An Algorithm for multiple local alignment with Normalized Local Alignment Algorithm

정규화된 지역 정렬 알고리즘을 적용한 다중 지역 정렬 알고리즘

  • Jang, Suk-Bong (Dept. of Computer Science and Electronics, Dan-Kook University) ;
  • Lee, Gye-Sung (Dept. of Computer Science and Electronics, Dan-Kook University)
  • 장석봉 (단국대학교 전자컴퓨터학부) ;
  • 이계성 (단국대학교 전자컴퓨터학부)
  • Published : 2003.05.16

Abstract

두 서열을 비교하여 유사성(similarity)이나 상동성(homology)를 찾기 위한 서열 정렬 방법 중에서 지역 정렬에 많이 사용되는 Smith-Waterman 알고리즘의 제한점인 Mosaic effect와 Shadow effect를 극복하기 위한 효율적인 방법을 살펴보고, 하나의 최대 값이 아닌 다수개의 최대 값을 찾아 다수개를 정렬함으로써 서열내에 존재 할 수 있는 다수개의 지역 정렬을 찾고 Normalized sequence alignment 알고리즘을 이용하여 서열 정렬된 결과들의 우선 순위를 매겨본다.

Keywords