• 제목/요약/키워드: 중합효소연쇄반응

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조기 난소 부전증(Premature Ovarian Failure, POF) 환자에서 난포 자극 호르몬 수용체 유전자 변이 및 발현 양상에 대한 분석 (Analysis of Gene Mutation and Expression Level of Follicle Stimulating Hormone Receptor in Premature Ovarian Failure(POE) Patients)

  • 김정욱;염혜원;이형송;송견지;천강우;박용석;김계현
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제4권1호
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    • pp.61-66
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    • 2000
  • 본 연구에서는 조기 난소 부전증 환자를 대상으로 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 돌연변이와 발현 양상을 분석하였다. 돌연변이 분석을 위해 환자의 말초혈액에서 genomic DNA를 분리하고 nucleotide 566을 포함하고 있는 exon 7에 특이적인 primer쌍을 이용하여 중합효소 연쇄 반응을 시행하였다. 전기 영동으로 반응산물을 확인한 다음, 돌연변이 여부를 조사하기 위하여 제한효소 절단분석 (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)을 시행한 결과, 대조군과 조기 난소 부전증 환자군 모두에서 돌연변이를 관찰할 수 없었다. 난포 자극 호르몬 수용체의 발현양상을 확인하기 위해 시험관아기 시술과정 중 난자 채취과정에서 얻어진 황체화 과립세포에서 total RNA를 추출하여 역전사 중합효소 연쇄 반응을 시행하였다. 반응 산물을 전기 영동하여 발현양상을 비교해 본 결과, 대조군에 비해 조기 난소 부전증 환자군에서 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 발현이 다소 낮은 것으로 확인되었다. 이상의 결과로 보아 조기 난소 부전증 환자에서 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 돌연변이는 발견할 수 없었으며 난포 자극 호르몬 수용체 유전자의 발현이 대조군에 비해 낮아 과배란 유도시에 생식소 자극 호르몬에 대해 저적응증을 보이며 난포형성과정에도 장애를 받는 것으로 사료된다.

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미소유체시스템을 위한 실용적인 패키징 기술 (Practical Packaging Technology for Microfluidic Systems)

  • 이환용;한송이;한기호
    • 대한기계학회논문집B
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    • 제34권3호
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    • pp.251-258
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    • 2010
  • 본 논문은 다기능 미소유체시스템의 일체형 패키징을 위한 MSI (microfluidic system interface) 기술을 제안하고, 이를 설계, 제작, 시험 평가하였다. MSI 기술을 통해 플러그 방식의 유체 인터커넥터, 유체제어를 위한 미소밸브, 광학 인터페이스를 위한 광학창을 유체시스템에 일체형으로 쉽게 구현할 수 있었다. MSI 기술의 유용성을 보이기 위해 미소 유전자시료전처리시스템에 적용되었으며, 미소 유전자시료전처리시스템은 세포정제, 세포분리, 세포용해, DNA 고체상추출, 중합효소연쇄반응, 그리고 모세관전기영동 기능으로 구성되었다. 나아가 MSI 기술이 적용된 미소 유전자시료전처리시스템의 DNA 고체상추출 및 중합효소연쇄반응의 실험결과로부터 MSI가 미소유체시스템을 위한 실용적 패키징 기술임이 검증되었다.

올리고뉴클레오티드 DNA Chip을 이용한 환경시료에서의 장관계바이러스 검출 (Enteric Virus Detection from Environmental Sample by Oligonucleotide DNA Chip)

  • 김정미;윤성욱;지영미;윤재득;정용석
    • 미생물학회지
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    • 제38권3호
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    • pp.186-191
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    • 2002
  • 장내바이러스(enterovirus),로타바이러스(rotavirus),그리고 아데노바이러스(adenovirus)등 물을 통해 전파되는 환경바이러스의 신속한 검출 및 1 차적인 분류를 위해 올리고뉴클레오티드 DNA chip을 이용한 분석 시스템의 유용성에 대하여 연구하였다. BGM 세포배양실험에서 바이러스성 세포병변효과(cytopathic effect) 양성으로 판정된 세포단층으로부터 접종배양 3 일 후 세포내 모든 RNA를 분리하여 중합효소연쇄반응과 DNA chip으로 검출여부 및 유전형을 비교 분석한 결과 세포배양에서 양성으로 판정된 10개의 시료 중 3개가 바이러스 음성으로, 7개가 바이러스 양성으로 나타났다. 중합효소연쇄반응과 DNA chip에 의해 양성으로 나타난 7개 시료의 유전형은 두 방법에 의해 모두 장내바이러스로 동정되어 DNA chip에 의한 1차 동정의 유용성도 증명하였다. 세포배양 후 전기영동분석 없이 일차적인 동정과정까지 불과 3∼4 시간 이내에 수행해낼 수 있는 DNA chip분석은 특이성, 신속성, 및 경제성을 고루 갖추어 환경바이러스 검출방법론의 새로운 영역을 구성할 것으로 사료된다.

지하수 중 Aichivirus A 모니터링을 위한 특이적 및 고감도 이중 역전사 중합효소연쇄반응 검출법 개발 및 평가 (Development and Assessment of Specific and High Sensitivity Reverse Transcription Nested Polymerase Chain Reaction Method for the Detection of Aichivirus A Monitoring in Groundwater)

  • 배경선;김진호;이시원;이진영;유경아
    • 생태와환경
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    • 제54권3호
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    • pp.190-198
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    • 2021
  • 사람 아이치바이러스(Aichivirus A; AiV-A)는 positivesense single-strand RNA 비외피 바이러스로 지난 10년 동안 하수, 강, 지표 및 지상의 다양한 물환경에서 전 세계적으로 검출이 보고되고 있다. 지하수 등 물환경에서 AiV-A 진단을 위한 고감도 및 특이성이 우수한 방법의 개발이 요구됨에 따라, 본 연구에서는 기존 및 신규 설계된 프라이머 세트를 기초로 역전사(RT) 및 이중 중합효소연쇄반응이 가능한 조합을 개발하였다. 개발한 방법을 국내 음용 지하수 시료에 적용 및 평가하였으며, 그 결과 지하수 시료에서 AiV-A를 성공적으로 검출 및 동정할 수 있는 RT-nested PCR primer sets가 선정되었고 후속적으로 동정할 수 있는 절차가 고안되었다. 본 연구 결과는 지하수 등 물 환경에서 AiV-A 오염을 탐지하기 위한 모니터링 시스템 마련에 기여할 것으로 기대된다.

식물체에 감염성 질병을 유발하는 바이로이드 검출 및 진단 방법 (The Detection and Diagnosis Methods of Infectious Viroids caused Plant Diseases)

  • 이세희;김양훈;안지영
    • 생명과학회지
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    • 제26권5호
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    • pp.620-631
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    • 2016
  • 바이로이드는 매우 작은 RNA 분자로 구성되어 있으며, 외피 단백질이 없고 오로지 식물에만 감염되어 질병을 유발한다. 바이로이드 감염 질병을 예방하거나 진단하는 것은 상당히 어려운 일이며, 이는 병징이 초기에는 발견되지 않고 수확기에 접어들어서 발견되기 때문이다. 한편, 혈청학적인 방법은 식물 병원체를 검출하기 위해 주로 사용되었으나 바이로이드는 핵산인 RNA로만 구성되어 있기 때문에 이 방법으로 검출할 수가 없다. 때문에 바이로이드를 검출하기 위해 주로 사용되는 방법은 분자 생물학적인 방법으로, 초기에는 바이로이드의 분자적인 크기와 구조적 특징을 이용한 겔 전기 영동 방법이 주로 사용되었다. 그 후에는 역전사 반응과 중합효소 연쇄반응을 접목시킨 역전사 중합효소 연쇄반응(RT-PCR) 방법이 활용되었고, 그에 대한 효율적인 결과 확인을 위해 형광 물질을 도입한 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응(Real-time RT-PCR)이 도입되었다. 그러나 그들은 온도를 변화시키기 위한 값비싼 기기와 전문적인 인력이 필요함으로 현장에서는 활용되기가 어렵다. 최근 개발된 고리 기반의 등온 증폭법(Loop-mediated isothermal amplification)의 경우, 온도의 변화가 필요 없어 비싼 온도 조절 기기가 필요하지 않다. 또한 매우 높은 증폭 효율을 지니며 반응 시간이 짧은 등의 여러 장점을 지니고 있기에 최근 현장 진단용 기술에 도입되고 있다. 이러한 배경으로, 이 총설에서는 바이로이드 유발 질병에 대하여 요약하고 그에 대한 검출 및 진단 방법에 대한 연구 동향에 대하여 기술하였다.

교정용 메탈 브라켓에서 자가중합효소연쇄반응을 통한 치아우식증 원인균의 탈출 (Direct detection of cariogenic streptococci in metal brackets in vivo using polymerase chain reaction)

  • 안석준;이신재;백승학;김태후;장영일;남동석;임범순
    • 대한치과교정학회지
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    • 제35권4호
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    • pp.312-319
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    • 2005
  • Streptococcus mutans와 Streptococcus sobrinus는 교정장치 주위의 법랑질 탈회를 유발하는 중요한 원인균들이다. 본 연구는 중합효소연쇄반응법을 이용하여 생체 브라켓에 존재하는 이들 균주의 이환율을 평가하기 위해 고안되었다. 상악과 하악치열의 절치 브라켓 각각 4개를 교정치료 종료 시점에서 채취하였다. 브라켓에 부착된 세균들의 DNA를 추출하고 각각의 세균에 해당하는 프라이머를 이용하여 덱스트란 분해효소를 증폭시켰다. 본 연구의 결과는 S. mutans와 S. sobrinus가 하악절치 브라켓에 비해 상악절치 브라켓에 더 많이 존재함을 보여주었으며, 이들 브라켓에 존재하는 세균의 빈도는 이전의 연구에서 구강내에 존재하는 빈도에 비해 더 적음을 보여주었다. S. mutans의 상악절치 브라켓 이환율은 $50.0\%$, 하악절치 브라켓 이환율은 $33.8\%$였고, S. sobrinus는 각각 $17.5,\;15.0\%$였다. 상악절치 브라켓에 두 종류의 세균이 모두 이환된 환자는 7명 $(8.8\%)$였으며, 하악절치 브라켓에 두 종류의 세균이 모두 이환된 환자는 5명 $(6.3\%)$였다. 본 연구의 결과는 법랑질 탈회를 유발하는 치아우식증 원인균이 절치 브라켓에 부착하는 상주균일 가능성을 제시한다.

기존의 핵산증폭기를 사용한 유리슬라이드상에서의 원위치 중합효소 연쇄반응 (In Situ PCR on the Glass Slide Using the Conventional DNA Thermal Cycler)

  • 오정균;장진수;이재영
    • 미생물학회지
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    • 제39권3호
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    • pp.197-200
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    • 2003
  • 기존의 핵산증폭기를 사용하여 유리 슬라이드상에서의 효과적인 원위치 중합효소 연쇄반응(in situ PCR)을 수행하기 위해서는 여러 가지 조건들을 고려해야 하는데, 이러한 조건에는 PCR 용액의 세포속으로의 침투, 증폭된 PCR산물의 세포외 유출의 방지, PCR용 액 성분의 유리슬라이드로의 비특이적 부착으로 인한 손실, 열에 의한 시약의 증발, heat block으로부터 슬라이드로의 열전도성 둥이 있다. 특히 PCR용액 성분의 세포내로의 침투를 보장하기 위해서는 다소 높은 농도의 PCR 용액성분(특히 4.5 mM $MgCl_{2}$ 농도)이 필요하였고, Taq 효소는 PCR전 처리(pre-PCR incubation)를 수행하는 경우,50 ${\mu}l$ 반응당 5~10 units이면 충분하였다. 또한 PCR의 전형적인 온도-시간 양상(temperature-time profile)을 만족시키기 위해서는 먼저 샘플의 건조화를 방지해야 하는데, 이를 위해서 heat block속의 빈 공간에 적당량의 물을 첨가했고, 설정온도와 실제온도를 측정해본 결과 약3~$4^{\circ}C$의 차이가 있었다.

화학소독제 처리 후 가타파차 콘의 멸균 효과 및 표면 성상의 변화 평가 (Assessment of decontamination of gutta-percha cone and the change of surface texture after rapid chemical disinfection)

  • 방난심;정일영;유윤정;금기연
    • Restorative Dentistry and Endodontics
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    • 제31권2호
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    • pp.133-139
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    • 2006
  • 본 연구의 목적은 첫째 임상에서 진료실에 노출된 가타파차 콘 표면의 오염 균종을 중합효소연쇄반응법 (polymerase chain reaction, PCR)을 이용해 동정하고, 둘째 이들 세균으로 오염시킨 가타파차 콘에 대해 2종의 소독제의 rapid sterilization 효과를 비교하였다. 또한 이들 소독제에 5분간 처리된 가타파차 콘 표면 성상의 변화를 주사전자현미경으로 관찰하였다. 진료실에 수 개월간 노출된 가타파차 콘 100개를 수거하여 배양지에 넣어 배양 후 universial primer를 사용한 PCR assay 를 통해 오염 균종을 동정하였다. 실험실 상에서 이 균종을 다시 배양하여 소독된 가타파차 콘에 접종하고 1주일간 배양한 후 2종의 소독제(5% NaOCl, 2% Chlorhexidine)에 1, 3, 5, 10 분간 담근 후 각 소독제의 종류와 적용시간에 따른 멸균 효과를 turbidity test 와 subculture 를 이용하여 평가하였다. 또한 각 소독제에 5분간 처리된 가타파차 콘 표면 성상의 변화를 주사전자현미경으로 관찰하였다. 중합효소연쇄반응법의 분석결과 17개의 가타 파차 콘이 오염된 것으로 나타났고 대부분이 Staphylococcus 계통이었으며, 2종의 소독제 모두 이들 균종에 대해 1분내에 멸균 효과를 나타냈다. 주사전자현미경상 NaOCl로 소독된 가타파차 콘 표면에는 cuboidal crystal 의 침전물이 전반적으로 관찰되었다. 본 연구 결과 2종의 소독제 모두 근관충전 전 가타파차 콘의 rapid sterilization 을 위해 유용하였으나 클로헥시딘으로 처리된 가타파차 콘이 크리스탈 침전물이 없는 좀더 깨끗한 표면을 갖는 것으로 나타났다.

생쥐 초기 배아에서 Aquaporin 8과 9의 발현에 관한 연구

  • 신현상;계명찬;강수만;이성은;이지원;강한승;김문규
    • 한국발생생물학회:학술대회논문집
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    • 한국발생생물학회 2003년도 제3회 국제심포지움 및 학술대회
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    • pp.68-68
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    • 2003
  • Aquaporin은 막관통 통로 단백질(transmembrane channel protein)로서, 삼투압의 농도구배에 따라 세포막을 가로질러 물분자를 이동시키는 기능을 하고 있다. 포유류 초기배아에서 포배강 형성은 영양외배엽세포에서 $Na^+ / K^+$ATPase에 의한 이온 농도 구배가 형성되면 auqaporin에 의해 물이 포배강으로 유입되면서 이루어진다. 본 연구에서는 생쥐 초기배아에서 반정량적인 역전사 중합효소 연쇄반응 방법(semi-quantitative RT-PCR)과 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응 방법(real-time RT-PCR)을 통하여 AQP8과 9의 mRNA발현을 조사하고 다중 면역형광현미경 방법(confocal immunofluorescence microscopy)을 통해 단백질 발현양상을 분석하였다. AQP8 mRNA는 상실기까지 발현되지 않다가 포배기에 이르러 발현되었고 AQP9 mRNA는 수정란에서부터 발현되어 포배기에는 유의할 정도로 증가하였다. 따라서 AQP8 mRNA는 배아유전자가 활성화되어 나타나는 것이고 AQP9 mRNA는 모계유전자 기원임을 알 수 있었다. AQP8 단백질은 상실배 단계까지 발현되지 않다가 포배시기에 영양외배엽세포사이의 접합면에 발현되었고 AQP9 단백질은 상실배 시기에 할구 사이의 인접 부위에서 강하게 발현되었다가 포배시기에는 세포간의 접합면에 약하게 발현하는 경향을 나타내었다. 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응 방법으로 조사한 결과 포배에서 물과 글리세롤을 통과시키는 AQP9는 mRNA의 발현양이 AQP8보다 약 4배 정도 많았다. 또한 포배기에 이르러서야 물만을 통과시키는 AQP8의 발현이 나타나는 것을 보아 포배강 형성시 외부에서 영양외배엽을 통해 포배강으로 유입되는 물의 이동(trans- trophectodermal water movements)에 AQP9보다 AQP8이 더 중요하게 관여할 것으로 사료된다., K, Pb, Cd, Cr, Co, Cu, Ni)을 측정하였다. 실험 조건1의 결과로서 각 국의 유아용 일회용 기저귀의 중금속 함량은 거의 유사한 경향을 나타내었으며 Cr, Zn, Pb, Ni, Mn, Mg, Li, K는 detection limit(2 ppm) 이하였고, Cd, Fe, Co, Cu, Ca, Al, Sr는 검출되었지만 기준치 이하였다. 실험 조건2의 결과로서 측정 항목(Cr, Sb, Cd, Pb, Ni, Co, Cu)중 Cr, Cd, Ni, Cu는 detection limit(0.1 ppm) 이하였고, Sb, Pb, Co는 검출되었지만 기준치 이하였다.았다. 4%의 경우에는 8$0^{\circ}C$이하로 온도를 낮추는 것이 좋은 상태를 나타내었다. 이와 같은 결과는 일반적으로 화학적 레팅을 4%, 7%에서한 선행결과와 상당히 다른 결과이다.염 농도가 증가할수록 감소 현상을 보였다.X>, 75BG30은 8.6$\mu\textrm{m}$, 75BG40은 7.02$\mu\textrm{m}$로 나타났다. 따라서 경화제 양에 관계없이 10$\mu\textrm{m}$ 이하로 나타나, 경화제 10$m\ell$만으로 미세한 크기를 얻을 수 있음을 알 수 있다. 젤리 강도 변화에 따른 차이는 300BF는 78.09$\mu\textrm{m}$ 300BG는 56.32$\mu\textrm{m}$로, 75BF나 75BG에 비하여 현저히 증가하여, 젤라틴의 젤리 강도는 캡슐 제조 조건의 주요한 변수임을 알 수 있다.추출물 투여시 혈당강하 및 혈중콜레스테롤 강하가 나타났으며, 상엽복합추출물 투여와 운동을 병행시 이러한 감소 효과가 더 뚜렷하게 나타났다.교육의 적임자로 보는 시각이 비교적 높았고 약 1/2정도는 영양교육에 참여하겠다는 의지를 가지고 있을 뿐만 아니라 실제로 영양지도를

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급성 호흡기 감염으로 입원한 소아에서 분리된 보카바이러스의 계통분석 (Phylogenetic Analysis of Human Bocavirus in Hospitalized Children with Acute Respiratory Tract Infection in Korea)

  • 안종균;최성열;김동수;김기환
    • Pediatric Infection and Vaccine
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    • 제19권2호
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    • pp.71-78
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    • 2012
  • 목적: 보카바이러스는 2005년 소아의 비인두 흡입물에서 처음으로 발견된 호흡기 바이러스로서 현재 전세계적으로 발견되고 있고 국내에서도 보카바이러스 호흡기 감염증이 보고되고 있다. 이번 연구는 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 이용한 보카바이러스의 분리 및 유전자 분석을 통하여 2010년 국내에서 유행하였던 보카바이러스의 계통 및 유전적 변이를 알아보고자 하였다. 방법: 2010년 1월부터 2010년 12월까지 세브란스 어린이병원에 하기도 감염증으로 입원한 소아에서 비인두 흡입 검체를 채취하였다. 다중 중합효소 연쇄 반응을 이용하여 12종의 바이러스에 대한 분자진단이 이루어졌고 이 중 보카바이러스 양성인 검체에 대하여 보카바이러스 1-4형에 특이적인 VP1/2 유전자 염기서열을 기반으로 하는 시발체를 이용한 중합효소 연쇄 반응을 시행하여 얻은 증폭산물의 염기서열분석을 확인하여 계통 분석을 시행하였다. 결과: 전체 953명의 소아 중 141명(14.8%)에서 보카바이러스가 검출되었고, 61.7%에서 다른 바이러스와의 중복감염을 보였다. 염기서열분석 결과 모두 보카바이러스 1형으로 확인되었고 보카바이러스 2, 3, 4형은 검출되지 않았다. 검출된 모든 보카바이러스의 염기서열들은 98% 이상의 염기유사도를 보였다. 결론: 2010년 국내에서 유행한 보카바이러스 호흡기 감염은 유전학적으로 모두 보카바이러스 1형에 의한 것이었고, 동정된 균주들은 높은 염기유사도를 보였다. 아직까지 국내에서 보카바이러스의 변이는 미미한 상태이지만 향후 보카바이러스 호흡기 감염의 유행시 지속적인 유전자형의 추적관찰이 필요하다.

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