• The KIPS Transactions:PartD
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• v.10D no.6
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• pp.897-906
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• 2003

The traditional animal phylogenetic tree is to align the body structure of the animal phylums from simple to complex based on the initial development character. Currently, molecular systematics research based on the molecular, it is on the fly, is again estimating prior trend and show the new genealogy and interest of the evolution. In this paper, we generate the training set which is obtained from a DNA sequence ans apply to the classification. We made use of the mitochondrial DNA for the experiment, and then proved the accuracy using the MEGA program which is anaysis program, it is used in the biology field. Although the result of the mining has to proved through biological experiment, it can provede the methodology for the efficient classify and can reduce the time and effort to the experiment.

• Korean Journal of Fisheries and Aquatic Sciences
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• v.49 no.6
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• pp.867-874
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• 2016

Although shrimps belonging to family Crangonidae are known to be genetically divergent and ecologically important among the various benthos, any of their mitochondrial genome has not been reported yet. We here determined the complete mitochondrial genome sequence of Crangon hakodatei (Rathbun, 1902), which was collected from East China Sea ($124^{\circ}E$ and $34.5^{\circ}N$). Total mitochondrial genome length of C. hakodatei was 16,060 bp, in which 13 proteins, 2 ribosomal RNAs, 22 transfer RNAs and a putative control region were encoded. Secondary structure prediction analysis showed that twenty tRNA genes exhibit the conserved structure but two genes, $tRNA^{Cys}$ and $tRNA^{Ser}$ (AGN), lack T and D arm, respectively. Based on the sequence similarity of the COI region from the currently reported five species belonging to genus Crangonidae, C. hakodatei was most closely related to Crangon crangon. Phylogenetic analysis of full COXI genes belonging to infraorder Caridea showed that only crangonid shrimps were clustered together with those of Dendrobranchiata. Gene order were well conserved from Penaeoidea to Caridea but $tRNA^{Pro}$ and $tRNA^{Thr}$ in Palaemonid shrimp were flipped each other by the recombination. Further study about mitochondrial genome sequences of shrimps belonging to Crangonidae should be made to know better about their evolutional relationships with other those in infraorder Caridea.

• Korean Journal of Clinical Laboratory Science
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• v.53 no.1
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• pp.81-87
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• 2021

The prevalence of type 2 diabetes mellitus (T2DM) is increasing worldwide. T2DM is one of the most common types of diabetes and is caused by increased insulin resistance and reduced insulin secretion. Peroxisome proliferator-activated receptor γ coactivator 1 alpha (PPARGC1A) is a master modulator of mitochondrial biogenesis and of gluconeogenesis in liver. In this study, we analyzed genetic polymorphisms of PPARGC1A gene in a middle-aged Korean population with T2DM. Using the genotype data of 736 T2DM cases and 4544 healthy controls obtained from the Korean Association Resource (KARE), we analyzed genetic correlations between single nucleotide polymorphisms (SNPs) of PPARGC1A and T2DM. Fifteen SNPs of PPARGC1A demonstrated a statistically significant association with T2DM. Of these, rs10212638 exhibited the strongest correlation with T2DM (P-value=0.015, OR=1.29, CI=1.05~1.59), and the minor G allele of PPARGC1A increased the risk of T2DM. This is the first study to report a significant association between genetic polymorphisms in PPARGC1A and T2DM and suggests that SNPs of PPARGC1A display genetic correlations to the etiology of T2DM.

• Korean Journal of Plant Resources
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• v.36 no.4
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• pp.369-380
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• 2023

Developing and breeding improved legume-based food resources require collecting useful genetic traits with heritability even though requiring some time-consuming, costly, and labor intensive. We attempted to infer heritability of nine genetic traits-days to flowering, days to maturity, period from flowering to maturity, the number of seeds per pod, 100-seeds weight, and four contents such as crude protein, crude oil, crude fiber, and dietary fiber-using 455 homologous chloroplast gene sets of six species of legumes. Correlation analysis between genetic trait differences and phylogenetic distance of homologous gene sets revealed that days to flowering, the number of seeds per pod, and crude oil content were influenced by genetic factors rather than environmental factors by 62.86%, 69.45%, 57.14% of correlated genes (P-value ≤ 0.05) and days to maturity showed intermediate genetic effects by 62.42% (P-value ≤ 0.1). The period from flowering to maturity and 100-seeds weight showed different results compared to those of some previous studies, which may be attributed to highly complicated internal (epistatic or additive gene effects) and external effects (cultural environment and human behaviors). Despite being slightly unexpected, our results and method can widely contribute to analyze heritability by including genetic information on mitochondria, nuclear genome, and single nucleotide polymorphisms.

• Proceedings of the KSMRM Conference
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• 1999.11a
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• pp.69-71
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• 1999

최근 한국 의학의 발전은 전체 한국의 선진화를 선도하다고 보기에는 힘드리만 최소한 국제무대에의 진출은 괄목할만한 발전을 보이고 있다. 최근에 들어 국내 방사선영상과련 학회의 발전은 날로 비약적인 추세를 보이고 있다. 일례로 대한방사선의학회는 본 저자가 전공의 하던 1980년도 초기만 해도 호텔의 큰 홀 한 개만 빌려서 하루만 해도 넉넉하게 진행되었다. 그러나 최근의 학회사정은 대형호텔 1개층 통째로 빌리고 3일간 진행해도 여유가 없을 정도이며 더욱이 추계학회는 지방에서 유치할만한 공간이 부족하여 이제는 없어져야할 지경에 이러렀다. 그뿐 아니라 대한 자기공명의과학회를 포함한 각종 학회가 이제 그 규모를 더해가고 있어. 대한민국에 있어서 진단 방사선영역의 의학은 급속히 발전하여 RSNA, ISMRM등에서도 세계 발표순위가 4-5위권을 다투게 되었다. 이러한 발전은 양적인 발전이 우세하여 주로 임상연구에 기반을 두고 있는데 이 자체로는 장기적인 발전에 한계점이 있으므로 앞으로는 기초과학연구에 기초한 질적 발전을 같이 추구하여야만 균형있는 성장을 기대할 수 있겠다. 이러한 기존의 구성에 최근 급격한 변화를 주도하는 학문이 MRI부분이 되며 이 분야를 연구하는 PhD 들의 역할이 크게 대두되고 있다. 현재 국내에도 초기 단계이지만 MRI를 생산하고 있으며 PhD들의 활동이 성장단계에 접어들었다고 할수 있다. 과거 우리의 NRI역사에서는 금성사 MR기계처럼 육성되기 전에 시들며 노력하던 기술진이 흩어져야 했던 어두운 기억이 있다. 이러한 시점에서 우리의 힘들었던 과거를 돌이켜보며 또 하나의 기초부분이 육성되 수 있도록 서로가 격려하며 협조하여야 될 것으로 생각되어 다음과 같이 요약을 하였다. 소기관으로는 세포 막, 미토콘드리아 (mitochondria), endoplasmic reticulum, Golgi 체, lysosome, peroxisome 그리고 세포질등이 있으며, 이들중에서 lysosomes, peroxisomes, 그리고 미토콘드리아가 특정한 유전성 백질질환에 중요한 역할을 하는 것이 밝혀졌다. 이러한 질환들은 최소한 각 소기관에 의한 질환군으로 분류될 수 있다.SXR이 ER의 transactivation 효과를 약간 촉진한 반면 MDA-MB-231세포는 SXR을 제외한 CAR와 PPAR${\gamma}$에 의해 ER의 transactivation 효과가 약간 증가되는 경향을 보였다. 이러한 결과는 유방암세포에서는 CAR, SXR, PPAR${\gamma}$과 같은 xenobiotic nuclear receptor에 의한 ER transactivation 효과가 간암세포와는 다르게 나타나며, 유방암의 종류에 따라서 endogenous CAR, SXR, PPAR${\gamma}$수용체가 다르게 발현됨으로써 이들에 대한 반응이 서로 상이한 특징을 나타낼 수 있을 것으로 사료된다. 따라서 estrogen receptor에 의해 매개되는 estrogn의 전사활성조절기전이 표적세포에 따라 다른 경로를 포함 할 수 있음을 시사한다.서 흡착 능력이 우수하게 나타났으며, 황화수소는 펄라이트, 왕겨, 소나무수피에서 상대적으로 우수한 것으로 나타났으며, 혼합충전재는 암모니아의 경우 코코넛과 펄라이트의 비율이 7：3인 혼합 재료 3번과 소나무수피와 펄라이트의 비율이 7：3인 혼합 재료 6번에서 다른 혼합 재료에 비하여 우수한 것으

• Journal of Apiculture
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• v.32 no.2
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• pp.119-131
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• 2017

For the Rapid detection of small hive beetle (SHB; Aethina tumida) and for the mass-survey against SHB invasion, SHB-specific ultra-rapid PCR system was developed. Three different pairs of Aethina tumida-specific primers were deduced from cytochrome oxidase subunit I (COI) gene in mitochondrial DNA of SHB. Using optimized SHB-specific ultra-rapid PCR, $2.1{\times}10^1$ molecules of COI gene belonged to SHB could be detected specifically and quantitatively within 18 minutes 40 seconds. For the purpose of the application in apiary field, a DNA extraction method from bee debris was separatedly developed. When $10^5$ SHB-specific COI molecules (1/1000 body of SHB larvae) are existed in 1g of bee debris, it could be verified inner 10 minutes as qualitative and quantitative manner. SHB-specific ultra-rapid PCR we proposed would be expected to apply widely, either in apiary field or laboratory, for the rapid detections and the control against SHB-invasion.

• Korean Journal of Ichthyology
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• v.29 no.1
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• pp.1-12
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• 2017

A natural hybrid of interspecific between the Coreoleuciscus splendidus and C. aeruginos (Cypriniformes: Cyprinidae) was captured in the Hwang-ji Stream, a tributary of the Nakdong River basin in Korea. An interspecific hybrid between C. splendidus and C. aeruginos was genetically identified based on morphological characteristics and the sequence analysis of nuclear recombination activating gene 1 (RAG1) gene (1,334 bp) and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1) gene (1,551 bp). As a result of morphological variations, the natural hybrid appeared to have an intermediate character between two parental species (C. splendidus and C. aeruginos) in three variations of black array (s) on dorsal, caudal and anal fin rays. Phylogenetic analysis inferred from RAG1 and CO1 sequence data revealed that Coreoleuciscus populations from Hwang-ji stream consist of two pure Coreoleuciscus species and a hybrid individual group. The individuals were clearly identified the cross and reciprocal hybrid by CO1 gene analysis. In RAG1 gene, 13 nucleotide variation loci were detected and the hybrid individuals displayed the double peaks of sequence chromatograms at the 9 diagnostic positions. In this study, molecular data and morphological variations were clearly demonstrated that hybridization did occur between C. splendidus and C. aeruginos. However, F2 hybrid generation and reproductive capacity of F1 hybrid individuals were not demonstrated.

• Journal of Life Science
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• v.27 no.1
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• pp.100-121
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• 2017

The sexual reproduction of the unicellular green alga Chlamydomonas is reviewed for a comprehensive understanding of the complex processes. The sexual life cycle of C. reinhardtii is distinguished into five main stages: gametogenesis, gamete activation, cell fusion, zygote maturation, and meiosis and germination. Gametogenesis is induced by nitrogen starvation in the environment. C. reinhardtii has two mating types: mating type plus ($mt^+$) and mating type minus ($mt^-$), controlled by a single complex mating type locus ($MT^+$ or $MT^-$) on linkage group VI. In the early gametogenesis agglutinins are synthesized. The $mt^+$ and $mt^-$ agglutinins are encoded by the autosomal genes SAG1 (Sexual AGglutination1) and SAD1 (Sexual ADhesion1), respectively. The agglutinins are responsible for the flagellar adhesion of the two mating type of gametes. The flagellar adhesion initiates a cAMP mediated signal transduction pathways and activates the flagellar tips. In response to the cAMP signal, mating structures between two flagella are activated. The $mt^+$ and $mt^-$ gamete-specific fusion proteins, Fus1 and Hap2/Gcs1, are present on the plasma membrane of the two mating structures. Contact of the two mating structures leads to develop a fertilization tubule forming a cytoplasmic bridge between the two gametes. Upon fusion of nuclei and chloroplasts of $mt^+$ and $mt^-$ cells, the zygotes become zygospores. It is notable that the young zygote shows uniparental inheritance of chloroplast DNA from the $mt^+$ parent and mitochondrial DNA from the $mt^-$ parent. Under the favorable conditions, the zygospores divide meiotically and germinate and then new haploid progenies, vegetative cells, are released.

• Proceedings of the KSMRM Conference
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• 2002.11a
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• pp.50-56
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• 2002

최근 3-4년간 MR의 hardware와 software의 급격한 발전으로 마침내 작년 말에 3.0 Tesla whole body MR 장비가 미국 FDA의 공인을 받았다. 한국에서도 일찍부터 3T MR장비의 개발이 이루어 졌고 이미 설치되어 연구와 임상이 이용되고 있다. 여러 회사에서 개발 및 연구된 전신 3.0T MR 장비가 여러가지 가능성을 보이고 임상 도입 단계에 있지만 아직까지 실지 임상에서는 뇌신경계 분야가 주류를 이루고 있다. 지금 뇌신경계 분야에서 보편적으로 늘리 사용되고 있는 1.5T MR 장비는 모든 면에서 상당히 안정적으로 임상 및 연구에 이용되고 있다. 1-2년 전만 해도 3.0 T MR기기는 뇌신경계 영역에서도 임상적으로 늘리 사용되기에는 안정적인 면에서는 1.5T 기기에 비해서 떨어지는 것이 사실이었다. 그래서 주로 연구실 영역에서 많이 이용되고 있었다. 그러나 지금 본원에 설치 완료되어 임상에 적용한지 6개월 정도 이용한 예에서 보면 (about 2300 cases/6months) hardware, software적인 면에서 아직 조금의 불편함이 있지만 많은 부분이 충분히 인지되고 개선이 가능한 부분으로 거의 불편함이 사라질 것으로 기대되고 있고, 불편함을 넘을 수 있는 여러 가지 장점이 있다고 본다. 고자장 (>3.0 T) MRI의 매력은 자장에 비례적으로 SNR, spectral resolution이 높아지고, T1, BOLD등에 의한 대조도가 향상한다는 것이다. SNR의 증가는 temporal, spatial 분해능을 증가시키고, spectral resolution이 높아짐에 따라 MR spectroscopy상에서 주요 대사물질 이외 작은 대사물질에 관한 스펙트럼의 분석을 향상시킨다. 이처럼 고자장 MR은 근본적인 장점을 가지고 있고 이러한 장점이 고자장 MR 시대로 가야 할 이유을 모두 설명하고 있다고 생각된다.세포질등이 있으며, 이들중에서 lysosomes, peroxisomes, 그리고 미토콘드리아가 특정한 유전성 백질질환에 중요한 역할을 하는 것이 밝혀졌다. 이러한 질환들은 최소한 각 소기관에 의한 질환군으로 분류될 수 있다.SXR이 ER의 transactivation 효과를 약간 촉진한 반면 MDA-MB-231세포는 SXR을 제외한 CAR와 PPAR${\gamma}$에 의해 ER의 transactivation 효과가 약간 증가되는 경향을 보였다. 이러한 결과는 유방암세포에서는 CAR, SXR, PPAR${\gamma}$과 같은 xenobiotic nuclear receptor에 의한 ER transactivation 효과가 간암세포와는 다르게 나타나며, 유방암의 종류에 따라서 endogenous CAR, SXR, PPAR${\gamma}$수용체가 다르게 발현됨으로써 이들에 대한 반응이 서로 상이한 특징을 나타낼 수 있을 것으로 사료된다. 따라서 estrogen receptor에 의해 매개되는 estrogn의 전사활성조절기전이 표적세포에 따라 다른 경로를 포함 할 수 있음을 시사한다.서 흡착 능력이 우수하게 나타났으며, 황화수소는 펄라이트, 왕겨, 소나무수피에서 상대적으로 우수한 것으로 나타났으며, 혼합충전재는 암모니아의 경우 코코넛과 펄라이트의 비율이 7：3인 혼합 재료 3번과 소나무수피와 펄라이트의 비율이 7：3인 혼합 재료 6번에서 다른 혼합 재료에 비하여 우수한 것으로 나타났다. 4. 코코넛과 소나무수피의 경우 암모니아 가스에 대한 흡착 능력은 거의 비슷한 것으로 사료되며, 코코넛의 경우 전량을 수입에 의존하고 있다는 점에서 국내 조달이 용이하며, 구입 비용도 적게 소요되는 소나무수피를 사용하는 것이 경제적이라고 사료된다. 5. 마지막으로 악취제거 미생물균주를 접종한 소나무수피 50%와 펄라이트