• 미생물학회지
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• 제51권1호
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• pp.86-95
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• 2015

독도의 해안에 군락을 이룬 해안식물 근권에서 호염성 및 염내성을 가지는 세균의 분리를 위해 3종의 해안식물의 군락을 선정한 후 각 식물의 군집 하부에서 토양시료를 채취하였다. 시료는 marine broth 한천배지를 이용하여 형태학적인 구분을 통해 순수분리 되었다. 분리된 161개 세균들을 NaCl 9.0% 농도로 조정된 배지에서 생존하는 26개 균주를 선발하여 genomic DNA를 얻은 후, 16S rRNA gene sequence를 증폭하여 부분동정 하였다. 이들의 유연관계 확인을 위해 계통수를 작성한 결과, 이들은 각각 Firmicutes (30.8%), Gamma proteobacteria (53.8%), Bacteroidetes (7.7%), Alpha proteobacteria (7.7%), Actinobacteria (7.7%)에 속하였으며, 이는 기존의 독도 토양 및 해수 미생물상 연구와 특징적 차이를 보인다. 또한, 분리된 세균의 종 조성도 기존 독도 토양 및 해양연구와 유의적으로 상이함을 보였다. 이에 더하여 선발된 26개 균주들 중에서 4균주가 12.0% 이상의 염농도에서 생장하였으며, 이들 중에서 3개 균주가 15.0% 이상의 염농도에서 생장하여 극호염성의 특성을 나타내었으며, 광범위한 염분농도에서도 생장하는 특성을 보였다. 이들은 해안식물 근권에서 독도 특유의 고염분 및 염분변화라는 환경적 스트레스를 극복하며 해안식물과 어떠한 상호작용을 하는 것으로 생각된다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제15권8호
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• pp.5062-5069
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• 2014

본 연구는 전문가구강관리가 요양병원 장기입원환자들의 구강내 Streptococcus mutans 수에 미치는 영향을 파악하기 위하여 D광역시에 소재한 일개 노인 요양병원 장기입원환자를 대상으로 2011년 7월 24일 부터 10월 25일 까지 3개월간 연구대상자 43명을 대상으로 주 2일, 1일 3회 치과위생사가 전문가구강관리를 제공하고 1개월 간격으로 3회에 걸쳐 타액분비량과 타액 내 mutans streptococci 집락 수를 세어 구강건강상태를 비교하였다. 연구결과 타액분비량은 관리 전 5.8 ml에서 1개월 후 6.4 ml, 2개월 후 7.5 ml로 증가하였고, 세균 수는 약 $6{\times}10^8CFU/ml$에서 2개월 후 약 $3{\times}105CFU/ml$로 20배 이상 감소하였다. 전신질환에 따른 구강관리 전후의 세균 수의 변화는 고혈압과 당뇨병이 있는 환자의 세균 수가 유의하게 감소하였다. 충전치아의 수와 고정성보철물의 수가 많을수록 세균 수는 유의하게 감소하였다. 전문가구강관리는 요양병원 장기입원 환자들의 구강내 Streptococcus mutans 수와 밀접한 관련이 있는 것으로 나타났다. 따라서 향후 요양병원 장기입원환자의 특성을 고려한 실질적이고 지속적인 구강관리가 이루어지도록 구강보건프로그램을 개발하는데 필요한 다양한 연구가 실시되어야 한다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제33권3호
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• pp.157-161
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• 2018

본 연구에서는 육제품의 다양한 조건(포장, 저장온도, 염농도, 아질산염농도)에서의 식중독세균의 생장을 예측하는소프트웨어를 예측미생물학에 대한 지식이 부족한 비전문가도 손쉽게 이용할 수 있도록 개발하였다. 육제품에서의 식중독세균예측소프트웨어(FAME: Foodborne bacteria Animal product Modeling Equipment)는 Javascript와 HTML을 이용하여 개발하였으며, 육제품에 대한 카이네틱모델과 확률모델을 포함하고있다. FAME에서는 검증(validation) 기능을 포함하고 있으며, FAME에 탑재 되어있는 예측모델의 수식을 자유롭게 수정할 수 있도록 고안 하였다. FAME에는 포장조건, 온도, 염농도, 아질산염농도 조합에 따라 실험한 데이터를 카이네틱모델(5,400 데이터)과 확률모델(345,600 데이터)에 탑재하였다. 사용자가 FAME을 이용하여 육제품의 제조 조건을 소프트웨어에 입력하면, 시간에 따른 식중독세균의 생장패턴과 생장확률이 즉시 계산 되어진다. 따라서 예측 미생물학에 대한 전문 지식이 없는 비전문가라고 하더라도 FAME을 이용하여 직접 실험을 하지 않고도 육제품에서의 식중독세균의 생장을 쉽고 빠르게 예측할 수 있어, 육가공분야에서 매우 유용하게 사용되어 질 수 있을 것으로 판단된다.

• KSBB Journal
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• 제18권3호
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• pp.174-179
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• 2003

폐광지역으로부터 quinoline (2,3-benzopyridine)을 유일한 탄소원, 질소원, 그리고 에너지원으로 이용하는 세균 NFQ-1을 농화 배양기법을 통하여 분리하였다. 분리된 세균은 그람음성의 간균으로서 BIOLOG 시험을 통하여 Pseudomonas nitroreducens로 동정되었으며, 본 연구에서는 Pseudomonas sp. NFQ-1으로 명명하였다. Quinoline의 분해는 호기적 조건하의 B-배지에서 Pseudomonas sp. NFQ-1를 이용하여 실시되었다. 균주 NFQ-1 세균은 2.5 mM quinoline을 9시간 이내 완전히 분해하였다. 배양기간 동안 quinoline 분해의 중간대사산물인 2-hydroxyquinoline이 일시적으로 생성되었다가 배양기간 후반부에 사라졌다. 배양의 초기 pH 8.0은 6.8로 감소하다가 배양이 진행됨에 따라 7.0이 되었다. 대상 기질로서 quinoline의 농도가 증가함에 따라 생장곡선에서 유도기가 길어졌으며, 고농도의 quinoline (＞15 mM)은 주어진 조건에서 균주의 생장과 quinoline의 분해를 억제하였다. 부가 질소원으로 7.6 mM $(\textrm{NH}_{4})_{2}\textrm{SO}_{4}$의 첨가조건하에서 Pseudomonas sp. NFQ-1은 2-hydroxyquinoline, p-coumaric acid, benzoic acid, p-cresol, p-hydroxybenzoate, protocatechuic acid, catechol 등의 다양한 화합물을 이용할 수 있었으나 일부 화합물들 (예, 6-hydroxyquinoline, 8-hydroxyquinoline, coumarin, indoline, pyridine, lepidine, quinaldine, 4-bydroxycournarin, benzene, salicylic acid, phenol, phthalate)은 탄소원으로 이용되지 못하였다. euinoline의 분해경로를 규명하기 위하여 catechol dioxygenases의 specific activity를 결정하였다. 그 값은 catechol 1,2-dioxygenase에서 약 184.7 U/mg, 그리고 catechol 1,2-dioxygenase에서 약 33.19 U/mg이었다. 그 결과 균주 NFQ-1은 quinoline를 분해하기 위하여 주로 ortho-분해경로를, 그리고 부분적으로 meta-분해경로를 이용하는 것을 보여주었다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제12권
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• pp.57-67
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• 1969

1. Furyl furamide 가 여름철 김치세균에 미치는 영향을 보기 위하여 두가지 여름김치에서 분리(分離)한 세균 Bacillus group 과 Lactic acid bacteria중 Bac. megaterium, Bac. subtilis 그리고 Bac. licheniformis등이 발효 초기(初期)의 젓갈김치에 우세 하였고 국물김치에서는 Lact. plantarum 과 Lact. buhneri등이 시종(始終) 매우 우세하였다. 2. 김치에서 분리(分離)된 Bacillus group 은 10 p.p.m. 이하(以下)의 AF-2 저농도(低濃度)에서 대단히 민감(敏感)하게 억제되었으나 Lactic acid bacteria의 group은 50 p.p.m.의 고농도(高濃度)에서도 저항(抵抗)하고 있었다. 3. 김치의 AF-2 첨가허용농도(添加許容濃度)는 최고(最高) 10 p.p.m.을 넘지 않아야 할 것이다. 4. 김치에 첨가(添加)된 고농도(高濃度)(50 p.p.m.)의 AF-2는 김치 발효를 heterofermentation 에서 Homofermentation으로 변화(變化)시키는 경향이 있었다. 5. AF-2 10 p.p.m. 농도(濃度)의 김치에서 bacterial flora는 약간 영향(影響)을 받고 있었으나, 50 p.p.m.의 고농도(高濃度)에서도 하절(夏節)김치의 산패(酸敗)는 억제할수가 없었다. 6. $23^{\circ}{\sim}25^{\circ}C$ 상태의 김치발효액중(醱酵液中)의 AF-2 소장(消長)은 산성(酸性)에서 비교적(比較的) 안전(安全)하다고 하나 4 일후(日後)에 약(約) 25%가 감소(減少)되고 pH 변화곡선(變化曲線)과 거의 평행(平行)한 변화(變化)를 보였다.

• 미생물학회지
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• 제51권1호
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• pp.68-74
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• 2015

Thermococcus pacificus P-4의 유전체 서열 분석을 통하여 예측되는 GH1 ${\beta}$-glucosidase를 암호화하는 유전자를 동정하였다. 그 유전자는 487 아미노산들을 암호화하는 1,464 bp 나타내었으며, 그 아미노산 서열은 Pyrococcus furiosus ${\beta}$-glucosidase와 77% 상동성을 나타내었다. 그 유전자는 Escherichia coli 시스템 내에서 복제 및 발현하였다. 재조합 된 단백질은 금속 친화크로마토그래피를 통하여 정제하고 특성을 분석하였다. 정제된 단백질(Tpa-Glu)은 pH 7.5와 $75^{\circ}C$에서 최적활성을 나타내었으며, 열안정성은 $90^{\circ}C$에서 약 6시간의 반감기를 보였다. Tpa-Glu는 pNP-${\beta}$-glucopyranoside, pNP-${\beta}$-galactopyranoside, pNP-${\beta}$-mannopyranoside, 그리고 pNP-${\beta}$-xylopyranoside 순으로 우수한 $k_{cat}/K_m$ 값을 나타내었다. 또한, Tpa-Glu는 ${\beta}$-1,3-linked polysaccharide (laminarin) 그리고 ${\beta}$-1,3-와 ${\beta}$-1,4-linked oligosaccharides에 대하여 exo-hydrolyzing 활성을 보였다. 본 연구는 초고온 고세균으로터 ${\beta}$-glucosidase가 exohydrolyzing 활성을 처음 확인한 것으로 이 효소는 laminarin의 당화공정에 ${\beta}$-1,3-endoglucanase와 함께 적용할 수 있을 것으로 기대된다.

• 상하수도학회지
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• 제18권4호
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• pp.515-521
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• 2004

Anaerobic digestion has many advantages over the more conventional aerobic treatment processes such as low levels of excess sludge production, low space (area) requirements, and the production of valuable biogas. The purpose of this study was to evaluate the effect of organic loading rate of anaerobic digestion on thermophilic($55^{\circ}C$) and mesophilic($35^{\circ}C$) conditions. Fluorescent in situ hybridization (FISH) method was also used to study the microbial community in the reactors. The stabilizing time in mesophilic anaerobic reactors was shorter as approximately 20 days than 40 days in the thermophilic anaerobic reactors. The amount of methane production rate in anaerobic reactors was independent of the concentrations of supplied substrates and the amount of methanogens. When the microbial diversity in the mesophilic and thermophilic reactors, which had been treated with acetate-based artificial wastewater, were compared, it was found that methanogenesis was carried out by microbial consortia consisting of bacteria and archaea such as methanogens. To investigate the activity of bacterial and archaeal populations in all anaerobic reactors, the amount of acetate was measured. Archaea were predominant in all reactors. Interestingly, Methanothrix-like methanogens appeared in mesophilic anaerobic reactors with high feed substrate concentrations, whereas it was not observed in thermophilic anaerobic reactors.

• KSBB Journal
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• 제26권3호
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• pp.237-242
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• 2011

As a number of archaea are ubiquitously found in non-extreme habitats, elucidation of their functional roles becomes currently an emerging issue. However, most of them are unable to grow in pure culture and so it remains to be established. In order to find genes lacking in the genome of an ammonia-oxidizing archaeon (AOA), we here report on the comparative analyses of an AOA genome with those of experimentally or theoretically established minimal genomes for independent growth. We assessed the genes lacking in AOA using logic of clusters of orthologous groups (COG), remote homology, consensus sequence weight matrix, function-based motif or domain, and then further excluded genes encoding hypothetical orarchaea-specific proteins. The results of these combination analyses revealed 19 candidate genes lacking in the genome of an AOA. Thus, our results provide a possibility of inducing independent growth of AOA when supplemented with product (s) of the lacking gene (s), and also give a chance for finding new proteins with novel sequence or structure space even if the predicted lacking-genes will be found using another algorithms or biochemical studies.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제13권2호
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• pp.261-266
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• 2009

횡문근융해증은 횡문근 손상에 의해 근육을 구성하는 세포 성분들이 혈액 내로 유리되면서 발생하는 증후군으로 다발성 외상, 약물 또는 알코올 남용, 전해질 불균형, 세균과 바이러스 감염, 극심한 운동, 고체온과 저체온, 고혈당과 저혈당 등 매우 다양한 원인들에 의해 발생할 수 있다. 저자들은 고나트륨혈증과 제 1형 파라인플루엔자 감염에 의한 횡문근융해증을 경험하였기에 이를 보고하는 바이다.

• 상하수도학회지
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• 제26권3호
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• pp.399-408
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• 2012

The overall goal of this study was to characterize and quantify ammonia-oxidizing bacteria (AOB) in four different full-scale sequence batch reactor (SBR) wastewater treatment plants. Also, this study focused on assessing the occurrence of the alternative ammonia-oxidizing microbes such as anammox (anaerobic ammonia oxidation) bacteria (AMX) and ammonia-oxidizing archaea (AOA) in these systems. Based on total AOB numbers and the estimated cell density in the mixed liquor samples, AOB constituted 0.3 - 1.8% of the total bacterial population in the four WWTPs. Based on clone library, Nitrosomonas ureae-like AOB were dominant in plant A and B, while plant C and D had Nitrosomonas nitrosa-like AOB as major AOB group. The four different AMX primer sets targeting AMX 16S rRNA gene produced PCR amplicons distantly related to Chlamydia and Planctomycetales group bacteria. However, it was not clear these groups of bacteria perform anammox reaction in the SBR plants. Also, molecular evidence of AOA was found in one of the SBR plants, with a sequence located in the deep branch of the sediment creanarchaeota group.