우리나라 재래닭의 기원을 구명하기 위해서 mtDNA D-loop 영역을 분석한 결과, 1,231~1,232개의 염기구성되어 있으며, 35개소에서 변이가 관찰되었다. 변이 부위를 이용하여 Haplotype을 분류한 결과, 21종으로 분류되었으며 이중 9개인 GenBank에 미등록된 것으로 밝혀졌다. Hplotype 다양성으로 추정한 한국 재래닭의 유전적 변이성은 중국의 재래닭과 유사한 것으로 추정되었다. Haplotype에 대한 Network 분석 결과, 재래닭은 5개의 Clade로 분류되었다. 이들 Clade에 대한 각 집단의 분포 현황으로 한국 재래닭은 운남성 및 중국 재래닭이 보인 결과와 유사하나, 일본의 재래닭과는 약간 상이한 것으로 밝혀졌다. 이상의 결과로 우리나라 재래닭은 공통선조가 다른 5개 이상의 모계가 중국을 통하여 유래되었으며, 일본에도 전파된 것이 확인되었다. 한편, 일본은 한반도를 유래하지 않은 닭의 유입이 있었던 것으로 추정된다.
Bacillus licheniformis 9945a는 액체배양시 ${\gamma}-poly(glutamic\;acid)$를 균체외로 분비하며, 한천배지에 고체 배양시는 점액질의 군락을 나타낸다. 점액질의 Bacillus속 세균의 형질전환은 그리 순하지 않은 것으로 알려져 있으며, B. licheniformis에서의 trasposon Tn10의 활성여부도 알려져 있지 않다. 그래서 점액질을 분비하지 않는, B. licheniformis의 자연발생적 변이주를 우선 분리하였다. Mini-Tn10을 함유한 plasmid pHV1248을 protoplast transformation법에 준해서 이 변이주에 도입하여 형질전환체를 분리하였다. pHV1248을 함유한 형질전환체를 점액성의 야생형질로 복귀시킨 후에, 가열처리함으로써 무작위 돌연변이를 유도하였다. Arginine, lysine 또는 tryptohan을 생육인자로 요구하는 돌연변이주들이 replica plating method에 의해서 분리되었고, 이 들 영양요구성 변이주는 mini-Tn10이 염색체 DNA상에 삽입됨으로써 생겨났음이 Southern blotting과 DNA-DNA 혼성화 실험으로 증명되었다. 이러한 pHV1248을 이용한 형질전환 및 돌연변이 유도방법은 Bacillus licheniformis 9945a의 다양한 변이체를 얻는데 유용할 것이다.
DNA 복제과정에서의 오류(error)에 의한 유전적 변이(genetic variation)를 통해 개개인이 가지고 있는 유전변이형을 조사하고 특정 질환에 대한 감수성의 차이를 밝히는 유전체 연관성 연구가 의학계 전반에 활발히 진행되고 있다. 개인 간의 DNA 상에 존재하는 염기서열의 차이를 보이는 유전적 변이를 통해 개인간의 형질이 다르게 표현 되는 것을 다형성이라고 하는데 다형성의 원인 중 염기 서열 한 쌍의 변이에 의하여 다른 형질로 표현되는 것을 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism; SNP)이라고 정의한다. 유전자 분석 기술의 놀랄만한 발전과 컴퓨터를 이용한 분석 프로그램의 개발에 의해 SNP과 질병의 연관성에 관한 연구는 의학계 모든 분야에서 가속화 되고 있다. 최근 급격하게 빨리 진척되는 연구들에 힘입어 특정 질병에 대한 특정 유전자가 가지는 위험도를 분석하고 환자를 유전적 위험도에 따라 분류하여 진단, 예방 및 치료하는 환자 맞춤식의 진료가 모든 의약학 분야에 적용 될 것으로 생각 된다. 치과 영역에서는 충치와 치주 질환과의 관련성에 대해서 초기 단계의 연구가 진행되고 있는 수준이다. 본 종설에서는 유전체 질병 연구의 현황과 치과 영역에서 시작된 연구를 소개 하고자 한다.
김치발효에 관여하는 균종들에 대해 항균작용이 있는 것으로 알려진 adipic acid를 김치제조시 첨가하고, 동시에 adipic acid 저항성 변이균주인 Leuconostoc mesenteroides와 Leu. paramesenteroides 두 균주를 김치에 starter로서 첨가하여 발효시키므로써 김치의 저장기간 연장과 풍미증진 효과를 조사하였다. 또한 이를 위한 변이균주의 최적의 첨가량을 조사하였다. 김치발효의 주요 숙성균주로서 산에 약한 Leu. mesenteroides와 Leu. paramesenteroides 두 균주를 adipic acid에 대한 저항성을 갖도록 변이시킨 후 adipic acid 0.16%와 함께 두 변이주를 각각 단독으로 또는 두 변이균주의 혼합균주(1 : 10)로서 김치제조시 starter로 첨가한 경우. 단독첨가 보다는 혼합균주인 경우가 산패지연 효과와 관능특성 면에서 우수하였으며 혼합균주의 최적 첨가량은 0.005%로 조사되었다.
인간 유전체에 존재하는 유전적 구조 변이(genetic structural variation) 중 하나인 유전체 단위반복변이(Copy Number Variation, CNV)은 유전자의 기능 발현과 밀접한 관련이 있다. 특히 특정 유전 질병이 있는 사람들을 대상으로 CNV와 유전자발현의 관계를 밝히는 연구가 계속 진행되고 있지만, 정상인 유전체에 대한 CNV의 기능적 분석은 아직 활발히 이루어지고 있지 않다. 본 논문에서는 다수의 정상인 샘플에서 찾아낸 공통된 CNV에 대하여 유전자들과의 기능적 관계를 유전자의 분자적 위치와 상관없이 밝힐 수 있는 분석 방법을 제시한다. 이를 위해 서로 다른 이질적인 생물학데이터를 통합하는 방법을 제시하고 공통된 CNV와 유전자와의 연관성을 분자적 위치와 상관없이 계산할 수 있는 새로운 방법을 제시한다. 제안된 방법의 유의성을 보이기 위해서 유전자 온톨로지 (Gene Ontology) 데이터베이스를 이용한 다양한 검증 실험들을 수행하였다. 실험결과 새롭게 제안된 연관성 측정방법은 유의성이 있으며 공통된 CNV와 강한 연관성을 갖는 유전적 기능의 후보들을 시스템적으로 제시할 수 있는 것으로 나타났다.
일반적으로 Mu phage를 가지고 있는 plasmid를 장내 세균에 삽입시키면 대부분의 Mu에 민감한 세균들은 zygotic induction이 일어나서 recipient cell 들이 살아남지 못하게 된다. 그러나 Mu 저항성 세균을 사용하면 cell이 죽지않고 recipient내에 삽입되는데 그 정확한 현상은 아직 밝혀지지 않았으나 Mu의 복제에 필요한 host의 기능이 결여된 것으로 추정되고 있다. 또한 reverse field electrophoresis를 사용하여 insertion mutant 나 deletion mutant들 의 염색체 및 거대 분자 DNA의 변이를 쉽게 비교 분석할 수가 있다. 본 실험에서는 Mu phage 저항성 C. crescentus를 사용하여 Tn5에 의한 영향 요구성 돌연변이주 출현률 및 운동성 돌연변이주 출현률을 조사한 결과 2%∼3% 수준으로 돌연변이가 일어났으며 이들 변이주들의 염색체를 Dra I 제한효소로 절단한 다음 reverse field electrophoresis로 분석한 결과 영양 요구성 돌연변이 균주들은 Tn5가 여러 위치에, 운동성에 돌연변이를 일으킨 균주들은 유사한 위치에 Tn5가 삽입된 것을 확인할 수 있었으나 hybridization 방법으로 확인한 것처럼 동시에 여러 위치를 확인할 수는 없었다. 그러나 이와 같은 문제들은 전기장의 교차시간 간격을 조절함으로 더 정확하게 확인할 수 있을 것으로 사료된다.
안정적인 유묘의 확보는 스마트작물생산을 위한 공정육묘 생산에서도 중요하며, 기내배양시 유전적 안정성이 높은 유묘의 대량증식은 유묘생산과 공정육묘생산에서 중요한 과정이다. 기내배양시 배양과 정에서 존재하는 체세포영양계변이(somaclonal variation)라는 장벽을 제거하는 것이 중요하다. 본 연구에서는 화본과 식물인 홍띠(Imperata cylindrica ‘Rubra’)로부터 기관분화 단계별 재분화체를 작성하여 기관분화 시 기내재생체의 유전적 안정성을 조사하였다. ISSR 마커에 기반하여 유전적 변이성을 조사하고자 7종류 총 21개체의 기관분화 단계별 재분화체 및 재분화식물체에 대하여 분석한 결과, 유전적 다형성은 기관분화 단계별 재분화체 및 순화 재분화체에서 대조구인 모식물체(1.4%) 대비 같거나 높게 나타나서 재분화체에서 유전적 안정성이 다소 낮은 것으로 나타났다. 또한, Jaccard 계수(Jaccard coefficient)로 총 21개체들 간의 유전적 유사도 지수를 평가한 결과, 유전적 유사도 지수는 0.747~1.0 사이에 분포하며, 평균 0.868로 나타났다. ISSR 마커 밴드에 기반하여 평균연결법(Average linkage method)으로 군집 분석한 결과, 모든 개체는 유사도 지수 0.809 ~ 1.000 내에 분포하였다. 유전적 유사도 지수 0.809에서 2개 그룹으로 유집되었으며, 모식물체와 실내재배, 노지재배 재분화 녹색 식물체가 같은 그룹으로 분류되었다. 이상의 결과는 화본과 식물의 기내배양에서 기관분화 시 존재하는 체세포영양계변이에 대한 기초 정보를 제공해 준다. 이들 기관분화에 따른 기내재생체의 안정성에 대한 연구자료는 향후 기내식물의 안정적인 대량번식에 있어 유익한 배경을 제공해 줄 것이다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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