• 정보과학회 컴퓨팅의 실제 논문지
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• 제22권1호
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• pp.56-60
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• 2016

탠덤 질량 분석에서는 신뢰도 높은 펩타이드 동정을 위해 목표 데이터베이스의 참조 단백질 순서를 재배치한 디코이 데이터베이스가 주로 이용된다. 한편 목표 데이터베이스와 디코이 데이터베이스 사이 혹은 디코이 데이터베이스 내부에 서열이 동일한 중복 펩타이드가 존재할 수 있으며, 이는 단백질 동정을 어렵게 하는 요인이 된다. 따라서 디코이 데이터베이스의 중복성을 최소화하는 것은 중요한 문제이다. 본 논문에서는 디코이 데이터베이스 생성에 널리 사용되는 의사셔플(pseudo-shuffling)과 의사역순(pseudo-reversing) 방법이 디코이 데이터베이스의 중복성에 미치는 영향을 조사하였다. 실험 결과, 목표 데이터베이스 크기와 데이터베이스 생성 시 허용되는 'missed cleavage site'의 최대 개수는 중복성을 증가시킴을 확인하였다. 또한 동일한 조건에서는 의사역순 방법이 의사셔플보다 항상 낮은 수준의 중복성을 가지는 디코이 데이터베이스를 생성하였다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제11권10호
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• pp.1880-1885
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• 2007

본 논문은 단백질 동정에 이용하는 펩타이드-매스 핑거프린팅 툴 중 하나인 Mowse의 성능을 개선하는 방법을 제안한다. Mowse에서 빈발 요소 행렬은 단백질과 펩타이드 질량에 대하여 일정한 간격으로 생성되어 행렬의 각 원소의 값은 펩타이드의 빈발횟수에 따라 계산된다. 현재 이러한 행렬을 생성하는데 있어서 정해진 간격으로 생성되는데 이러한 간격의 값이 작아질수록 스코어링 값은 정확해진다. 그러나 이러한 간격의 값이 작아질수록 행렬의 크기는 증가하게 되며 이에 따라 스코어링 계산의 복잡도도 증가하게 된다. 본 논문에서는 행렬의 크기를 현재와 같이 유지하면서 스코어 링 값을 정확하게 계산하기 위한 새로운 방법을 제안한다. 현재 Mowse에서 검색 대상이 되는 단백질 데이터베이스의 분포를 고려하여 비선형적으로 행렬의 간격의 값을 정하는 방법 즉, 임의의 단백질 질량 값이 많은 곳에서는 행렬의 간격을 작게 결정하는 반면 단백질 질량 값이 적은 곳에서는 행렬의 간격을 크게 결정하는 방법을 새롭게 제안하였다. 또한, 성능평가는 Mowse 스코어링 방법과 본 논문에서 제안한 새로운 스코어링 방법에 관하여 수행하고 분석결과를 제시하였다.

• 생명과학회지
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• 제25권7호
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• pp.833-838
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• 2015

다제약제 내성을 가지는 슈퍼 박테리아, 곰팡이, 바이러스, 기생충 감염은 주요한 건강위협인자들이다. 하지만, 건강위협 상황을 극복하기위해 현재 약제의 대안들중 항생펩타이드를 들 수 있다. 항생펩타이드는 자연계 다양한 종에서 생산된다. 항생펩타이드는 작은 단백질로 어류, 양서류, 파충류, 식물 그리고 동물의 감염으로부터 다세포생명체를 보호하는 선천성 면역에 관여하고 있다. 1980년대 이후로 매년 항생펩타이드의 수가 증가하고 있다. 박테리아, 원생생물, 곰팡이, 식물, 동물로부터 동정된 2,000가지 이상의 항생펩타이드가 항생펩타이드 데이터베이스에 등록되어 있다. 이러한 항생펩타이드의 대부분은 11-50개의 아미노산으로 구성되어 있고 하전상태는 0에서 +7까지이며 소수성은 31-70%를 차지하고 있다. 본 보고는 항생펩타이드를 생물학적 원천, 생물학적 기능, 펩타이드 성질, 공유결합패턴, 3차구조등에 의해 분류하였다. 항생펩타이드의 기능은 항균작용외에 세포주화성과 같은 세포생물학적 활성에도 기능성을 가지고 있다. 더욱이 림프절 스트로마로부터 기원한 fibroblastic reticular cell (FRC)에 염증상황 유도시 항생펩타이드가 발현되는 것을 확인하였다. FRC로부터 유도된 항생펩타이드는 whey acidic protein (WAP) 도메인을 포함하고 있었다. 이것은 단백질 도메인에 의해서도 항생펩타이드를 분류 할 수 있다는 것을 제시한다.

• 공업화학
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• 제22권2호
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• pp.119-124
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• 2011

현재, 사람들은 많은 병에 노출되어 있다. 산업화의 빠른 변화는 생산시설의 자동화, 정보 통신 산업기술의 발달로 삶의 질이 향상되었으나, 신체활동의 감소와 환경오염으로 인해 환경적 스트레스와 병원균 감염 반응에 대한 인간의 면역체계가 악화되었다. 아울러 현재 약물의 오 남용으로 다재약물내성을 갖는 미생물들(multidrug-resistant microbes)과 암세포(tumor)의 출현으로 인해 새로운 항생제 개발이 시급하다. 그들 중 하나가 항생 펩타이드(antibiotic peptide)로 기존 약물과 비교하면 약물저항성이 거의 일어나지 않는다. 여러 가지 항생활성을 가지는 펩타이드들은 다양한 생명체로부터 동정되고 있다. 이 논문은 항생 펩타이드들의 활성과 적용분야에 대해 논하려 한다.

• 한국산학기술학회:학술대회논문집
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• 한국산학기술학회 2012년도 춘계학술논문집 1부
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• pp.269-273
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• 2012

본 연구는 알려진 녹차의 다양한 항산화, 항염 효능이 있는 Polyphenol 류 이외의 생물학적 활성을 가지는 펩타이드 및 당단백질 소재에 대한 특성과 분석을 위하여 연구되었다. 녹차에서 수용성 성분을 추출 후 알콜 침전방법을 사용하여 단백질과 펩타이드류를 분리하여 실험에 사용하였다. 전체 추출물 중에는 Glutamic acid가 14073.9ug/g, (39.11%)로 가장 높게 분석되었으며, GPC 분석결과 Mn 886, Mw 25218, Mp 890, Mw/Mn 28.46으로 분석이 되었으며, 전체적으로 3개의 피크로 분석되었다. 함유된 펩타이드를 분석하기 위하여 HPLC를 이용하여 RT 16.148min의 Fraction을 분리하여 펩타이드 분석결과 녹차에서 유래한 TNTLSN이라는 hexapeptide를 동정하였다. 이러한 펩타이드는 친수성이며, 안정도가 높은 특징을 가지고 있고, 분자량이 1000이하로 피부 흡수도가 높을 것으로 기대되며, Biodegradable하며, Renewable 한 자연 친화적인 화장품 소재로서 널리 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권2호
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• pp.109-114
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• 2006

프로테오믹스에서 얻는 탄뎀 질량 스펙트럼은 효소로 가수분해된 펩타이드의 전구이온(precursor ion) 분자량과 펩타이드에 에너지를 가하여 생성된 이온조각(fragment ion)들의 분자량값들로 구성된다. 탄뎀 질량스펙트럼의 전구이온 분자량은 단백질 서열 데이터베이스에서의 검객 과정에서 가장 먼저 고려하는 값이다. 단백질 검색 프로그램은 단백질 서열 중에 스펙트럼의 전구이온으로부터 계산된 분자량과 일치하는 펩타이드 서열들을 찾아내고, 이들 중의 하나를 이온조각들의 분자량 정보를 이용해서 선택한다. 이 때에 전구이온의 분자량은 사용자가 지정한 오차범위 내에서 일치하는 감을 검색하는데, 이때의 오차범위는 질량분석기의 정확도에 따라 결정된다. 본 논문에서는 인간 혈액의 혈장시료로부터 FT LTQ 질량분석기를 통해 얻어진 탄뎀 질량 스펙트럼에서 전구이온 분자량의 분포를 역순서열을 이용하여 분석하였다. 전구이온 분자량의 분포를 재해석하여 실험값의 정확도를 보정하고 단백질 동정의 성능을 향상시키는 방법을 모색하였다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제50권2호
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• pp.145-149
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• 2012

세크로핀(cecropin)은 곤충의 체액성 면역에 있어서 효과적인 방어인자로 작용하는 항균 펩타이드로 잘 알려져 있다. 본 연구에서는 면역 유도된 천잠, Antheraea yamamai 유충 혈림프로부터 세크로핀 항균 펩타이드 분리 및 정제를 실시하였다. 먼저 항균 펩타이드를 분리하기 위해서, 면역 유도된 유충 및 정상 유충으로부터 추출된 혈림프 단백질 시료에 대한 단백질 전기영동(SDS-PAGE)를 통하여 비교분석하였다. 정상누에 혈림프 시료에 비해 면역 유도된 혈림프 추출물에서만 특이적으로 발현되는 분자량 4,223.01 Da의 펩타이드 밴드를 검출하였다. 선발된 면역유도 특이적 발현 펩타이드의 특성 분석을 위해서 이온교환 크로마토그래피 및 gel permeation 크래마토그래피을 수행하여 특이적으로 발현되는 펩타이드를 성공적으로 순수 정제하였다. 정제된 펩타이드는 Edman degradation법으로 N말단 아미노산 서열을 결정하였고 다른 나비목곤충의 세크로핀과 매우 높은 상동성을 나타내어 세크로핀으로 동정하였다. 또한 정제된 천잠 세크로핀 항균 펩타이드는 그람음성세균, 그람양성세균 및 곰팡이에 대해 폭 넓은 항균 스펙트럼을 나타냈었다.

• 생명과학회지
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• 제15권3호
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• pp.427-433
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• 2005

초파리는 유전학, 발달 생물학, 행동 유전학, 노화 연구에 이르기까지 수많은 연구에 이용 되어져 왔다. 최근 초파리 전체 유전자의 염기서열이 보고되었으며, 유전자의 기능 분석과 발현 단백질에 대한 연구가 진행되고 있다. 본 연구에서는 야생형 초파리에서 추출한 단백질을 이차원 전기영동을 통해 400여개 이상의 단백질 스폿으로 분리하였으며, 각 스폿을 적출하여 트립신으로 처리하여 얻어진 펩타이드 단편을 MALDI-TOF-MS를 이용한 펩타이드 지문 검색으로 질량을 측정하였다. 측정된 질량을 초파리 데이터 베이스를 이용하여 분리한 단백질을 동정함으로써 59개의 유전자에서 발현되는 65개의 단백질 스폿을 동정하였다. 이러한 결과는 향후의 발생단계, 외부 자극, 노화 등에 관련되는 특이적 단백질 연구의 기초 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권1호
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• pp.80-84
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• 1996

토양에서 분리한 방선균류(actinomycetes) GT103 균주의 배양여액 및 균체추출물은 담배의 주요 병원균인 담배 줄기속마름병균(Erwinia carotovora subsp. carotovora), 담배 탄저병균(Colletotrichum tabacum), 담배역병균(Phytophthora nicotianae var. nicotianae)등에 강한 항균활성을 보였다. 항균활성물질은 용매 추출, silica gel chromatography, HPLC 등을 실시하여 분리.정제하였으며 UV, IR, FAB-MS, \ulcornerH-NMR, \ulcornerC-NMR 분석결과 actinomycin group의 펩타이드계 항생 물질인 actinomycin C\ulcorner로 동정되었다. 이 활성물질의 담배 탄저병에 대한 방제효과는 50$\mu\textrm{g}$/ml 농도에서 100%, 10$\mu\textrm{g}$/ml 농도에서 90%의 방제효과를 보였다.

• 대한화장품학회지
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• 제45권3호
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• pp.299-306
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• 2019

Ginseng berry(GB)는 진세노사이드Re를 함유하고 있으며, 항염, 피부 주름 완화의 기능을 가지고 있다. 본 연구에서는 Ginseng berry 아미노산 복합체의 TLC 분획 fraction 1, 2, 4를 확인하고 HPLC로 분석하였으며, fraction 1의 LC/MASS 분석을 통해 peptide (AP-1)를 동정하였다. AP-1에 의한 NO 생성 억제 효과를 조사하여 항염증 활성을 확인하였다. 또한 procollagen type I C-peptide (PIP) ELISA kit를 이용한 collagen 합성은 대조군 대비 50% 이상의 효과를 보였다. 이상의 결과로부터 진생베리 아미노산 복합체로부터 분리한 펩타이드는 항염과 주름개선 효능을 가진다고 사료되며, 향후 항염 및 항노화 화장품 원료로서의 이용 가능성을 보였다.