• 제목/요약/키워드: 실시간 PCR

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포장 조건에서 CMVP0-CP 형질전환 고추 도입유전자의 지속성 조사 (Assessment of the Persistence of DNA in Decomposing Leaves of CMVP0-CP Transgenic Chili Pepper in the Field Conditions)

  • 이범규;김창기;박지영;박기웅;이훈복;한지학;김환묵
    • 한국환경농학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.319-324
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    • 2007
  • 오이모자이크바이러스(cucumber mosaic virus, CMV)에 저항성을 가지도록 개발된 형질전환 CMVP0-CP 고추를 이용하여 포장 조건에서 CMVP0-CP 고추 도입유전자의 지속성을 조사하였다. CMVP0-CP 고추의 잎을 토양 표면에 올려놓거나 토양 내에 묻은 뒤 일정 시간 간격으로 PCR 및 실시간 PCR법을 이용하여 도입유전자를 정성, 정량 분석하였다. CMVP0-CP 고추에 도입된 유전자의 양은 10 cm 깊이의 토양 속 및 토양 표면에서 1개월 후 28.3-42.7%, 2개월 후 0.9-3.3%로 감소하였으며, 3-4개월 후에는 검출되지 않았다. 또한 이러한 유전자는 지중보다 지표에서 약8% 더 오래 지속되었다. CMVP0-CP 고추의 잎이 토양 내에서 분해되는 과정에서 유출된 DNA가 주변 토양으로 전이되었는지를 조사하기 위해 낙엽주머니에 부착된 토양으로부터 DNA를 추출하여 PCR분석을 수행하였다. PCR 분석 결과 CMVP0-CP 고추에 도입된 유전자가 검출되지 않았다.

임상검체에서 분리된 그람음성막대균으로부터 카바페넴 내성 유전자 검출 (Detection of the Carbapenem Resistance Gene in Gram-negative Rod Bacteria Isolated from Clinical Specimens)

  • 양병선
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제54권3호
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    • pp.179-191
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    • 2022
  • 본 연구는 공중보건에 위협이 되고 있는 carbapenemase 유전자형 중 blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, blaOXA-48-like 유전자의 표현형적 검사 및 분자진단으로 검출하고 관련 유전자 분포 양상에 대해 알아보았다. 표현형적 검사결과 MHT는 41균주 모두에서 양성을 확인하고, CIT는 meropenem+PBA는 18균주 및 meropenem+EDTA에서 8균주의 양성을 확인하였다. PCR 결과 blaKPC 28균주, blaNDM 25균주, blaIMP 5균주, blaVIM 1균주, blaOXA-48-like 13균주에서 증폭 산물을 확인하였다. 또한 blaKPC+blaNDM 7균주, blaKPC+blaIMP 1균주, blaNDM+blaOXA-48-like 1균주, blaNDM+blaVIM 1균주, blaKPC+blaNDM+blaIMP 4균주, blaKPC+blaNDM+blaOXA-48-like 4균주를 확인하였다. 실시간 중합효소 연쇄반응을 이용한 융해 곡선 분석결과는 PCR 결과와 100% 일치함을 확인하였다. 결론적으로 real-time PCR을 이용한 신속하고 특이성이 높은 CRE 조기진단을 통한 유전자 확인은 제한된 치료 옵션과 높은 사망률로 공중 보건 위협을 고조하는 CRE의 감시, 진단 및 치료를 개선할 수 있으며 전염을 방지하기 위한 효과적인 항균 치료 및 시기적절한 감염 통제가 가능할 것으로 사료된다.

Lipopolysaccride 감염처리가 닭의 품종간 스트레스연관 유전자 발현에 미치는 영향 (Effects of Lipopolysaccride-induced Stressor on the Expression of Stress-related Genes in Two Breeds of Chickens)

  • 장인석;손시환;문양수
    • 한국가금학회지
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    • 제44권1호
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    • pp.1-9
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    • 2017
  • 본 연구는 한국재래계(KNC)와 백색레그혼(WLH)에서 lipopolysaccharide(LPS)감염 스트레스가 닭의 품종간 스트레스 연관 유전자들의 발현에 미치는 영향을 비교 분석하고자 실시되었다. 공시계를 대상으로 생리식염수(대조구)와 LPS(처리구)를 복강에 투여한 후, 시간(0, 48 hr) 및 처리별 각 개체로부터 간 조직을 취하고, microarray 및 quantitative RT-PCR(qRT-PCR) 분석을 하였다. 처리에 따른 유전자 발현차이를 보면, KNC(대조구)와 KNC에 LPS를 처리한 경우(KNC-LPS)를 비교한 결과, 대조구 대비 2배 이상 유전자의 발현이 증가한 유전자의 수는 1,044개, 발현이 감소한 유전자의 수는 1,000개였다. WLH(대조구)를 WLH-LPS와 비교한 경우, 유전자의 발현이 증가한 유전자의 수는 1,193개, 발현이 감소한 유전자의 수는 1,072개였다. LPS 처리에 따른 스트레스 연관 유전자들의 microarray 발현에서 스트레스연관 유전자들의 발현은 두 품종 모두에서 감소하였으며, 품종 간 차이는 없는 것으로 나타났다. Microarray의 결과를 바탕으로 HSP90, HMGCR, ATF4, SREBP1, XBP1 등의 유전자 발현을 qRT-PCR을 이용하여 검증한 결과, 대조구와 LPS 감염구 간에 유의적 차이를 나타내었다(P<0.05). 세포 수준의 스트레스(ER 스트레스)에서 ATF4, XBP1, SREBP1은 화이트레그혼에서 microarray와 qRT-PCR에서와 같이 이들 유전자들의 발현이 억제되는 것을 보여주었다. 그러나 한국 재래계에서는 ATF4를 제외한 유전자들은 LPS에 의해 영향을 받지 않거나(XBP1), 오히려 증가(SREBP)하는 양상을 보였다. ER-stress 연관 유전자들의 발현 양상으로 볼 때, KNC이 WLH에 비하여 LPS 감염에 더 민감하게 반응하는 것으로 보인다. HMGCR은 두 품종간에 LPS에 의한 상호작용이 없는 것으로 보아, HMGCR 발현에 의한 감염 차이점을 찾을 수 없었다. 한국재래계에서 HSP70은 LPS 처리 후에 대조구에 비하여 약 2.5배 이상 높은 발현을 보였으나, 백색 레그혼에서는 낮은 발현 양상을 나타내었다. 스트레스 지표 유전자들의 종류뿐만 아니라, 스트레스 종류(예: 환경스트레스, 감염스트레스)에 따라 유전자들의 발현 반응에 차이가 있음을 보여주었다. LPS 감염스트레스에 따른 스트레스연관 유전자 발현연구는 닭의 품종별 질병 저항성 및 동물복지 관련 지표의 탐색에 기여할 것으로 사료된다.

다양한 식품에서 Campylobacter jejuni 검출을 위한 real-time PCR과 배지배양법의 비교검증 (Comparison of Real-Time PCR and Culture Methods for Detection of Campylobacter jejuni in Various Foods)

  • 천정환;현지연;황인균;곽효선;한정아;김무상;김종현;송광영;서건호
    • 한국식품과학회지
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    • 제43권1호
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    • pp.119-123
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    • 2011
  • 본 연구에서는 두 종류의 선택배지를 활용한 배지배양법과 realtime PCR의 C. jejuni 검출능력을 비교하였다. 소시지, 쇠고기 분쇄육, 무순에 C. jejuni를 접종하고 Hunt broth로 증균배양 하였으며, mCCD agar와 Preston agar에 배양액을 획선도말하여 미호기적으로 배양하였다. 동시에 증균배양액에서 1 mL을 채취하여 realtime PCR을 실시하였다. 실험결과, real-time PCR은 쇠고기 분쇄육과 소세지에서 두 가지 선택배지와 비교하여 동일한 검출력을 보였으나 무순에서는 훨씬 더 많은 양성을 검출하였다(p<0.05). 두 배지간의 비교에서는 Preston agar와 mCCD agar는 통계학적 유의차가 없는 민감도를 보였다(p>0.05). 결론적으로 real-time PCR은 표준검출법인 배지배양법과 비교하여 동등하거나 우수한 민감도를 지닌 신속검출기법인 것으로 사료되며, 배지배양법에 앞서 선별검사로 사용할 경우 시간, 비용, 노동력 절감에 있어서 매우 유효한 방법이 될 것으로 판단된다.

지방간 및 대사 인자들과 말초혈액 백혈구의 사립체 DNA copy 수와의 연관성 (Relationship Between Mitochondrial DNA Copy Number, Metabolic Abnormalities and Hepatic Steatosis)

  • 권길영;전대원
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제11권6호
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    • pp.2093-2098
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    • 2010
  • 지방간은 대사증후군의 한 형태로 인슐린저항성이 중요한 역할을 한다. 본 연구는 당뇨 및 대사 인자들과 연관성이 있는 것으로 알려진 말초혈액의 사립체 DNA (mtDNA) copy 수와 지방간 및 인슐린저항성 관련 인자와의 연관성을 알아보고자 하였다. 지방간 진단을 위해 음주력 설문과 복부 초음파 검사를 시행하였으며 실시간 중합효소 연쇄반응을 이용하여 말초혈액의 백혈구에서 mtDNA copy 수를 측정하였다. 총 445 명의 대상자 중 지방간이 있는군(fatty liver group)은 148 명이고 정상군은 297 명이었다. 지방간이 있는 군에서 정상군에 비해 mtDNA copy수가 유의하게 낮았다. 비알콜성 지방간과 알코올성 지방간 모두 지방간이 있는 군에서 말초혈액 mtDNA copy 수가 낮았다. 말초혈액의 mtDNA copy 수는 ALT, AST, $\gamma$-GTP, 체질량지수, 허리둘레, 이완기혈압, 유리지방산 수치와 역의 상관관계를 보였다. 말초혈액에서의 mtDNA copy 수는 지방간 여부 및 인슐린저항성 관련 대사 인자들과 높은 연관성이 있었다.

우리나라에 분포하는 고추와 토마토 풋마름병균(Ralstonia solanacearum) 계통들의 유전적 다양성 (Genetic Diversity of Ralstonia solanacearum Strains Isolated from Pepper and Tomato Plants in Korea)

  • 서상태;박종한;한경숙;정승룡;이승돈
    • 식물병연구
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    • 제13권1호
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    • pp.24-29
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    • 2007
  • 풋마름병징을 나타내는 고추와 토마토 식물체로부터 35개의 풋마름병균 계통들을 분리하여 생리.생화학 실험, 병원성 실험, 유전학적 실험을 통해 유전적 다양성을 연구하였다. 생리 생화학 실험과 종특이적 polymerase chain reaction(PCR)을 실시한 결과 풋마름병균 계통들은 모두 Ralstonia solanacerum biovar 4로 동정되었다. 분리균은 고추와 토마토 유묘를 이용해 병원성이 확인되었다. Repetitive sequence-based PCR(rep-PCR) 결과를 토대로 계통도 분석을 한 결과 고추와 토마토 분리균은 6개의 group으로 나뉘었으며, 유전적 다양성은 높게 나타났다. 풋마름병균 계통들의 그룹간에는 지역별, 기주별 특이성은 관찰되지 않았다.

부착성 요각류 Tigriopus japonicus의 nauplius 생산을 위한 중형규조류의 먹이효율

  • 김미정;이재형;김영태;허성범
    • 한국양식학회:학술대회논문집
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    • 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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    • pp.92-92
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    • 2003
  • 본 연구는 부착규조류에 따른 부착성 요각류 Tigriopus japonicus의 nauplius 생산력을 알아보기 위하여 실시하였다. 실험에 사용된 T. japonicus는 부산 동백섬 부경대학교 수산과학연구소 부근에 있는 tidal pool에서 동물성부유생물망으로 채집하였다. 먹이생물로는 부경대학교 한국해양 미세조류 은행에서 보관중인 부착규조류 중 중형종인 Caloneis schroder를 대표종으로 이와 크기가(14.8~27.5$\mu\textrm{m}$) 유사한 종들을 대상으로 형태를 현미경 하에서 관찰하고, 지역과 분리일자 등을 고려하여 유사종을 선별한 후 최종적으로 종의 유전적 유사성을 밝히기 위하여 RAPD-PCR (random amplified polymorphic DNA polymerase chain reaction)을 실시하였다. 이 중 Caloneis schroder와 유전적으로 유사성이 낮은 Navicula spp. (KMCC B-245, 393, 394, 581) 4종을 선별하여 T. japonicus의 먹이로 사용하여 포란한 암컷의 nauplius 생산력을 3반복 조사하였다. Genomic DNA는 대부분의 종에서 성공적으로 검출되었으며, 종에 따라 PCR 증폭산물이 나타나지 않은 경우도 있었으므로, PCR 산물이 나타난 종에 대해서만 분석하였고, 증폭된 DNA band는 대부분 크기 0.5~2.0kb 범위에서 나타났다. 실험에 사용된 부착규조류 간의 유사성을 알아보기 위하여 similarity matrix를 분석한 결과 F값의 범위는 0.00에서 1.00까지 였으며, Caloneis schroder와 유사성이 낮은 종들에 비하여 유사성이 높은 종들이 더 많이 나타났다. 이들을 먹이로 하여 포란한 T. japonicus의 실험구별 nauplius 평균 개체수를 살펴보면, KMCC B-394가 255.7마리로 가장 높았던 반면 KMCC B-581가 29.7마리로 가장 낮았다. 그 외 KMCC B-245가 120.0마리, KMCC B-393가 76.0마리, Caloneis schroder가 32.3마리 각각 나타났다. 이와같은 결과를 볼 때 T. japonicus의 nauplius 생산력은 규조 종에 따라 큰 차이가 있는 것으로 판단된다.

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구강상피세포의 배양환경의 차이에 의한 마이크로어레이 기반 유전자 발현의 융복합 분석 (The Convergence Analysis of Microarray-Based Gene Expression by Difference of Culture Environment in Human Oral Epithelial Cells)

  • 손화경
    • 한국융합학회논문지
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    • 제10권4호
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    • pp.81-89
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    • 2019
  • 이 연구는 HPV 16 E6/E7 도입 불멸화 구강상피세포의 배양 미세환경과 세포 분화간의 관계를 분석하였다. 배양환경을 변화시켜서 IHOK-EF 세포와 IHOK-EFKGM 세포를 얻었고, 이들 세포의 특성변화를 세포증식분석, 면역형광분석 및 마이크로어레이와 실시간 정량 PCR분석으로 알아보았다. IHOK-EF 세포는 상피세포의 특성을 상실하고 간엽세포의 특성을 획득하였고, 마이크로어레이 분석결과, 분화억제 유전자인 ID2, IL6, TWIST1이 과발현 되었다. 이러한 변화는 초기의 배양환경으로 회복되었을 때, 특별히, ID2와 IL6에서 유전자발현의 복귀를 나타내면서 세포의 특성이 부분적으로 회복되었다. 이 연구는 세포의 특성을 결정하는 연구에서 배양 미세환경의 변화에 따른 세포의 생존을 위한 적응양상을 이해하는데 공헌할 것이며, 향후, 암세포의 미세환경변화에 따른 생존연구에 적용하여 질병에 대한 치료적 접근을 가능하게 할 것이다.

생쥐 초기 배아에서 Aquaporin 8과 9의 발현에 관한 연구

  • 신현상;계명찬;강수만;이성은;이지원;강한승;김문규
    • 한국발생생물학회:학술대회논문집
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    • 한국발생생물학회 2003년도 제3회 국제심포지움 및 학술대회
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    • pp.68-68
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    • 2003
  • Aquaporin은 막관통 통로 단백질(transmembrane channel protein)로서, 삼투압의 농도구배에 따라 세포막을 가로질러 물분자를 이동시키는 기능을 하고 있다. 포유류 초기배아에서 포배강 형성은 영양외배엽세포에서 $Na^+ / K^+$ATPase에 의한 이온 농도 구배가 형성되면 auqaporin에 의해 물이 포배강으로 유입되면서 이루어진다. 본 연구에서는 생쥐 초기배아에서 반정량적인 역전사 중합효소 연쇄반응 방법(semi-quantitative RT-PCR)과 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응 방법(real-time RT-PCR)을 통하여 AQP8과 9의 mRNA발현을 조사하고 다중 면역형광현미경 방법(confocal immunofluorescence microscopy)을 통해 단백질 발현양상을 분석하였다. AQP8 mRNA는 상실기까지 발현되지 않다가 포배기에 이르러 발현되었고 AQP9 mRNA는 수정란에서부터 발현되어 포배기에는 유의할 정도로 증가하였다. 따라서 AQP8 mRNA는 배아유전자가 활성화되어 나타나는 것이고 AQP9 mRNA는 모계유전자 기원임을 알 수 있었다. AQP8 단백질은 상실배 단계까지 발현되지 않다가 포배시기에 영양외배엽세포사이의 접합면에 발현되었고 AQP9 단백질은 상실배 시기에 할구 사이의 인접 부위에서 강하게 발현되었다가 포배시기에는 세포간의 접합면에 약하게 발현하는 경향을 나타내었다. 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응 방법으로 조사한 결과 포배에서 물과 글리세롤을 통과시키는 AQP9는 mRNA의 발현양이 AQP8보다 약 4배 정도 많았다. 또한 포배기에 이르러서야 물만을 통과시키는 AQP8의 발현이 나타나는 것을 보아 포배강 형성시 외부에서 영양외배엽을 통해 포배강으로 유입되는 물의 이동(trans- trophectodermal water movements)에 AQP9보다 AQP8이 더 중요하게 관여할 것으로 사료된다., K, Pb, Cd, Cr, Co, Cu, Ni)을 측정하였다. 실험 조건1의 결과로서 각 국의 유아용 일회용 기저귀의 중금속 함량은 거의 유사한 경향을 나타내었으며 Cr, Zn, Pb, Ni, Mn, Mg, Li, K는 detection limit(2 ppm) 이하였고, Cd, Fe, Co, Cu, Ca, Al, Sr는 검출되었지만 기준치 이하였다. 실험 조건2의 결과로서 측정 항목(Cr, Sb, Cd, Pb, Ni, Co, Cu)중 Cr, Cd, Ni, Cu는 detection limit(0.1 ppm) 이하였고, Sb, Pb, Co는 검출되었지만 기준치 이하였다.았다. 4%의 경우에는 8$0^{\circ}C$이하로 온도를 낮추는 것이 좋은 상태를 나타내었다. 이와 같은 결과는 일반적으로 화학적 레팅을 4%, 7%에서한 선행결과와 상당히 다른 결과이다.염 농도가 증가할수록 감소 현상을 보였다.X>, 75BG30은 8.6$\mu\textrm{m}$, 75BG40은 7.02$\mu\textrm{m}$로 나타났다. 따라서 경화제 양에 관계없이 10$\mu\textrm{m}$ 이하로 나타나, 경화제 10$m\ell$만으로 미세한 크기를 얻을 수 있음을 알 수 있다. 젤리 강도 변화에 따른 차이는 300BF는 78.09$\mu\textrm{m}$ 300BG는 56.32$\mu\textrm{m}$로, 75BF나 75BG에 비하여 현저히 증가하여, 젤라틴의 젤리 강도는 캡슐 제조 조건의 주요한 변수임을 알 수 있다.추출물 투여시 혈당강하 및 혈중콜레스테롤 강하가 나타났으며, 상엽복합추출물 투여와 운동을 병행시 이러한 감소 효과가 더 뚜렷하게 나타났다.교육의 적임자로 보는 시각이 비교적 높았고 약 1/2정도는 영양교육에 참여하겠다는 의지를 가지고 있을 뿐만 아니라 실제로 영양지도를

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대서양 연어(Salmo salar)의 수온 스트레스에 의한 Hsp90 및 CYP1A 발현 양상 비교 (Comparison of Hsp90 and CYP1A Expression Patterns by Water Temperature Stress in Atlantic Salmon (Salmo salar))

  • 강한승;송재희;강희웅
    • 한국해양생명과학회지
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    • 제3권2호
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    • pp.51-58
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    • 2018
  • 수온의 변화는 어류의 거의 모든 생리학적 부분에 영향을 미친다. 기후 변화로 인한 수온의 상승은 어류에게 물리적 피해를 줄 수 있다. 이 연구는 최적의 수온(15℃)보다 높은 수온(20℃)에서의 대서양 연어의 건강상태를 평가하기 위해 수행하였다. 간 조직은 열 적응에 중요한 대사기능을 발휘하기에 본 연구에 간 조직을 사용하였다. 생체지표유전자의 개발을 위한 분석 방법으로는 NGS RNAseq 방법을 사용하였고, 생체지표유전자의 발현 양상을 관찰하기 위한 분석 방법으로는 RT-qPCR을 사용하였다. NGS RNAseq 분석을 통해 1,366개의 차별적 발현 유전자를 확인하였으며, 그 중에서 880개의 증가하는 유전자와 486개의 감소하는 유전자를 확인하였다. 생체지표유전자로는 heat shock protein 90 alpha (Hsp90α), heat shock protein 90 beta (Hsp90β) 및 cytochrome P450 1A (CYP1A)을 선정하였는데 이들 유전자는 NGS RNAseq 분석에서 수온의 변화에 민감하게 반응하는 유전자들이었다. 이들 유전자의 RT-qPCR을 통한 발현 양상은 NGS RNAseq 분석과 유사하게 나타났다. 이 연구의 결과는 다른 어종에도 적용할 수 있으며, 산업적으로도 유용하다고 생각된다.