• 대한임상검사과학회지
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• 제49권2호
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• pp.135-140
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• 2017

중합효소연쇄반응법을 이용한 축산물 가공식품 내에 존재하는 소고기 성분을 특이적으로 검출할 수 있는 방법을 개발하기 위하여 축산물 가공식품 78종류를 무작위로 선별하였다. 가공식품으로부터 추출한 genomic DNA를 이용하여 소의 미토콘드리아 16S rRNA 염기서열을 이용하여 strain-specific primer를 직접 제작하여 중합효소연쇄반응을 수행한 후, 증폭된 반응산물의 염기서열을 분석 하였다. 축산물 가공식품 내 소고기 성분 검출을 위한 중합효소연쇄반응 수행 결과, 소고기 성분이 함유되어 있는 17개의 축산물 가공식품이 정확히 증폭되었고, 증폭산물의 DNA 염기서열 분석 결과 소의 미토콘드리아 16S rRNA 서열과 95% 이상의 상동성을 보였다. 본 실험에서 제시된 방법으로 축산물 가공식품 내 소고기 성분검출을 적용하였을 시, 소고기 성분이 함유된 축산물 가공식품을 정확하게 감별할 수 있었으며, 나아가 식품 원재료의 허위기재 등에 의한 불량식품 유통 근절 및 종교적 이유로 인한 금기 식품감별 등과 같은 과학적 식품 감시에 기여할 수 있다고 사료된다.

• 한국어병학회지
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• 제22권3호
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• pp.401-406
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• 2009

2008년 5월 제주지역 하천에 소하하는 은어 중 일부개체가 주둥이 부식 또는 체표궤양증상을 보이면서 폐사하였다. 어류 질병원인균 중 부식증 및 체표궤양과 연관성이 높은 Flavobac-terium 속 세균의 분리를 위해 Shu-Shott medium 및 R2A medium에 주둥이 부식 및 체표궤양 부위를 도말하여 배양 하였고, Flavobacterium 속 세균의 전형적인 집락인 pale yellow colony를 분리하였다. 16S rDNA 염기서열 분석결과 Flavobacterium succinicans DSM 4002(Accession NO. AM230492)와 98.27%의 상동성을 보여 F. succinicans JMFL55로 동정하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권2호
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• pp.98-104
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• 2000

For the taxonomic evaluaition, 15 strains of the genus Pectobacterium and Erwinia were analyzed for 16S-23S rDNA intergenic spacer regions (ISRs). These species contained two types of ISRs, large and small ISRs. Large ISRs were on the range of 474-569 bp size, and coding transfer $\textrm{RNA}^{11e}$($\textrm{tRNA}^{11e}$) and $\textrm{tRNA}^{Ala}$. Small ISRs were 354-459 bp in length and coding $\textrm{tRNA}^{Glu}$. The sequence variations of two ISRs among species and strains were very high as compared with 16S rRNA gene sequences. By phylogenetic trees on the basis of two ISRs, Pectobacterium ere differentiated into P. carotovorum-P. cactiaidum group and P. chrysanthemi group. However, the taxonomic position of E. cypripedii and E. rhapontici, which were not clear on taxonomic delineation between Pectobacterium and Erwinia, were not clearly resolved on the basis of ISRs.

• 환경생물
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• 제21권1호
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• pp.45-51
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• 2003

지리적으로 격리되어 있는 아무르산개구리 (Rana amurensis)의 유전적인 변이를 알아보기 위하여 미토콘드리아 165 rDNA 유전자 중 401 bp 염기서열을 분석하여 비교하였다. 아무르산개구리(4개 지역집단; 한국, 중국, 몽골 및 러시아), 참개구리(2개 지역집단: 한국, 일본) 및 다른 종류의 산개구리류 미토콘드리아 165 rDNA 유전자도 함께 비교하였다. 아무르산개구리의 형태적 유사성에도 불구하고, 한국 집단은 다른 지역의 집단들과 비교하여 염기서열상의 상당한 차이를 나타났다. 본 연구에서 염기서열 분석(401 bp 분석)으로 한국산 아무르산개구리가 아종인가 아니면 독립종인지에 대하여 설명할 수는 없으나, 본 연구의 결과와 Lee et at. (1999)에 의해 연구된 한국산 아무르산개구리의 미토콘드리아 cytochrome b유전자 분석 결과가 서로 일치하는 것을 알 수 있었다. 따라서, 한국산 아무르산개구리에 대한 분류학적 위치를 종 수준에서 다시 재검토해야 할 것으로 판단되나, 보다 명확한 결과를 위해서 더 많은 지역의 개체군을 포함하여 형태학적, 생태학적 연구가 진행될 필요가 있으며, 한국산 아무르산개구리의 유전적 차이도 함께 고려해 야 할 것으로 판단된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권5호
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• pp.252-256
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• 2000

The 16S-23S rRNA intergenic spacer regions (ISRs) were sequenced and analyzed to design specific primer for identification of Pectobacterium chrysanthemi. Two types ISRs, large and small ISRs, were identified from three strains (ATCC 11663, KACC 10163 and KACC 10165) of P. chrysanthemi and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713.Large ISRs contained transfer RNA-Ile(tRNA$^{Ile}$)and tRNA$^{Ala}$, and small ISRs contained tRNA$^{Glu}$. Size of the small ISRs of P. chrysanthemi ranged on 354-356 bp, while it was 451 bp in small ISR of P. carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713. From hypervariable region of small ISRs, species-specific primer for P. chrysanthemi with 20 bp length (CHPG) was designed from hypervariable region of small ISRs, which was used as forward promer to detect P. chrysanthemi strains with R23-1R produced PCR product of about 260bp size (CHSF) only from P. chrysanthemi strains, not from other Pectobacterium spp. and Erwinia spp. Direct PCR from bacterial cell without extracting DNA successfully amplified a specific fragment, CHSF, from P. chrysanthemi ATCC 11663. The limit of PCR detection was 1${\pm}10^2$ cfu/ml.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제8권2호
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• pp.83-88
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• 2003

A cellulose-producing strain isolated from rotten apples was identified as Gluconacetobacter hansenii based on its physiological properties and the 16S rDNA complete sequencing method, and specifically named Gluconacetobacter hansenii PJK. The amount of bacterial cellulose (BC) produced by G. hansenii PJK in a shaking incubator was 1.5 times higher than that produced in a static culture. The addition of ethanol to the medium during cultivation enhanced the productivity of bacterial cellulose, plus the supplementation of 1% ethanol into the culture medium made the produced BC aggregate into a big lump and thus protected the bacterial-cellulose-producing G. hansenii PJK cells in the shear stress field from being converted into non-cellulose-producing (Cel) mutants. Cells subcultured three times in a medium containing ethanol retained their ability to produce BC without any loss in the production yield.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제48권4호
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• pp.222-225
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• 2005

Strains showing antifungal activity against Cryphonectria parasitica were isolated from coast soil of Taean , Korea. Of 152 strains isolated, 6 strains showed antifungal activity in vitro against C. parasitica. Ta24 strain showed highest activity with 1.6 cm clean inhibition zone. For strain identification, the morphological characteristic and 16S rDNA sequences were determined. Ta24 strain showed 99% homology with Streptomyces sampsonii and was identified as Streptomyces sp.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권2호
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• pp.215-219
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• 2012

The strain KCTC 11629BP, isolated from spontaneously fermented pine needle extract (FPE), showed fibrinolysis activity. The isolated strain was analyzed in physiological and biochemical experiments. Based on 16S rDNA sequencing and phylogenic tree analysis, the strain was identified to be a part of the genus Acetobacter, with Acetobacter senegalensis and Acetobacter tropicalis as the closest phylogenetic neighbors. Based on genotypic and phenotypic results, it was proposed that bacterial strain KCTC 11629BP represents a species of the genus Acetobacter. The strain was thusly named Acetobacter sp. FP1. In conclusion, Acetobacter sp. FP1 isolated from FPE possesses fibrinolytic activity.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제13권1호
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• pp.110-118
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• 2003

Pseudomonas syringae pv. actinidiae strains, which cause canker disease in kiwifruit, were collected from kiwifruit orchards in Korea and identified using biochemical and physiological tests. The nucleotide sequences of the 16s rDNA and 16s-23s internally transcribed spacer of the isolates were found to be Identical to those of' the pathotype strain, Kwl 1, of P syringae pv. actinidiae. Remarkably, no coding sequence for phaseolotoxin biosynthesis or phaseolotoxin- resistant ornithine carbamoyltransferase was found by PCR amplification in any of the new Korean isolates of pseudomonas syringae pv. actinidiae, although this was clearly identified in the control pathotype Kwl 1 reference strain. In contrast, three primer sets derived from the coronatine biosynthetic gene cluster and DNA from the Korean strains yielded amplified DNA fragments of the expected size. A sequence analysis of the PCR products revealed that P. syringae pv. actinidiae and the Korean strains of pv. actinidiae contain coronafncate ligase genes (cfl)with identical sequences, whereas their. corR genes exhibited 91% sequence similarity. The production of coronatine, instead of phaseolotoxin, by the Korean strains of P. syringae pv. actinidiae was confirmed by a bioassay using reference pathovars known to produce coronatine and phaseolotoxin. The genes for coronatine biosynthesis in the Korean strains of P. syringae pv. actinidiae were found to be present on plasmids.

• 유기물자원화
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• 제13권2호
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• pp.121-127
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• 2005

퇴비로부터 종속영양 질산화과정에 관여하는 세균을 분리하여 그 특성을 조사하고 동정하였다. 본 세균은 그람 양성 간균으로 운동성을 가지고 있었으며, ammonium acetate 배지에서 아질산용액으로 실험한 결과, 세균의 군락이 자주색으로 변화됨으로써 암모니아로부터 아질산을 형성하는 것으로 나타났다. 세균의 동정을 위한 BBL Test의 결과 본 세균은 Bacillus strains과 78%의 유사성을 지닌 것으로 나타났다. 계통분류학적 분석을 위하여 세균의 염색체로부터 16S rDNA를 클로닝한 후 DNA 염기서열을 파악하고 이를 비교 및 분석한 결과 본 세균은 Bacteria; Actinobacteria; Actinobacteridae; Actinomycetales; Corynebacterineae; Mycobacteriaceae; Mycobacterium에 속하는 Mycobacterium smegmatis strain과 94%의 유사성을 보이는 것으로 나타났다.