• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.913-918
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• 2007

A Gram-positive, aerobic, rod-shaped, nonmotile, endospore-forming bacterium, designated Gsoil $349^T$, was isolated from soil of a ginseng field and characterized using a polyphasic approach. Comparative analysis of 16S rRNA gene sequences revealed that the strain Gsoil $349^T$ belongs to the family Paenibacillaceae, and the sequence showed closest similarity with Cohnella thermotolerans DSM $17683^T$ (94.1%) and Cohnella hongkongensis DSM $17642^T$ (93.6%). The strain showed less than 91.3% 16S rRNA gene sequence similarity with Paenibacillus species. In addition, the presence of MK-7 as the major menaquinone and $anteiso-C_{15:0},\;iso-C_{16:0},\;and\;C_{16:0}$ as major fatty acids suggested its affiliation to the genus Cohnella. The G+C content of the genomic DNA was 53.4 mol%. On the basis of its phenotypic characteristics and phylogenetic distinctiveness, strain Gsoil $349^T$ should be treated as a novel species within the genus Cohnella for which the name Cohnella panacarvi sp. nov. is proposed. The type strain is Gsoil $349^T\;(=KCTC\;13060^T=\;DSM\;18696^T)$.

• Molecules and Cells
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• 제22권1호
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• pp.78-88
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• 2006

The phylogeny of the subfamily Tephritinae (Diptera: Tephritidae) was reconstructed from mitochondrial 16S ribosomal RNA gene sequences using 53 species representing 11 currently recognized tribes of the Tephritinae and 10 outgroup species. The minimum evolution and Bayesian trees suggested the following phylogenetic relationships: (1) monophyly of the Tephritinae was strongly supported; (2) a sister group relationship between the Tephritinae and Plioreocepta was supported by the Bayesian tree; (3) the tribes Tephrellini, Myopitini, and Terelliini (excluding Neaspilota) were supported as monophyletic groups; (4) the non-monophyletic nature of the tribes Dithrycini, Eutretini, Noeetini, Tephritini, Cecidocharini, and Xyphosiini; and (5) recognition of 10 putative tribal groups, most of which were supported strongly by the statistical tests of the interior branches. Our results, therefore, convincingly suggest that an extensive rearrangement of the tribal classification of the Tephritinae is necessary. Since our sampling of taxa heavily relied on the current accepted classification, some lineages identified by the present study were severely under-sampled and other possible major lineages of the Tephritinae were probably not even represented in our dataset. We believe that our results provide baseline information for a more rigorous sampling of additional taxa representing all possible major lineages of the subfamily, which is essential for a comprehensive revision of the tephritine tribal classification.

• Journal of Species Research
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• 제10권2호
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• pp.99-116
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• 2021

In 2018, as a subset study to discover indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 18 unreported bacterial strains were discovered. From the high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.8%) and formation of a robust phylogenetic clade, it was determined that each strain belonged an independent and predefined bacterial species. There were no official report that these 18 species were previously described in Korea; therefore, one strain of Williamsia, one strain of Rhodococcus, three strains of Microbacterium, three strains of Agromyces, one strain of Arthrobacter, one strain of Paeniglutamicibacter, one strain of Pseudarthrobacter, one strain of Nocardioides, one strain of Fibrella, one strain of Hymenobacter, one strain of Deinococcus, two strains of Fictibacillus, and one strain of Paenibacillus are described as unreported bacterial species in Korea. Gram reaction, basic biochemical characteristics, and colony and cell morphologies are described in the species description section.

• Journal of Species Research
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• 제10권4호
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• pp.321-335
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• 2021

In 2020, a total of 12 bacterial strains were isolated from soil after a comprehensive investigation of indigenous prokaryotic species in Korea. It was determined that each strain belonged to independent and predefined bacterial species, with high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.7%) and formation of a robust phylogenetic clade with the closest species. This study identified four families in the phylum Actinobacteria, two families in the phylum Proteobacteria, one family in the phylum Bacteroidetes one family in the phylum Firmicutes; and four species in the family Nocardiaceae, two species in the family Nocardioidaceae, one species in the family Cellulomonadaceae, one species in the family Hymenobacter, one species in the family Methylobacteriaceae, one species in the family Microbacteriaceae, one species in the family Bacillaceae and one species in the family Sphingomonadaceae. There is no official report of these 12 species in Korea, so they are described as unreported bacterial species in Korea in this study. Gram reaction, basic biochemical characteristics, colony, and cell morphology are included in the species description section.

• International Journal of Oral Biology
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• 제44권3호
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• pp.96-100
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• 2019

The purpose of this study was to develop Peptoniphilus mikwangii-specific quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) primers based on the 16S ribosomal RNA (16S rDNA) gene. The specificity of the primers was determined by conventional PCR using 29 strains of 27 oral bacterial species including P. mikwangii. The sensitivity of the primers was determined by qPCR using the purified genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$ (40 ng to 4 fg). The data showed that the qPCR primers (RTB134-F4/RTB134-R4) could detect P. mikwangii strains exclusively and as little as 40 fg of the genomic DNA of P. mikwangii KCOM $1628^T$. These results suggest that the developed qPCR primer pair can be useful for detecting P. mikwangii in epidemiological studies of oral bacterial infectious diseases.

• 환경생물
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• 제29권3호
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• pp.144-153
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• 2011

제주도 한라산에 위치한 국내 최대규모의 고산습지인 숨은물벵뒤 습지의 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria강에 속하는 세균 종의 다양성을 조사하였고, 신분류군 후보 균주 19종을 확보하였다. 신종후보 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 분석하였을 때 표준균주와 98.7% 미만의 유사도를 보이는 균주들을 신종후보균주로 간주하였다. 총 19종의 세균이 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria 강에 속하는 신종후보 균주들로 발견되었다. Alphaproteobacteria 강에 속하는 균주들은 Sphingomonadaceae 과 Novosphingobium 속에 속하는 4종과 Rhizobiaceae 과 Rhizobium 속에 속하는 2종이 분리되었다. Gammaproteobacteria 강에 속하는 균주들은 Moraxellaceae 과 Acinetobacter 속에 속하는 2종, Pseudomonadaceae과 Pseudomonas 속에 속하는 3종, Enterobacteriaceae과의 Enterobacter 속에 속하는 1종, Erwinia 속의 2종, Leclercia 속의 1종, Rahnella 속의 1종, Serratia속의 1종, Yersinia 속의 2종이 분리되었다. 분리된 19개 후보신종에 대하여 배양학적 특징, 생리화학적 특징 및 지방산 분석 결과를 정리하였다.

• 미생물학회지
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• 제49권4호
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• pp.328-335
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• 2013

케라틴 단백질 분해 세균 Chryseobacterium sp. FBF-7(KACC 91463P)을 이용하여 대량생산한 닭우모 단백질 가수분해물(CPH)을 토마토에 처리한 결과, 토마토 줄기와 뿌리의 생장이 현저하게 증가되었다. 닭우모 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양 내 세균군집 변동에 대한 계통학적 해석을 위하여 16S rRNA 유전자 서열을 기반으로 454 pyrosequencing을 수행하였다. 가수분해물을 처리하지 않은 토마토 근권토양(NCPH)의 16S rRNA 유전자 염기서열(3,281 reads)과 가수분해물을 처리한 토마토 근권토양(TCPH)의 16S rRNA 유전자 염기서열(2,167 reads)은 각각 6.33과 6.54의 다양성 지수를 나타내어 세균군집의 다양성에는 영향을 미치지 않는 것으로 확인되었다. 각 토마토 근권토양에는 총 19개의 문(phyla)의 세균이 존재하였고, 이중의 약 40%가 Proteobacteria이었다. Proteobacteria의 Bradyrhizobiaceae에 속하는 Bradyrhizobium, Agromonas, Nitrobacter 그리고 Afipia (BANA group)는 NCPH와 TCPH의 모든 근권토양에서 우점을 이루어 닭우모 가수분해믈 처리에 의해 토양 토착세균 군집에 영향을 미치지 않는 것으로 확인되었다.

• 미생물학회지
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• 제49권4호
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• pp.336-342
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• 2013

산업에서 널리 사용되고 있는 Trichloroethylene (TCE)은 토양 및 지하수의 오염을 일으키며, 암 유발물질로 환경에서 반드시 제거해야 하는 물질이다. 본 연구에서는 미생물 고정화 담체를 이용한 TCE로 오염된 지하수 처리 시스템의 세균 군집구조를 조사하고, 우점종을 분리 및 동정하고 TCE 제거특성을 확인하였다. TCE로 오염된 지하수 처리공정의 세균군집을 16S rRNA 유전자 라이브러리의 염기서열 분석방법을 이용하여 조사한 결과, 주요 개체군은 BTEX 분해세균으로 알려진 Pseudomonas 속이었으며 Pseudomonas putida 그룹이 가장 우점하였다. Pseudomonas putida 그룹의 우점은 높은 toluene과 TCE의 농도에서 기인한 것으로 생각된다. TCE로 오염을 제거하기 위한 미생물 반응기에서 toluene과 TCE 분해 세균을 분리 배양하였으며 Pseudomonas sp. DHC8로 명명하였다. 형태학적 특징, 생리 생화학적 특징, 16S rRNA 유전자 염기서열분석 결과 DHC8 균주는 P. putida 그룹에 속하는 것으로 확인되었다. Pseudomonas sp. DHC8을 이용하여 TCE (0.83 mg/L)와 toluene (60.61 mg/L)에 대해 분해실험을 실시하였을 때 12.5시간 동안 TCE는 72.3%, toluene은 100.0% 제거되었다. 또한, TCE와 toluene의 제거속도는 각각 0.02 ${\mu}mol/g$-DCW/h와 2.89 ${\mu}mol/g$-DCW/h였다. 본 연구 결과는 TCE의 생물정화를 위한 반응기의 최대 효율을 유지하기 위한 노력에 도움이 될 것이다.

• 미생물학회지
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• 제50권1호
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• pp.8-14
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• 2014

본 연구는 home-made 요구르트에서 분리한 Lactobacillus casei SK-7과 시중에서 판매되고 있는 요구르트에서 분리한 Lactobacillus bulgaricus YK-11의 기능성을 비교 분석하기 위해 실시하였다. 먼저 분리세균인 SK-7과 YK-11의 생리화학적 특성조사를 진행하였다. 이들 균주는 16S rRNA 염기서열을 이용한 계통유전학적 분석방법으로 동정하여, 각각 L. casei SK-7와 L. bulgaricus YK-11로 명명하였다. 16S rRNA 염기서열을 바탕으로 SK-7과 YK-11의 유전적 계통수를 작성하였다. 72시간 동안 SK-7과 YK-11 배양에서 lactic acid와 acetic acid의 생산, 그리고 pH 변화를 조사하였다. 배양기간 동안 L. casei SK-7과 L. bulgaricus YK-11의 몇가지 기능성을 조사하였다. L. casei SK-7과 L. bulgaricus YK-11 배양상등액은 주어진 nitrite를 각각 93.9%와 88.2% 소거하였다. SK-7 and YK-11 배양상등액의 항산화능은 각각 62.6%와 54.9%였으며, ${\beta}$-galactosidase 활성은 14.9 units/mg과 13.1 units/mg로 측정되었다. 항미생물능력은 SK-7과 YK-11 배양의 20배 배양농축액으로 조사되었으며, SK-7은 이 조사에 사용된 모든 미생물에서 명백한 것으로 관찰되었으나, YK-11에서는 관찰되지 않았다. 부가적인 기능성 연구가 이루어져야 되겠지만, 본 연구에서는 home-made 요구르트에서 분리된 젖산균의 기능성은 시판요구르트에서의 기능성과 비교하여 우수한 것으로 조사되었다.

• 생명과학회지
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• 제19권6호
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• pp.711-719
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• 2009

본 연구는 2006년 8월부터 2007년 9월까지 여수, 남해, 진도, 무안, 거문도, 서산 및 중국의 산동에서 포획한 낙지 유전자 집단을 분석하기 위하여 미토콘드리아 16S rRNA 염기서열로 조사했다. 유전자 분석은 총 28 개체로부터 11개의 haplotype이 발견되었다. 유전자 분화율은 0.2-1.2% 범위로 나타났다. Haplotype에 대한 PHYLIP 및 network 조사에 따르면 낙지는 두개의 clade (clade AIclade B)로 나뉘어지며, clade 사이의 분화율은 0.4%로 나타났다. 지역적 거리에 따라 haplotype이 다음과 같이 분화되었다. 하나는 여수, 남해, 무안, 진도 haplotype과 다른 하나는 서산, 거문도, 산동 haplotype으로 나뉘어졌다. 계충구조 분석에서도 한국 낙지집단 및 중국과의 유전적 차이를 볼 수 있으나, 현저한 지역적 차이는 나타나지 않았다. 따라서 한국연안에 서식하고 있는 일부 낙지집단은 gene flow에 의해서 유전적 동질성을 나타낼 수 있지만, 한국집단 간 뿐만 아니라 중국집단과의 유전적 분화는 지역적 거리 및 장벽으로 인하여 제한적인 gene flow로 설명될 수 있다.