• The Journal of the Institute of Internet, Broadcasting and Communication
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• v.11 no.3
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• pp.75-81
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• 2011

Protein molecules are combined with another ones which have similar shapes at pocket positions. The pocket positions can be good references to describe the shapes of protein molecules. Harris corner detector is commonly used to detect feature points of 2 or 3D objects. Feature points can be found on the pocket areas and the points which have high derivatives. Generally speaking, the densities of feature points are relatively high at pocket areas because the shapes of pockets are concave. The pocket areas can be decided by the subdivision of voxel cubes which include feature points. The Euclidean distances between feature points and the central coordinate of the decided pocket area are calculated and sorted. The graph of sorted distances describes the shape of a protein molecule and the distribution of feature points. Therefore, it can be used to classify protein molecules by their shapes. Even though the shapes of protein molecules have been distorted with noises, they can be recognized with the accuracy more than 95 %. The accurate shape recognition provides the information to predict the binding properties of protein molecules.

• Proceedings of the Korean Society of Applied Pharmacology
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• 1994.04a
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• pp.264-264
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• 1994

본 연구는 보리 씨앗에 존재하는 리보솜 불활성화 단백질(RIP) 의 삼차원 구조를 X-선 결정학 방법을 이용하여 밝히고, 그 결과로 분자 차원에서 기능을 이해하는 것을 목적으로 하고있다. 리보솜불활성화 단백질은 N-glucosidase 반응을 통하여 단백질 합성을 저해하기 때문에 세포를 죽일 수 있다. 따라서 암세포만을 특정적으로 인식하는 다른 물질과 결합시키면 암세포만을 특정적으로 죽일 수 있는 면역독소로 이용될 수 있다. 또, 최근에는 항바이러스의 작용을 함이 밝혀져 많은 연구가 진행되고 있다. 단백질 삼차원 구조 규명을 위해서는 여러가지 단계가 있는데 지난 번 과제까지 성공적으로 리보솜 불활성화 단백질의 대량 분리와 X-선 결정학의 필수 요건 좋은 결정을 길렀고, 이번에는 구조 해석을 위해 꼭 해결해야하는 위상문제를 극복하기 위하여 여러가지 실험을 진행하였다. 우선, 비슷한 구조인 피마자씨에서 분리한 Ricin의 A-체인과 미국자리공 잎에서 분리한 Pokeweed antiviral protein의 삼차원 분자좌표를 이용하여 분자치환법으로 위상문제 해결을 시도하였다. Ricin 의 A-체인을 이용하였을 때 분자의 위치가 정확히 찾아지지 않았고, 다른 모델인 Pokeweed antiviral protein을 이용하여 X-PLOR 프로그램내의 PC refinement법으로 분자치환을 시도하였다. Euler각도로 (187.37, 22.5, 311.94) 의 회전해 (Rotation solution) 를 가지고 있었고, 이러한 해에 맞추어서 분자를 돌려둔 후, 이동해 (Transaltion solution) 을 구해서 그 위치 (Orientation) 로 분자를 이동하였다. 이 때 R값은 53.9 % (8.0 - 3.5$\AA$) 이였고, 부분좌표 (Fractional coorcdinate) 에서는 0.102, 0.000, 0.261 이고, 직교좌표 (Orthogonal coorclinate) 에서는 4.616, 0.000, 13.167 의 결과를 얻었다.

• Bulletin of Food Technology
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• v.15 no.2
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• pp.3-24
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• 2002

펩타이드와 단백질은 전사, 번역, 후번역 단계에 걸친 모든 생물학적 반응을 조절한다. 그러나 분자수준에서 구조와 기능에 대한 우리의 이해는 초보적인 수준이다. 구조와 기능의 연관성에 대한 문제는 펩타이드와 단백질 자체에 대한 것과는 좀 다르다는 것을 명확히 할 필요가 있다. Multidomain을 갖는 단백질은 작고 통합적이며, 구조적으로 제한된 부분으로 쪼개는 것은 천연 단백질의 활성을 모방하여 저분자의 nonpeptide를 설계하는데 있어서 주요한 일이다. 결정적인 역할을 수행하는 domain을 모방하는 것은 특이성과 치료 효과에 있어서 자연적으로 얻어지는 단백질 물질과 비교하여 이로운 특성을 갖을 수 있고 분자 인지 분야에 관한 연구에 유용한 단서를 제공한다(Chen etal., 1992). 한편 펩타이드는 환경에 의해 구조가 심하게 영향을 받아 특성이 쉽게 변한다(Marshall et al., 1978). 수용액 내에서 이러한 구조적 유동성 때문에 그들이 결합할 수용체나 생리활성을 띄는 구조를 결정하는 것은 어렵고 복잡한 일이다(Fauchre,1987; Hruby, 1987). 구조를 한정하면 이러한 결정을 매우 쉽게 할 수 있다(Hrubyet al., 1987). 단백질 모방학은 분자지각 연구에 강력한 수단이며, 복잡한 단백질과 펩타이드의 구조-기능관계를 탐구하고 분석하는데 독특한 방법이다. 이 장에서는 매우넓고 빠르게 확장되고 있는 Peptidomimetic연구를 간략히 소개하고 있다. 단 본문은 기술 범위를 N-Methylated 아미노산과 스테로이드 등으로 제한하여 소개한다.

• KIPS Transactions on Software and Data Engineering
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• v.3 no.4
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• pp.163-168
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• 2014

In a protein molecule, ${\alpha}$-helices are important for protein structure, function, and binding to other proteins, so the analysis on the structure of helices has been researched. Since an interaction between two helices is evaluated based on their axes, massive errors in protein structure analysis would be caused if a curved or kinked long ${\alpha}$-helix is considered as a linear one. In this paper, we present an algorithm to reconstruct ${\alpha}$-helices in a protein molecule as a sequence of straight helices under given threshold.

• Journal of the Korean Chemical Society
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• v.21 no.3
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• pp.215-218
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• 1977

We have investigated for amino acid composition, molecular weight and terminal amino acid of the main gliadin protein which was purified by Sephadex column. The results were obtained as follows: 1. The highest content of amino acid was glutamic acid for the main gliadin protein. 2. The molecular weight was estimated 60,200 ${\pm}$200 for the main gliadin protein. 3. Identified N-terminal and C-terminal amino acid of the main gliadin protein were phenylalanine and methionine, respectively.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• v.31 no.3
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• pp.269-276
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• 1993

To ascertain that tegument of Pnragonimus westermoni has specific antigenic proteins, the tegumental fraction was isolated from 10-month-old worms by 0.1% digitonin solution, and subjected to SDS-PAGE and immunoblot. Component proteins of tegumental syncytium comprised of 94, 74 (76-66), 62, 54, 44, 42, 38, 28, 26, 25, 24, 17, 15.5 and 13.5 kDa proteins. Of them, the 94, 44 and 42kDa proteins were more specific to tegument, especially the 94 kDa protein was the most prevailing one. In immunoblot, antigens of the 94, 90, 78, 76, 74, 68, 65, 63, 60, 59 and 54 kDa proteins were commonly detected by 7 sera of 10 human paragonimlasis, but none of them reacted with 5 sera of clonorchiasis. In conclusion, the 94 kDa protein was the major tegumental protein, as well as the specific antigen. The 76 and 66 kDa proteins were the minor components of tegument, which were also specific antigens of R westermcni.

• Proceedings of the KSMRM Conference
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• 2003.10a
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• pp.36-36
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• 2003

목적： 고형성 종양에 특이적으로 발현하는 MR 분자영상용 조영제의 후보물질을 분자생물학적 방법 및 in vitro 분자영상기법을 이용하여 탐색하고자 하였다. 대상 및 방법： 암이 진행됨에 따라 유전자가 과발현되는 세포표면 단백질인 CD44 와 세포막에 존재하는 단백질분해효소의 일종인 MTI-MMP를 일차 선정하여 유전자 수준 및 단백질 수준에서 분자생물학적 방법으로 종양특이성에 대해 검증하였고, 특히 각종 암세포에서 발현양이 증가하는 CD44의 변형인 CD44v6 항체를 이용하여 생세포에서의 표적화에 대한 광학적 검증을 위해 초상자성 나노입자 대신 형광입자(FITC)를 결합하여 confocal microscopy로 실시간 표적화에 대한 분자영상을 획득하였다.

• Journal of Life Science
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• v.17 no.12
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• pp.1760-1765
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• 2007

Proteins are involved in promoting or controlling virtually every event on which our lives depend. Proteins are synthesized in cytosol and in the endoplasmic reticulum where their synthesis machinery are tightly controlled. However, not all of newly synthesized proteins are survived and conduct their essential functions to maintain cell's lives. It was reported that one-third of synthesized proteins are rapidly destroyed by proteasome under the most physiological conditions. full-length translated proteins, which survived, must undergo proper folding and assemble process. Some proteins are spontaneously folded while others require molecular chaperones and folding enzymes to be properly folded. Molecular chaperones are ubiquitously present within the subcellular organelles and from bacteria to animals and plants. Among those members of Hsp70 family have been extensively studied and their regulators have been discovered in the last decade. Here, a brief overview is presented for functional mechanism of Hsp70 homologues and the roles of their regulators. Since biological function of Hsp70 family other than chaperonic function are expending the review would give basic understanding of partnership between Hsp70 family and their regulators.

• The Korean Journal of Food And Nutrition
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• v.17 no.1
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• pp.66-71
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• 2004

This study was carried out to elucidate the molecular weight and the heating properties of Korean white ginseng protein by CM-cellulose column chromatography and electrophoresis. Thermostable protein contents were 0.17% in xylem-pith and 0.15% in cortex-epidermis of tap root by 90min of heating. The contents of thermostable protein were decrease after 90min of heating. By Electrophoresis, seven bands of 66, 45, 29, 24, 22, 20, 12kD were observed up to 30min of heating, but the band of 22kD was disappeared after 60min. of heating. The cationic protein content of thermostable protein fraction (28.24%) was higher than the anion protein content(0.80%). The molecular weight of thermostable protein fractions were 66kD, 55kD, 36kD and those of thermolabile protein fractions were 29kD, 24kD, 22kD, 20kD.

• Proceedings of the Korean Society of Postharvest Science and Technology of Agricultural Products Conference
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• 2003.04a
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• pp.145.1-145
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• 2003

대두 단백질을 효소로 가수분해 하였을 때 생성되는 peptide의 항균활성을 조사하고 천연항균제로서 이용 가능성을 검토하기 위하여 분리 대두 단백질에 5종의 단백질 가수분해 효소를 작용시켜 생성된 가수분해물의 항균력을 측정하고 한외여과하여 분자량별로 분리된 각 fraction의 항균활성과 HPLC로 정제하여 항균성 peptide 의 아미노산 결합순서를 분석하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 분리대두 단백질에 5종의 단백질 분해효소를 작용시켜 제조한 가수분해물 중 Asp.saitoi protease로 작용시킨 것이 항균활성이 높았다. Asp. saitoi protease로 작용시킨 대두 단백질의 가수분해물을 membrane filter로 여과한 결과 분자량 1000-3000 fraction에서 항균활성이 가장 높았다. 분자량 1000-3000 범위을 가진 가수분해물의 MIC는 0.5-0.8mg/$m\ell$ 이었으며 그람 양성균과 음성균 모두의 증식을 억제하는 경향을 보였다. 분리 대두 단백으로부터 얻어진 항균성 peptide는 121$^{\circ}C$, 10분간 열처리하여도 안정하였으며 한외여과에 의하여 분자량 1000-3000범위의 가수분해물을 동결건조하여 gel filteration하였을 때 2개의 fraction에서 항균 활성을 나타내었다. HPLC결과 RT 16.02 의 peak에서 항균활성이 확인되었고 질량은 1,633이었으며 아미노산 결합순서는 H$_2$N-G-P-P-G-V-V-A-T-V-V-A-A-R-COOH 이었다.