• Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers B
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• v.41 no.6
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• pp.429-434
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• 2017

A molecular-continuum hybrid method was developed to simulate microscale and nanoscale fluids where continuum fluidics cannot be used to predict Couette flow. Molecular dynamics simulation is used near the solid surface where the flow cannot be predicted by continuum fluidics, and Navier-Stokes equations are used in the other regions. Numerical simulation of Couette flow was performed using the hybrid method to investigate the effect of solid-liquid interaction and surface roughness in a nanochannel. It was found that the solid-liquid interaction and surface roughness influence the boundary condition. When the surface energy is low, slippage occurs near the solid surface, and the magnitude of slippage decreases with increase in surface energy. When the surface energy is high, a locking boundary condition is formed. The roughness disturbs slippage near the solid surface and promotes the locking boundary condition.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2002.06a
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• pp.64-88
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• 2002

생물체의 유전자 서열들간의 유사성을 서로 비교해보는 일은(sequence alignment)는 분자생물학 연구에서 아주 기본적인 작업에 속한다. 이 작업은 컴퓨터 과학적 입장에서 살퍼보면 일종의 스트링 분석작업인데, 그 과정에는 매우 복잡한 생물학적인 가정이 내포되어 있다. 본 발표의 목적은 크게 두가지인데 하나는 컴퓨터과학 연구자들에게 서열정렬(sequence alignment)이 가지는 분자생물학적 의미에 대하여 개략적인 이해를 돕도록 하는 것이며, 다른 한편으로 분자생물학자들에게는 스트링처리방법을 이용한 서열정렬 문제에서 어떤 기술적인 한계가 있으며 그 한계를 극복하기 위한 새로운 방법론에 대하여 소개하여 컴퓨터과학적 이해의 폭을 넓히는 것이다. 그리고 생물체의 서열정보의 정렬과 매우 유사한 개념으로 각종 선형구조체(linear object)를 추상화 할 수 있른데, 그들간의 유사성도 같은 분자생물학적 방법론을 차용하여 분석할 수 있음을 보인다. 동시에 이것을 이용하여 각종 인터넷 문서나 프로그램, 등의 표절과 무단도용 등을 추적할 수 있는 방법론을 기존의 genomic sequence alignment tool을 차용해서 매우 효율적으로 할 수 있음을 보인다.

• Applied Biological Chemistry
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• v.50 no.2
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• pp.127-131
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• 2007

The molecular design and holographic (H) quantitative structure-activity relationships (HQSARs) on the binding affinity constants between new 3-benzylidenemyosmine analogues and nicotin acetylcholine receptors (nAChRs) of American cockroach (Periplaneta. americana L.) were studied quantitatively. The optimized HQSAR model (IV-2) for the binding affinity constants was derived from fragment distinction of hydrogene atoms in fragment size, 5${\sim}$8 bin. The statistical results of the HQSAR model (IVI-2) exhibited the best predictability and fitness for the binding affinity constants based on the cross-validated value (q$^2$=0.507) and non cross-validated value (r$^2_{nev.}$=0.944). From the graphical analyses of atomic contribution maps, it was revealed that the binding affinity constants depends upon the anabaseine ring in molecule and the most active compounds were designed by optimized HQSAR model (VI-2).

• Journal of the Korean Applied Science and Technology
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• v.36 no.3
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• pp.813-820
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• 2019

The influence of cholesterol on the physicochemical properties of the oleic acid was clarified through the measurements of density, viscosity, IR, $^1H$ NMR, self-diffusion coefficient for the oleic acid samples containing a small amount of additives such as cholesterol, cholestanol, cholestane, cholesteryl oleate, benzene, and ethanol. Cholesterol, possessing one OH group and one double bond in its molecular structure, largely increased the viscosity and reduced the self-diffusion coefficient and the intramolecular movement of oleic acid. Oleic acid forms a complex with cholesterol as well as with ethanol. On the basis of these complex formations and the existence of the clusters composed of oleic acid dimers, it was known the role and the fundamental mechanism of cholesterol to the intermolercular and intramolecular movements of oleic acid in the liquid state.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.64 no.6
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• pp.350-353
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• 2020

The validity of the calculation method based on the local mode in hydrogen-bonded water molecules was investigated by comparing the frequencies of the local and normal modes of OH stretching vibration in water molecules. By calculating a monomer, dimer, and trimer of water molecules using a quantum chemical ab initio theory, we examined how the frequencies of the local and normal modes and the anharmonicity of local modes vary with molecular cluster size. It was shown that, as the number of molecules increases from monomer to trimer, the anharmonicity of OH bonds increases and the difference between local and normal mode frequencies decreases. This confirms that local-mode-based calculations that can easily handle the anharmonicity can be appropriate for the calculation of the OH stretching frequency of water molecules in the condensed phase.

• Journal of the Korean Ceramic Society
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• v.36 no.3
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• pp.266-273
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• 1999

본 연구에서는 겔캐스팅법의 제조공정 확립을 위하여 분산제의 분자구조가 질화규소 슬립의 점성특성 및 성형체의 상대밀도와 기계적 특성에 미치는 영향을 조사하였다. 슬립과 겔캐스팅 성형체의 제조방법은 기보고된 방법과 동일하게 하였다. 그 결과, 겔캐스팅 슬립의 점성은 분산제의 분자구조와 모노머와 분산제의 구성비율에 크게 의존하였다. PMAA 분산제를 사용한 슬립의 점성은 PAA 및 PAAm 분산제 보다 높은 점도를 나타내었다. 성형체의 상대밀도는 슬립의 농도에 크게 의존하였으며, 분산제양과 모노머의 양변화에는 그다지 변화가 없었다. 그리고, 겔캐스팅 성형체의 기계적 특성은 크게 모노머의 농도에 의존하였으며, 분산제양과 슬립의 농도에는 큰 변화가 없었다.

• Progress in Medical Physics
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• v.6 no.2
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• pp.61-70
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• 1995

The picosecond time resolved fluorescence spectra of Hematoporphyrin Derivative (HPD) in both solutions and cancer cell are measured by a time correlated single photon counting system with a synchronously mode locked dye laser. Two exoponential decay components in the fluorescence spectra were observed. The slow decay(6.3 ㎱)and the fast one(350 ㎰)are attributed to be originated from monomers and dimers, respectively. The absorption and fluorescence measurements in steady state also showed the presence of a monomeric and dimeric forms of HPD molecules. The monomer lifetime in the cancer cell was measured to be longer than that in solution, which was expected from the blue shift and narrowing of the absorption spectra for HPD-treated in vitro. The relative amplitude of the fast component was found to be enhanced in cancer cell, strongly indicating the higher affinity of the dimer for the cancer cell.

• Journal of Plant Biotechnology
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• v.43 no.3
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• pp.272-280
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• 2016

Chrysanthemum is one of the top floriculture species with ornamental and medicinal value. Although chrysanthemum breeding program has contributed to the development of various cultivars so far, it needs to be advanced from the traditional phenotype-based selection to marker-assisted selection (molecular breeding) as shown in major cereal and vegetable crops. Molecular breeding relies on trait-linked molecular markers identified from genetic, molecular, and genomic studies. However, these studies in chrysanthemum are significantly hampered by the reproductive, genetic, and genomic properties of chrysanthemum such as self-incompatibility, inbreeding depression, allohexaploid, heterozygosity, and gigantic genome size. Nevertheless, several genetic studies have constructed genetic linkage maps and identified molecular markers linked to important traits of flower, leaf, and plant architecture. With progress in sequencing technology, chrysanthemum transcriptome has been sequenced to construct reference gene set and identify genes responsible for developments or induced by biotic or abiotic stresses. Recently, a genome sequencing project has been launched on a diploid wild Chrysanthemum species. The massive sequencing information would serve as fundamental resources for molecular breeding of chrysanthemum. In this review, we summarized the current status of molecular genetics and genomics in chrysanthemum and briefly discussed future prospects.

• Proceedings of the Korean Society of Dyers and Finishers Conference
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• 2009.11a
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• pp.21-22
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• 2009

최근, 헵타메틴 시아닌색소(heptamethinecyanine)는 그 적용 범위가 넓기 때문에 많은 연구자들의 관심을 받고 있다. 특히, photo-sensitizers, dye lasers, optical recordings와 storage media 등 다양한 분야에 적용이 가능하다. 헵타메틴 시아닌색소의 주된 특징은 polymethine 사슬에 연결된 cyclohexene 고리에 의하여 근적외선 부근에서 흡수가 이뤄진다는 것이다. 근적외선 색소의 흡수 특성을 HOMO와 LUMO 에너지 전위를 사용하여, 수치화 함으로써 분자간, 분자내 상호작용을 분석 할 수 있다. 따라서, 본 실험은 헵타메틴 시아닌 색소의 치환체에 따른 전기화학적 특성을 순환 전압-전류법(Cyclic voltammetry)과 분자 모델링을 통하여 HOMO와 LUMO의 에너지 준위를 구하고, 치환체 효과가 헵타메틴 시아닌색소에 미치는 전기화학적 특성을 UV-Vis와 계산으로부터 얻어진 에너지준위를 분석하고자 한다. 본 실험에 사용된 Uv-Vis 스펙트럼 측정은 Agilent 8453 UV-Vis spectrophotometer를 사용하였고, 전기화학적 분석 방법인 순환 전압-전류법은 Versa STAT 3 (Princeton allied research in USA)를 사용하였다. 순환전압-전류법의 측정은 Acetonitrile 용액에 $TBAPF_6$ (Tetrabutylammonium hexafluorophosphate)를 전해질로 하고, Ag/$Ag^+$을 기준전극으로 사용하여 주사 속도를 50mV/s로 하여 측정 하였다. 치환체에 의한 영향을 알아보기 위하여 분자구조 최적화 모델링을 사용하였다. 3차원 분자입체 특성 및 에너지 준위 상태는 Materials studio 4.2를 사용하여 특성을 예측 하였다. 본 연구에서는, 헵타메틴 시아닌 색소의 기본 골격에 각기 다른 치환체를 치환 시켜 치환체에 의한 영향을 전기화학적인 방법인 순환 전압-전류법(Cyclic voltammetry)와 분자 모델링 방법을 사용하여, HOMO와 LUMO에너지 준위 값을 구함으로써 치환체에 의한 영향을 알아보았다. 치환체로는 Dye 1과 Dye 2로 치환된 헵타메틴 시아닌 색소를 사용하였다. 이렇게 얻어진 HOMO/LUMO 에너지 준위 값으로부터 이온화 에너지($I_p$)와 전자 친화도($E_a$) 또한 구할 수 있는데, $I_p$와 $E_a$는 분자 오비탈과 전자전이에 관련된 값들이고, 이는 계산을 통하여 얻을 수 있다. 순환 전압-전류법의 계산 방법은 봉우리 전위(peak postential)와 (onset potential)방법이 있는데, 이 계산을 통한 전위 값들이 봉우리 전위 계산 방법이 onset potential 방법에 비하여 작은 전위 값으로 나타난다. 하지만 이 두 가지 방법 모두 현재 순환 전압-전류법을 사용하여 HOMO/LUMO 에너지 준위를 측정하는 방법에 쓰이고 있으며, 어떠한 계산 방법이 더 정확하다고는 말 할 수 없지만, 본 실험 결과를 통하여 비교 분석한 결과 onset potential 계산 방법이 봉우리 전위 계산 방법에 비하여 정확하다고 판단된다. Dye 1과 Dye 2를 순환 전압-전류법으로 측정한 결과 각기 다른 전위를 나타내고 이것을 계산을 통하여 정량화하면 Dye 2가 Dye 1에 비하여 높은 전위 값을 갖음을 알 수 있는데, 이것은 ethyl 에 비하여 surful 원자의 전자공여성이 더 크다고 할 수 있다.

• KIPS Transactions on Computer and Communication Systems
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• v.4 no.1
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• pp.1-4
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• 2015

This paper presents an algorithm for finding valid side chain conformations of amino acids, when given channel is transformed. The suggested algorithm implements a protein molecule with flexible side chains based on the flexibility of amino acids, and extracts adjacent amino acids that affect the formation of the channel. We detect the collision between adjacent amino acids and neighbors, in order to exclude invalid side chain conformations. Then, we construct the rotation angle combination tree to choose valid side chain conformations.