• 제목/요약/키워드: 프라이머

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Multiplex SSR마커를 이용한 느타리(Pleurotus ostreatus) 품종 판별 (Identification of Pleurotus ostreatus cultivars with the application of multiplex-simple sequence repeat markers)

  • 최종인;정화진;나경숙;오민지;김민근;류재산
    • 한국버섯학회지
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    • 제19권1호
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    • pp.76-80
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    • 2021
  • 느타리 품종구분을 위한 마커의 개발을 위하여 곤지7호의 어버이 일핵 균사중의 하나인 MT07156-97의 전체 유전자 염기서열을 바탕으로 제작한 251개의 SSR 프라이머를 제작하였다. 우선적으로 수한1호, 곤지7호, 흑타리 품종에 다형성 여부를 관찰하여 20개의 SSR을 선발하고, 이를 10개 품종에 적용하였다. 단일의 프라이머로는 일부 품종이 구분되지 않았으므로, 선발된 프라이머 간의 다양한 조합(multiplex 방식)을 적용한 결과 모든 품종을 판별할 수 있는 분자마커 다형성을 보인 프라이머 "166+115" 조합을 선발하였다. 별도로 프라이머 115와 166가 만들어 낸 산술적인 유전자좌(loci) 31개보다 12개 많은 40개의 유전자좌가 증폭되어 다양한 품종에 특이적인 분자마커를 제공할 수 있었다. 개발된 분자마커는 종균의 품질관리, 품종의 판별, 신품종 보호에 활용될 수 있을 것이다.

Multiplex PCR과 Real-Time PCR을 이용한 창난젓과 가이양젓 원료 검사법 개발 (Development of Raw Material Identification Method of Changnan-jeot and Gaiyang-jeot Using Multiplex PCR and Real-Time PCR)

  • 최성석;서용배;김종오;양지영;신지영;김군도
    • 한국식품위생안전성학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.289-297
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    • 2021
  • 본 연구에서 multiplex PCR과 real-time PCR을 이용하여 창난젓의 원료를 감별할 수 있는 새로운 판별법을 개발하였다. 명태와 가이양의 종 특이 프라이머를 디자인하고, 명태와 가이양의 genomic DNA를 template로 single PCR과 multiplex PCR을 실시하였다. PCR을 실시한 결과, single PCR에서 명태(297 bp)와 가이양(132 bp)에 해당하는 PCR 밴드를 확인하였으며 교차 반응이 일어나지 않는 것을 확인하였다. Multiplex PCR에서 명태와 가이양 사이에 교차반응 없이 증폭이 일어나는 것을 확인하였다. Real-time PCR 결과, 명태 종 판별 프라이머에서 명태의 Ct 평균값은 20.765±0.691, 가이양 시료에서 Ct 평균값은 35.719±1.828이었으며, 가이양 종 판별 프라이머에서 명태 시료의 Ct 평균값은 35.996±1.423, 가이양 시료의 Ct 평균값은 20.096±0.793으로 프라이머의 효율성, 특이성 및 교차 반응성에서 유의한 차이가 나타났다. 이러한 결과를 바탕으로 시중에서 판매되는 7개 제품을 multiplex PCR 및 real-time PCR로 확인하였으며, 모든 시료에서 유효한 결과를 확인하였다. 본 연구에서 제작된 명태와 가이양에 대한 종 특이적 프라이머는 가공된 젓갈 시료의 원료의 판별 가능하며, 이러한 결과는 식품안전관리에 기여할 수 있을 것으로 기대된다.

멸종위기어류 퉁사리의 환경 DNA 분석을 위한 종 특이 마커 개발 (Species-specific Marker Development for Environmental DNA Assay of Endangered Bull-head Torrent Catfish, Liobagrus obesus)

  • 윤봉한;김용휘;성무성;한호섭;한정호;방인철
    • 한국어류학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.208-217
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    • 2022
  • 멸종위기어류 퉁사리 Liobagrus obesus를 대상으로 종 특이 프라이머 한 쌍과 프로브를 제작하여 하천수 시료에서 추출된 환경 DNA로부터 퉁사리를 검출할 수 있는 실시간 PCR 분석방법을 개발하고자 하였다. 퉁사리 종 특이 프라이머와 프로브는 미토콘드리아 DNA의 cytochrome b (cytb) 유전자 영역 내에서 국내에 서식하는 65종의 담수어류 간에 단일염기다형성 부위를 고려하여 비교한 후 제작하였다. 실시간 PCR 분석에서 제작한 프라이머 및 프로브는 국내에 서식하는 65종의 담수어류 gDNA를 이용한 특이성 검증 결과, 퉁사리 gDNA에서만 양성으로 나타나 높은 특이성을 보였다. 퉁사리 gDNA의 연속 희석 농도를 이용한 검출한계 분석에서는 0.2 pg까지 검출이 가능한 것으로 나타나 높은 감도를 보였다. 이후, 제작한 프라이머 및 프로브를 사용하여 금강 중·상류 유역의 8개 지점에서 확보한 하천수 시료를 대상으로 실시간 PCR 분석을 수행한 결과, 5개 지점에서 퉁사리의 cytb 유전자가 검출되었으며, 해당 검출 지점들은 현장 조사 당시에 퉁사리가 채집된 3개 지점을 모두 포함하였다. 따라서, 본 연구에서 개발한 퉁사리의 종 특이 프라이머와 프로브를 이용한 실시간 PCR 분석 방법은 하천수 채수로 확보한 환경 DNA로부터 퉁사리의 cytb 유전자를 검출할 수 있어 기존 서식지 모니터링과 더불어 잠재적인 신규 서식지 발굴에 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

자가 산부식 프라이머의 세포독성에 관한 실험적 연구 (In vitro cytotoxicity of self-etching primers)

  • 이창훈;김인령;김규천;김성식;손우성
    • 대한치과교정학회지
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    • 제36권6호
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    • pp.422-433
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    • 2006
  • 자가 산부식 프라이머는 세포독성이 있는 것으로 알려져 있어 교정치료를 하는 동안 치주조직에 손상을 일으킬 수 있다. 본 연구의 목적은 자가 산부식 프라이머가 치주조직에 미치는 영향을 평가해 보고 이를 전통적인 접착법에 사용되는 프라이머와 비교하기 위하여 시행되었다. 시편은 임상에서 브라켓 접착 시 사용하는 Transbond XT Adhesive (3M Unitek, Monrovia, CA, USA)를 각각 Transbond XT Primer (3M Unitek, Monrovia, CA, USA), Clearfil SE bond (Kuraray, Osaka, Japan), Transbond Plus Self Etching Primer, Adper Prompt L-Pop (3M Unitek, Monrovia, CA, USA)과 혼합한 후 광중합하여 제작하였고, Transbond XT Adhesive를 중합한 대조군과 비교하였다. 이를 배양된 HGF-1 (Human eingiva Fibroblast), HaCaT (Human Keratinocyte cell line), RHEK (immorialized Human Epidermal Keratinocyte)에 노출시킨 후 세포의 형태 변화를 관찰하였고, MTT assay를 시행하여 세포독성을 비교, 평가하였다. 실험결과 72시간 후 HGF-1, HaCaT, RHEK를 이용한 실험에서 모든 프라이머의 세포독성이 높게 나타나 세포 돌기의 위축, 세포 형태의 변화, 세포 수의 감소, 세포의 괴사가 관찰되었다. MTT assay 실험 시 HGF-1 을 이용한 실험에서 Clearfil SE Bond, Transbond XT Primer, Transbond Plus SEP, Adper Prompt L-Pop의 순으로 세포독성이 높게 나타났고, HaCaT를 이용한 실험에서 Cleafil SE Bond, Adper Prompt L-Pop, Transbond Plus SEP, Transbond XT Primer 순으로 세포독성이 높게 나타났으며, RHEK를 이용한 실험에서 Clearfil SE Bond, Transbond XT Primer, Adper Prompt L-Pop, Transbond Plus SEP 순으로 세포독성이 높게 나타났다. 자가 산부식프라이머는 전통적으로 사용되는 프라이머와 마찬가지로 세포독성이 유의하게 높으므로 구강내 사용시 주의가 필요하다.

레진 시멘트와 코발트 크롬 합금의 미세인장결합강도에 다양한 프라이머들이 미치는 영향 (Effects of primers on the microtensile bond strength of resin cements to cobalt-chromium alloy)

  • 정홍택;;박진홍;신주희;이정열
    • 대한치과보철학회지
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    • 제57권2호
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    • pp.95-101
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    • 2019
  • 목적: 레진 시멘트와 코발트 크롬 합금 간의 미세인장결합강도에 다양한 프라이머들이 미치는 영향을 평가하기 위한 것이다. 재료 및 방법: 본 실험에서는 4개의 프라이머(Universal primer, Metal primer II, Alloy primer, and Metal/Zirconia primer)와 2개의 레진 시멘트(Panavia F2.0, G-CEM LinkAce)를 사용하였고, 길이 6 mm, 폭 1 mm, 두께 1 mm의 150개의 코발트 크롬 빔들이 캐스팅 과정을 통해 제작되었다. 150개의 코발트 크롬 빔들을 프라이머와 레진 시멘트의 종류에 따라 프라이머 처리를 하지 않은 대조군을 포함하여 10개 그룹으로 나누었다. 금속과 레진시멘트를 산화알루미늄($125{\mu}m$ 크기)으로 샌드블라스팅 처리한 후 실리콘 틀을 이용하여 접착시켰다. 실험 전에, 입체현미경(stereomicroscope)을 이용하여 모든 금속-레진 빔들을 검사하였고, 미세인장결합강도 실험을 시행하였다. 통계적인 평가에는 one-way ANOVA와 Tukey's test를 사용하였다. 결과: 모든 그룹들의 평균 미세인장결합강도는 20 - 28 MPa이었으며, 그룹 간에 통계적으로 유의한 차이는 없었다. Panavia F2.0과 G-CEM LinkAce 그룹 모두에서 접착 파절과 응집 파절이 동시에 나타나는 혼합 파절이 가장 흔하게 일어난 파절 양태였다. 결론: 모든 실험군들의 미세인장결합강도는 상대적으로 높았지만, 본 실험에서는 프라이머의 사용이 Panavia F2.0 및 G-CEM LinkAce 레진시멘트와 코발트 크롬 합금 사이의 미세인장결합강도를 증가시키지 않았다.

고투명도 지르코니아의 다양한 표면처리 방법이 레진시멘트와의 전단결합강도에 미치는 영향 (Effect of various surface treatment methods of highly translucent zirconia on the shear bond strength with resin cement)

  • 김유성;최진우;김희경
    • 대한치과보철학회지
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    • 제61권3호
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    • pp.179-188
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    • 2023
  • 목적. 이 연구의 목적은 알루미나 입자 공기분사 및 프라이머 표면처리가 각각 두 가지 종류의 지르코니아(3 mol% yttria-stabilized tetragonal zirconia polycrystal; 3Y-TZP, 5 mol% partially stabilized zirconia; 5Y-PSZ)와 레진시멘트의 전단응력에 미치는 영향을 평가하는 것이다. 재료 및 방법. 완전 소결된 14.0×14.0×2.0 mm 크기의 두가지 다른 종류의 지르코니아 시편(3Y-TZP, 5Y-PSZ)을 각각 40개씩 제작하고 400, 600, 800 그릿의 실리콘 카바이드 종이로 연마 후 에폭시 레진에 매립하였다. 이들을 각각 4개의 대조군, 50 ㎛ 알루미나 입자 공기분사 사용군, 프라이머 사용군, 50 ㎛ 알루미나 입자 공기분사와 프라이머로 표면을 처리한 한 후 레진시멘트(PANAVIA V5)로 접착하였다. 그 후 증류수(37℃)에 24시간 보관 후 전단결합강도 실험을 시행, Kolmogorov-Smirnov & Shapiro-Wilk test를 사용해서 정규성을 확인한 후, 모수적 방법인 이원배치분산분석을 사용하여 지르코니아 종류 및 표면처리 방법에 따른 전단결합강도의 상호작용 및 통계적 차이를 분석하였다. 이후 Dunnett T3를 이용해 사후검정을 하였다. 결과. 이배치분산분석 결과 지르코니아 종류에 따른 전단결합강도는 각 군간에 유의미한 차이를 보이지 않았지만(P > .05), 표면처리 방법에 따른 전단결합강도는 50 ㎛ 알루미나 입자 공기분사 사용군, 프라이머 사용군, 50 ㎛ 알루미나 공기 분사와 프라이머를 사용한 군에서는 유의미한 상관관계를 보였다(P < .05). Dunnett T3 사후검정 결과 지르코니아의 종류에 상관없이 전단결합강도는 샌드블라스팅 & 프라이머 > 프라이머 > 샌드블라스팅 > 대조군 순서로 나타났다(P < .05). 결론. 본 연구 결과에 따르면 지르코니아 종류에 따른 전단결합 강도 차이는 없었다. 지르코니아 표면의 기계적 화학적 표면처리를 동시에 했을 때 가장 높은 전단결합강도를 보였다.

PCR 방법에 의한 세균성 식중독균의 다중${\cdot}$동시 검출

  • 박주연;문선영;이경하;남정옥;남보라;김진만
    • 한국축산식품학회:학술대회논문집
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    • 한국축산식품학회 2005년도 제36차 추계 학술발표대회
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    • pp.346-349
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    • 2005
  • 병원성미생물을 분리${\cdot}$동정하는 방법으로 선택배지를 이용하는 검사방법은 4${\sim}$7일의 시간이 소요되는 단점이 있으며, 기존의 PCR방법은 대부분 단일 병원성 미생물만을 검출할 수 있는 반면 본 연구에서 사용된 시스템은 6종류의 세균성 식중독균을 한 번의 분석으로 확인할 수 있었기 때문에 비용과 분석시간을 대폭 절감하는 효과가 있었다. Fig. 1은 6종류의 세균성 식중독균이 혼합된 시료에 각각의 단일 프라이머를 이용하여 특이성을 확인한 결과이며, Fig. 2는 멀티플렉스 프라이머를 이용하여 각각의 세균성 식중독균 열 추출 시료에 대한 특이성을 확인한 결과이다. PCR 산물들이 사다리(ladder) 형태로 증폭됨으로써 동시에 6종류의 세균성 식중독균을 용이하게 확인할 수 있었다(Lane 1${\sim}$Lane 6). 또한 3종류의 세균성 식중독균이 혼합된 열 추출시료에서도 특이적인 PCR 증폭 산물들을 탐지할 수 있었다(Lane 10 & Lane 11).

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시멘트와 변성 폴리머를 혼합한 프라이머의 콘크리트 함수율에 따른 부착성능 비교 (Comparison of Adhesion Performance According to Concrete Moisture Content of Primer Mixed with Cement and Modified Polymer)

  • 강효진;안기원;오상근
    • 한국건축시공학회:학술대회논문집
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    • 한국건축시공학회 2019년도 추계 학술논문 발표대회
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    • pp.231-232
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    • 2019
  • In this study, primers were prepared by mixing cement and modified polymer, and the adhesion to the substrate surface was enhanced by using cement which is the same material as the basement outer wall. The improved primer is used to verify the adhesion performance of the substrate in wet concrete environments.

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Duplex PCR을 이용한 토끼(Oryctolagus cuniculus)와 고양이(Felis catus) 육류의 동시 검출법 개발 (Development of Duplex PCR Method for Simultaneous Detection of Rabbit (Oryctolagus cuniculus) and Cat (Felis catus) Meats)

  • 홍연;김미주;양승민;유인숙;김해영
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제58권4호
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    • pp.383-387
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    • 2015
  • 국내 유통 식품 수입 식품 중 토끼와 고양이 고기의 혼입 여부를 알아내고 불법 도축된 고양이 고기를 토끼 고기나 다른 고기로 속여 판매하는 것을 방지하기 위해 토끼와 고양이를 동시에 검출할 수 있는 polymerase chain reaction (PCR) 법을 개발하였다. 토끼와 고양이의 종 특이 프라이머는 미토콘드리아의 cytochrome b 유전자를 대상으로 하였고 개발된 프라이머를 가공식품에 활용하는 것을 고려하여 PCR 산물의 크기는 토끼 101 bp, 고양이 191 bp로 최소화 하였다. 프라이머의 특이성은 총 21종의 동물을 대상으로 검토하였다. 개발된 검출법의 검출 한계는 시료 DNA를 희석하여 PCR과 Bioanalyzer로 확인한 결과 토끼는 0.005 ng, 고양이는 0.0005 ng이었다.