• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.10b
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• pp.772-774
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• 2003

DNA/DNA의 연쇄 결합 반응에 대한 시뮬레이션을 열역학적 데이터를 이용하여 구현하였다. 1-Base의 non Watson-Crick 결합과, dangling end(결합이 이루어진 두개의 DNA strand 중 한쪽 끝이 다른 쪽 끝보다 길거나 짧은 경우)를 허용하는 nearest-neighbor model을 사용하여 구현된 이 모델에서는 한번의 hybridization만을 예측하는 것이 아니라 연속적인 결합 반응의 시뮬레이션이 가능하다. 이를 통해서 분자 알고리즘의 설계와 검증이 가능할 뿐만 아니라, cross-homology의 검사를 통한 시퀀스의 검증까지도 가능하다. 이러한 in silico 에서의 접근 방식은 효율적인 분자 알고리즘의 개발과 신뢰성 있는 시퀀스의 설계에 도움이 될 수 있다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04a
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• pp.466-468
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• 2004

Molecular modelling은 시뮬레이션을 통해 온도, 압력 등과 같은 분자 운동에 영향을 미칠 수 있는 요소를 설정한 후 분자의 움직임을 관찰하는 방법으로 신약, 신소재, 고분자 개발에 있어서 연구 개발 기간을 단축하는 효과적인 방법이다. 기존의 molecular modelling 어플리케이션들은 슈퍼컴퓨터나 단일 클러스터를 이용하여 작업을 수행하도록 설계되어 비용과 성능 측면에서 문제점을 가지고 있다. 1590년대 중반 지리적으로 분산되어 있는 광범위한 자원들을 공유하여 장기간 소요되는 컴퓨팅 작업의 성능 향상 및 비용절감을 목적으로 하는 그리드(grid)가 등장하였다. 이에 본 연구에서는 효율적이면서도 저비용을 갖는 molecular modelling 어플리케이션 개발을 위해 그리드를 기반으로 최적 자원 선택 브로커를 이용하는 molecular docking 어플리케이션을 제안한다. 이를 위해 우리는 molecular docking을 수행하는 그리드 환경의 계층 구조를 설계하고 효율적 작업 수행을 위한 최적 자원 선택 브로커를 설계하였다. 그리고 그리드 환경에서 molecular docking 어플리케이션의 효과적인 수행을 위해 molecular docking 연산 모델을 정의하고 필요한 molecular docking 어플리케이션의 요소들을 설계하였다.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.12D no.6 s.102
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• pp.921-930
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• 2005

In this paper, a general purpose molecular simulation system which has been developed by the author, are described. One of the most advantageous features is that the molecular simulation system can handle a coarse-grained model as well as an all-atom mode. Therefore, we can simulate mesoscopic phenomena as well as microscopic phenomena with the help of Langevin dynamics simulation and dissipative particle dynamics simulation techniques. Thus we could study anesthesia, protein folding, biopolymer flow in microchannel with single framework, which spans from microscopic to mesoscopic scales. We expect that we can also simulate many other bio/nano systems of technological importance which are not feasible by means of molecular dynamics simulation technique. Finally, performance data are shown and a bottleneck is identified for future optimization.

• Applied Biological Chemistry
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• v.50 no.2
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• pp.127-131
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• 2007

The molecular design and holographic (H) quantitative structure-activity relationships (HQSARs) on the binding affinity constants between new 3-benzylidenemyosmine analogues and nicotin acetylcholine receptors (nAChRs) of American cockroach (Periplaneta. americana L.) were studied quantitatively. The optimized HQSAR model (IV-2) for the binding affinity constants was derived from fragment distinction of hydrogene atoms in fragment size, 5${\sim}$8 bin. The statistical results of the HQSAR model (IVI-2) exhibited the best predictability and fitness for the binding affinity constants based on the cross-validated value (q$^2$=0.507) and non cross-validated value (r$^2_{nev.}$=0.944). From the graphical analyses of atomic contribution maps, it was revealed that the binding affinity constants depends upon the anabaseine ring in molecule and the most active compounds were designed by optimized HQSAR model (VI-2).

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.10b
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• pp.748-750
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• 2003

분자모사 시뮬레이션은 일반 컴퓨터로는 수행이 불가능한 대량의 연산을 요구하기 때문에. 현재까지는 적극적으로 활용되는 한계가 있다. 그리드 컴퓨팅을 이용하여 요구되어지는 대량 컴퓨팅 파워를 해결할 수 있지만, 응용 특성에 최적화되게 설계된 그리드 컴퓨팅 시스템의 부재하기 때문에 활용되어지기 어렵다. 본 논문에서는 이러한 문제점 해결을 목표로 하는 분자모사에 최적화된 그리드 시스템 (Molecular Grid System) 구축에 관한 내용을 기술을 하고 있다.

• The Journal of Korean Association of Computer Education
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• v.9 no.4
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• pp.63-74
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• 2006

A molecular docking is thc process of reducing an unmanageable number of compounds to a limited number of compounds for the target of interest by means of computational simulation. And it is one of a large scale scientific application that requires large computing power and data storage capability. Previous applications or software for molecular docking were developed to be run on a supercomputer, a workstation, or a cluster computer. However the virtual screening using a supercomputer has a problem that a supercomputer is very expensive and the virtual screening using a workstation or a cluster-computer requires a long execution time. Thus we propose Grid service based molecular docking application. We designed a resource broker and a data broker for supporting efficient molecular docking service and developed various services for molecular docking.

• Proceedings of the Korean Society of Precision Engineering Conference
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• 2004.05a
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• pp.167-167
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• 2004

반도체 공정 등에서 10-6_10-8 TOW의 고진공 환경을 제공하기 위하여 사용되는 고진공 터보분자펌프(Turbomolecular Pump, TMP)는 다층의 회전깃을 갖는 로터를 회전시켜 분자를 배출시키는 방식을 사용하는 진공펌프이다. 이러한 고진공을 실현하기 위해서는 가장 효과적인 방법으로는 회전블레이드의 선속도를 높이는 것으로, 이는 회전로터의 직경을 크게 하거나, 회전속도를 높임으로써 얻어질 수 있다. 따라서 최근의 고진공 터보분자펌프는 대부분 25,000∼40,000RPM의 고속회전을 요구하는 것이 일반적이며 회전속도는 주로 로터 재료의 허용한도까지 적용되고 있다.(중략)

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2012.02a
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• pp.235-235
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• 2012

반도체/디스플레이 공정의 설치 layout의 단순화와 전체 공정 cost의 저감을 위하여 대용량, 고진공 성능의 진공시스템 수요가 증대되고 있다. 이로써 고진공 펌프 국산화의 일환으로 터보분자 펌프와 크라이오 펌프 개발이 진행 중이다. 개발 시제품의 최종 상용화 단계에 진입하기 위한 목적으로 핵심부품의 진공, 기계적 특성평가, 운전상태 및 진공 특성평가, 신뢰성 확보/공정대응성 평가를 위한 관련 기술 및 장치가 개발되었다. 본 연구에서는 터보분자펌프의 공정별 gas load 다변화에 따른 기계적 안정성과 작동 신뢰성의 확인을 위해 내구성 평가 장치를 설계/제작하였다. 상용화 제품의 성능 테스트를 통한 RPM, 소비전력, 압력 그리고 온도 등의 패턴을 확인하여 내구성 평가시스템의 신뢰성을 확인하고 터보분자펌프의 성능 특성 변화를 고찰하고자 한다. 본 연구는 지경부 산업원천기술개발사업 중 "초고진공펌프 개발" 사업의 제 3 세부과제인 "고진공펌프 종합특성평가시스템 개발(과제번호: 11201044)" 및 "스마트형 진공 배기 진단 제어 시스템 개발(과제번호: 11201038)" 과제에서 수행된 연구결과의 일부임.

• Journal of the Korean Vacuum Society
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• v.16 no.6
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• pp.405-413
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• 2007

Effect of design factors on the performance of vacuum system was simulated for optimum design of system. In this investigation, the feasibility of modelling mechanism for $VacSim^{Multi}$ simulator was proposed. Simulation results of pumping design factor showed the possibilities of simulation fore-study for the detailed design factors. Simulation of roughing pump presented the expected pumping behaviors based on the specifications of commercial pump. Application of booster pump exhibited the high pumping efficiency for middle vacuum range. Combinations of optimum backing pump for diffusion and turbo vacuum system were obtained. And, the characteristics of process application of both systems were also acquired.

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2011.02a
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• pp.362-362
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• 2011

터보분자펌프(turbo-molecular pump: TMP)는 고진공펌프 중의 하나로, 반도체/디스플레이 등 첨단 공정에서 진공 환경을 조성하는 핵심장비이다. 터보분자펌프(TMP)의 특성평가는 세계 여러 나라의 표준제정기구에서 제정한 국제규격에 그 기반을 두어, 한국표준과학연구원 진공기술 센터에서는 터보분자펌프(TMP) 특성평가시스템을 자체 설계/제작하여 그 신뢰성을 확인하기 위해 개발품 및 상용품 평가에 주력하고 있다. 터보분자펌프(TMP)는 보조펌프(backing pump)의 지원을 받으므로 보조펌프(backing pump) 용량에 따른 터보분자펌프(TMP)의 배기속도를 측정하고자 한다. 국제규격에서 제시하는 보조펌프 (backing pump)의 용량이 일정이상 작을 경우, 터보분자펌프(TMP)의 배기속도 및 압축비에 대해 감소함을 제시한다. 이 영향은 전체 압력 범위에서 보조펌프(backing pump)의 배기속도가 일정 용량 이상이면 터보분자펌프(TMP)의 배기속도에 영향이 없음을 제시하며, 이에 본 연구에서는 국제규격에서 제시하는 보조펌프(backing pump) 용량에 대해 서로 다른 조건에 맞추어 터보분자 펌프(TMP)의 배기속도에 미치는 영향을 연구하고자 한다. 본 연구에서는 100m3/h, 10m3/h 의 서로 다른 배기속도를 가진 보조펌프(backing pump)를 선정하여 분자량이 다른 가스(N2, He, Ar 등)에 대한 압축비의 변화와 배기속도 측정에 관해 상관 관계를 제시하며, 100m3/h, 10m3/h 의 서로 다른 배기속도를 가진 보조펌프(backing pump)에 따른 터보분자펌프(TMP)의 배기속도 및 운전성능을 제시하고자 한다.