• 대한환경공학회지
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• 제32권11호
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• pp.1063-1068
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• 2010

본 연구는 유효한 분변오염의 지표 미생물로서 제안되고 있는 E.coli와, 병원성 바이러스에 대한 지표 미생물로 추천되는 $Q{\ss}$ 파지의 UV 및 UV/$H_2O_2$에 대한 내성을 비교하였다. 이 결과에 의거, 병원성 바이러스 관리를 위한 E.coli 규제의 유효성을 고찰하였다. 또한, 병원성 바이러스에 대한 대체 지표 미생물로써, $Q{\ss}$ 파지, T4 및 lambda 파지의 실제 하수 2차 처리 수중에서의 UV 불활성화를 비교하였다. 실험결과, $Q{\ss}$ 파지와 E.coli는 UV에 대해 거의 동등한 내성을 보였으나, UV/$H_2O_2$ 공정에 대해서는 E.coli보다 $Q{\ss}$ 파지가 더 높은 내성을 보였다. 이로부터, $Q{\ss}$ 파지가 모든 병원성 바이러스의 UV 또는 UV/$H_2O_2$에 대한 내성을 대표한다고 할 수는 없을지라도, 지표 미생물로써 E.coli의 불활성화 효과에만 의존하는 것은, 소독공정에 따라서는 바이러스류에 대해 충분한 소독효과를 얻지 못할 수도 있음을 알 수 있었다. 한편, T4 및 lambda 등 DNA 파지와 불활성화를 비교하였을 경우, $Q{\ss}$ 파지가 UV에 대해 더 낮은 내성을 보였다. 따라서, 불활성화에 대한 지표 바이러스로써 $Q{\ss}$ 파지의 이용은 낮은 UV 조사량의 도입에 의해 결과적으로 불충분한 소독효과를 초래할 수도 있을 것 같다. 이 결과는, 병원성 바이러스류에 대해 보다 충분한 불활성화를 달성하기 위해서는 RNA 파지인 $Q{\ss}$보다 T4 및 lambda 등 DNA 파지가 지표 바이러스로써 보다 유효할 수 있음을 보여준다.

• 한국식품과학회지
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• 제25권1호
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• pp.46-51
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• 1993

본 연구는 2가철-아스코르빈산착체(Fe-Asc)에 의한 파아지 불활화에 있어서 Fe-Asc의 작용부위에 관해 연구하여 다음과 같은 결과를 얻었다. Fe-Asc의 단백질에 대한 작용에 관하여 우혈청알부민과 J1파아지의 구조단백질을 사용하여 검토한 결과 Fe-Asc의 처리구와 미처리구에 있어서 SDS-폴리아크릴아미드 겔 전기영동패턴, 아미노산 조성 및 자외선 스펙트럼에 변화는 보이지 않았다. 이에 대하여 Fe-Asc를 pUC18 DNA, M13mp8, ${\lambda}$ DNA 및 J1 파아지의 DNA에 작용시키면 아가로오스겔 전기영동패턴에 변화가 보여 사슬절단이 확인되었다. pUC18 DNA는 Fe-Asc와 반응시 먼저 수퍼코일형의 두가닥사슬 DNA의 한쪽 가닥에 절단이 일어나 개환형으로 되고 잇따라 두 가닥 사슬절단이 일어나 선형으로 되어 저분자화하는 것이 확인되었다. 이상의 결과로부터 Fe-Asc에 의한 파아지 불활화는 파아지 DNA의 손상에 기인한다고 생각된다.

• 미생물학회지
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• 제25권3호
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• pp.184-188
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• 1987

Evidences that the mannose permease of Escherichia coli mediates the infection of N4 in early steps, were obtained as follows. First, A mutant strain of Escherichia coli which was resistant to both wild type N4 and lambda whose genome is Charon 4A containing human genomic fragments in its EcoR I site, could not use mannose efficiently. Second, N4 could not infect pel mutant strains which lack one or all of intact components of mannose permease. However, unknown alterations in N4 made it possible for the phage to infect pel mutant of E. coli. It also turned out to be clear that the receptor of N4 was different from that of lambda.

• BMB Reports
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• 제38권1호
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• pp.97-103
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• 2005

Under the condition of expression of $\lambda$ P protein at lethal level, the oriC DNA-binding activity is significantly affected in wild-type E. coli but not in the rpl mutant. In purified system, the $\lambda$ P protein inhibits the binding of both oriC DNA and ATP to the wild-type DnaA protein but not to the rpl DnaA protein. We conclude that the $\lambda$ P protein inhibits the binding of oriC DNA and ATP to the wild-type DnaA protein, which causes the inhibition of host DNA synthesis initiation that ultimately leads to bacterial death. A possible beneficial effect of this interaction of $\lambda$ P protein with E. coli DNA initiator protein DnaA for phage DNA replication has been proposed.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제19권1호
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• pp.45-51
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• 1991

$cI_{857}$ repressor 단백질을 대량으로 얻기위해 tac promoter 하류에 $cI_{857}$ 구조 유전자를 삽입하는 것을 검토하였다. $cI_{857}$ 유전자를 포함하는 DNA 단편을 plasmid PUC12를 이용하여 대량생산후, HphI으로 부분 분해하여 $cI_{857}$ 구조 유전자만을 취하고, tac promoter 하류에 삽입시켰다. 그리고 $\lambda$ phage $cI_{90}$에 의해 $30^{\circ}C$에서는 용원성을, $42^{\circ}C$에서는 용균성을 보이는 균주를 선택함으로 tac promoter 하류에 cI857 구조 유전자가 삽입된 pDR540-$cI_{857}$을 선택할 수가 있었다. 이 plasmid는 $lacI^q$ JM103 뿐만 아니라 각종 E.coli에서 $cI_{857}$-repressor 단백질을 균체 단백질당 약 17까지 생산하였다.

• BMB Reports
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• 제40권5호
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• pp.740-748
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• 2007

To gain insight into the structure and function of repressor proteins of bacteriophages of gram-positive bacteria, repressor of temperate Staphylococcus aureus phage ${\phi}11$ was undertaken as a model system here and purified as an N-terminal histidine-tagged variant (His-CI) by affinity chromatography. A ~19 kDa protein copurified with intact His-CI (~ 30 kDa) at low level was resulted most possibly due to partial cleavage at its Ala-Gly site. At ~10 nM and higher concentrations, His-CI forms significant amount of dimers in solution. There are two repressor binding sites in ${\phi}11$ cI-cro intergenic region and binding to two sites occurs possibly by a cooperative manner. Two sites dissected by HincII digestion were designated operators $O_L$ and $O_R$, respectively. Equilibrium binding studies indicate that His-CI binds to $O_R$ with a little more strongly than $O_L$ and binding species is probably dimeric in nature. Interestingly His-CI binding affinity reduces drastically at elevated temperatures ($32-42^{\circ}C$). Both $O_L$ and $O_R$ harbor a nearly identical inverted repeat and studies show that ${\phi}11$ repressor binds to each repeat efficiently. Additional analyses indicate that ${\phi}11$ repressor, like $\lambda$ repressor, harbors an N-terminal domain and a C-terminal domain which are separated by a hinge region. Secondary structure of ${\phi}11$ CI even nearly resembles to that of $\lambda$ phage repressor though they differ at sequence level. The putative N-terminal HTH (helix-turn-helix) motif of ${\phi}11$ repressor belongs to the HTH -XRE-family of proteins and shows significant identity to the HTH motifs of some proteins of evolutionary distant organisms but not to HTH motifs of most S. aureus phage repressors.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제30권10호
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• pp.1552-1558
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• 2020

With an increase in the consumption of non-heated fresh food, foodborne shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC) has emerged as one of the most problematic pathogens worldwide. Endolysin, a bacteriophage-derived lysis protein, is able to lyse the target bacteria without any special resistance, and thus has been garnering interest as a powerful antimicrobial agent. In this study, rV5-like phage endolysin targeting E. coli O157:H7, named as LysECP26, was identified and purified. This endolysin had a lysozyme-like catalytic domain, but differed markedly from the sequence of lambda phage endolysin. LysECP26 exhibited strong activity with a broad lytic spectrum against various gram-negative strains (29/29) and was relatively stable at a broad temperature range (4℃-55℃). The optimum temperature and pH ranges of LysECP26 were identified at 37℃-42℃ and pH 7-8, respectively. NaCl supplementation did not affect the lytic activity. Although LysECP26 was limited in that it could not pass the outer membrane, E. coli O157: H7 could be effectively controlled by adding ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA) and citric acid (1.44 and 1.14 log CFU/ml) within 30 min. Therefore, LysECP26 may serve as an effective biocontrol agent for gram-negative pathogens, including E. coli O157:H7.

• 생명과학회지
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• 제28권1호
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• pp.78-82
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• 2018

본 연구에서는 미생물 검출용 바이오센서 제작을 위해 재조합 람다 파아지 꼬리 단백질 J을 센싱 요소로 활용가능한지를 조사하였다. 융합 단백질의 입체 장애를 최소화하기 위해 J 단백질 절편의 N-말단을 6X His-tag로 융합하고 HisTALONTM 컬럼으로 정제하였다. 정제 단백질은 약 38 kDa 크기를 SDS-PAGE에서 나타내며 anti-His 단클론 항체와 반응하였다. Anti-His 단클론 항체는 6HN-J를 처리한 E. coli K-12와 특이적으로 결합하나 BSA 처리하거나 6HN-J 처리한 다른 미생물들(Salmonella typhimurium, Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa)과는 결합되지 않음을 보여주었다. 또한 정제 단백질과 숙주세포의 결합은 온전한 람다 파아지의 in vivo 숙주 표면 흡착을 약 $1{\mu}g/ml$ 단백질 농도에서 50%, $25{\mu}g/ml$ 단백질 농도에서 거의 완전히 방해하였다. 결론적으로 재조합 6HN-J 단백질은 탁월한 선택성과 선별성으로 인해 바이오센서의 제작에서 센싱 요소로 활용 가능함을 시사한다.

• 미생물학회지
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• 제30권4호
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• pp.246-251
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• 1992

대두 (Glycine max) 뿌리혹의 질소고정 공생균주 Bradyrhizobium japonicum SNU001 의 nod 유전자를 클로닝하였다. Rhizobium meliloti 의 4.5 kb EcoRI/ HindIII 절편을 탐침으로 한 게놈 혼성화 반응을 분리균주의 게놈상에 nod 유전자가 존재함을 확인하고, lambda EMBL3-BamHI vector 를 이용하여 genomic library 를 작성하였다. 작성된 library 로부터 1, 2 차 선별과정을 통해 nod 유전자가 있는 클론 1-5 를 선별하고, 클론 2로부터 nod DABC 탐침과 lambda DNA 탐침을 사용한 혼성화반응을 수행하여 삽입된 genomic DNA 에 대한 부분적인 제한효소 지도를 작성하였다. nod DABC 탐침과 가장 강한 혼성화반응을 보인 phage 클론 lambda CNS-1 의 3.9 kb BamHI 절편을 pBS KS(+) vector 에 subcloning 하고 동일한 탐침을 이용한 혼성화반응을 통해 subclone pBjCNS-1 을 선별하였다. 이 subclone 에 대한 부분적인 제한효소 지도를 작성하여 nod DABC 가 1.8 KpnI/SacI 절편에 존재함을 확인하였다.

• Genomics & Informatics
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• 제15권2호
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• pp.69-80
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• 2017

In this study, cytolethal distending toxin (CDT) producer isolates genome were compared with genome of pathogenic and commensal Escherichia coli strains. Conserved genomic signatures among different types of CDT producer E. coli strains were assessed. It was shown that they could be used as biomarkers for research purposes and clinical diagnosis by polymerase chain reaction, or in vaccine development. cdt genes and several other genetic biomarkers were identified as signature sequences in CDT producer strains. The identified signatures include several individual phage proteins (holins, nucleases, and terminases, and transferases) and multiple members of different protein families (the lambda family, phage-integrase family, phage-tail tape protein family, putative membrane proteins, regulatory proteins, restriction-modification system proteins, tail fiber-assembly proteins, base plate-assembly proteins, and other prophage tail-related proteins). In this study, a sporadic phylogenic pattern was demonstrated in the CDT-producing strains. In conclusion, conserved signature proteins in a wide range of pathogenic bacterial strains can potentially be used in modern vaccine-design strategies.