• 생명과학회지
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• 제15권2호
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• pp.161-168
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• 2005

2001년부터 2003년까지 부산지역의 냉각탑수에서 분리한 L. pneumophila (serogroup 1) 39균주에 대해 제한효소 SfiI 처리한 경우 PFGE 양상은 dice coefficient $<65\%$의 유사성을 가진 band를 Awl로 10개의 pulsotype으로 나누었고, 가장 많았던 유형은 E pulsotype으로 39주중 18주로 $46.2\%$를 나타내었으며, 그 외 A pulsotype $17.9\%$, C pulsotype $15.4\%$, F pulsotype $7.7\%$ 및 B, D, G, H, I, J pulsotype이 각각 $2.6\%$로 유전적 양상이 다양하였다. 제한효소 NotI 처리한 경우 PFGE 양상은 dice coefficient $<60\%$의 유사성을 가진 band를 $a\~h$로 8개의 pulsotype으로 나누었고, 가장 많았던 유형은 f pulsotype이 $38.5\%$였으며 그 외 d pulsotype $20.5\%$, e pulsotype $17.9\%$, a pulsotype $10.3\%$, h pulsotype $7.7\%$ 및 b, c, g pulsotype이 각각 $2.6\%$를 차지하였다. 본 연구를 통하여 부산지역에서 분리되는 레지오넬라균에 대한 유전자 유형분석 결과를 데이터베이스화하여, 레지오넬라증의 집단 발생 또는 산발적인 질병 발생이 있을 경우 분자학적 측면에서 사람과 환경에서 분리된 균으로부터 감염원과 감염경로를 규명하는 역학적인 도구로써 이용 가능할 것으로 사료되었다.

• 의료법학
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• 제17권1호
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• pp.45-105
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• 2016

본 논문은 현대 유전체 맞춤 의료에서 인간유전체 정보를 둘러싼 잊혀질 권리와 공유할 의무를 중심으로 전개되는 논쟁들을 살펴보고 그 의의를 고찰하는 것을 목적으로 한다. 이 목적을 위해 필자는 먼저 인간유전체 맞춤 의료의 정의와 이슈를 정리해 볼 것이다. 이후 본 논문은 인체유래물 및 인간유전체 정보를 둘러싼 논란을 크게 두 방향에서 전개한다. 두 방향이란 인간유전체 정보의 소위 개인적인 측면과 공동체적 측면을 말한다. 인간유전체 정보는 과연 누구의 것일까? 한 개인의 것일까? 그 개인이 속한 가족이나 공동체의 것일까? 필자는 인간유전체 정보가 이 두 속성을 모두 갖는다고 본다. 그리고 이 두 속성은 정보가공과 관련하여 개인과 공동체의 입장차를 중심으로 정보가공자인 연구자와 정보소유를 둘러싼 몇몇 문제를 제기한다. 그리고 이렇게 제기된 문제는 또 다른 의문을 불러일으킨다. 인체유래물로부터 그 정보를 가공한 연구자는 그 정보에 대해 얼마만큼의 소유권을 주장할 수 있을 것인가? 본 논문에서 필자는 이러한 문제의식들을 가지고 헬라세포(HeLa cell), 트리스탄 다 쿠나(Tristan da Cunha)섬 사람들의 천식유전자 특허, 과이미(Guaymi)여성 세포주, 하가하이(Hagahai)남성 세포주 등의 사례를 통해 유전체 맞춤의료를 위한 연구와 유전정보데이터베이스 구축에서 벌어지는 다양한 논쟁점들을 고찰해 보려 노력한다. 마지막으로 필자는 인체유래물 및 인간유전체 정보의 잊혀질 권리와 공유할 의무의 변증법적 종합을 몇몇 도덕철학자들의 입장을 통해 시도해 본다.

• Weed & Turfgrass Science
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• 제4권1호
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• pp.26-34
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• 2015

최근에 전 세계적으로 동물, 식물뿐만 아니라 균류, 해조류 등에서 활발하게 이용하는 DNA 바코드는 게놈 DNA의 단편을 이용해 종들 간의 DNA 변이를 발견하여 형태적 지식 없이 정확하게 종을 동정하고 분류하는 방법이다. 고등식물에서는 단일마커로 바코드 조건을 충족할 수 없어 엽록체 DNA의 rbcL과 matK 유전자를 표준마커로 이용하고 있다. 본 연구는 식물 표준 바코드마커와 핵 DNA의 ITS 부위를 이용하여 국내 벼과 식물 252 분류군 중 주로 농경지에서 발생하는 잡초 총 84분류군 403생태형을 바코드하여 데이터베이스를 구축하기 위하여 수행하였다. 바코드 결과 PCR 증폭과 염기서열 분석 성공률은 rbcL에서 가장 높았으며 matK에서 가장 낮았다. 그러나 바코드 갭과 종식별 해상력은 matK에서 가장 높았다. 80.9%의 염기서열 분석 성공률을 보인 ITS는 matK와의 조합에서 92.9% 까지 종 식별 해상력을 높일 수 있어 벼과 바코드에 매우 유용한 조합이었다. 벼과의 바코드데이터는 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁하여 genbank 번호를 부여받아 공개하였다. 그러므로 형태적으로 동정이 어려운 벼과 잡초를 matK와 ITS 부위의 염기서열을 분석하여 미국의 국립생물공학정보센터에 기탁한 데이터와 비교함으로써 쉽고 간편하게 동정할 수 있게 되었다.

• 미생물학회지
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• 제41권4호
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• pp.262-268
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• 2005

탄저 치사독소는 생쥐 대식세포 (RAW 264.7)의 유전자 발현에 많은 변화를 초래한다. 이들 변화를 초래하는 치사독소의 역할은 아직 확실하게 밝혀지지 ???았다. 본 연구에서는, 치사독소가 처리된 생쥐 대식세포의 단백질 프로파일을 이차원 전기영동으로 분석하였고, MALDI-TOF 질량분석기를 사용하여 해당 단백질의 질량을 측정하였다. 펩타이드 질량 분석 데이터는 ProFound 데이터베이스를 이용하여 동정하였다. 차별화되어 발현된 단백질 중에서 절단된 mitogen-activated protein kinase kinase (Mek1)와 glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD)가 치사독소 처리된 대식세포에서 각각 증가하였다. 치사독소를 처리하였을 경우, Mek1의 절단은 신호전달과정을 방해하고, 증가된 G6PD는 생성된 활성산소로부터 세포를 보호하는 역할을 하는 것으로 보인다. 단백질체 분석기술은 치사독소처리에 의한 생쥐 대식세포의 세포사멸 관련 단백질을 동정하는데 도움을 주어, 치사독소의 잠정적인 기질을 찾는데 유용할 것이다.

• 해양정책연구
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• 제33권2호
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• pp.183-204
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• 2018

국제포경위원회의 상업포경금지 조치에 따라 1986년부터 대한민국에서 포경이 금지되었다. 혼획으로 사망하는 고래의 유통은 계속 이루어져 국제기구 등에서 불법포획 의혹을 제기하기도 했다. 이에 고래 유통 질서를 확립하기 위해 2011년 "고래자원의 보존과 관리에 관한 고시"가 공포되었다. 이후 정부는 고시의 내용을 수 차례 개정하며 유통 질서를 바로 잡고자 했으나, 불법포획 고래의 유통을 막기에는 여전히 부족한 부분이 있다. 본 연구에서는 이력추적 시스템 구축을 통한 고래 유통 질서 확립을 위해 위 고시의 개정을 포함한 관련 제도 개선 사항 등에 대해 연구하였다. 먼저, 불법포획 고래의 시장 진입을 제도적으로 차단하고, 혼획으로 사망한 고래만 유통이 되도록 제도의 개정이 이루어져야 한다. 그리고 불법 유통에 대한 강력한 증거 자료로 사용되는 DNA 데이터베이스를 완벽하게 구성하기 위해 시료 채집 방법과 수사용 시료의 분석 절차 등에 대한 개선이 필요하다. 끝으로 효과적인 유통 이력추적 시스템을 확립해야 한다. 기존의 시스템을 활용하기에는 법률 적용, 시민단체 반대 등 현실적인 어려움이 많기 때문에 블록체인 기술을 활용한 새로운 시스템을 개발하는 것이 보다 타당한 방법으로 여겨진다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제38권6호
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• pp.496-507
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• 2023

본 연구는 대한민국 온라인 시장에서 판매되는 48개의 새우 제품의 종판별 및 제품 표시 사항 일치 여부를 조사하였다. 사용 원재료의 종 판별을 위해 cytochrome c oxidase subunit I 유전자의 염기서열을 분석하여 NCBI GenBank 및 BOLD system 데이터베이스에 등록된 생물종의 염기서열과 비교하였다. 또한 계통분석을 수행하여 동정된 새우종을 추가로 검증했다. 종판별 결과 총 16종[흰다리새우(Penaeus vannamei, Whiteleg shrimp or Pacific white shrimp), 북쪽분홍새우(Pandalus borealis, Alaskan pink shrimp), 그라비새우(Palaemon gravieri, Chinese ditch prawn), 돗대기새우(Leptochela gracilis, Lesser glass shrimp), 얼룩새우(Penaeus monodon, Giant tiger prawn), 아르헨티나붉은새우(Pleoticus muelleri, Argentine red shrimp), 산모양깔깔새우(Metapenaeopsis dalei, Kishi velvet shrimp), 태평양난바다곤쟁이(Euphausia pacifica, Isada krill), 가시배새우(Lebbeus groenlandicus, Spiny lebbeid), 꽃새우(Trachypenaeus curvirostris, Southern rough shrimp), 진흙새우(Argis lar, Kuro shrimp), 가시발새우(Metanephrops thomsoni, Red-banded lobster), 깔깔새우(Metapenaeopsis barbata, Whiskered velvet shrimp), 긴발딱총새우(Alpheus japonicus, Japanese snapping shrimp), 대하(Penaeus chinensis, Fleshy prawn), 긴뿔민새우(Mierspenaeopsis hardwickii, Spear shrimp)]이 확인되었으며, 흰다리새우(n=22, 45.8%)가 가장 큰 비중을 차지하였다. 일반명 '새우'를 포함하는 35개 제품(72.9%)에서 표시사항과 불일치를 나타내었으며, 일반명(n=30)을 제외할 경우 불일치율은 10.4%로 낮아졌다. 가공 정도별 불일치율은 다중 가공 제품(n=25, 89.3%)이 단순 가공 제품(n=10, 50%)보다 높은 비율을 보였다. 원산지별 분석 결과 특정 국가와 불일치율과의 상관성은 확인할 수 없었다. 본 연구 결과는 향후 새우 제품의 모니터링 수행 및 새우의 국명 표시 개선을 위한 기초자료로 쓰일 수 있을 것이다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제38권6호
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• pp.464-475
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• 2023

본 연구에서는 온라인 마켓에서 판매되는 50개 복어제품의 종판별 및 표시사항 일치여부 모니터링을 수행했다. 복어의 종판별을 위해 cytochrome c oxidase subunit I 및 cytochrome b 유전자의 염기서열을 분석하여 NCBI GenBank 데이터베이스에 등록되어있는 생물종의 염기서열과 비교 후 계통 분석을 수행했다. 참복, 흰점참복, 까치복, 복섬, 검복, 국매리복, 흑밀복 총 7종이 동정되었으며, 35개 제품(70%)에서 표시사항과의 불일치를 나타냈다. 12개의 제품(24%)에서는 식품공전에서 제시한 식용 가능한 복어 21종의 국명 대신 일반명(복어)을 사용하였다. 가공 정도별 불일치율은 다중가공 제품(n=9, 81.8%)이 단순가공 제품(n=26, 66.7%)보다 높은 비율을 보였으며, 원산지별 불일치율의 경우 중국산 제품(n=8, 80%)이 국산 제품(n=26, 66.7%)보다 높은 비율을 보였다. 시장명, 방언 등의 이름이 혼용되어 다수의 복어종을 밀복, 졸복으로 표시하였다. 이러한 분류체계의 어려움으로 인해 흰점참복, 국매리복과 같은 식용불가 복어가 식용 가능한 복어인 졸복으로 혼용되어 판매되는 것이 확인되었다. 따라서 식용 가능한 복어를 정확히 분류할 수 있는 방법의 개발이 필요하며, 수입 및 국내 유통 복어 제품의 주기적인 모니터링이 필요하다.

• 생명과학회지
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• 제34권3호
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• pp.179-190
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• 2024

Canabas sativa L. (marijuana and hemp)는 전 세계적으로 널리 재배되는 식물로 식품, 의약품 등의 재료로 사용되었다. 본 연구는 네트워크 약리학을 이용하여 대마 줄기 및 뿌리 추출물의 기능적 효과를 예측하고 이들의 새로운 기능을 알아보고자 하였다. 줄기 및 뿌리 에탄올 추출물의 성분은 GC/MS로 확인하였고, 성분과 단백질 간의 네트워크는 STIHICI 데이터베이스를 이용하여 알아보았다. 성분과 연결된 단백질의 작용기전은 KEGG pathway 분석을 수행하였다. 추출물의 효과는 실시간 PCR을 이용하여 lysophosphatylcholine 유도 THP-1 세포에서 확인하였다. 줄기 및 뿌리 추출물에서 각각 21개 및 32개의 성분이 확인되었다. 줄기 및 뿌리의 성분과 연결된 단백질은 각각 147개, 184개의 단백질이었다. KEGG pathway 분석결과 MAPK signaling pathway를 포함한 69개의 경로가 추출물에 의해 공통적으로 영향을 받는 것으로 나타났다. 경로 네크워크를 이용한 추가 조사 결과, Terpenoid backbone biosynthesis 추출물 및 MVK와 MVD 의해 영향을 받을 가능성이 높으며, 유전자 발현은 추출물에 의해 LPC 유도 THP-1 세포에서 감소하였다. 따라서 본 연구에서는 대마 줄기 및 뿌리 에탄올 추출물이 다양한 경로로 영향을 미칠 수 있음을 보여주었고, 이러한 결과는 대마의 효과를 예측하고 연구하기 위한 기초 정보를 제공할 것으로 사료된다.

• 원예과학기술지
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• 제31권6호
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• pp.772-781
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• 2013

본 연구의 목적은 상추(Lactuca sativa)의 expressed sequence tag(EST)로부터 simple sequence repeat(SSR) 마커를 개발하고, 개발된 EST-SSR 마커를 이용하여 상추의 3가지 야생종의 유전자원 9점과 61개의 유통품종을 식별하는 것이다. NCBI 데이터베이스로부터 총 81,330개의 상추 EST를 대상으로 SSR을 탐색하였고, 총 4,229개의 SSR을 발견하였다. SSR의 반복 motif 중 trinucleotide(59.12%, 2,500개)가 가장 많았고, 그 다음으로 dinucleotide(29.70%, 1,256개), hexanucleotide(6.62%, 280개) 순의 분포를 나타내었다. EST로부터 총 474개의 EST-SSR primers를 개발하였고, 이 중 267개의 primer를 9점의 유전자원과 61품종에 대한 유전적 다양성 평가에 활용하였다. 267개의 마커 중 47개의 EST-SSR 마커가 7개 품종 내에서 다형성을 보였으며, 이 중 다형성 정도와 반복 재현성 및 밴드의 선명성을 고려하여 26개의 EST-SSR 마커를 선발하였다. 최종 선발된 26개의 SSR 마커를 이용하여 70개 공시재료를 분석한 결과 대립유전자 수는 총 127개였으며, 최소 2개에서 9개의 분포를 나타내었으며 마커당 평균 대립유전자 수는 4.88개를 나타내었다. PIC평균값은 0.542로 나타났으며, 0.269-0.768의 범위를 나타내었다. 70개 공시재료의 유전적 거리는 0.05-0.94로 나타났으며, 유사도 지수 0.34를 기준으로 할 때 7개의 주요 그룹으로 나누어졌다. 26개의 EST-SSR 마커를 이용한 유전적 다양성 분석 결과 9점의 유전자원과 61개의 유통품종이 마커의 유전자형에 의해 모두 식별이 되었다. 본 연구를 통해 신규 개발된 EST-SSR 마커는 상추의 품종식별과 구별성, 균일성, 안정성 검정에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권4호
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• pp.445-452
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• 2016

야외에서 채집된 멸강나방(Mythimna separata) 유충 및 번데기로부터 우화한 기생파리를 NCBI 데이터베이스에 등록되어 있는 유전자 염기서열 정보(16S, 18S, 28S 그리고 CO I)와 비교하여 긴등기생파리(Exorista japonica)로 동정하였다. 긴등기생파리의 알부터 성충우화까지 발육 기간을 담배거세미나방(Spodoptera litura) 5~6령 유충을 숙주 곤충으로 하여 7개 항온조건(16, 19, 22, 25, 28, 31, $34{\pm}1^{\circ}C$)에서 조사하였고 온도에 따른 발육율과 발육완료 모델들의 매개변수들을 추정하였다. $34^{\circ}C$를 제외한 다른 항온 조건에서 알부터 성충우화까지 발육이 가능하였다. 알부터 번데기까지 발육 기간을 보면 $16^{\circ}C$(23.4일)에서 가장 길었고 $34^{\circ}C$(8.3일)에서 가장 짧았으나, 번데기부터 성충까지 발육기간은 $28^{\circ}C$(7.3일)에서 가장 짧았다. 알부터 성충우화까지 전체 발육 기간은 $31^{\circ}C$에서 16.3일로 가장 짧았고 $16^{\circ}C$에서 45.4일로 가장 길었으며 온도가 상승함에 따라 발육기간은 짧아졌다. 선형 발육율 모델을 이용하여 추정한 알부터 성충우화까지 발육영점온도와 유효적산온도는 각각 $7.8^{\circ}C$, 370.4DD 였다. 4개 비선형 발육율 모델(Briere 1, Lactin 2, Logan 6, Performance) 중에서는 Briere 1 모델($r^2_{adj}=0.96$)이 가장 높은 해석력을 보여주었다. 동일 연령 집단의 발육완료 분포를 설명하기 위해 사용된 3개 모델(2-parameter Weibull, 3-parameter-Weibull, Sigmoid)은 모두 같은 결정력($r^2_{adj}=0.90$)을 보였다.