 16S rRNA 서열과 S. chungbukensis DJ77의 다중서열검색 결과, Sphingomonas종에서만 나타나는 보존부위와 가변부위를 발견할 수 있었다. 특히, Campylobacter jejuni에서만 나타나는 것으로 알려진 긴 stem loop구조가 서열은 조금 다르지만 구조적 일치를 보이는 유사한 구조를 S. chungbukensis DJ77에서도 발견하였다. 결과적으로, 다중서열검색을 통해 제작한 계통수와 nucleotide signatures분석에 근거하여 S. chugukensis DJ77을 cluster II (Sphingobium)로 분류하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제39권2호
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• pp.97-103
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• 2011

GC-1과 GC-4로 명명된 두 종의 그람 양성 박테리아가 제주도 연안해수로부터 동정되었다. 이 두 균주는 16S rRNA 유전자 염기서열 분석과 생리적 특성 분석결과를 토대로 Bacillus 속의 박테리아로 규명되었다. 균주 GC-1의 16S rRNA 유전자 염기서열은 B. tequiliensis와 B. subtilis subsp. inaquosorum의 16S rRNA 유전자 염기서열과 99.91%의 상동성을 보였고, 균주 GC-4의 16S rRNA 유전자 염기서열은 B. altitudinis, B. stratosphericus 및 B. aerophilus의 16S rRNA 유전자 염기서열과 100%의 상동성을 보였다. 그러나 두 균주의 생리학적-유전학적 특성 분석 결과, 이들이 계통적 유연관계를 갖는 다른 Bacillus 속의 균주들과 상당한 차이가 있었고, 따라서 조사된 Bacillus 속과는 다른 속에 속할 가능성이 높았다. 이러한 결과는 Bacillus 속이 진화과정 중에 다양한 변종으로 진화되었음을 암시한다.

• 한국응용과학기술학회지
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• 제40권4호
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• pp.881-889
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• 2023

Hymenobacter 속(genus)은 Bacteroidota 문(phylum), Hymenobacteraceae 과(family)의 대표 속(type genus)이다. 이 속에 속하는 세균들은 붉은색 색소를 함유하는 그람 음성 간균으로서, 자연계의 다양한 환경에서 분리되고 있다. 본 연구에서 붉은색 색소를 함유하는 그람 음성 간균이 경남 창원시 소재 창원대학교 교내의 연못에서 분리되었고, 이 세균은 균주 B2로 명명되었다. 균주 B2를 계통분석 및 생화학적으로 분석한 결과, Hymenobacter 속에 속하는 것으로 밝혀졌다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열을 genbank의 BLAST로 분석해 본 결과, 다른 어떠한 세균과도 16S rRNA 유전자 염기서열의 상동성이 새로운 미생물로 인정되는 기준인 98.7%보다 낮은 것으로 나타났다. 균주 B2의 지방산을 분석해 본 결과, 주된 지방산은 summed feature 3(C_16:1 ω7c and/or C_16:1 ω6c, 22.8%), iso-C_15:0(16.2%), anteiso-C_15:0(12.9%), C_16:1ω5c(12.4%) 및 summed feature 4 (iso-C_17:1 I/anteiso-C_17:1)(9.5%)인 것으로 밝혀졌는데, 결과적으로 균주 B2의 지방산 함량은 다른 Hymenobacter 종들의 지방산 함량과 뚜렷한 차이가 있는 것을 알 수 있었다. 이 세균의 16S rRNA 유전자 염기서열은 genbank에 accession number OQ318247로 등록되었다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제18권1호
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• pp.141-147
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• 2017

본 연구에서는 클로닝과 생어 염기서열 분석으로 획득된 16S rRNA 유전자 염기서열을 메타분석하여 반려견 분변 박테리아를 조사하였다. 이러한 메타분석을 위해서 RDP 데이터베이스(Release 11, Update 3)에 등록되어 있는 반려견 분변 박테리아 유래 16S rRNA 유전자 염기서열 검색하여 획득하였다. RDP 데이터베이스에서 총 420개의 반려견 분변 박테리아 유래 16S rRNA 유전자 염기서열이 확인되었고, 그 중에서 42개 유전자 염기서열이 배양가능한 박테리아에서 유래한 것으로 확인되었다. 이러한 420개의 유전자 염기서열은 박테리아 분류학상의 '문'(phylum)에서 총 5개(Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Fusobacteria, Proteobacteria)로 분류되었다. 그 중에서 Firmicutes가 가장 우점하는 '문'이었고, 총 420개 유전자 중에서 55.2%를 차지하였다. Bacteroidetes는 32.1%로 두 번째로 우점하는 '문'이였고, 다음으로 Actinobacteria(6.4%), Fusobacteria(3.8%), Proteobacteria(2.4%)가 우점하였다. 박테리아 분류학상의 '속'(genus)에서는 Bacteroidetes의 하위 단계인 Bacteroides가 가장 우점하였고 총 420개 유전자 중에서 30.0%를 차지하였다. 반면에 Firmicutes의 하위 단계인 Clostridium XI는 두 번째로 우점하는 '속'으로 총 420개 유전자 중에서 27.4%를 차지하였다. 추정상의 '종'(species)인 Operational taxonomic units의 수는 82개로 확인되었다. 본 연구의 결과는 반려견 분변 내 미생물 다양성을 이해하는데 도움을 줄 수 있을 것이고, 향후 반려견의 건강과 웰빙에 관한 연구에 활용될 수 있을 것이다.

• 한국생물공학회:학술대회논문집
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• 한국생물공학회 2003년도 생물공학의 동향(XII)
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• pp.686-689
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• 2003

염기서열 분석이 완료된 9종의 고세균 (Archaea)과 15종의 단백세균 (Proteobacteria)에 대하여 유전자보유 유무와 16S rRNA에 의한 계통수를 neighbor joining method와 통계적 의미를 갖는 bootstrap method (n=1000)를 이용하여 분석하였다. 보존적 COG와 각 미생물 보유 ortholog수에 대한 비율은 4.60% (Mezorhizobium loti)와 56.57% (Mycoplasma genitalium) 사이로 종에 따라서 공통 유전자의 보유정도가 차이를 보이는 것으로 독특한 유전자를 탐색할 수 있는 가능성을 제시하는 결과로 사료되었다. Archaeabacteria와 Proteobacteria 그리고 Firmicutes모두 유전자보유 계통수와 16S rRNA 계통수가 일치하는 부분과 일치하지 않는 부분으로 나뉘어진다는 것을 알 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제44권3호
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• pp.251-257
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• 2008

대청호와 용담호로부터 조류 독소인 microcystin을 생산하는 남조세균을 분리하고, 이의 16S rRNA와 microcystin 생합성 유전자(mcyA)를 분석하였다. 분리된 조류 중 대청호에서 분리된 DC-2와 총담호에서 분리된 YD-1, YD-6은 16S rRNA와 mcyA 유전자 염기서열을분석한 결과 Microcystis aeruginosa에 속하는 것으로 판단되었다. 용담호에서 분리된 YDS2-3의 경우, mcyA 유전자는 M. aeruginosa와 매우 유사하나 16S rRNA 유전자는 매우 상이한 것으로 나타나 Microcystis 속에 속하는 새로운 종일 가능성 이 있는 것으로 판단되었다. 대청호와 용담호 시료로부터 mcyA 유전자 library를 구축하여 분리된 조류의 유전자와 비교한 결과, DC-2의 mcyA 유전자가 두 호수에서 가장 우점하는 것과 일치하였다. 본 연구에서 분리된 조류는 독성 조류의 모니터링 및 제어에 관한 연구에 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• KSBB Journal
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• 제18권1호
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• pp.39-44
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• 2003

유전자보유 유무에 따른 계통수와 16S rRNA에 의한 계통수를 염기서열 분석이 완료된 33종의 미생물에 대하여neighbor joining method와 bootstrap method(n=1,000)를 이용하여 상관관계를 분석하였다. 각 분류그룹에서 공통적으로 보존된 COG와 각 미생물이 보유하고 있는 ortholog 수에 대한 비율을 조사한 결과, Mezorhiaobium lot의 4.60% Mycoplasma genitalium의 56.57% 사이에 분포하는 것으로 파악되었다. 이는 미생물 종류에 따라서 공통 유전자의 보유정도가 차이를 보이는 것으로 독특한 유전자를 탐색할 수 있는 가능성을 제시하는 결과로 사료되었다. 그리고 같은 종 내에 서도 20% 이상의 ortholog가 서로 독립적인 것을 알 수 있었다. Archaeabacteria와 Proteobacteria 그리고 Firmicutes모두 유전자보유 계통수와 16S rRNA 계통수가 일치하는 부분과 일치하지 않는 부분으로 나뉘어진다는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과는 165 rDNA처림 보존적이지 않은 유전자까지 고려한 결과이거나 horizontal gene transfer에 의한 영향 등으로 사료되었다. COC에 기초한 유전자보유 계통수는 생화학 적 실험과 염기서열에 기초한 분류의 중간자적 입장에서 유용유전자 탐색에 이용될 수 있을 것이다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제39권4호
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• pp.211-226
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• 2000

본 연구는 파파리반딧불이 (Hotaria papcrinsis), 애반딧불이 (Luciola lateralis) 및 늦반딧 불이 (Pyrocoelia fufa)등 국내 주요 반딧불이 종의 유전적 분화 및 계통분류학적 관련을 파악하고자 하였다. 이를 위하여 mtDNA의 COI유전자 및 16S rRNA유전자 일부의 염기서열 (각 403bp 및 490bp~504bp)을 분석하였으며 아울러 GenBank에 등록된 일본 반딧불이 29종(반딧불이과 27종, 홍반딧과 1종 및 Rhagophthalmus과 1종)의 16S rRNA유전자의 동일부위 염기서열을 사용하였다. 국내 세 종간의 COI및 16S rRNA유전자의 염기서열 그리고 COI유전자의 아미노산 분화정도를 비교한 결과, 반딧불이아과(Lampyrinae)의 늦반딧불이는 애반딧불이아과(Luciolinae)에 공통적으로 속해있는 애반딧불이 및 파파리반딧불이와 다소 큰 유전적 차이를 나타냄으로 기존의 분류학적 위치를 확인하였다. 16S rRNA유전자의 염기서열을 이용, PAUP과 PHYLIP에 의한 계통분류학적 분석 결과, 우리 나라 애반딧불이는 일본 애반딧불이와 강력한 단일그룹을 형성하였으나 이들간 상당한 유전적 차이 (2.9%의 16S rRNA유전자 염기분화율)를 보였다. 국내 두 지역의 파파리반딧불이는 일본 대마도 고유종인 H. tsushimana와 같은 계통그룹을 형성하였으므로 Hotaria란 속명의 사용이 타당해 보이나 파파리반딧불이는 지역 개체간 자매분류군을 형성하지 않으므로 이에 대한 추가 연구가 요망되는 실정이다. 마지막으로, 국내 늦반딧불이 지역 개체가 일본 늦반딧불이와 강력한 단일 계통그룹을 형성한 점으로 미루어 Pyrocoelia란 속명의 사용은 타당해 보이나 다른 모든 늦반딧불이로부터 큰 유전적 거리론 보인 제주도 개체에 대한 추가적인 연구가 요망되는 실정이다. 결론적으로, 국내 반딧불이 종들은 일본에서 공통적으로 발생하는 반딧불이종 또는 속과 아주 강력한 계통그룹을 형성하였으므로 기존의 계통관련 연구를 지지하고 있는 실정이다.

• ALGAE
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• 제17권3호
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• pp.153-159
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• 2002

Partial 16S rRNA gene sequences of seven cyanophycean strains from the National Instiute of Environmental Research of Korea - Microcystis aeruginosa, M. aeruginosa f. aeruginosa, M. ichthyoblade, M. viridis, Anabaena flos-aquae, and Oscillatoria sancta - were analyzed and the phylogenetic relationship of Microcystis among Cyanophyceae were evaluated. Based on sequence analysis results, Microcystis is monophyletic, the clade of which supported 100% bootstrap tress, and distinguished clearly from the other taxa. Therefore, the partial 16S rRNA gene sequences can be a useful and efficient tool for distinguishing Microcystis from other cyanophycean without axenic culture or cloning.