• 대한의생명과학회지
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• 제6권3호
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• pp.165-170
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• 2000

Vacuolar (H$^{+}$)-ATPase (V-ATPase)는 multi-subunit로 구성된 단백질로서, proton pumping을 통해 세포내 산성화반응에 관여를 한다. 최근에 이 단백질이 synaptic vesicle에서도 발견된 것으로 보아 뇌 신경전달에 중요한 역할을 수행할 것으로 추정하고 있다. 우리는 흰쥐 뇌에서 분리한 mRNA를 주형으로 한 PCR 반응에서 16 kDa subunit의 V-ATPase cDHA를 클로닝할 수 있었고, 이의 염기서열 또한 결정하였다. 분리된 뇌 16 kDa V-ATPase의 coding sequence는 전체 468 bp로서 간에서 보고되었던 것과 동일한 크기였다. 단지 3' 말단의 염기 하나가 A에서 C로 바뀌어 있었는데 모두 alanine (GCA, GCC)을 지정하기 때문에 단백질의 일차구조에는 변화가 없는 것으로 확인되었다. 한편 rat brain cDNA library에서도 동일한 clone이 분리되었는데 역시 같은 부분에서 polymorphism이 발견되었고, RNA splicing 등 더 이상의 조직특이적 변화는 없었다. 본 연구는 16 kDa V-ATPase의 뇌에서의 기능과 신경말단에서의 neurotransmission 및 synaptic vesicle의 재순환 기전을 이해하는데 유용한 정보가 될 것이다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제15권2호
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• pp.115-122
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• 2007

As the genome of B.mori is available in GenBank and the EST database of B.mori is expanding, identification of novel genes of B.mori is conceivable by data-mining techniques. We used the in silico cloning method to get the vacuolar-type $H^+-ATP$ synthetase (V-ATPase) c subunit (16 kDa proteolipid subunit) gene of B.mori and analysed with bioinformatics tools. The result was confirmed by RT-PCR and sequencing. The V-ATPase c subunit cDNA contains a 468 bp ORF. The ORF encoded a 155-residue protein that showed extensive homology with V-ATPase c subunits from other 15 species and contained four membrane-spanning helices. Tissue expression pattern analysis revealed that V-ATPase c expressed strongly in Malpighian tubules, not in fat body. This gene has been registered in GenBank under the accession number EU082222.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제5권5호
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• pp.484-489
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• 2004

S. platensis로부터 phycobiliprotein을 $30-60{\%}$ 황산암모늄 분별침전법과 Sephadex G-100 gel filtration 및 DEAE-Sephacel anion exchange chromatography의 순서로 4.23의 정제도로 분리하였다. 분리된 phycobiliprotein은 최대흡수 파장이 620 nm인 c-phycocyanin이었다. 분리된 phycobiliprotein은 SDS-PAGE상에서 $({\alpha}$와 $({\beta}$의 두개의 소단위체로 구성되어 있었으며. $({\alpha}$와 $({\beta}$ 소단위체의 분자량은 각각 14.5 kDa과 16 kDa 부근이었다. 또한 gel filtration을 사용한 변성 전 분자량은 약 100 kDa이었다. 이러한 결과는 본 연구에서 분리한 phycobiliprotein이 $({\alpha}{\beta})_{3}-trimer$로 이루어졌음을 보여준다.

• Food Science and Biotechnology
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• 제15권1호
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• pp.128-132
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• 2006

This study was undertaken to investigate the effect of peptic and chymotryptic hydrolyses of 7S globulin, the major allergen of soybean protein, on its allergenicity, as measured by enzyme linked immunosorbent assay (ELISA), and to identify the allergenic hydrolyzed fragments of 7S globulin using SDS-PAGE. When 7S globulin was hydrolyzed by pepsin, the allergenicity was reduced by over 50%. However, the allergenicity of 7S globulin reduced by peptic hydrolysis was recovered in the sera from 5 out of 10 patients following sequential chymotryptic hydrolysis. Two fragments, with molecular weights 20-25 and 13-16 kDa, among the hydrolysate of 7S globulin by sequential pepsin and chymotrypsin showed reactivity with sera from 10 soybean-allergenic patients. As a result of the theoretical hydrolyses of ${\beta}$-conglycinin, which is a major protein of 7S globulin, it is suggested that the 20-25 kDa fragments were the fragments of the ${\alpha}$-subunit of ${\beta}$'-conglycinin and that the 10-16 kDa fragments were from the ${\alpha}$'-subunit.

• 한국식품영양학회지
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• 제16권3호
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• pp.209-217
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• 2003

동면어 짱뚱어에 대해 월동전ㆍ후(성숙기: 8월, 동면직전: 11월, 동면직후: 4월) 육단백질과 유리아미노산 조성 등을 각 시기별로 비교, 검토하였다. 조단백질 함량은8월 17.8%, 11월 17.5%, 4월 16.9%이었고 근원질 단백질은 육단백질 전체의 19.2～20.4%, 근원섬유 단백질은 58.8～61.3%, 세포내 잔사단백질과 기질단백질은 각각 11.2～13.2%와 7.5～8.3%를 차지하였다. 단백질 조성을 시기별로 비교한 결과 11월까지는 거의 차이가 없으나 4월은 기질단백질을 제외한 근원질과 근원섬유단백질 2종이 소량 줄었고 조성비로 근원질단백의 감소가 조금 더 큰 것으로 파악되었다. 근원질단백 구성 subunit는 총 14종이 검출되었고 구성 subunit 중 30kDa와 46kDa등의 조성이 11월보다 4월에 소폭 증가하였고 35kDa, 65kDa 등은 소폭 감소하였으나 기타 대부분은 거의 차이가 없었다. 근원섬유단백질은 총 13개의 subunit가 검출되었고 대부분의 subunit 조성이 11월까지는 거의 비슷하였으나 4월은 동면전보다 myosin heavy chain 조성이 3% 정도 늘어난 반면 actin은 3%정도 줄어들었다. 단백질 구성 아미노산 조성은 전기간에 걸쳐 일정하였고 주요 유리아미노산은 glycine과 alanine이었으며 두드러진 특징은 arginine함량이 8월보다 11월이 2배, 4월은 4배 이상 늘었고 glycine도 8월보다 4월이 2배 함량으로 모든 아미노산 중 양적 증가가 가장 현저하였다. 기타 alanine, glutamic acid, serine 및 aspartic acid와 valine 등도 동면기간 상당폭으로 증가하였고 lysine, histidine 등의 필수아미노산 함량도 유의적으로 증가하였다.

• 미생물학회지
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• 제52권4호
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• pp.444-454
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• 2016

전국에서 채취한 사일리지 및 우분 시료로부터 사일리지 첨가제로 사용하기 위한 유산균을 순수 분리하고 그 특성을 조사하였다. MRS 배지에서 성장 속도를 기반으로 16개의 유산균 균주를 순수 분리하였으며 이들은 16S rRNA, RNA polymerase alpha subunit, 60-kDa heat shock protein, phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit 유전자 염기서열에 기반하여 Lactobacillus, Enterococcus, Weissella 속으로 동정되었다. 16균주 중 L. plantarum과 유전적으로 높은 유사도를 보인 균주들은 MRS 배지와 쌀보리 추출배지에서 가장 빠른 성장 및 pH 저하를 나타냈으며 이용 가능한 당 종류 및 생장 가능한 pH, 온도, 염분범위가 상대적으로 넓었다. 또한 이 균주들은 PCR 검사 결과 바이오제닉 아민 생성을 위한 유전자가 없었으며 그 MRS 배지 배양액은 사일리지 부패균에 대한 저해 효과가 상대적으로 큰 것으로 나타나 이 균주들이 우수한 사일리지 첨가제로 사용될 수 있을 것으로 판단된다. 그러나 분리된 모든 유산균들의 쌀보리 추출배지 배양액은 사일리지 부패균의 성장에 큰 영향을 미치지 않거나 오히려 촉진시켰으며 선발된 유산균들을 사일리지 제조에 사용하기 위하여 그 원인 구명과 대책마련이 필요할 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제27권9호
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• pp.1040-1046
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• 2017

우리는 처음으로 쌍별귀뚜라미 소화기관에서 6종류의 미생물을 분리하고 특성을 규명하였다. 이들은 16S rDNA을 기준으로 분류한 결과 4종류(Staphylococcus, Bacillus, Citrobacter, Proteus)에 속하였다. 분리된 6종류의 미생물은 공통적으로 ampicillin에 저항성을 보이지만 kanamycin 저항성은 보이지 않았다. 이들을 Gram염색하여 미생물의 형태적 특징을 확인하였다. Gram-positive한 rod-shaped GL2와 round-shaped GL4는 다른 분리 균 보다 많은 양의 세포외분비물을 만들었다, 이들을 MALDI-TOF-MS spectral analysis결과 87-kDa collagenase, 56-kDa & 200-kDa hypothetical protein이였다. 새롭게 분리된 6종류의 미생물은 귀뚜라미의 생리에 미치는 영향과 이들의 생물공학적 혹은 해충 방제에 이용될 수 있는 연구가 기대된다.

• BMB Reports
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• 제31권5호
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• pp.492-497
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• 1998

Cu,Zn-superoxide dismutase (SOD) was purified from horseradish by using Mono Q and Superose 12 FPLC column chromatography. The native molecular mass of the purified enzyme was approximately 33 kDa, as determined by gel filtration. The subunit molecular weight, as estimated by SDS-PAGE, was 16 kDa. These results indicated that the native enzyme is a homodimer. We investigated the free radical-generating function of horseradish Cu,Zn-SOD by using a chromogen, 2,2'-azinobis-(3-ethylbenzthiazoline-6-sulfonate) (ABTS) which reacts with ${\cdot}OH$ radicals to form $ABTS^{+{\cdot}}$ The formation of $ABTS^{+{\cdot}}$ was required for both active Cu, Zn-SOD and $H_2O_2$. The optimal pH for the free radical-generating activity of this enzyme was 6.0-8.0, and it retained about $40^{\circ}C$ of its maximum activity when exposed at $40^{\circ}C$ for 15 min. A neutral scavenger, ethanol, inhibited the $ABTS^{+{\cdot}}$ formation by horseradish Cu, Zn-SOD more effectively than that by the mammalian enzyme. These results suggest that the active channel of horseradish enzyme is slightly larger than that of the mammalian enzyme.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권6호
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• pp.946-951
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• 2006

To study the effect of iron on Saccharomyces cerevisiae, whole-cell proteins of Saccharomyces cerevisiae were extracted and subjected to two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (2D-PAGE), and differentially expressed proteins were identified. The proteins separated were further identified by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight (MALDI-TOF) mass spectrometry and were compared with a protein database. Of more than 300 spots separated by molecular weight and isoelectric points, 27 differentially expressed spots were identified. Ten proteins were found to be differentially expressed at high iron concentration. Triosephosphate isomerase (TPI), YDR533C hypothetical protein, superoxide dismutase (SOD), 60 kDa heat-shock protein (HSP60), pyruvate dehydrogenase beta subunit 1 (PDB1), and old yellow enzyme 2 (OYE2) were upregulated, whereas thiol-specific antioxidant (TSA), regulatory particle non-ATPase subunit 8 (RPN8), thiol-specific peroxiredoxin 1 (AHP1), and fructose-1, 6-bisphosphate adolase (FBA) were downregulated by iron. Based on the result, we propose that SOD upregulated by iron would protect the yeast from oxidative stress by iron, and that TSA downregulated by iron would render cells hypersensitive to oxidative stress.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권3호
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• pp.1011-1018
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• 2015

This study was conducted to investigate the plasma phosphoproteome and differential plasma phosphoproteins in cases of of Opisthorchis viverrini (OV)-related cholangiocarcinoma (CCA). Plasma phosphoproteomes from CCA patients (10) and non-CCA subjects (5 each for healthy subjects and OV infection) were investigated using gel-based and solution-based LC-MS/MS. Phosphoproteins in plasma samples were enriched and analyzed by LC-MS/MS. STRAP, PANTHER, iPath, and MeV programs were applied for the identification of their functions, signaling and metabolic pathways; and for the discrimination of potential biomarkers in CCA patients and non-CCA subjects, respectively. A total of 90 and 60 plasma phosphoproteins were identified by gel-based and solution-based LC-MS/MS, respectively. Most of the phosphoproteins were cytosol proteins which play roles in several cellular processes, signaling pathways, and metabolic pathways (STRAP, PANTHER, and iPath analysis). The absence of serine/arginine repetitive matrix protein 3 (A6NNA2), tubulin tyrosine ligase-like family, member 6, and biorientation of chromosomes in cell division protein 1-like (Q8NFC6) in plasma phosphoprotein were identified as potential biomarkers for the differentiation of healthy subjects from patients with CCA and OV infection. To differentiate CCA from OV infection, the absence of both serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit beta isoform and coiled-coil domain-containing protein 126 precursor (Q96EE4) were then applied. A combination of 5 phosphoproteins may new alternative choices for CCA diagnosis.