• 한국임상수의학회지
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• 제26권6호
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• pp.582-585
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• 2009

소 바이러스성 설사병 바이러스는 전세계 축산업에서 경제적 파급력이 큰 질병이다. 콧물을 이용한 역전사 중합효소연쇄반응을 이용하여 한우송아지에서 소 바이러스성 설사병 바이러스의 발생이 진단 되었다. 가검물을 채취한 21 마리 소 가운데 12마리가 소 바이러스성 설사병 바이러스에 양성반응을 보여 지속감염우로 분류되었다. 이 동물들은 설사와 폐렴 같은 증상을 나타내었다. 지속감염우는 일발적으로 지속감염 송아지에서 발견된다. 5'-UTR을 이용한 염기서열 및 계통발생 분석에서 본 증례는 BDVD-2a에 속했다. 이들 결과는 콧물을 이용하여 지속감염우를 진단할 수 있다는 것과, 한우 송아지에서 BVDV 근절 대책이 필요하다는 것을 말해 주고 있다.

• 한국균학회지
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• 제37권1호
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• pp.11-18
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• 2009

볏짚버섯속(Agrocybe sp.) 균의 분자생물학적 유연관계분석을 통한 종(species) 구분을 위하여 국립원예특작과학원 버섯과에 보존중인 ASI $19001{\sim}19032$중 30균주를 공시하고 rDNA의 ITS영역 염기서열을 비교하였다. 그 결과, ASI 19007, 19016, 19019, 19020, 19022, 19023, 19024, 19025, 19027, 19028, 19031, 19032 등 12균주가 A. chaxingu; ASI 19021, 19026 등 2균주가 A. salicacola; ASI 19002, 19003, 19004, 19005, 19029 등 5균주가 A. cylindracea; 19001, 19010, 19011, 19012, 19013, 19015등 6균주가 A. erebia; 그리고 ASI 19008; ASI 19017과 19018; ASI 19009; ASI 19014 등 8그룹으로 구분되었다. 이 결과는 기존의 톱밥병재배 시험에서 자실체가 발생한 18균주 중에서 버섯 발생이 잘 되었던 ASI 19003 등 5균주(A. cylindracea)와 ASI 19007 등 10균주(A. chaxingu), ASI 19026 등 2균주(A. salicacola)는 균의 배양속도, 자실체의 발생과 생육기간등 재배적 특성으로 그룹(Species 수준) 간에 구분이 뚜렷 하였는데, 이는 본 시험의 분지도에 나타난 A. chaxingu, A. cylindracea의 구분 결과와 일치하였다. 따라서 rDNA ITS 영역의 염기서열분석은 Agrocybe속 버섯의 종 구분에 있어서 선행적, 보충적 수단으로 활용하기에 충분하다고 판단된다. 또한 본 시험 등에서 조사한 볏짚버섯속 균주들의 특성과 종 구분을 통하여 육종 모본 선발 및 균의 특성에 맞는 재배관리와 소비자 기호에 알맞은 균주의 선택등이 가능할 것으로 기대된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권4호
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• pp.512-521
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• 2016

제주도에서 채집된 토양시료로부터 xylanase 활성을 나타내는 균주를 분리하여 WJ-2로 명명하였다. 균주 WJ-2의 16S rRNA 유전자 염기서열을 결정하여 이를 토대로 상동성을 검색한 결과, Streptomyces 속의 균주들과 높은 염기서열 상동성을 보였다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 토대로하는 neighbor-joining 계통수를 제작하여 Streptomyces atrovirens와 가장 높은 계통발생적 연관성이 갖고 있는 것을 밝혔다. 또한 DNA-DNA hybridization 분석을 통하여 Streptomyces atrovirens의 신규한 아종임을 증명하였다. 균주 WJ-의 게놈내 GC 농도는 73.98 mol%이었으며, 주요 세포벽 지방산으로 anteiso-$C_{15:0}$ (36.19%)을 함유하고 있었다. 균주 WJ-2의 성장 및 xylanase 생산은 배지내에 질소원으로 soytone과 탄소원으로 xylan을 첨가하였을 때 급격히 증가되는 것을 확인하였다. 액체배양액으로부터 준비된 조효소의 xylanase 활성은 pH 7.0과 $55^{\circ}C$에서 가장 높게 나타났다. Thin layer chromatography (TLC) 분석을 통하여 균주 WJ-2의 조효소는 xylan을 분해하여 최종분해산물로서 xylobiose와 xylotriose 생산하는 효소임을 확인하였다.

• 한국해양바이오학회지
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• 제1권3호
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• pp.186-192
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• 2006

짧은 집단 반복 요소 (Short Interspersed Repetitive Elements, SINE) 는 수백개 정도의 염기로 구성된 반복염기서열로서 LINE (Long Interspersed Nucleotide Elements)와 함께 바이러스와는 구별되는 레트로트랜스포존 (Retrotransposon)의 하나로 알려져 있다. 이들의 생체 내 역할은 정확하게 밝혀진 것은 없지만 게놈 내에서 반복염기서열의 재배열을 통해 완전히 새로운 유전자를 창조하거나 기존의 유전자를 변형시킴으로써 유전물질의 운반수단 및 진화적 변화에 있어서 중요한 역할을 할 것이라 예상되며, 질병의 원인이 된다고도 밝혀져 있다. 본 연구에서는 미꾸라지로부터 SINE의 새로운 두 그룹을 분리하였다. 두 SINE 그룹, mlSINE-L과 mlSINE-S는 각각 약 410bp와 270bp의 염기로 구성되어 있다. 두 SINE 그룹의 5'과 3'말단의 서열은 RSg-1와 SmaI SINE 의 그것과 높은 유사도를 보였다. 계통발생분석결과, mlSINE들은 미꾸라지에서 유일하였으며, dot blot hybridization의 결과는 mlSINE-L이 미꾸라지 게놈 $2{\times}10^9bp$ (2.8 pg)당 $1{\times}10^3$ copy를 가지는 것으로 추정되며, loop DNA보다 핵기질부착부위 (nuclear matrix attachment regions, MARs)에서 그 분포도가 높았다. 이런 결과는 미꾸라지의 새로운 SINE 들이 핵기질 부착부위 내에서나 혹은 가까운 주변에 우선적으로 삽입될 수 있음을 나타낸다.

• 생명과학회지
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• 제16권1호
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• pp.120-125
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• 2006

과메기에서 histamine분해능을 가진 세균을 분리 동정하기 위하여 histamine만을 첨가한 제한배지에서 균을 분리했다. 기본적인 형태 및 생화학적 동정시험을 거쳐 10종의 시험균주를 선택하여 16S rDNA 염기서열 비교에 의한 계통발생학적 분석으로 동정하였다. 동정된 세균의 histamine분해능은 탁도측정법과 효소법에 의해 재 확인하였으며 그 실험 결과는 다음과 같다. 16S rDNA 염기서열 비교에 의한 계통 발생학적 분석을 이용하여 동정한 결과, E americana B791, Arthrobacter sp. R45S, H. marisflava, P. sp. 9B-7, Bacillus sp. LMG 21002, P. cibarius JG-220, B. megaterium KL-197 7종이 동정되었고, 각각 $99\%,\;95\%,\;98\%,\;99\%,\;99\%,\;99\%,\;98\%$의 상동성을 보였으며, 3종은 미동정되었다. 동정된 세균의 histamine분해능을 탁도측정법과 효소법에 의해 재 확인한 결과, Arthrobacter sp. R45S, H. marisflava, Bacillus sp. LMG 21002, B. megaterium KL-197이 분해능을 나타내었고, Psychrobacter sp. 9B-7은 미약한 분해능을 보였으며 미동정된 3종도 분해능이 있는 것으로 나타났다. 그리고 E. americana B791과 P. cibarius JG-220은 분해능이 불확실한 것으로 확인되었다 자반고등어에서 분리한 균주보다 시험균주 모두가 생육과 histamine의 분해속도가 비교적 빨랐다.

• 식물병연구
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• 제28권4호
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• pp.248-251
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• 2022

2022년 10월 충청남도 예산군(36°40'12.7"N, 126°51'36.4"E)에서 좀돌팥 흰가루병을 조사하였다. 병징은 주로 잎의 앞면에 발생하였으며 뒷면에는 흰가루병이 약하게 발병하였다. 흰가루병의 자낭구는 잎의 뒷면에서 확인하였다. 흰가루병균 무성세대 및 유성세대의 형태적 특징과 더불어 internal transcribed spacer rDNA, 28S large subunit 염기서열을 계통분석한 결과, 흰가루병균은 Podosphaera xanthii로 동정되었다. 이는 한국에서 Podosphaera xanthii에 의한 좀돌팥 흰가루병을 처음으로 보고한다.

• 식물병연구
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• 제12권3호
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• pp.213-220
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• 2006

2003년 청송지역 농가포장에서 심한 위축증상을 나타내는 콩 시료를 채집하였다. 이 시료를 RT-PCR로 진단한 결과 콩위축바이러스, Soybean dwarf virus(SbDV-L81)에 감염된 것으로 확인되었다. 본 연구는 우리나라에서 콩위축바이러스의 발생에 관한 최초 보고이다. 이 바이러스의 추가적인 특징을 알아보기 위하여 종 특이적 프라이머를 이용한 RT-PCR로 게놈의 부분 염기서열을 결정하였다. 결정된 염기서열은 병징 발현 유형과 매개충 특이성에 기초하여 이전에 조사된 SbDV 계통들과 비교분석하였다. ORF 2와 ORF 3 유전자사이 영역(intergenic region)과 ORF 2, ORF 3 및 ORF 4의 코팅영역에서 SbDV-L81은 황화계통(SbDV-YS and YP) 보다 위축계통(SbDV-DS and DP)과 유사한 특징을 보였다. 한편, ORF 5의 5'쪽 코딩영역은 완두수염진딧물(Acyrthosiphon pisum)이 매개충인 계통(SbDV-YP and DP)과 밀접한 관련이 있은 것으로 나타났다. SbDV-L81은 자연상태에서의 병정과 5가지 영역의 염기서열 비교결과에서 SbDV-DP 계통과 밀접한 관련이 있는 것으로 생각된다.

• 생태와환경
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• 제53권4호
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• pp.344-354
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• 2020

이취미 물질인 2-MIB를 합성하는 원인종에 대한 정보는 담수생태계에서 이와 관련된 환경 및 경제적 문제를 해결하는 데 필수적이다. 본 연구는 북한강 수계에서 출현하는 Pseudanabaena strain을 분리·배양하고, 16S rDNA 염기서열을 이용하여 종 수준의 동정과 2-MIB 합성 유전자 탐색을 통해 이취미 물질 발생 잠재성을 분석하였다. 북한강 본류 지역(삼봉리, 조암면, 의암호 지역)에서 분리한 Pseudanabaena strain은 총 11개로서 NHUA201911과 NHPD201909 strain을 제외하고 단일세포의 크기는 서로 유사하였다. 그러나 16S rDNA 계통분석을 통한 유전자 염기서열의 유연관계를 분석한 결과, 분리된 strain들은 총 5개 종(P. cinerea, P. yagii, P. mucicola, P. galeata, P. redekei)으로 분류되었다(40~55% 유사도). 2-MIB를 합성하는 mibC 유전자는 P. cinerea 07 strain (NHUA202007-07)와 P. yagii (NHUA202007-08), P. redekei (NHUA201911)에서만 발견되었으며, 가스크로마토그래피 분석에 따라 실질적인 2-MIB 합성은 P. cinerea와 P. redekei 종에서 확인되었다. 본 연구결과는 분자생물학적 수준에서 북한강 수역에서 발생하는 Pseudanabaena속 남조류의 다양도에 대한 증거를 제공하는 연구로서 북한강 수계에서 2-MIB 생산 원인종에 대한 중요한 정보를 제공한다.

• 한국균학회지
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• 제49권1호
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• pp.119-125
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• 2021

등수국은 수국과에 속하는 덩굴성 식물로 우리나라의 울릉도, 제주도, 남해안 섬에 분포한다. 2017년 10월 제주도에서 등수국에 발생하는 녹병균을 국내 최초로 발견하였다. 등수국 녹병균을 동정하기 위해, 형태적 특성을 조사하고 internal transcribed spacer (ITS) 및 28S large subunit (LSU) rDNA의 염기서열의 분자계통학적 분석을 수행하였다. 그 결과, 한국의 등수국 녹병균은 일본과 러시아에서 보고된 Pucciniastrum hydrangeae-petiolaris의 형태적 및 분자계통학적 특징과 일치하였으며, 북미에서 보고된 P. hydrangeae와는 상당히 먼 계통학적 관계를 보였다. 본 연구는 한국의 등수국에서 녹병균 P. hydrangeae-petiolaris의 첫 보고이다.

• 식물병연구
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• 제28권4호
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• pp.231-236
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• 2022

2021년 5월 전북 김제시 화훼류 시설재배 농가에서 재배중인 옥시페탈룸(Oxypetalum coeruleum)에서 원형괴사 반점등의 전형적인 바이러스 감염 증상을 보이는 잎을 발견하였다. 이상 증상을 보이는 옥시페탈룸에서 원인 바이러스를 동정하기 위해 high-throughput sequencing을 수행한 결과 tomato spotted wilt virus (TSWV)에 의한 단독 감염이 확인되었다. TSWV의 감염을 확인하기 위해 TSWV 특이적인 프라이머를 이용하여 reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) 진단을 수행한 결과 777 bp의 예상 사이즈의 polymerase chain reaction 산물이 검출되었으며, TSWV의 기주인 청양고추(Capsicum annuum cv. 'Cheongyang')에 접종한 결과 TSWV의 전형적인 윤문무늬가 관찰되었으며 RT-PCR 진단법으로 고추에 감염된 TSWV를 확인할 수 있었다. 옥시페탈룸에서 분리한 TSWV (TSWV-Oxy)의 전체 염기서열을 결정하였으며, 기 보고된 13종 TSWV 분리주들의 S, M, L 유전체 염기서열과 상동성을 비교하였다. 'Oxy' 분리주는 국내 거베라에서 분리된 'Gumi' 분리주(MW048590, MW048591, MW048592)와 가장 상동성이 높았으며, 계통학적 연관성을 비교 분석한 결과 거베라 분리주 'Gumi' 및 고추 분리주인 'GS' (MF159043)와 'GC' (MF159066)와 가장 유연관계가 높은 것으로 확인되었다. 옥시페탈룸은 줄기삽목 혹은 종자로 증식되는 작물로서 시설재배지에서 연속적으로 재배되는 작물이다. TSWV는 총채벌레에 의해 잡초 등 TSWV 감염주로부터 시설 재배지로 유입되어 발생되었을 것으로 판단된다. 옥시페탈룸은 TSWV의 기주 중 하나로 보고되었으나 전 세계적으로 발생 및 증상에 관한 연구는 보고된 바 없다. 본 연구는 우리나라에서 옥시페탈룸에서 TSWV 발생에 관한 최초의 보고이다.