Jang, Seokyoon;Kwon, Sun Lul;Lee, Hanbyul;Jang, Yeongseon;Park, Myung Soo;Lim, Young Woon;Kim, Changmu;Kim, Jae-Jin
Mycobiology
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v.46
no.3
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pp.177-184
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2018
The genus Trichoderma (Hypocreaceae, Ascomycota) consists of globally distributed fungi. Among them, T. harzianum, one of the most commonly collected Trichoderma species, had been known as a polyphyletic or aggregate species. However, a total of 19 species were determined from the polyphyletic groups of T. harzianum. Thus, we explored Korean "T. harzianum" specimens that were collected in 2013-2014. These specimens were re-examined based on a recent study with translate elongation factor 1-alpha ($EF1{\alpha}$) sequences to reveal cryptic Trichoderma species in Korea. As a result, four different species, T. afroharzianum, T. atrobruneum, T. pyramidale, and T. harzianum, were identified. Except T. harzianum, the other three species have not been reported in Korea. In this work, we describe these species and provide figures.
Kyu-Seok, Chae;Jongwoo, Jung;Won Je, Lee;Gi-Sik, Min
Journal of Species Research
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v.11
no.4
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pp.335-342
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2022
Through the 'Discovery of Korean Indigenous Species' project hosted by the National Institute of Biological Resources (NIBR), new or unrecorded species of various protozoans inhabiting the Korean Peninsula have been discovered. Samples were collected from marine, freshwater, and soil habitats in South Korea and all species were identified and reviewed by experts working on the respective taxonomic group. This study includes 17 unrecorded Korean protozoan species discovered through this project, which belong to four phyla: Amoebozoa Lühe, 1913, Cercozoa Cavalier-Smith, 1998, Euglenozoa Cavalier-Smith, 1981, and Ciliophora Doflein, 1901. Among them, three families (Rhogostomidae Dumack et al., 2017, Parauronematidae Small and Lynn, 1985, and Cyclidiidae Ehrenberg, 1838) and three genera (Rhogostoma Belar, 1921, Parauronema Thompson, 1967, and Cyclidium Müller, 1773) were reported for the first time in Korea. Unlike the previous paper of 2017, this study provides a comprehensive taxonomic account of each species (e.g., species name, collection site, synonyms, specimen vouchers, diagnoses, and figures). Additionally, all the species were assigned Korean names.
A total of 19 species of three genera Dinophysis, Histioneis, and Parahistioneis of the family Dinophysaceae are reported here from samples obtained using a 20-µm mesh net from June 2006 to December 2014 around Jeju Island including the East China Sea, and 16 of these species are new to Korean waters. A checklist of the three genera of dinoflagellates reported from coastal and oceanic Korean waters is presented. Short descriptions and synonyms are given for each species. The dinoflagellates of the family Dinophysaceae belong to mostly marine species, and include many tropical and/or subtropical species. Recently, the composition of dinoflagellate species has changed around Jeju Island as well as in Korean waters due to global warming and climate change. Tropical and subtropical dinoflagellates occur frequently in the coastal waters of Jeju Island, which reflects the ecosystem shift around the sea adjacent to Jeju Island from a temperate to a subtropical / tropical region.
Kim, Young-Hwan;Win, Nang Kyu;Back, Chang-Gi;Yea, Mi-Chi;Yim, Kyu-Ock;Jung, Hee-Young
The Plant Pathology Journal
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v.27
no.4
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pp.367-371
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2011
Multiplex PCR assays were developed for the simultaneous detection of ten important Korean quarantine phytoplasmas. The species-specific primers were designed based on ribosomal protein, putative preprotein translocase Y, immunodominant protein, elongation factor TU, chaperonin protein and the 16S rRNA genes of 'Candidatus (Ca.) Phytoplasma' species. Three main primer sets were prepared from ten designed primer pairs to limit nonspecific amplification as much as possible. The multiplex PCR assay using the three primer sets successfully amplified the correct conserved genes for each 'Ca. Phytoplasma' species. In addition, ten important 'Ca. Phytoplasma' species could be easily determined by recognizing band patterns specific for each phytoplasma species from three primer sets. Moreover, a high sensitivity of multiplex PCR for each primer set was observed for samples containing a low DNA concentration (10 ng/${\mu}l$). This study provides the useful multiplex PCR assay as a convenient method to detect the presence of ten important quarantine phytoplasmas in Korea.
The genetic relationship was examined with PCR-RAPD markers among three scallop species, Chlamys farreri farreri, Patinopecten yessoensis, and Agropecten irradians. Six primers were selected from 60 primers used to compare PCR-RAPD profiles among species. All primers showed distinct RAPD band patterns between the three species. In Chiamys farreri farreri, the morphological characteristics such as shell size and color were considerably different between the two geographical populations. RAPD profile, however, showed that no significant genetic differences were found between the two geographical populations. Polymorphic alleles were observed within a population of each species. Thus, PCR-RAPD markers are useful in identifying scallop species and in understanding scallop population genetic structure.
Kim, Yeon Uk;Lee, Jung Mi;Kwon, Choon Bong;Shin, Mann Kyoon
Journal of Species Research
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v.1
no.1
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pp.78-86
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2012
Three ciliate species of genus Cyrtohymena, C. australis Foissner, 1995, C. citrina (Berger & Foissner, 1987) and C. muscorum (Kahl, 1932) new to Korea, were collected from semi-terrestrial habitats. The description was based on the observation of live and silver stained specimens. Diagnostic characteristics of these species are as follows. C. autralis: size about $275{\times}100{\mu}m$ in live specimens. Cortical granules yellowish. 18-31 right and 31-40 left marginal cirri in number. Dorsal kineties eight rows. C. citrina: size about $180{\times}50{\mu}m$ in live specimens. Cortical granules yellowish. 26-32 right and 23-27 left marginal cirri in number. Dorsal kineties five to six rows. C. muscorum: size about $180{\times}60{\mu}m$ in live specimens. Cortical granules reddish. 31-34 right and 33-36 left marginal cirri in number. Dorsal kineties six rows. Three species of Cyrtohymena have been added to Korean ciliate fauna from this study. Including previous one species of C. quadrinucleata, four species of this genus in total have been recorded so far in this country.
Genetic and morphological variations of Rhinogobius giurinus were surveyed. Populations of R.giurinus were clearly divided into two forms (Form-A and Form-B). Starch gel variation of this species. Three loci (Aco, Mpi, aGpd) out of 27 showed fixed allelic differences between Form-A and Form-B and they are well differentiated from each other genetically (Rogers' S=0.871). These two forms, moreover, are found to be allopatric in distribution and morphologi cally different in body length and caudal fin color pattern. Therefore, they are considered as two distinct taxa of subspecific rank. In addition, the genetic relationships among 5 taxa within 4 species of the genus Rhinogobius were investigated. Three species of the Rhinogobius brunneus complex (R.sp. OR, R. sp. CB and R. sp. CO) are well differentiated from each other genetically and two taxa of R. giurinus are genetically divergent from three species of the Rhinosotius brunneus complex (average Nei's D=0.603, average Rogers'=0.534).
Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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2019.10a
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pp.41-41
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2019
The genus Ficus L., containing approximately 850 species, is by far the largest genus in the Moraceae. They are mainly distributed worldwide, mainly in tropical countries. In South Korea, there are three native Ficus (including F. erecta Thunb, F. sarmentosa var. nipponica (Franch. & Sav.) Corner, and F. thunbergii Maxim.). Among them, F. erecta is effectively natural resources for the improvement of senile cognitive impairment. However, the chloroplast (cp) genome sequences and information of F. erecta have not been addressed. Therefore, in this study, we provide the complete cp genome of F. erecta and its allied species using next-generation sequencing technology. The chloroplast of Ficus species has typical structure which includes large and small single copy regions and a pair of inverted repeats (IRs). The sizes of cp genomes range from 160,276 bp to 160,603 bp. To determine the phylogenetic positions of these species, we conducted a maximum likelihood analysis using common protein-coding genes in chloroplast sequences. Also, we describe a newly developed single nucleotide polymorphism (SNP) markers using multiplex PCR to identify F. erecta based on amplification-refractory mutation system (ARMS) technique. We analyzed matK, atpB of the chloroplast genes and ITS from F. erecta and three related taxa, F. carica, F. sarmentosa var. nipponica and F. thunbergii. It provides useful information for molecular identification between F. erecta and related Korean native species.
Spring black stem and leaf spot, caused by Phoma medicaginis, is an issue in annual Medicago species. Therefore, in this study, we analyzed the response to P. medicaginis infection in a collection of 46 lines of three annual Medicago species (M. truncatula, M. ciliaris, and M. polymorpha) showing different geographic distribution in Tunisia. The reaction in the host to the disease is explained by the effects based on plant species, lines nested within species, treatment, the interaction of species × treatment, and the interaction of lines nested within species × treatment. Medicago ciliaris was the least affected for aerial growth under infection. Furthermore, the largest variation within species was found for M. truncatula under both conditions. Principal component analysis and hierarchical classification showed that M. ciliaris lines formed a separate group under control treatment and P. medicaginis infection and they are the most vigorous in growth. These results indicate that M. ciliaris is the least susceptible in response to P. medicaginis infection among the three Medicago species investigated here, which can be used as a good candidate in crop rotation to reduce disease pressure in the field and as a source of P. medicaginis resistance for the improvement of forage legumes.
A preliminary list of the following four tephritoid families is provided including 30 Korean species, of which 12 are new to Korea: two Lonchaeidae, three Pallopteridae (two new to Korea), 17 Platystomatidae (two new to Korea), and eight Ulidiidae (all new to Korea). This list is mainly based on the insect collection at the Yonsei University Wonju Campus and on previous publications concerning these taxa. Although a full taxonomic revision for each family is required in the long term, this preliminary list will provide a useful starting point to further investigation of these families. For the other three tephritoid families known in Korea but not treated in the present study, 89 species of Tephritidae, 14 species of Pyrgotidae, and one species of the rare family Ctenostylidae have been reported previously. A total of 134 species in seven families are officially recognized for the Korean fauna of the superfamily Tephritoidea.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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