• 미생물학회지
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• 제43권4호
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• pp.317-320
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• 2007

미생물 유전체 프로젝트를 수행하는 과정에서 발생하는 base-calling 오류를 포함하는 것으로 의심되는 유전자나 염기서열의 리스트를 보여 주는 프로그램을 개발하였다. 이 프로그램의 모듈들은 base-calling 오류로 의심되는 염기들의 후보군을 유전체 프로젝트를 수행하는 주요 단계에서 감지할 수 있도록 하였다. 이들 프로그램들은 초기 단계에서는 Phrap 파일에 존재하는 contig assembly 정보를 이용하여 base-calling 오류를 감지하는 모듈, 중간 단계에서는 상동성 검색 결과물로부터 frame skift 돌연변이의 진위 유무를 분석할 수 있는 모듈, 마지막 단계에서는, 이미 발표된 미생물 유전체와 같은 종으로부터 유래된 균주에 대한 유전체 프로젝트를 수행할 경우, 비교유전체 분석 기법을 활용하여 base-calling 오류 가능성이 높은 서열의 후보군을 추출하여 해당서열의 크로마토그램파일을 유전체 연구자가 볼 수 있는 모듈로 구성되어 있다.

• 한국작물학회지
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• 제21권1호
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• pp.92-96
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• 1976

본 실험은 대두육종을 위한 유전자원으로서 우리나라 재래종 825계통을 대상으로 2년간 재배하면서 그 집단내의 유전적 변이성과 특성을 구명하고 이들을 이용한 다수확 품종의 육성에 필요한 정보를 획득하는데 목적이 있으며 그 결과는 다음과 같다. 1. 단위면적당 평균 수량은 1,004.1kg/ha이고 대부분의 계통이 795kg에서 1,245kg의 수량성을 보였으며 백립중은 8.6gr∼44.4gr의 범위에서 평균 23.0gr이였다. 성숙기는 평균 144.7일로써 대부분의 계통이 만숙성이였고 초장 및 주당협수의 변이폭은 비교적 컸다. 2. 단백질함량은 평균 42.83%이고 40.7%∼44.2%, 지방함량은 평균 17.46%로서 전체계통의 70%가 16.5%∼19.0% 범위에 속해 있어 저지방성임을 나타내었다. 3. 유전분산은 수량과 초장 및 주당협수가 컸고 백립중 및 성숙기도 비교적 컸으나 단백질과 지방함량은 적은 유전분산을 보였다. 4. 백립중, 초장 및 주당협수의 유전력과 선발에 대한 기대치는 비교적 높았으며 성숙기의 유전력은 높았으나 선발효율은 낮았는데 그 원인은 재래종 집단의 표현형분산이 적은데 있다고 할 수 있다.

• 한국자원식물학회지
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• 제26권2호
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• pp.328-335
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• 2013

농촌진흥청 농업유전자원센터의 식물유전자원 확보, 보존 및 활용과 관련하여 수요자가 요구하는 유전자원 확보 및 유전자원의 품질향상 방안을 도출하기 위하여 2010년도에 종자 유전자원을 분양받아 활용한 수요자를 대상으로 2011년에 우편설문 방법에 의하여 설문조사를 실시하고 분석한 결과는 다음과 같다. 1. 분양된 유전자원에 대한 만족도는 종자의 순도, 발아율 및 기대 특성 발현도 등에서 '보통이상이다'고 답변한 비율이 각각 87.5%, 88.9%, 84.2%로 높게 나타났으며, 유전자원을 분양신청한 후 자원을 수령하기까지는 76.7%가 15일 이내에 수령한 것으로 만족도를 나타내었다. 2. 유전자원을 분양받은 후 자원을 활용하여 추진하고 있는 경과상황 및 예상 성과, 분양자원의 활용결과보고서 제출 여부 등에 관한 설문조사에서는 89.2%가 '분양받은 자원이 목적한대로 활용 중이다'는 답변을 나타내었다. 자원 활용 예상성과에 대해서는 자원정보 축적과 논문발표가 비교적 높은 비율이고 신품종 등록과 특허 출원이 상대적으로 낮은 비율을 나타내었는데 현시점에서의 유전자원 분양요청자의 성향을 나타낸 것으로 해석할 수 있다. 분양자원의 활용결과보고서 제출여부에 대한 답변결과는 자원분양 시 별도의 조치가 필요한 것으로 나타났다. 3. 유전자원 분양과 관련한 개선사항에 대한 설문에서는 특성이 있는 유전자원의 확보 제공과 유전자원의 특성정보 제공에 대한 답변 합계가 75.0%로서 유전자원 분양업무 절차보다는 현실적으로 필요한 자원이나 정보가 보다 더 절실함을 나타내었다. 금후 필요한 유전자원에 대한 설문에서의 답변은 국내의 재래종이 23.8%로 가장 많았고, 국제농업연구기관 보유 유전자원 21.4%, 외국국가가 보유한 유전자원 21.4%로 외국의 유전자원에 대한 희망이 42.8%로 나타나고 있으며, 다음이 해당 작물의 야생종 또는 야생근연종 10.7%, 외국의 육성품종 또는 계통 9.5%, 국내의 육성품종 또는 계통 9.5%의 순이었다. 또한, 수요자 소속별로 희망하는 유전자원이 다르게 나타났다. 4. 설문조사 분석결과, 유전자원 관리 단계별로 반영하여 수요자가 요구하는 유전자원을 우선적으로 확보하고 보존자원의 품질향상 관리가 되도록 하는 것이 중요한 것으로 나타났다. 수요자 맞춤형 자원도입 및 우선순위에 의한 자원 확보가 요구되었고, 보유 자원의 품질향상을 위해서는 자원 도입 시부터 특성 있는 자원을 확보하고 보존자원의 특성평가가 조속히 추진될 필요가 있으며, 유전자원 정보의 확충 및 확대 제공 노력이 요구되었다.

• 미생물학회지
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• 제55권2호
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• pp.167-170
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• 2019

Pantoea intestinalis SRCM103226은 식용곤충 밀웜으로부터 분리하였으며, zeaxanthin을 메인으로 생산하였다. P. intestinalis SRCM103226의 유전체 분석을 실시하여 4,784,919 bp 크기의 염기서열, GC 비율은 53.41%로 나타났으며, 플라스미드는 존재하지 않는다. RAST server를 이용하여 annotation한 결과 4,332개의 코딩유전자, 22개의 rRNA, 85개의 tRNA 유전자가 확인되었다 지놈분석결과 zeaxanthin 생합성회로 5개 유전자를 가지고 있다. 이러한 유전체 정보는 zeaxanthin 생합성 경로의 분자 진화의 비교 유전체학 연구에 대한 기초 정보를 제공한다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.572-579
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• 2008

경제 동물의 유전체 연구는 최근에 급속하게 발전하여 초기의 유전체 지도로 부터 유전자의 발견에 필수적인 앙적/질적 형질 유전자를 확인 동정가능한 수준의 지도가 개발되었다. 이러한 발전은 경제동물의 전체 게놈 염기서열 결정과 대량 ESTs의 개발에 의해 가능해졌다. 특히 염시서열 결정은 경제형질과 연관된 대규모의 SNPs 개발에 의한 QTL 연구에 유용한 정보를 제공할 것으로 사료된다. 비교 유전체 연구를 통해 인간 및 설치류 모델동물에서 나온 유전체 정보를 이용하여 경제 동물의 유전체 연구에 있어 중요한 발견을 이루었다. 이러한 노력은 좀더 밀도 높은 QTL지도의 작성을 가능하게 하여 쉽게 측정하기 어려운 경제형질과 연관된 유전자의 확인 및 동정을 가능하게 하고 궁극적으로 산업체에서 이용 가능한 표지인자의 개발을 가능하게 할 것으로 사료된다. 이와 더불어, 경제동물 유전체 연구 성과는 인간의 생리현상의 유전체 측면의 이해를 더욱 증진시킬 것이다.

• 생명과학회지
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• 제18권4호
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• pp.565-571
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• 2008

생물정보학의 발전으로 다양한 형태의 생물정보가 컴퓨터 프로그램에 의해 양산되고 있다. 단순한 서열간의 비교나 작은 규모의 자료를 처리하기 보다는 다각화된 정보와 대규모의 생물정보를 취급하고 있다. 그 중에서 시각화와 annotation를 위한 도구개발은 지난 10년간 많은 연구가 되고 있는 분야이다. 그럼에도 일반화된 도구 개발은 생물정보의 다양성과 사용자 요구의 다양화로 인해 매우 어렵다. 본 논문에서는 유전체간 알려진 정보와 다중 관계 그래프를 이용하여 이를 annotation하고 시각화하는 GenoVA 시스템을 제안한다. 다중 정렬을 위한 몇 개의 프로그램이 존재하지만 그 방법들이 서열내의 복잡성 때문에 많은 정보가 누락된다. 따라서 제안된 방법에서는 pairwise alignment를 확장하여 모든 유전체간 비교를 통해 연관성 도출한다. 유전체간 보존되는 영역의 빈도수와 BLAST 점수가 높은 것을 블록노드라 하고 이들 간의 연관관계를 다중 관계 그래프로 표현하였다. 또한 GenoVA는 알려진 정보, COG, 유전자를 시각화하고 다중 관계 그래프의 한 영역을 중심으로 클러스터링된 경로를 계층적으로 보여주었다. 이때 누락되거나 알려지지 않은 유전자나 다른 annotation정보 추출할 수 있다. 본 논문의 실험을 위해 열 개의 박테리아 유전체가 사용되었고 시각화와 annotation을 위한 자료로 활용하였다. GenoVA는 새로운 유전체에 대한 개략적이고 전산적 annotation을 직관적이고 편리하게 제공한다.

• 미생물학회지
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• 제52권4호
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• pp.503-504
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• 2016

단일 탄소원과 에너지원으로 리그닌을 이용하여 성장할 수 있는 Ochrobactrum anthropi AM3 균주를 퇴비로부터 분리하였다. 본 연구에서는 AM3 균주로부터 56.2% G+C 함량의 약 5.11 Mb 크기 유전체 염기서열을 결정하였으며 연구 결과는 Ochrobactrum속의 유전적 다양성과 리그닌 분해기작 연구를 위한 유전체 정보를 제공한다.

• 미생물학회지
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• 제54권2호
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• pp.167-168
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• 2018

Staphylococcus xylosus는 일반적으로 포유동물의 피부에 존재하며 식품가공설비와 의료기기 등에서도 발견이 보고되었다. 본 연구에서는 강력한 생물막 생성 특성을 가지는 Staphylococcus xylosus S170의 전체 유전체 서열을 분석하여 보고한다. 이 유전체는 2,910,005 bp 크기, 2,674개의 단백질 코딩 서열과 22개의 rRNA, 57개의 tRNA유전자를 포함한다. 본 연구에서 제공하는 유전체 정보는 생물막 관련 유전자 분석으로 생물막 형성 기작을 좀 더 잘 이해하는데 도움이 될 수 있다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2010년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.37 No.1(D)
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• pp.408-411
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• 2010

본 논문에서는 의약품, 음료수병 등 액체용기에 부착이 가능하며, 주변 유전체에 의한 성능열화가 적고 소형으로 바코드를 대신하여 용기에 부착이 가능한 플렉시블 RFID 특수태그 안테나를 제안하였다. 제안된 태그 안테나는 PET 기판 위에 미앤더 기법으로 제작되어 제작 및 대량 생산에 용이하며, 범용 RFID의 사용주파수 (860~960MHz)를 만족시키고, 주변 유전물의 영향으로 인한 성능변화를 최소화할 수 있도록 설계하였다. 제안된 태그 안테나는 본체 중앙부에 T 정합회로를 사용하고 미앤더 구조와 직선 구조의 보조선로 2개를 본체 상단에 삽입하여, 캐패시티브 결합을 이용해 태그칩과의 임피던스 공액정합이 쉽게 이루어지도록 하였다. 또한 2개의 보조선로가 각각 다른 부착물체의 유전율에 상호 보완적으로 전류를 유기시 키도록 하여 주변 유전 물질의 영향에 의한 반사손실을 만족하도록 하였다. 본 태그의 성능은 송신출력 20dBm, 안테나 이득 6dBi인 리더 안테나를 사용하였을 때 자유공간에서는 3.5m, 유리 부착 시 2.61m, 액체가 든 유리병 부착 시 2.51m 의 인식거리 성능을 보였다.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.347-350
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• 2017

그람 음성이며 막대모양의 Sphingobacteriaceae bacterium SH-48은 삼척 소한천에서 분리하였다. SH-48에 대한 유전체 분석을 실시하였으며, G + C 비율이 38.4%인 5,650,162 bp 크기의 염기서열을 얻었다. 유전체 특징은 카로티노이드 생합성 유전자인 crt 유전자 클러스터를 보유하고 있어 균주의 잠재적 중요성을 보여준다. 이러한 유전체 정보는 카로티노이드 생합성 경로에 대한 새로운 정보를 제공한다.