• 한국수산과학회지
• /
• 제40권3호
• /
• pp.128-132
• /
• 2007

We identified a microsatellite marker, Poli121TUF, which appears to be significantly linked (P<0.001) with a lymphocystis disease virus (LCDV)-resistance gene in the olive flounder, Paralichthys olivaceus. The olive flounder is an economically important food fish, that is widely cultured in Korea, Japan, and China. Lymphocystis disease has spread in these countries and has seriously reduced the economic value of the fish. LCDV causes lymphocystis cells (LC) to form on the body surface, fins, gills, mouth, and intestine. Fish with LC lose commercial value due to their deformed appearance. The identified micro satellite marker can be used as a candidate locus for marker-assisted selection (MAS) in order to enhance the efficiency of selection for LCDV resistance in the olive flounder.

• ALGAE
• /
• 제29권2호
• /
• pp.127-136
• /
• 2014

Endophytic green algae growing in fronds of Grateloupia spp. were examined for infection frequency from their field populations of Jeju, Wando, and Uljin, Korea in August and September 2013. Three endophytes were isolated in laboratory culture from a G. lanceolata thallus collected in Jeju. Unialgal cultures were made from the endophytes, and their morphological characteristics were observed with light microscopy. In addition, a phylogenetic analysis based on chloroplast-encoded elongation factor tufA gene sequences was performed to identify the G. lanceolata endophytes. Three filamentous green endophytic species, Ulvella leptochaete, Blastophysa rhizopus, and Bolbocoleon piliferum were reported for the first time in Korea. General biological information for the three endophytes was also described.

• 환경생물
• /
• 제40권4호
• /
• pp.464-476
• /
• 2022

가속화되는 기후변화로 인해 전 세계 각지의 연안에서 해조류 대발생(macroalgal bloom)이 빈번하게 일어나고 있다. 특히, 녹조류의 대량 증식으로 인한 녹조(파래) 대발생(green tide) 현상은 지역 경제뿐만 아니라 연안 생태계 환경에도 막대한 피해를 주고 있다. 우리나라의 경우 2000년대부터 제주도 동북부 해안을 중심으로 파래대발생이 연중 지속적으로 관찰되며, 최근에는 남해와 동해 일대에서도 국지적으로 관찰되고 있다. 파래대발생의 원인 종은 갈파래속(Chlorophyta; genus Ulva)으로 알려져 있으며, 기후변화의 영향으로 해수 온도의 상승과 담지하수 및 인근지역 오염수 배출로 인한 질소와 인의 대량 유입으로 인한 영양염류 증가가 주요 원인으로 추정되고 있다. 갈파래속은 환경변화에 의해 형태적 발현의 가소성이 높은 표현형 적응성(phenotypic plasticity) 때문에 형태적 종 동정은 거의 불가능하다. 갈파래류 종 판별을 위해서는 분자유전학적 분석이 수행되어야 하나 현재 분자데이터를 이용한 갈파래 종 분포, 군집구조와 같은 생태조사연구는 매우 미흡한 실정이다. 파래대발생 피해 저감을 위해서는 파래대발생 주요 종들을 분자계통학적 분석을 통하여 정확하게 파악하는 것이 우선이다. 선행 연구에서는 2015년 파래대발생을 일으키는 주요 종 파악을 위해 핵 DNA ITS와 엽록체 DNA tufA (chloroplast elongation factor Tu) 유전자를 이용하여 분자계통학적 분석을 수행하였으며, 종 동정에는 tufa 유전자가 더 정확한 결과를 나타냈다. 따라서 본 연구에서는 tufA 유전자를 이용해 2015~2020년 제주도 연안에서 파래대발생을 일으키는 주요 구성 갈파래 종의 군집구조 및 종 다양성을 파악하고 종 구성의 시간적 변이를 확인하고자 하였다. 본 연구에서는 온대와 아열대 해역에서 주로 생장하는 것으로 알려진 큰갈파래와 구멍갈파래 종이 파래대발생의 주요 구성 종임을 확인하였다. 구멍갈파래는 2015년(35.75%)에서 2020년(36.18%) 기간 상대빈도의 변화가 거의 없고 안정적으로 유지되었으나, 큰갈파래의 경우 2015년(20.77%)에 비해 2020년(36.84%) 빈도가 대략 16% 증가하였다. 이러한 결과는 기후변화와 연관된 평균 해수면 온도의 상승에 큰갈파래의 높은 성장률 및 적응력과 관련이 있을 수 있으며, 제주도의 갈파래 군집을 구성하는 종 수는 2015년에는 9종이었으나 2020년에는 7종으로 감소하는 것으로 나타났다. 또한, 유럽 원산지 외래종인 긴통갈파래와 굽은갈파래가 2015년과 2020년 모두 제주 연안에서 관찰되어 이 두 종에 대한 향후 지속적인 모니터링이 필요하다. 본 연구의 결과는 우리나라 연안에서 발생하는 파래대발생의 저감을 위해 주요 종인 갈파래속(genus Ulva)에 대한 분자유전학적 데이터에 대한 정보를 제공하고자 한다.

• Genomics & Informatics
• /
• 제11권4호
• /
• pp.272-276
• /
• 2013

Sequence analysis of the 16S rRNA gene has been widely used for the classification of microorganisms. However, we have been unable to clearly identify five Flavobacterium species isolated from a freshwater by using the gene as a single marker, because the evolutionary history is incomplete and the pace of DNA substitutions is relatively rapid in the bacteria. In this study, we tried to classify Flavobacterium species through multilocus sequence analysis (MLSA), which is a practical and reliable technique for the identification or classification of bacteria. The five Flavobacterium species isolated from freshwater and 37 other strains were classified based on six housekeeping genes: gyrB, dnaK, tuf, murG, atpA, and glyA. The genes were amplified by PCR and subjected to DNA sequencing. Based on the combined DNA sequence (4,412 bp) of the six housekeeping genes, we analyzed the phylogenetic relationship among the Flavobacterium species. The results indicated that MLSA, based on the six housekeeping genes, is a trustworthy method for the identification of closely related Flavobacterium species.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제21권4호
• /
• pp.421-429
• /
• 2011

For precise identification of a Lactobacillus K1 isolate, LC-MS/MS analysis of the putative surface layer protein was performed. The results obtained from LTQ-FT-ICR mass spectrometry confirmed that the analyzed protein spot is the surface layer protein originating from Lb. helveticus species. Moreover, the identified protein has the highest similarity with the surface layer protein from Lb. helveticus R0052. To evaluate the proteomic study, multilocus sequence analysis of selected housekeeping gene sequences was performed. Combination of 16S rRNA sequencing with partial sequences for the genes encoding the RNA polymerase alpha subunit (rpoA), phenylalanyl-tRNA synthase alpha subunit (pheS), translational elongation factor Tu (tuf), and Hsp60 chaperonins (groEL) also allowed to classify the analyzed isolate as Lb. helveticus. Further classification at the strain level was achieved by sequencing of the slp gene. This gene showed 99.8% identity with the corresponding slp gene of Lb. helveticus R0052, which is in good agreement with data obtained by nano-HPLC coupled to an LTQ-FT-ICR mass spectrometer. Finally, LC-MS/MS analysis of surface layer proteins extracted from three other Lactobacillus strains proved that the proposed method is the appropriate molecular tool for the identification of S-layer-possessing lactobacilli at the species and even strain levels.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제22권4호
• /
• pp.516-525
• /
• 2012

LAB were isolated from makgeolli locally produced around Jinju, Gyeongnam, S. Korea during spring of 2011. Randomly selected 11 isolates from MRS agar plates were identified first by API CHL 50 kits and then 16S rRNA gene sequencing. All 11 isolates were identified as Lactobacillus plantarum. Among them, ST4 grew in MRS broth with ethanol up to 10%, showing the highest alcohol resistance. L. plantarum ST4 was moderately resistant against acid and bile salts. When cellular proteins of L. plantarum ST4 under ethanol stress were analyzed by two-dimensional gel electrophoresis (2DE), the intensities of 6 spots increased, whereas 22 spots decreased at least 2-fold. Those 28 spots were identified by peptide mass fingerprinting (PMF). FusA2 (elongation factor G) increased 18.8-fold (6% ethanol) compared with control. Other proteins were AtpD (ATP synthase subunit beta), DnaK, GroEL, Tuf (elongation factor Tu), and Npr2 (NADH peroxidase), respectively. Among the 22 proteins decreased in intensities, lactate dehydrogenases (LdhD and LdhL1) were included.

• 한국지역지리학회지
• /
• 제18권3호
• /
• pp.336-350
• /
• 2012

본 연구는 보존가치가 있는 금오도 지역의 지형 지질 경관자원에 관한 전문적인 지식을 기반으로 생태 역사 문화적 요소를 포함하여 금오도의 지역성을 경험할 수 있도록 지오싸이트(geosite)를 발굴하고 해설하는 데 초점을 맞추었다. 지형 지질 경관자원으로서 서부 해안에 위치한 '미역널방' 신선대의 해식애, 직포 사빈, '갈바람통'의 해식애와 해식동, 충산의 육계사주와 육계도, 장지 암설 역빈과 동부 해안에 위치한 여천 대유의 응회암, 연목 '검바위' 우학리의 안산암 분포지를 지오싸이트로 선정하였다. 전반적으로 중생대 퇴적층과 화산암으로 이뤄진 지형들이 발달하였다. 탐방경로는 금오도의 북서쪽 함구미 선착장에서 남동쪽 장지 마을로 이어지는 '비렁길'루트와 동부해안도로를 따라 구성하였으며, 암설지대가 나타나는 장지를 사례로 관광해설표지판을 예시해 보았다.

• 한국양식학회:학술대회논문집
• /
• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
• /
• pp.100-100
• /
• 2003

양식 산업에 있어 사육 생물의 빠른 성장은 가장 요구되는 특성이다. 특히, 선발육종을 통한 성장 개선은 사료의 효율적 이용과 연관되어 있으며, 균형 잡힌 단백질 대사 등을 통해 이루어진다. 대부분의 경골어류는 단백질 대사의 마지막 부산물로 암모니아를 생성하여 배설하며, 이를 통한 사료 내 단백질의 효율적 이용성을 비교하는 척도로 제시되어 왔다(Ming, 1985). 따라서 본 실험에서는 한국해양연구원에서 선발육종 해 온 참돔과 일본 양식산 참돔 및 이들의 교배 자손들을 대상으로 일간 먹이 공급, 절식 그리고 1회 만복 공급에 따른 암모니아성 질소 배설률을 조사하였으며, 일간 먹이 공급에 따른 각 교배 자손들의 분 배출 특성을 알아보았다. 실험어는 일본 양식산인 JPN 교배구 자손과 한국해양연구원 선발육종산인 KORDI F4 교배구 자손, 그리고 JPN$\times$KORDI F4♂ 교배구 자손을 대상으로 실시하였다. 체중이 각각 17.1$\pm$0.1 g (JPN 교배구; 그룹 1), 17.7$\pm$0.1 g (JPN♀$\times$KORDI F4♂; 그룹 2), 21.5$\pm$0.1 g (KORDI F4; 그룹 3)인 참돔 치어를 각각 15마리씩 3반복 수용하여 실험에 이용하였다. 실험어는 지름이 33 cm이고 높이가 34 cm인 둥근 투명 플라스틱 수조에 수용하고 분 수집기인 TUF column (passing effluent water through a special test tube) system을 이용 어체중의 3%에 해당하는 사료 량을 일간 세 번에 나누어 동일량을, 09시부터 17시까지 4시간 간격으로 공급한 14일째에 일간 먹이 공급에 따른 24시간 동안의 참돔 종간 잡종 치어의 총암모니아성 질소(total ammonia nitrogen, TAN) 배설률 및 분 배출률을 조사하였다. 이 조사가 끝난 후 3일간 절식시킨 다음 내인성 암모니아성 질소 배설을 조사하였으며, 이어서 1회 만복 사료 공급한 다음 이에 따른 암모니아성 질소 배설 경향을 알아보았다. 일간 먹이 공급에 따른 각 실험구의 암모니아 배설은 세 가지 계통 참돔치어 모두 먹이 섭취 후 암모니아 배설로 인한 TAN 농도가 지속적으로 증가하는 경향을 보였으며, 시간당 TAN 배설률을 적분한 결과, 그룹 1과 2 그리고 3의 일간 TAN 배설률은 각각 637.3$\pm$36.5 mg/kg fish/day, 684.3$\pm$18.5 mg/kg fish/day 그리고 772.8$\pm$17.3 mg/kg fish/day로 나타나 그룹 3의 일간 TAN 배설률이 가장 높은 결과를 보였다. 3일간 절식 후 그룹 1, 2, 그리고 2의 TAN 배설률은 각각 8.08~14.15 mg/kg fish/hr, 6.50~12.20 mg/kg fish/hr, 그리고 6.67~8.60 mg/kg fish/hr의 범위를 보여 거의 일정한 농도로 나타났다. 시간당 TAN 배설률을 적분한 결과, 그룹 1, 2 그리고 3의 일간 TAN 배설률은 각각 286.9$\pm$28.3 mg/kg fish/day, 215.7$\pm$5.5 mg/kg fish/day 그리고 179.3$\pm$7,7 mg/kg fish/day로 나타나 먹이 공급과는 달리 내인성 TAN 배설의 경우 그룹 1의 배설률이 가장 높은 결과를 보였다. 1회 만복 먹이 공급에 따른 TAN 배설 경향은 그룹 1과 2의 TAN 배설률은 먹이 공급 6시간 후 가장 높은 값인 44.19$\pm$2.90 mg/kg fish/hr와 41.70$\pm$1.40 mg/kg fish/hr을 보였고, 그룹 3에서는 4시간 후에 가장 높은 값인 31.23$\pm$1.39 mg/kg fish/day로 나타났다. 일간 먹이 공급에 따른 각 실험구의 총 분 배출량은 그룹 1의 경우 총 분 배출량은 2.17$\pm$0.1 g/kg fish와 91.15$\pm$4.53 g/kg feed로 나타났고, 그룹 2에서는 2.26$\pm$0.14 g/kg fish와 95.02$\pm$3.18 g/kg feed, 그룹 3에서는 2.81$\pm$0.73 g/kg fish와 132.85$\pm$34.0 g/kg feed로 나타나 유의적인 차이는 보이지 않았으나(P>0.05), 그룹 3의 배출 비율이 높은 것으로 나타났다. 시간 경과에 따른 분 배출 비율은 그룹 1의 경우 먹이 공급 24시간 후 총 분의 60.6%를 보여 반면, 그룹 2와 3에서는 각각 67.8%와 77.8%를 보여 그룹 1이 다른 그룹에 비해 분 배출 비율이 낮은 것으로 나타났다.