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Assaying Mitochondrial COI Sequences and Their Molecular Studies in Hexapoda, PART I: From 2000 to 2009

육각강에서 보고된 미토콘드리아 COI 염기서열과 이들을 이용한 분자 연구 논문 분석, 파트 I: 2000년~2009년

  • Lee, Wonhoon (Crop Protection Division, [Dept. of Agricultural Biology,] National Academy of Agricultural Science, RDA) ;
  • Park, Jongsun (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) ;
  • Akimoto, Shin-Ichi (Laboratory of Systematic Entomology, Department of Ecology and Systematics, Graduate School of Agriculture, Hokkaido University) ;
  • Kim, Sora (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) ;
  • Kim, Yang-Su (Foodborne Disease Prevention & Surveillance Division, Ministry of Food and Drug Safety) ;
  • Lee, Yerim (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) ;
  • Kim, Kwang-Ho (Crop Protection Division, [Dept. of Agricultural Biology,] National Academy of Agricultural Science, RDA) ;
  • Lee, Si Hyeock (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) ;
  • Lee, Yong-Hwan (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University) ;
  • Lee, Seunghwan (Department of Agricultural Biotechnology, Seoul National University)
  • 이원훈 (국립농업과학원 농산물안전성부 작물보호과) ;
  • 박종선 (서울대학교 농생명공학부) ;
  • ;
  • 김소라 (서울대학교 농생명공학부) ;
  • 김양수 (식품의약품안전처 식중독예방과) ;
  • 이예림 (서울대학교 농생명공학부) ;
  • 김광호 (국립농업과학원 농산물안전성부 작물보호과) ;
  • 이시혁 (서울대학교 농생명공학부) ;
  • 이용환 (서울대학교 농생명공학부) ;
  • 이승환 (서울대학교 농생명공학부)
  • Received : 2013.10.30
  • Accepted : 2013.11.22
  • Published : 2013.12.01

Abstract

Since 2000, a large number of molecular studies have been conducted in Hexapoda with generating large amount of mitochondrial sequences. In this study, to review mitochondrial COI sequences and their molecular studies reported in Hexapoda from 2000 to 2009, 488 molecular studies conducted based on 58,323 COI sequences were categorized according to 26 orders and the positions of COI sequences (5', 3', and entire regions). The numbers of molecular studies in which the three regions utilized varied largely among the 26 orders; however, seven orders showed preferred positions of COI sequences in the researches: Diptera and Orthoptera revealed the largest number of studies in the 5' region; while, Coleoptera, Phthiraptera, Odonata, Phasmatodea, and Psocoptera, showed the largest number of studies in the 3' region. From comparing 84 molecular studies published before 2000, we observed the possibilities that molecular studies in Coleoptera, Diptera, Phthiraptera, and Phasmatodea from 2000 to 2009 had been followed classical studies using the positions of COI sequences well-known until 1999. This study provides useful information to understand the overall trends in COI sequence usages as well as molecular studies conducted from 2000 to 2009 in Hexapoda.

2000년도 이후로 많은 분자 연구 논문들이 육각강에서 진행되었으며, 그 결과 방대한 양의 미토콘드리아 유전자 염기서열이 생산되었다. 본 연구에서는 2000년도부터 2009년까지 육각강에 보고된 COI 염기서열과 이들을 활용한 분자 연구 논문들을 분석하기 위하여, 58,323개의 COI 염기서열들을 바탕으로 보고된 488개의 분자 연구 논문들을 26개 목들과 사용된 COI 염기서열들의 5', 3', 중간 위치에 따라 재분류하였다. 세 지역의 COI 염기서열을 이용한 연구 논문의 수는 26개 목들에 따라 매우 다양하였다. 하지만, 7개 목들은 특정 지역의 COI 염기서열들이 선호되었음을 나타내었다. 예를 들어, 파리목과 메뚜기목에서는 5' 지역의 COI 염기서열을 사용하는 논문의 수가 가장 높았으며, 이에 반해 딱정벌레, 이목, 잠자리목, 더듬이벌레목, 대벌레목에서는 3' 지역의 COI 염기서열을 사용하는 논문의 수가 가장 높았다. 2000년 이전에 보고된 84개의 분자 연구 논문들과의 비교를 통해, 2000년부터 2009년까지 딱정벌레목, 파리목, 이목, 대벌레목에서는 1999년 이전에 각 목들에서 주로 사용되었던 COI 염기서열의 특정 지역과 같은 지역을 사용하는 경향성을 보여주었다. 본 연구는 육각강에서 2000년에서 2009년까지 보고되었던 분자 연구 논문 뿐만 아니라 이들 논문에서 사용된 COI 염기서열에 대한 전체적인 경향을 이해하는데 유용한 정보를 제공한다.

Keywords

References

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