Kim, Y.B.;Yoo, J.Y.;Lee, J.Y.;Kim, G.W.;Park, H.Y.
Journal of Animal Science and Technology
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v.46
no.3
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pp.307-314
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2004
Xenotransplantation of porcine organs has the potential to overcome the severe. shortage of human tissues and organs available for human transplantation. The swine represents an ideal source of such organs because of their plentiful supply and their numerous anatomical and physiological similarities to the human. However, this procedure also carries with a number of safety issues relating to the zoonotic infections. Porcine endogenous retrovinJses(PERVs), \Wich are germ line transmitted and persist without symptoms in the pigs, are most concerning zoonotic viroses. In order to analyze the prevalence of PERV in domestic pigs, four kinds of pigs'(Landrace, Berkshire, Yorkshire, and Duroc) genomic DNA were isolated from their hair follicles. PCR analysis was carried out for detection of PERVs using subgroup A/B/C and E pol sequence primers. All pigs (20 heads) tested had high copy number of PERVs within genomes. Subgroup A/B/C and E pol gene sequences from 20 isolates were determined by direct sequencing. Sequence analysis showed pol sequences are highly conserved among intra- and inter-subspecies(99.l and 98.8%, respectively). As a first report of PERV prevalence in Korea pigs, our data would be the basic concepts of PERV transmission study in xenotransplantation.
This study aimed to identify new markers that cause lung adenocarcinoma by analyzing mutation hotspots for the top five genes with high mutation frequency in lung adenocarcinoma in Koreans by next generation sequencing (NGS) analysis. The association between TP53 mutation types and patterns with smoking, a major cause of lung cancer, was examined. The clinicopathological characteristics of lung adenocarcinoma patients with TP53 P72R SNPs were analyzed. In Korean lung adenocarcinoma cases, regardless of the smoking status, the TP53 P72R SNP was the most frequently occurring mutational hotspot, in which the nucleotide base was transversed from C to G, and the amino acid was substituted from proline to arginine at codon 72 of TP53. An analysis of the clinicopathological characteristics of lung adenocarcinoma cases with TP53 P72R SNP revealed no significant correlation with the patient's age, gender, smoking status, and tumor differentiation, but a significant correlation with low stage (P-value =0.026). This study confirmed an increase in TP53 rather than EGFR, which was reported as the most frequent mutations in lung adenocarcinoma in Koreans through NGS. Among them, TP53 P72R SNP is the most frequent regardless of smoking status.
Koo, Ok Kyung;Lim, Eun Seob;Lee, Ae-Ran;Kim, Tae Wan
Korean Journal of Food Science and Technology
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v.50
no.4
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pp.400-406
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2018
Takju and yakju are traditional Korean alcoholic beverages that are prepared by fermentation of glutinous rice with nuruk, a cereal starter containing various bacteria, fungi, and yeast. In this study, physicochemical and microbial properties of a total of 12 commercial takju and yakju samples were analyzed; their pH, sweetness, and alcohol content were varied, depending on the type of alcohol, from pH 3.64-4.8, $5.1-24.8^{\circ}Bx$, and 4.6-18.5%, respectively. Microbial communities were analyzed with 16S rRNA amplicon sequencing using MiSeq system. At the phylum level, Firmicutes (86.2%) was the most dominant, followed by Proteobacteria (8.08%), Actinobacteria (2.56%), and Cyanobacteria (3.13%). Lactic acid bacteria, including Lactobacillus, Lactococcus, Leuconostoc, and Weissella were also frequently detected. Among eukaryotes, Saccharomyces cerevisiae was the most dominant in these samples.
In this study, a pyrosequencing was performed and analyzed to verify the phylogenetic diversity of actinomycetes in the bamboo (Sasa borealis) soil as a base study to obtain the genetic resources of actinomycetes. It was found that the rhizosphere soil had much various distribution in bacterial communities showing a diversity of 8.15 with 2,868 OTUs, while the litter layer showed a diversity of 7.55 with 2,588 OTUs. The bacterial community in the bamboo soil was composed of 35 phyla and the predominant phyla were Proteobacteria (51-60%), Bacteroidetes (16-20%), Acidobacteria (4-16%) and Actinobacteria (4-14%). In particular, Actinobacteria including Micromonosporaceae and Streptomycetaceae had a diverse distribution of actinomycetes within the six orders, 35 families and 121 genera, and it was characterized that about 83% of actinomycetes within Actinomycetales belonged to the 28 families. Among the dominant actinobacterial populations, Micromonosporaceae, Pseudonocardiaceae and Streptomycetaceae were representative family groups in the bamboo soils.
BACKGROUND: Insects are ectothermic organisms in terrestrial ecosystems and play various roles such as controlling plant biomass and maintaining species diversity. Because insects are ectothermic, their physiological responses are very sensitive to environmental temperature which determines survival and distribution of insect population and that affects climate change. This study aimed to identification of genes contributing to fitness under high temperature. METHODS AND RESULTS: To identify genes contributing to fitness under high temperature, the transcriptomes of fat body in Plutella xyostella larva have been analyzed via next generation sequencing. From the fat body transcriptomes, structure-related proteins, heat shock proteins, antioxidant enzymes and detoxification proteins were identified. Genes encoding proteins such as structural proteins (cuticular proteins, chitin synthase and actin), stress-related protein (cytochrome P450), heat shock protein and antioxidant enzyme (catalase) were up-regulated at high temperature. In contrast expression of glutathione S transferase was down-regulated. CONCLUSION: Identifications of temperature-specific up- or down-regulated genes can be useful for detecting temperature adaptation and understanding physiological responses in insect pests.
Park, Ki Chan;Kim, Young Guk;Hwangbo, Kyeong;Gil, Jinsu;Chung, Hee;Park, Sin Gi;Hong, Chang Pyo;Lee, Yi
Korean Journal of Medicinal Crop Science
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v.25
no.6
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pp.411-417
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2017
Background: Adenophora triphylla var. japonica (Regel) H. Hara shows vegetative growth with radical leaves during the first year and shows reproductive growth with cauline leaves and bolting during the second year. In addition, the shape of the plant varies within the same species. For this reason, there are limitations to classifying the species by visual examination. However, there is not sufficient genetic information or molecular tools to analyze the genetic diversity of the plant. Methods and Results: Approximately 34.59 Gbp of raw data containing 342,487,502 reads was obtained from next generation sequencing (NGS) and these reads were assembled into 357,211 scaffolds. A total of 84,106 simple sequence repeat (SSR) regions were identified and 14,133 primer sets were designed. From the designed primer sets, 95 were randomly selected and were applied to the genomic DNA which was extracted from five plants and pooled. Thirty-nine primer sets showing more than two bands were finally selected as SSR markers, and were used for the genetic relationship analysis. Conclusions: The 39 novel SSR markers developed in this study could be used for the genetic diversity analysis, variety identification, new variety development and molecular breeding of A. triphylla.
A main goal of pharmacogenomics studies is to predict individual's drug responsiveness based on high dimensional genetic variables. Due to a large number of variables, feature selection is required in order to reduce the number of variables. The selected features are used to construct a predictive model using machine learning algorithms. In the present study, we applied several hybrid feature selection methods such as combinations of logistic regression, ReliefF, TurF, random forest, and LASSO to a next generation sequencing data set of 400 epilepsy patients. We then applied the selected features to machine learning methods including random forest, gradient boosting, and support vector machine as well as a stacking ensemble method. Our results showed that the stacking model with a hybrid feature selection of random forest and ReliefF performs better than with other combinations of approaches. Based on a 5-fold cross validation partition, the mean test accuracy value of the best model was 0.727 and the mean test AUC value of the best model was 0.761. It also appeared that the stacking models outperform than single machine learning predictive models when using the same selected features.
Journal of the Korea Organic Resources Recycling Association
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v.29
no.3
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pp.27-33
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2021
CO I gene sequence analysis was applied to earthworms that had been used as test animals in toxicity test in Institute of Kyeongbook Agrochemicals and earthworms used as vermicomposting agents in the farm of Youngdong province to identify their species names. In terms of molecular species, the former was identified as Eisenia fetida and the latter was Eisenia andrei. Cocoons produced from Eisenia fetida was more than those from Eisenia andrei. And No. of adults developed from eggs of Eisenia fetida was more or less higher than those developed from eggs of Eisenia andrei. These results were contradictory to previous reports on two Eisenia spp.. When Eisenia fetida was crossed with Eisenia andrei, hybridized eggs were produced and adults were developed from those eggs, but cocoons and adults were much less than those from non-crossed Eisenia fetida or Eisenia andrei. This indicated that two Eisenia spp. were not distinctly different biological species because there was no complete 'reproductive isolation' between Eisenia fetida and Eisenia andrei. However, this also meant that Eisenia fetida and Eisenia andrei had already been on the tract of speciation.
In this study, we conducted a next generation sequencing based microbial community analysis to investigate gut microbiota of the two commercially most available swine breeds, Yorkshire and Landrace. Bacterial 16S rRNA gene was amplified from fecal DNA using universal primer sets designed for V4 regions. Our comparison analysis of the gut microbiota of the two breeds suggested that their gut microbiota changed depending on the growth stages, while the difference between the two breeds was insignificant. However, there was a limited number of genera, the abundance of which was found to be different between the breeds. Those included the genus Xylanibacter in the Yorkshire samples, which was previously reported as a fiber digesting bacteria, likely increasing energy harvesting capacity of swine. In addition, others included opportunistic pathogens mostly found in the Yorkshire samples while the Landrace samples had significantly more prevalent Clostridium_IV species that were known to play a key role in systemic immunity of hosts. While microbial community shifts was found to be associated with growth stages, the difference between the two breeds seemed to be insignificant. However, there were several bacterial genera showing differential abundance, which may affect growth of hosts.
Kim, Do-Wan;Lee, Tae-Ho;Kim, Chang-Kug;Seol, Young-Joo;Lee, Dong-Jun;Oh, Jae-Hyeon;Beak, Jung-Ho;Kim, Juna;Lee, Hong-Ro
Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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2015.05a
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pp.768-770
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2015
We performed integration and standardization of the omics data related agriculture. To do this, we requires progressed computational methods and bioinformatics infrastructures for integration, standardization, mining, and analysis. It makes easier biological knowledge to find. we potentialize registration a row and processed data in NABIC (National Agricultural Biotechnology Information Center) and its processed analysis results were offered related researchers. And we also provided various analysis pipelines, NGS analysis (Reference assembly, RNA-seq), GWAS, Microbial community analysis. In addition, the our system was carried out based on the design and build the quality assurance in management omics information system and constructed the infrastructure for utilization of omics analyze system. We carried out major improvement quality of omics information system. First is Improvement quality of registration category for omics based information. Second is data processing and development platform for web UI about related omics data. Third is development of proprietary management information for omics registration database. Forth is management and development of the statistics module producers about omics data. Last is Improvement the standard upload/ download module for Large omics Registration information.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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