The G-protein coupled receptor 87 (GPR87) is a recently discovered orphan GPCR which means that the search of their endogenous ligands has been a novel challenge. GPR87 has been shown to be overexpressed in squamous cell carcinomas (SCCs) or adenocarcinomas in lungs and bladder. The 3D structure of GPR87 was here modeled using two templates (2VT4 and 2ZIY) by a threading method. Functional assignment of GPR87 by SVM revealed that along with transporter activity, various novel functions were predicted. The 3D structure was further validated by comparison with structural features of the templates through Verify-3D, ProSA and ERRAT for determining correct stereochemical parameters. The resulting model was evaluated by Ramachandran plot and good 3D structure compatibility was evidenced by DOPE score. Molecular dynamics simulation and solvation of protein were studied through explicit spherical boundaries with a harmonic restraint membrane water system. A DRY-motif (Asp-Arg-Tyr sequence) was found at the end of transmembrane helix3, where GPCR binds and thus activation of signals is transduced. In a search for better inhibitors of GPR87, in silico modification of some substrate ligands was carried out to form polar interactions with Arg115 and Lys296. Thus, this study provides early insights into the structure of a major drug target for SCCs.
Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein (TSG-6) is a cytokine secreted by mesenchymal stem cells (MSCs) and regulates MSC stemness. We previously reported that TSG-6 changes primary human hepatic stellate cells (pHSCs) into stem-like cells by activating yes-associated protein-1 (YAP-1). However, the molecular mechanism behind the reprogramming action of TSG-6 in pHSCs remains unknown. Cluster of differentiation 44 (CD44) is a transmembrane protein that has multiple functions depending on the ligand it is binding, and it is involved in various signaling pathways, including the Wnt/β-catenin pathway. Given that β-catenin influences stemness and acts downstream of CD44, we hypothesized that TSG-6 interacts with the CD44 receptor and stimulates β-catenin to activate YAP-1 during TSG-6-mediated transdifferentiation of HSCs. Immunoprecipitation assays showed the interaction of TSG-6 with CD44, and immunofluorescence staining analyses revealed the colocalization of TSG-6 and CD44 at the plasma membrane of TSG-6-treated pHSCs. In addition, TSG-6 treatment upregulated the inactive form of phosphorylated glycogen synthase kinase (GSK)-3β, which is a negative regulator of β-catenin, and promoted nuclear accumulation of active/nonphosphorylated β-catenin, eventually leading to the activation of YAP-1. However, CD44 suppression in pHSCs following CD44 siRNA treatment blocked the activation of β-catenin and YAP-1, which inhibited the transition of TSG-6-treated HSCs into stem-like cells. Therefore, these findings demonstrate that TSG-6 interacts with CD44 and activates β-catenin and YAP-1 during the conversion of TSG-6-treated pHSCs into stem-like cells, suggesting that this novel pathway is an effective therapeutic target for controlling liver disease.
Neospora caninum is the etiologic agent of bovine neosporosis, which affects the reproductive performance of cattle worldwide. The transmembrane protein, NcSRS2, and dense-granule protein, NcGRA7, were identified as protective antigens based on their ability to induce significant protective immune responses in murine neosporosis models. In the current study, NcSRS2 and NcGRA7 genes were spliced by overlap-extension PCR in a recombinant adenovirus termed Ad5-NcSRS2-NcGRA 7, expressing the NcSRS2-NcGRA7 gene, and the efficacy was evaluated in mice. The results showed that the titer of the recombinant adenovirus was $10^9TCID_{50}/ml$. Three weeks post-boost immunization (w.p.b.i.), the IgG antibody titer in sera was as high as 1:4,096. IFN-${\gamma}$ and IL-4 levels were significantly different from the control group (P<0.01). This research established a solid foundation for the development of a recombinant adenovirus vaccine against bovine N. caninum.
Park, Hong-Tae;Park, Hyun-Eui;Shin, Min-Kyoung;Cho, Yong-Il;Yoo, Han Sang
Korean Journal of Veterinary Research
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v.55
no.2
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pp.89-95
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2015
Johne's disease, caused by Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP), is one of the most widespread and economically important diseases in cattle. Current diagnostic methods are based on the detection of anti-MAP antibodies in serum or isolation of the causative agent. However, these techniques are often not applicable for cases of subclinical infection due to relatively low sensitivity. Therefore, finding new antigen candidates that strongly react with the host immune system had been attempted. To effectively detect infection during the subclinical stage, several antigen candidates were selected based on previous researches. Characteristics of the selected antigen candidates were analyzed using bioinformatics-based prediction tools. A total of nine antigens were selected (MAP0862, MAP3817c, MAP2077c, MAP0860c, MAP3954, MAP3155c, MAP1204, MAP1087, and MAP2963c) that have MAP-specific and/or high immune responses to infected animals. Using a transmembrane prediction tool, five of the nine antigen candidates were predicted to be membrane protein (MAP3817c, MAP3954, MAP3155c, MAP1087, and MAP1204). Some of the predicted protein structures identified using the I-TASSER server shared similarities with known proteins found in the Protein Data Bank database (MAP0862, MAP1204, and MAP2077c). In future studies, the characteristics and diagnostic efficiency of the selected antigen candidates will be evaluated.
Azad, Abul Kalam;Jahan, Md. Asraful;Hasan, Md. Mahbub;Ishikawa, Takahiro;Sawa, Yoshihiro;Shibata, Hitoshi
BMB Reports
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v.44
no.11
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pp.719-724
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2011
The $Sec61{\alpha}$ subunit is the core subunit of the protein conducting channel which is required for protein translocation in eukaryotes and prokaryotes. In this study, we cloned a $Sec61{\alpha}$ subunit from Penicillium ochrochloron ($PoSec61{\alpha}$). Sequence and 3D structural model analysis showed that $PoSec61{\alpha}$ conserved the typical characteristics of eukaryotic and prokaryotic $Sec61{\alpha}$ subunit homologues. The pore ring known as the constriction point of the channel is formed by seven hydrophobic amino acids. Two methionine residues from transmembrane ${\alpha}$-helice 7 (TM7) contribute to the pore ring formation and projected notably to the pore area and narrowed the pore compared with the superposed residues at the corresponding positions in the crystal structures or the 3D models of the $Sec61{\alpha}$ subunit homologues in archaea or other eukaryotes, respectively. Results reported herein indicate that the pore ring residues differ among $Sec61{\alpha}$ subunit homologues and two hydrophobic residues in the TM7 contribute to the pore ring formation.
Park, Pyeong-Beom;Jeong, Han-Sol;Kim, Ho;Jin, Jae-Ho;Jeong, Sang-Hun;Han, Ung;Lee, Moon-Won;Lee, Kwang-Gyu
Journal of Physiology & Pathology in Korean Medicine
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v.20
no.3
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pp.590-595
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2006
To investigate the anti-cancer effects of n-butanol fraction of DoJeokSeungKi-Tang extracts(nBFD) in U-937 cells. MTT assay was used to determine U-937 cells proliferation. Flow cytometry was used to detect apoptosis. Bcl-xl anti-apoptotic protein and caspase-3, p53 pro-apoptotic protein were examined by Western blot analysis. nBFD inhibited the proliferation of U-937 cells in a dose-dependent manner. The cells treated with nBFD showed a typical apoptotic process by increasing sub-Gl peak. nBFD reduced uptake of 3,3'dihexyloxacarbocyanine iodide(DiOC6) a fluorochrome which incorporates into cells dependent upon their mitochondrial transmembrane potential$({\triangle}{\psi}m)$. nBFD induced in U-937 cells apoptosis mainly via increasing sub-Gl peak, regulation of Bcl-xl, caspase-3 and p53 protein.
Kim, Joongkyu;Choi, Young-Il;Park, Sang-D;Seong, Rho-H
Animal cells and systems
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v.1
no.4
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pp.657-663
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1997
The CD4 and CDS coreceptors, in conjunction with the T cell receptor (TCR) , make important contributions to the differentiation of thymocytes. They have been shown to be involved in the clonal deletion and positive selection processes during T cell development in thymus. To further analyze the role of CD4 and CDS proteins during T cell differentiation, we have generated transgenic mice constitutively expressing high levels of a native CD4 and a CD4{CDSa hybrid protein. The hybrid protein is composed of CD4 extracellular domain linked to the CD8a transmembrane region and cytoplasmic tail. The transgenes were driven by human beta-actin promoter, and therefore, they were expressed in all tissues examined including thymus, spleen, and lymph nodes. The resulting CD4 and CD4{CD8${\alpha}$transgenic mice were found to express the CD4 and CD4{CD8${\alpha}$ respectively, in developing thymocytes and peripheral T cells. The expression levels of transgenic proteins were 5-10 times higher than that of endogenous CD4 in thymus. However, total surface CD4 expression (CD4 or CD4{CD8${\alpha}$ transgenic protein plus endogenous CD4) of the transgenic mice were main. tained at similar levels compared to control littermates. Surface CD4 expression on CDS T cells, however, was significantly lower than that on cells expressing endogenous CD4. These results suggest that a total avidity between developing thymocytes and thymic stromal cells is impor. tant for differentiation of thymocytes.
Xerostomia is a relatively common oral disease that causes various problems such as pain, discomforted, tissue damage, and infection. When the activity of AQPs, which plays an important role in the microbial channel transmembrane activity in tissues, decreases saliva secretion and the oral cavity dryness occurs. In this study, we observed whether there was a change in tissue through the expression level of AQP-5 in the submandibular gland in the 4-DAMP-induced xerostomia model. First, in order to construct a xerostomia model, 4-DAMP (1 mg/kg) and 20% urethane (0.5 mL/kg) were administered intraperitoneal (i.p.) to experimental animals. To observe the changes in the submandibular gland was excised, H&E staining was performed and protein quantitation analysis was performed using the submandibular tissue to observe the changes in AQP5 protein expression involved in changes in saliva secretion. Also, cinnamaldehyde (5, 12.5, 25 and 50 mg/kg) dissolved in 20% DMSO, in distilled water for each concentration, and then orally administered at a dose of 1 mL for biopsy and protein quantitative analysis. As a result, it was observed that the submandibular tissue, a model of xerostomia was wider than the naïve group. And then western blot analysis, the expression level of AQP5 decreased in the 4-DAMP group compared to the naïve group, and the expression increased in the group administered orally with cinnamaldehyde. Therefore, administration of 4-DAMP resulted in histological changes for xerostomia, and cinnamaldehyde would be a material that can be developed by reducing xerostomia.
Kim, Moo-Seong;Kim, Kyoung-Ryong;Ahn, Do-Whan;Park, Yang-Saeng
The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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v.4
no.1
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pp.63-72
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2000
Chronic exposure to cadmium (Cd) results in an inhibition of protein endocytosis in the renal proximal tubule, leading to proteinuria. In order to gain insight into the mechanism by which Cd impairs the protein endocytosis, we investigated the effect of Cd on the acidification of renal cortical endocytotic vesicles (endosomes). The endosomal acidification was assessed by measuring the pH gradient-dependent fluorescence change, using acridine orange or FITC-dextran as a probe. In renal endosomes isolated from Cd-intoxicated rats, the $V_{max}$ of ATP-driven fluorescence quenching ($H^+-ATPase$ dependent intravesicular acidification) was significantly attenuated with no substantial changes in the apparent $K_m,$ indicating that the capacity of acidification was reduced. When endosomes from normal animals were directly exposed to free Cd in vitro, the $V_{max}$ was slightly reduced, whereas the $K_m$ was markedly increased, implying that the biochemical property of the $H^+-ATPase$ was altered by Cd. In endosomes exposed to free Cd in vitro, the rate of dissipation of the transmembrane pH gradient after $H^+-ATPase$ inhibition appeared to be significantly faster compared to that in normal endosomes, indicating that the $H^+-conductance$ of the membrane was increased by Cd. These results suggest that in long-term Cd-exposed animals, free Cd ions liberated in the proximal tubular cytoplasm by lysosomal degradation of cadmium-metallothionein complex (CdMT) may impair endosomal acidification 1) by reducing the $H^+-ATPase$ density in the endosomal membrane, 2) by suppressing the intrinsic $H^+-ATPase$ activity, and 3) possibly by increasing the membrane conductance to $H^+$ ion. Such effects of Cd could be responsible for the alterations of proximal tubular endocytotic activities, protein reabsorption and various transporter distributions observed in Cd-exposed cells and animals.
The spatial landmark protein Bud8 plays a crucial role in bipolar budding in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. The unconventional yeast Yarrowia lipolytica can also bud in a bipolar pattern, but is evolutionarily distant from S. cerevisiae. It encodes the protein YALI0F12738p, which shares the highest amino acid sequence homology with S. cerevisiae Bud8, sharing a conserved transmembrane domain at the C-terminus. Therefore, we named it YlBud8. Deletion of YlBud8 in Y. lipolytica causes cellular separation defects, resulting in budded cells remaining linked with one another as cell chains or multiple buds from a single cell, which suggests that YlBud8 may play an important role in cell separation, which is distinct from the function of Bud8 in S. cerevisiae. We also show that the YlBud8-GFP fusion protein is located at the cell membrane and enriched in the bud cortex, which would be consistent with a role in the regulation of cell separation. The coiled-coil domain at the N-terminus of YlBud8 is important to the correct localization and function of YlBud8, as truncated proteins that do not contain the coiled-coil domain cannot rescue the defects observed in $Ylbud8{\Delta}$. This finding suggests that a new signaling pathway controlled by YlBud8 via regulation of cell separation may exist in Y. lipolytica.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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