국내 노지 고추에서의 바이러스 발생률 및 발병현황을 조사하기 위해 2015-2016년까지 포장조사를 수행하였다. 시료 채집은 6월부터 9월까지 월별로 실시하였고 노지 포장에서 바이러스 병징을 보이는 고추에 대해 2015년 424개, 2016년 368개의 시료를 채집하였다. 감염여부는 7종 바이러스(오이모자이크바이러스, 잠두위조바이러스2, 토마토반점위조바이러스, 사탕무황화바이러스, 고추모틀바이러스, 감자바이러스 Y, 고추약한모틀바이러스)에 대한 유전자 진단법을 이용하여 검정하였다. 그 결과, 바이러스 발병률은 2015년에는 91.7%, 2016년에는 98%로 조사되었고, 조사지역에 따라 발생하는 바이러스의 종류는 차이가 있었으나 7종 바이러스가 모두 발생됨을 확인하였다. 2015년 바이러스 종류별 발생률은 CMV, BBWV, BWYV, PMMoV, TSWV, PepMoV 및 PVY가 각각 73.8%, 68.3%, 46.9%, 14.6%, 12.7%, 6.6% 및 3.3%이었으며 2016년 바이러스 발생률은 CMV, BBWV2, BWYV, TSWV, PMMoV, PepMoV 및 PVY가 73.3%, 71.4%, 34.7%, 27.9%, 19.2%, 13.5% 및 3.5%로 조사되었다. 바이러스 발생양상을 분석한 결과, 전체 채집시료의 복합감염 비율이 2015년에는 83%, 2016년에는 86.7%로 단독감염보다 대부분 복합감염의 형태로 발병됨을 알 수 있었다.