• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2003년도 춘계학술발표논문집 (중)
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• pp.1019-1022
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• 2003

두 서열을 비교하여 유사성(similarity)이나 상동성(homology)를 찾기 위한 서열 정렬 방법 중에서 지역 정렬에 많이 사용되는 Smith-Waterman 알고리즘의 제한점인 Mosaic effect와 Shadow effect를 극복하기 위한 효율적인 방법을 살펴보고, 하나의 최대 값이 아닌 다수개의 최대 값을 찾아 다수개를 정렬함으로써 서열내에 존재 할 수 있는 다수개의 지역 정렬을 찾고 Normalized sequence alignment 알고리즘을 이용하여 서열 정렬된 결과들의 우선 순위를 매겨본다.

• 월간양계
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• 제43권10호
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• pp.98-100
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• 2011

국내 동물약품회사 대표주자로 성장해온 (주)고려비엔피가 뉴캣슬병(이하 ND) 생독백신 시장에 도전장을 던졌다. 제1종 법정 전염병인 ND는 급성 열성 호흡기 질병으로 국내를 비롯한 아시아 전역에 확산되면서 발병을 막기 위해 생독백신을 사용해왔다. 지금까지 대부분 수입 생독백신이 사용되어 왔지만, 국내기업에서 '달구방 N+ 생백신' 제품이 출시되면서 동물약품 업계가 주목하고 있다. 특히 '달구방 N+생백신'은 최근 유행하고 있는 7형 유전형에 방어력이 뛰어난 제품으로 항원 상동성이 매우 높고 안전성이 뛰어난 차세대 ND 생백신이라는 점에서 인정받고 있다. 지난달 '달구방 N+ 생백신' 출시와 관련 기자간담회를 통해 송기연 대표이사를 만나 인터뷰한 내용을 정리하였다.

• 유기물자원화
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• 제12권1호
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• pp.67-74
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• 2004

난지도 하수처리장내 슬러지로부터 페놀을 유일한 탄소 및 에너지원으로 이용하는 세균을 분리하여 그 특성을 조사하고 동정하였다. 본 세균은 그람 음성 구균으로 운동성을 가지며 페놀의 농도가 0.05%, 0.10%, 0.15%인 배지에서 성장을 보였으며, BBL Test를 실시한 결과 유사성을 가진 세균이 나타나지 않았다. 세균의 계통분류학적 분석을 위하여 세균의 염색체로부터 16s rDNA를 클로닝한 후 DNA 염기서열을 파악하고 이를 비교 및 분석한 결과 본 세균은 Proteobacteria의 Gamma (${\gamma}$) Subdivision에 속한 Xanthomonas Group의 Stenotrophomonas maltophilia strain과 99%의 유사성을 보이는 것으로 나타났다. 또한 Nitrogen-Fixing bacterium MAGDE3, Pseudomonas cissicola strain과는 98%의 상동성을, Stenotrophomonas sp. LMG 198, Xanthomonas cucurbitae과는 97%의 상동성을 보였다.

• 한국산림과학회지
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• 제98권6호
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• pp.757-763
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• 2009

우리나라에서 주요 장뇌삼 재배지역인 진안, 홍천, 풍기, 안동, 영주 등 5개 지역을 대상으로 지역 간 유연관계를 분석하였으며 산삼의 cDNA library 구축을 통하여 EST 분석을 실시하였다. 24개의 ISSR 표지자를 이용하여 PCR을 수행한 결과, 총 127개의 다형적 증폭산물을 얻을 수 있었으며 지역별로는 영주가 다형적 증폭산물의 수가 18개로 가장 많았다. 유집분석을 수행한 결과, 지역 간 유사도 범위는 0.46~0.58의 범위로 나타났고 영주를 제외한 홍천과 풍기, 안동과 진안이 각각 다른 그룹을 형성함에 따라 지리적 거리와 유전적 유사도와의 관련성은 찾을 수 없었다. 산삼 뿌리에서 cDNA library를 구축하여 EST를 통해 유전자 기능을 분석하였으며 11개의 cDNA의 염기서열을 결정한 후 아미노산 상동성을 비교한 결과, 9개의 EST들이 기능이 알려진 유전자들과 상동성을 나타내었고 2개는 기능이 알려지지 않은 것으로 나타났다. 특히 Homeodomain transcription factor 유전자와 상동성을 나타낸 PGM002를 탐침 DNA로 만들어 장뇌삼의 잎과 뿌리를 대상으로 Northern Blot을 실시한 결과, 장뇌삼의 뿌리에서만 발현되는 전사체임을 확인하였다.

• 발명특허
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• 제2권1호통권11호
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• pp.8-10
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• 1977

• 한국정보통신학회논문지
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• 제20권9호
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• pp.1816-1821
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• 2016

단백질은 대부분의 생물학적 과정에서 중대한 역할을 수행하고 있으므로, 단백질 진화, 구조와 기능을 알아내기 위하여 많은 연구가 수행되고 있는데, 단백질의 이차 구조는 이러한 연구의 중요한 기본적 정보이다. 본 연구는 대규모 단백질 구조 자료로부터 단백질 이차 구조 정보를 효과적으로 추출하여 미지의 단백질 서열이 가지는 이차 구조를 예측하려 한다. 질의 서열과 상동관계에 있는 단백질 구조자료내의 서열들을 광범위하게 찾아내기 위하여, 탐색에 사용하는 프로파일의 구성에 질의 서열과 유사한 서열들을 사용하고 갭을 허용하여 반복적인 탐색이 가능한 PSI-BLAST를 사용하였다. 상동 단백질들의 이차구조는 질의 서열과의 상동 관계의 강도에 따라 가중되어 이차 구조 예측에 기여되었다. 이차 구조를 각각 세 개와 여덟 개로 분류하는 예측 실험에서 상동 서열들과 신경망을 동시에 사용하여 93.28%와 88.79%의 정확도를 얻어서 기존 방법보다 성능이 향상되었다.

• 생명과학회지
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• 제12권2호
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• pp.219-225
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• 2002

진핵세포의 염색체는 전사, 복제, 회복 등의 과정에서 관여하는 단백질의 기능으로 구조가 변하게 된다. 이때 관여하는 단백질은 DNA-단백질의 상호작용에 의해서 이루어지게 되는데, 이때 단백질의 일부분은 일정한 상동성이 존재하게 된다. 이러한 부분은 motif나 domain으로 구성되는데, 예를 들면, SAP domain등을 들 수 있다. S. pombe genomic DNA 데이터베이스를 검색하여 Arabidopsis PARP 과 KU70과 상동성을 보이는 새로운 유전자를 찾았다. 이를 SAPuvs (SAP UV Sensitive)라 명명하였으며, Ura4를 선별표지로 이용하여 S. pombe SAPuvs 유전자 결실세포를 구성하였다. SAPuvs 유전자 결실세포는 자외선 조사 실험에서 정상의 세포에 비해 현저하게 죽었다. 그러나, MMS 또는 MMS와 3AB의 처리 실험에서는 저항성을 보였다. 이러한 결과로 SAPuvs는 DNA 상해회복에서 염색사구조 형성에 연관되어 있음을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제22권7호
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• pp.912-919
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• 2012

Carboxymethylcellulose (CM-cellulose)와 Beechwood xylan을 각각 기질로 사용하여 trypan blue를 첨가하여 제작한 Agar-LB 배지 상에서 명확한 활성환을 형성하는 균주를 cellulase와 xylanase 생산 균주로 단리하였다. 단리한 균주 유래의 16S rRNA 유전자 및 API 50 kit를 분석한 결과 Bacillus subtilis와 약 99.5%의 높은 상동성을 보였기에 본 균주를 Bacillus subtilis로 동정하여 B. subtilis NC1로 명명하였다. B. subtilis NC1 유래 cellulase와 xylanase는 CM-cellulose와 Beechwood xylan에 대하여 각각 높은 효소 활성을 보였으며, 두 효소 모두 pH 5.0과 $50^{\circ}C$의 조건하에서 가장 높은 효소 활성을 보였다. B. subtilis NC1 균주 유래 cellulase와 xylanase 유전자를 cloning하기 위하여 shot-gun cloning 방법을 이용하여 B. subtilis NC1 염색체 DNA로부터 효소 유전자를 cloning하여 유전자 배열을 규명한 결과 cellulase 유전자는 아미노산 499개를 암호화하는 1,500 bp의 open reading frame (ORF)으로 이루어져 있었으며, 아미노산 배열로부터 추정되는 분자량은 55,251 Da 이었다. 그리고, xylanase에 대한 유전자는 아미노산 422개를 암호화하는 1,269 bp의 ORF로 이루어져 있었으며 유전자 유래 아미노산 배열로부터 추정되는 단백질 분자량은 47,423 Da 이었다. 두 효소의 아미노산 배열을 이용하여 상동성을 검토한 결과 cellulase는 glycoside hydrolase family (GH) 5에 속하는 cellulase와 xylanase는 GH30에 속하는 xylanase와 높은 상동성을 나타내었다.

• 한국양식학회지
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• 제18권4호
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• pp.293-298
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• 2005

RT-PCR을 이용하여 감성돔의 뇌하수체에서 발현하는 FSH$\beta$와 LH$\beta$ cDNA를 각각 cloning하였다. GenBank를 이용하여 FSH$\beta$와 LH$\beta$ 아미노산 배열과 상동성을 비교한 결과, 감성돔 FSH$\beta$는 참돔 FSH$\beta$와 $83.3\%$, snakehead fish FSH$\beta$와 $79.2\%$ 및 striped bass FSH$\beta$와 $76.0\%$의 상동성이 나타났으며 , 감성돔 LH$\beta$는 yellowfin seabream LH$\beta$와 $97.7\%$, 참돔 LH$\beta$와 $96.2\%$의 높은 상동성을 보였다. 또한, 본 연구에서는 1년생 수컷 감성돔에 GnRHa를 처리한 후, 뇌하수체에서 발현하는 GTH subunit mRNA의 농도와 혈중 T및 혈중 $E_2$ 농도의 변화를 조사하였다. GnRHa를 체중 g당 $0.2\;{\mu}g$으로 복강 주사한 후 0, 6, 12, 24 및 48시간제에 뇌하수체와 혈액을 샘플링한 결과, 호르몬 처리 후 6시간째에 FSH$\beta$ mRNA가 유의적으로 증가하였으나, LH$\beta$ mRNA 발현에는 유의적인 차이가 없었다. 또한 혈중 T와 혈중 $E_2$ 농도는 GnRHa처리 후 24시간째 유의적으로 증가하였다.

• 원예과학기술지
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• 제17권1호
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• pp.7-10
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• 1999

배추의 약(anther) 발달에 관여하는 유전자를 분리, 특성을 구명하고, 궁극적인 목표로는 특이 발현을 조절하는 프로모터를 분리 작물의 웅성불임 유기 및 임성화복에 응용하고자 본 연구를 수행하였다. 배추 약 cDNA 유전자 은행으로부터 차별화 선별(differential screening)에 의해 얻어진 15개의 약특이 유전자들의 부분 염기서열 결정 후 기존에 보고된 유전자들과 상동성 검색을 통해 그 기능을 추정해 본 결과 cDNA clone BAN52는 polygalacturonase, BAN84는 ascorbate oxidase, BAN101은 $H^+-translocating$ ATPase, BAN2는 pectin esterase 유전자와 상동성을 보였으나, 그 외 유전자들은 상동성이 없어 그 기능을 추정할 수 없었다. 상기 유전자들의 발현시기를 꽃 발달 시기별로 조사한 결과 대부분의 유전자들이 (BAN5, 10, 33, 52, 57, 102, 103, 215, 229) 꽃봉오리 2.1mm 내외에서 발현이 시작하여 성숙화분까지 그 발현양이 증가하였고, BAN32, 54, 62, 84, 101는 꽃봉오리 3.9mm인 약발달 후기부터 나타났고, BAN87 유전자는 그 양은 적지만 약 발달 초기부터 후기까지 발현하였다.