• Proceedings of the KAIS Fall Conference
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• 2009.05a
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• pp.335-338
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• 2009

본 연구에서는 HIF-$1{\alpha}$의 과발현은 VEGF의 발현과 유의한 상관 관계가 있음을 보여 주었다. 그리고, HIF-$1{\alpha}$의 과발현과 E-cadherin의 발현 사이에도 연관성은 있었지만 통계적인 유의성은 없었다. 종양의 병기와 VEGF, HIF-$1{\alpha}$, E-cadherin, p53의 상관성을 살펴본 결과 E-cadherin에서만 유의성이 관찰되었다. 갑상샘 유두암종에서 HIF-$1{\alpha}$의 발현이 종양의 증식과 관련된 단백, 특히 맥관형성과 관련된 단백인 VEGF의 발현, p53의 축적 및 E-cadherin의 발현소실과의 관계, 그리고 병리학적 표지자와의 관련성을 조사하고, 갑상샘 유두암종 환자의 수술후 예후와의 관계를 알고자 하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10a
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• pp.247-249
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• 2004

본 논문에서는 aspect model을 이용한 차원 축소 기반의 유전자 발현 데이터 분석을 제시한다. Aspect model은 은닉변수모델의 하나로서, 이를 이용하여 유전자 발현 데이터에 대한 확률적 학습 과정을 통해 특징적 발현 패턴을 추출할 수 있다. 또한 모델로부터 커널함수를 유도함으로써 발현패턴에 기반한 유전자간의 유사도를 자연스럽게 측정할 수 있다. 모델에 의해 정의되는 은닉공간 차원 수는 데이터 permutation 기반의 검증을 통해 결정한다. 효모 (yeast)의 세포 주기(cell cycle) 관련 발현데이터네 대한 실험에서, 주기별 특징 발현 패턴을 추출할 수 있었다. 또한 aspect model로부터 유도된 커널 기반의 유사도 척도를 이용함으로써, 동일 기능 또는 동일 complex 범주에 속하는 유전자 쌍 예측에서 기본적인 상관계수에 의한 방법에 비해 보다 향상된 성능을 얻을 수 있었다.

• Journal of dental hygiene science
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• v.11 no.1
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• pp.55-61
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• 2011

The purpose of this study was to investigate the biological function of ODAM and its signal transduction pathway in the steps of ameloblast differentiation and enamel mineralization. An ODAM recombinant protein was produced and stable ODAM transgenic cell lines were also established using ameloblast-lineage cells (ALCs). To verify the ODAM signal transduction pathway, BAMBI recombinant protein, an inhibitor of BMP2 and BMP receptor 1B (BMPR-1B), was treated and BMPR-1B siRNA was used to silence expression of BMPR-1B. Mineralization was augmented by the ALCs treated with the ODAM recombinant protein and the sense ODAM overexpressing cells. The ALP activity was also increased markedly in the sense ODAM overexpressing cells and the ALCs treated with ODAM recombinant protein. The inactivation of ODAM in the ALCs down-regulated the expression of BMPR-1B, whereas its expression was up-regulated markedly when ODAM was overexpressed. These results provide deeper insights into the process of ameloblast maturation and in enamel mineralization. It also suggested that ODAM augmented enamel mineralization.

• The Journal of Korean Medicine Ophthalmology and Otolaryngology and Dermatology
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• v.23 no.1
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• pp.149-157
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• 2010

목적 : 월견초는 다량의 불포화 지방산인 리놀렌산과 감마 리놀렌산을 함유하고 있으며, 천식성 기침이나 아토피피부염에 효능이 있는 것으로 알려져 있다. 본 연구는 월견초의 전초와 종자 추출물의 피부 멜라닌 합성에 대한 억제 효과를 조사하였다. 방법 : B16F10 멜라닌세포주를 이용하여 멜라닌, tyrosinase 활성 및 세포생존율을 측정하였다. 또한 멜라닌 합성- 관련효소인 tyrosinase, TRP-1, TRP-2의 단백질발현과 $\alpha$-MSH를 처리하여 색소침착을 유도 한 뒤 단백질 발현을 조사하였다. 결과 : 월견자는 B16F10 세포의 멜라닌 합성을 $5\;{\mu}g/ml$와 $10\;{\mu}g/ml$ 농도에서 각각 대조군의 81.3%, 68.3%로 억제하였고 tyrosinase의 활성도 이와 유사하게 억제하였다. 멜라닌 합성-관련효소들의 단백질발현을 관찰한 결과 월견초와 월견자는 tyrosinase 발현을 억제하였으며 TRP-1과 TRP-2의 발현에는 영향을 주지 않았다. 특히 $\alpha$-MSH에 의한 과색소 유도 시 tyrosinase 발현이 현저하게 감소되었으며, 월견자의 멜라닌 합성 억제 효과가 월견초 보다 높게 나타났다. 결론 : 이상의 연구 결과 월견자는 멜라닌세포의 tyrosinase 단백질 발현과 tyrosinase 활성을 억제하여 멜라닌 생성을 감소시키는 것으로 사료된다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• v.30 no.4
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• pp.309-316
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• 2003

연구목적: 스테로이드 계통의 에스트로겐 호르몬은 막 수용체와 결합하고 DNA에 부착되어, 자궁조직에서 발현되는 많은 유전자들의 발현 양상을 조절하는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 난소를 제거한 생쥐 모델을 이용하여 에스트로겐에 의해 조절되는 전사 관련 유전자(transcription factor)들을 동정하고, early up-regulation gene으로 확인된 Fos related antigen (Fra1과 Fra2) 유전자의 발현 양상을 RT-PCR과 면역염색방법으로 살펴보았다. 연구재료 및 방법: 난소 절제술을 시행한 생쥐에 에스트로겐을 피하주사하고 2, 4, 6, 12시간 간격으로 자궁조직을 적출하였다. 대조군으로는 sesame oil만을 주사한 후 2시간째에 수획한 자궁조직을 사용하였으며, 시간대별로 채취한 자궁조직(n=4)에서 RT-PCR을 수행하였다. RT-PCR을 통해 early response gene으로 확인된 Fra1과 Fra2에 대한 에스트로겐의 영향을 살펴보기 위해 estrogen receptor antagonist인 ICI 182, 780을 주사하여 유전자 발현 양상의 변화를 살펴보았다. 또한, 자궁조직내에서의 단백질 발현 부위를 관찰하기 위해 면역조직화학염색을 실시하였다. 결 과: 생쥐 자궁조직에서 에스트로겐에 의해 발현 양상의 변화가 확인된 유전자는 early up-regulation genes (CREB2, Fra-1, 2, GATA5), late up-regulation gene (E2F1), no response genes (CREB1, ATF1, GLI3, E2F3), down-regulation genes (GLI2, E2F5, GATA-2, 3, 6) 등으로 구분할 수 있었다. 그 중 early up-regulation genes에 해당하는 Fra1과 Fra2 유전자는 ICI 182, 780에 의해 그 발현이 유의하게 감소되는 것을 확인하였다(p < 0.01). 이들 단백질은 생쥐 자궁조직의 상피세포층, 기질층, 근육층에서 고루 발현되었으며, 특히 근육층에서 강한 염색정도를 관찰할 수 있었다. 결 론: 이상의 결과를 통해 Fra1과 Fra2 유전자의 발현은 에스트로겐에 의해 조절됨을 알 수 있었으며, 이들의 강한 발현이 자궁조직의 근육층에서 관찰되어 이들의 기능에 대한 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• v.62 no.1
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• pp.43-50
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• 2007

Background: Mutated or deregulated expression of C-erbB-2 causes this gene to function as a potent oncogene. Vascular endothelial growth factor (VEGF) is a crucial angiogenic molecule in lung cancer. Both C-erbB-2 and VEGF can promote growth, proliferation and metastasis in non-small cell lung cancer (NSCLC). The purpose of this study was to investigate evaluate the relationship between the expressions of the C-erbB-2 and VEGF genes using immunohistochemistry. Materials and Methods: Ninety-five patients with NSCLC were involved (60 squamous cell carcinoma and 35 adenocarcinoma). The formalin-fixed paraffin embedded specimens were immunohistochemically stained for C-erbB-2 and VEGF using the avidin-biotin complex method. Results: Positive C-erbB-2 expression was observed more often in adenocarcinomas than squamous cell carcinomas (p<0.05). Although the immunohistochemical expressions of C-erbB-2 and VEGF in non-small-cell lung cancer showed increased tendencies at an advanced stage, the correlation between early and advanced cancers was insignificant. In adenocarcinomas, the expressions of VEGF and C-erbB-2 were significantly (p<0.05). Conclusion: The overexpression fo C-erbB-2 was significantly higher in adenocarcinomas than squamous cell carcinomas, and correlated with the expression of VEGF in adenocarcinomas of the lungs.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• v.51 no.10
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• pp.1096-1101
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• 2008

Purpose : Patients with chronic granulomatous disease (CGD) have genetic mutations in a component of the NADPH oxidase enzyme that is necessary for the generation of the superoxide anion. The profound defect in innate immunity is reflected by the patients susceptibility to catalase-positive bacteria and fungi. In addition, CGD patients display signs of persistent inflammation, which is not associated only with deficient superoxide anion production. The aim of this study was to elucidate the cytokine responses in CGD patients after $TNF-{\alpha}$ stimulation. Methods : Heparinized blood samples were collected from 8 CGD patients and 10 healthy volunteers. Monocytes ($1{\times}10^6cell/well$) isolated by the magnet cell isolation system were incubated with a constant amount of $TNF-{\alpha}$ (10 ng/mL) at $37^{\circ}C$ for 6 h. Incubated cells were harvested at 60-min intervals for IL-8 and IL-10 mRNA analysis, and the supernatant was collected at the same intervals to determine IL-8 and IL-10 expression. Monocytes from healthy volunteers were also incubated with antioxidants followed by $TNF-{\alpha}$ stimulation for IL-8 and IL-10 expression. Results : In CGD patients, a high expression of IL-8 together with a significantly higher IL-10 expression than in the healthy controls was seen after $TNF-{\alpha}$ stimulation. Moreover, normal monocytes treated with antioxidants exhibited increased IL-8 responses. Conclusion : The absence of phagocyte-derived reactive oxidants in CGD might be associated with a dysregulated production of pro- and antiinflammatory cytokines. Additional research related to reactive oxidants is needed to clarify the role of cytokines in CGD patients.

• Journal of Gastric Cancer
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• v.9 no.3
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• pp.88-95
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• 2009

Purpose: p53 and bcl-2 are important markers of apoptosis. The expression of p53 and bcl-2 in gastric adenocarcinoma was examined in relation to prognosis and survival rate. Materials and Methods: The clinicopathologic data from 238 patients who underwent gastrectomies for gastric adenocarcinoma between December 1999 and July 2007 were reviewed. Immunohistochemical staining of gastric adenocarcinoma tissues embedded in paraffin blocks was performed using an Envision kit (DAKO, Glostrup, Denmark). Statistical comparisons were made between age, gender, tumor invasion, lymph node metastasis, TNM stage, Lauren's classification, cell differentiation, and the relationship with p53 and bcl-2. Results: The expression of p53 was related to cell differentiation (P=0.028) and UICC TNM stage (P<0.001). The expression of bcl-2 was related to UICC TNM stage (P=0.005). The co-expression of p53 and bcl-2 was related to UICC TNM stage (P=0.002). The co-expression group exhibited a greater reduction in the survival rate (P=0.001). Conclusion: The expression of p53 and bcl-2 nuclear proteins has significant relationships with other conventional prognostic factors and the survival rate. bcl-2 will be characterized through analysis of a greater number of patients and comparison with survival data over a longer period of time.

• Journal of Life Science
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• v.22 no.3
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• pp.360-365
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• 2012

We investigated the anti-proliferative activity of sulforaphane and expression changes of NAG-1 and p21 genes in response to sulforaphane treatment in human colorectal HCT116 cells. The results showed that sulforaphane decreased cell viabilities in a dose-dependent manner and induced expression of NAG-1 and p21 proteins in a dose-dependent and time-dependent manner. In addition, we found that NAG-1 expression by sulforaphane was not dependent on the presence of p53, whereas p21 expression was dependent on p53 presence. The results indicated that up-regulation of NAG-1 was not related with the activity of a dietary histone deacetylase inhibitor of sulforaphane. ATF3 induction was detected from 2 hr after sulforaphane treatment, indicating that ATF3 could be a transcription factor to up-regulate NAG-1 expression. The results of this study may help to increase our understanding of the molecular mechanism of anti-cancer activity mediated by sulforaphane in human colorectal cancer cells.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2005.07b
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• pp.235-237
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• 2005

마이크로 어레이(micro array)로 표현되는 유전자 발현 패턴(gene expression pattern)들과 해당 유전자의 upstream에 위치한 DNA 서열 요소(motif)들은 유전자 발현에 밀접한 관련을 맺고 있는데 이들간의 매핑관계를 알아내는 것은 생물전산학 분야에서 중요한 문제 중 하나이다. 본 고에서는 유전자 발현 패턴 데이터와 해당 DNA에 포함된 것으로 알려진 모티프 프로파일에 대해 대응분석(correspondence analysis)을 수행하고 2차원 평면에 매핑하여 특정 유전자 발현과 밀접하게 관련된다고 여겨지는 후보 모티프를 시각적으로 직관적으로 동정하는 방법을 제시한다. 또한 유전자 발현 패턴은 일정한 길이로 나누어 가능한 모든 패턴에 대해 클러스터링을 행하여 이에 대한 인덱스로 데이터를 표현하여 패턴의 인식성과 발현 순차성을 높이는 반면 복잡도를 줄이도록 하였다. 실험에서 두가지 형태의 모티프 프로파일과 효모 Saccharomyces cerevisiae 포자형성 데이터 집합에 대하여 대응 분석을 통한 시각화된 결과를 이용해 유전자 발현과 깊게 관련되는 것으로 알려진 모티프들이 대응 유전자 발현과의 상관성이 잘 동정되고 있음을 알 수가 있다.