유전자보유 계통수를 이용한 Archaea와 Proteobacteria 분류

A Gene content phylogenetic tree and a 16S rRNA based phylogenetic tree were compared for 9 Archaea and 15 Proteobacteria, whole-genome sequenced, by neighbor joining and bootstrap methods (n=1000). Ratio of conserved COG (clusters of orthologous groups of proteins) to ortholog revealed that they were within the range of 4.60% (Mezorhizobium loti) or 56.57% (Mycoplasma genitalium), The diversity of ratio meant the Possibility of searching for useful genes, as they possess peculiar genes. The gene content tree and the 16S rDNA tree showed coincidence and discordance in Archaea and Proteobacteria.

염기서열 분석이 완료된 9종의 고세균 (Archaea)과 15종의 단백세균 (Proteobacteria)에 대하여 유전자보유 유무와 16S rRNA에 의한 계통수를 neighbor joining method와 통계적 의미를 갖는 bootstrap method (n=1000)를 이용하여 분석하였다. 보존적 COG와 각 미생물 보유 ortholog수에 대한 비율은 4.60% (Mezorhizobium loti)와 56.57% (Mycoplasma genitalium) 사이로 종에 따라서 공통 유전자의 보유정도가 차이를 보이는 것으로 독특한 유전자를 탐색할 수 있는 가능성을 제시하는 결과로 사료되었다. Archaeabacteria와 Proteobacteria 그리고 Firmicutes모두 유전자보유 계통수와 16S rRNA 계통수가 일치하는 부분과 일치하지 않는 부분으로 나뉘어진다는 것을 알 수 있었다.