• 미생물학회지
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• 제36권3호
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• pp.167-172
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• 2000

제주도의 여섯 지역과 인천 작약도 근해의 해수로부터 내염성 그람양성 세균 25균주를 분리하여 화학 분류학적 특징과 표현형적 특성을 조사하였다. 분리된 균주들은 화학 분류학적 특징에 의거하여 4개의 group으로 구분되었다. Group1은 40.~49.9 mol% 의 G+C함량과 MK-7의 menaquinome type, peptidoglycan의 주요 아미노산으로 meso-A2pm을 함유하며 Bacillus pumilus와 Bacillus licheniformis, Bacillu megaterium, bacillus subtilis로 동정되었으며, Group 2는 63.9~66.4 mol% 의 G+C 함량과 MK-8을 함유하는 Arthrobacter속 세균이었으며 , Group 3은 31.0~37.6 mol%의 G+G 함량과 MK-7을 함유하며 Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus saprophyticyus, Staphylococcus intermedius 로 , Group 4는 72.0 mol% 의 G+C 함량과 MK-8을 주요 quinone으로 함유하는 Micrococcus luteus로 동정되었다. 분리된 세균들 중 Bacillus 속 세균들은 68%로 우세한 분포를 나타내었다.

• 한국임상수의학회지
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• 제38권2호
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• pp.75-81
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• 2021

An aquariid nematode, Desportesius invaginatus, was found in the proventriculus of an Egretta garzetta and a Bubulcus ibis from Chuncheon in the Republic of Korea. The worms were identified by light and scanning electron microscopy based on important taxonomic characteristics (body length, esophagus length, cordons, spicules, caudal alae of males, position of the vulva) and then phylogenetically analyzed using the 18S rRNA encoding gene. The nematodes were characterized by a body length of 7.0-8.0 mm in males and 10.2-13.1 mm in females, and two pairs of cordons recurrent in the anterior direction, and cordons were anastomosed by a longitudinal cuticular ridge that externally delimits a longitudinal canal. The widest cuticular plates of cordons bears over 20 posterior spines. The length of the spicules in males was also significantly different. The right spicule measured 742-821 (794) ㎛ in length and 40-45 (42) ㎛ in width, and the left spicule measured 493-556 (541) ㎛ in length and 11-13 (12) ㎛ in width. The caudal alae of males are inflated and vesicular in appearance. The vulva was situated at 56-71 (58.3) ㎛ from the posterior extremity. Although the 18S rRNA sequences of worms were similar to the Synhimantus species, some genetic divergences were observed in comparison. In this study, the worms were recognized with genus Desportesius because genus Desportesius was considered a subgenus of Synhimantus. This is the first record of D. invaginatus in the Republic of Korea.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권3호
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• pp.401-411
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• 2019

All Idiomarina species are isolated from saline environments; microorganisms in such extreme habitats develop metabolic adaptations and can produce compounds such as proteases with an industrial potential. ARDRA and 16S rRNA gene sequencing are established methods for performing phylogenetic analysis and taxonomic identification. However, 16S-23S ITS is more variable than the 16S rRNA gene within a genus, and is therefore, used as a marker to achieve a more precise identification. In this study, ten protease producing Idiomarina strains isolated from the Peruvian salterns were characterized using biochemical and molecular methods to determine their bacterial diversity and industrial potential. In addition, comparison between the length and nucleotide sequences of a 16S-23S ITS region allowed us to assess the inter and intraspecies variability. Based on the 16S rRNA gene, two species of Idiomarina were identified (I. zobellii and I. fontislapidosi). However, biochemical tests revealed that there were differences between the strains of the same species. Moreover, it was found that the ITS contains two tRNA genes, $tRNA^{Ile(GAT)}$ and $tRNA^{Ala(TGC)}$, which are separated by an ISR of a variable size between strains of I. zobellii. In one strain of I. zobellii (PM21), we found nonconserved nucleotides that were previously not reported in the $tRNA^{Ala}$ gene sequences of Idiomarina spp. Thus, based on the biochemical and molecular characteristics, we can conclude that protease producing Idiomarina strains have industrial potential; only two I. zobellii strains (PM48 and PM72) exhibited the same properties. The differences between the other strains could be explained by the presence of subspecies.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제33권6호
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• pp.753-759
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• 2023

The genus Paenibacillus contains a variety of biologically active compounds that have potential applications in a range of fields, including medicine, agriculture, and livestock, playing an important role in the health and economy of society. Our study focused on the bacterium SS4^T (KCTC 43402^T = GDMCC 1.3498^T), which was characterized using a polyphasic taxonomic approach. This strain was analyzed using antiSMASH, BAGEL4, and PRISM to predict the secondary metabolites. Lassopeptide clusters were found using all three analysis methods, with the possibility of secretion. Additionally, PRISM found three biosynthetic gene clusters (BGC) and predicted the structure of the product. Genome analysis indicated that glucoamylase is present in SS4^T. 16S rRNA sequence analysis showed that strain SS4^T most closely resembled Paenibacillus marchantiophytorum DSM 29850^T (98.22%), Paenibacillus nebraskensis JJ-59^T (98.19%), and Paenibacillus aceris KCTC 13870^T (98.08%). Analysis of the 16S rRNA gene sequences and Type Strain Genome Server (TYGS) analysis revealed that SS4^T belongs to the genus Paenibacillus based on the results of the phylogenetic analysis. As a result of the matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF/MS) results, SS4^T was determined to belong to the genus Paenibacillus. Comparing P. marchantiophytorum DSM 29850^T with average nucleotide identity (ANI 78.97%) and digital DNA-DNA hybridization (dDDH 23%) revealed values that were all less than the threshold for bacterial species differentiation. The results of this study suggest that strain SS4^T can be classified as a Paenibacillus andongensis species and is a novel member of the genus Paenibacillus.

• ALGAE
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• 제39권2호
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• pp.75-96
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• 2024

Rhodomonas (Cryptophyceae) and species assigned to this genus have undergone numerous taxonomic revisions. This also applies to R. marina studied here as it was originally assigned as a species of Cryptomonas and later considered a variation of R. baltica, the type species. Despite being described more than 130 years ago, R. marina still lacks a comprehensive characterization. Light and electron microscopy were employed to delineate a strain from western Greenland. The living cells were 18 ㎛ long and 9 ㎛ wide, elliptical in shape with a pointed to rounded posterior and truncated anterior in lateral view. Two sub-equal flagella emerged from a vestibulum, where also a furrow extended. In transmission electron microscopy, the furrow was associated with a tubular gullet and the pyrenoid embedded in a deeply lobed chloroplast. The chloroplast contained DNA in perforations and was surrounded by starch grains. A tubular nucleomorph was enclosed within the pyrenoid matrix. In scanning electron microscopy, the inner periplast consisted of rectangular plates with rounded edges and posteriorly these were replaced by a sheet-like structure. The water-soluble pigment was Crypto-Phycoerythrin type I (Cr-PE 545). A phylogenetic inference based on SSU rDNA confirmed the identity of strain S18 as a species of Rhodomonas as it clustered with congeners but also Rhinomonas, Storeatula, and Pyrenomonas. These genera formed a monophyletic clade separated from a diverse assemblage of other cryptophyte genera. To further explore the phylogeny of R. marina a concatenated phylogenetic analysis based on the SSU rDNA-ITS1-5.8S rDNA-ITS2-LSU rDNA region was performed but included only closely related species. The secondary structure of nuclear internal transcribed spacer 2 was predicted and compared to similar structures in related species. Using morphological and molecular signatures as diagnostic features the description of R. marina was emended.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제43권2호
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• pp.126-133
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• 2015

본 연구에서는 정치 배양법으로 고농도의 초산을 생산할 수 있고 에탄올 내성이 우수한 균주를 확보하고자 농가형 발효식초에서 초산균을 분리 및 선발하였고, 이들 초산균의 형태적 특징을 조사한 바, 분리균 CV1은 그람 음성으로 운동성이 없는 간균으로 나타났다. 분리균의 chemotaxonomy를 분석한 결과, meso-DAP이며, 대표 퀴논은 Q₁₀이고, G+C mol 함량은 61.0 mol %로 나타났으며 16S rDNA 유전자의 염기서열을 분석한 결과, Gluconacetobacter saccharivorans로 동정되어 Glu. saccharivorans CV1로 명명하였다. CV1 초산균의 최적 성장조건은 30℃, pH 3.0 이상으로 판단되었고 에탄올 농도에 따른 초산 생성능은 10% 에탄올 농도에서 9.3%, 9% 에탄올 농도에서는 8.4% 적정산도를 나타내어 고농도 에탄올 조건에서도 높은 산 생성능을 나타내는 우수한 균주로 판단되었다.

• 한국균학회지
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• 제17권1호
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• pp.7-13
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• 1989

구름버섯에 있어 3계통(系統)의 한국산(韓國産)과 1종(種)의 일본산(日本産) 균주간(菌株間) 생리유전적(生理遺傳的) 유연관계(類緣關係)를 알아보기 위하여 각(各) 균주(菌株)의 생리적(生理的) 특징(特徵)과 전기영동법(電氣泳動法)에 의한 생화학적(生化學的)인 차이 및 인공재배(人工栽培)에 의한 자실체(子實體)의 형태(形態)를 비교(比較)한 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 각(各) 균주(菌株)의 생육조건중(生育條件中) 배지(培地)의 선택성에는 대체로 동일한 경향(傾向)을 보였는데 고체배지상(固體培地上)에서는 PDA, CVT-I 그리고 MES가 양호했으며, 액체배지(液體培地)에서는 927과 CVT-III가 가장 양호하였다. 또 최적(最適) pH는 5.6이었으며 온도(溫度)는 $25{\sim}30^{\circ}C$가 적당한 것으로 나타났다. 전기영동법(電氣泳動法)에 의한 단백질(蛋白質) 및 동위효소(同位酵素)들의 pattern에 있어서는 16001과 KD88001이 대체로 유사하였으나 다른 균주(菌株)들 간(間)에는 각각 다르게 나타났다. 각(各) 균주(菌株)를 인공재배(人工栽培)하여 자실체(子實體)의 형태(形態)를 조사한 결과(結果) 16001과 KD88001은 형태(形態)나 색상(色相)에서 매우 유사함을 보여 동일 계통(系統)으로 나타났으나 16002와 CVT-80은 현저한 차이를 보여 서로 다른 계통(系統)인 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제49권4호
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• pp.369-376
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• 2013

인삼 근계(근권, 근면, 근내부)로부터 ginsenoside Rb1 전환효소인 ${\beta}$-glucosidase 생산 균주(BGB)를 분리하였다. 인삼 근계부터 분리된 BGB 28균주의 계통학적 특성을 확인한 결과, 근권에서 Stenotrophomonas 속(3균주), Pseudoxanthomonas 속(1균주), Bacillus 속(1균주)로 확인되었다. 근면로부터 분리된 BGB는 Stenotrophomonas 속(16균주), Streptomyces 속(1균주), Microbacterium 속(1균주)이며, 근내부는 Stenotrophomonas 속(3균주), Lysobacter 속(2균주)를 포함하는 다양한 계통군이 확인 되었다. 특히 인삼 근계로부터 분리된 BGB 균주의 90%가 Stenotrophomonas 계통군에 속하는 특징을 나타내었다. 근권으로부터 분리된 4KR4 균주는 108.17 unit의 ${\beta}$-glucosidase 활성을 나타내었으며, ginsenoside Rb1을 Rd, Rg3 그리고 minor ginsenoside Rh2로 전환되었다. 4KR4 균주는 Stenotrophomonas rhizophila e-$p10^T$ (AJ293463)와 99.65%의 높은 상동성을 나타내었다. 본 연구에서 분리된 ginsenoside 전환세균 4KR4 균주의 계통학적 위치와 표현형적 특징, 균체 지방산조성, 생리 생화학적 특성을 검토한 결과, Stenotrophomonas sp. 4KR4 (=KACC 17635) 균주로 확인되었다.

• 한국토양비료학회지
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• 제20권1호
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• pp.77-84
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• 1987

볏짚 퇴비(堆肥) 및 무기질비료(無機質肥料)를 시용(施用)한 논토양(土壤)의 포장조건(圃場條件)에서 방선균(放線菌)의 군락(群落)을 경시적(經時的)으로 계수(計數)하고, 이들 분리균주(分離菌株)들의 형태적(形態的) 및 생리적(生理的) 특성(特性)과 전자현미경(電子顯微鏡)상에서 균(菌)의 포자체(胞子體) 형태(形態)를 관찰(觀察)한 결과(結果)를 요약(要約)하면 다음과 같다. 1. 방선균(放線菌)의 균수(菌數)는 $2.1{\times}10^6$에서 $7.4{\times}10^7$ 의 범위(範圍)로 무기질비료(無機質肥料)보다 퇴비(堆肥) 시용시(施用時) 많았으며, 연중(年中) 방선균(放線菌)의 경시적(經時的) 군락(郡落)은 1월(月)과 9월(月)보다 6월중(月中)에 채취(採取)한 토양(土壤)에서 많았다. 2. 분리(分離)한 250개(個) 균주(菌株)의 방선균(放線菌)을 형태적(形態的) 특성(特性)으로 구분(區分)한 결과(結果) 21개군(個群)으로 분류(分類)되었으며, 이들 각군(各群)들중 Streptomyces 속(屬)은 15개군(個群)의 87.2%, 그리고 non-Streptomyces 속(屬)은 6개군(個群)의 12.8%로 확인(確認)되었다. 또한 전체(全體) 분리균주(分離菌株)중 포자체(胞子體)의 Spiral Chain 형태(形態)의 Streptomyces 속(屬)이 80%로서 우점하였다. 3. Streptomyces 속(屬)의 15개군(個群)을 전자현미경(電子顯微鏡)상에서 포자체(胞子體)의 표면형태(表面形態)를 관찰(觀察)한 결과(結果) 3개군(個群)은 spiny 형태(形態)를 보였고, 12개군(個群)은 smooth 형태(形態)를 갖는 것으로 동정(同定)되었다.

• 환경생물
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• 제21권2호
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• pp.194-202
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• 2003

남조류의 대발생이 자주 발생하는 석촌호수와 팔당호로부터 시료를 채취하여 남조류 분해세균의 분리를 시도하였다. MDM배지 상에서 Anabaena cylindrica를 숙주로 하는 over-layer method를 이용하여 Anabaena cylindrica lawn에서 남조류 분해 세균을 분리하여 HY0210-AK1으로 명명하였다. HY0210-AK1의 형태적, 생화학적 특성은 Rhizobium속과 유사하였으며, 16S rDNA 염기서열을 분석한 결과 Sphingobium herbicido vorans IFO 16415$^{T}$ 와 99.1%의 높은 유연관계를 보여 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1로 동정하였다. 잠복기, 대수성장기, 정체기에 있는 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1를 Anabaena cylindrica NIES-19와 혼합 배양하였을 때, 접종 초기에는 정체기의 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1를 접종한 처리구에서 가장 좋은 살조 효과를 나타냈으나, 접종 7일 이후에는 커다란 차이를 보이지 않았다 또한,Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 $1\times 10^{8}$ CFU $ml^{-1}$ 이상의 농도로 처리하였을 때, Anabaena cylindrica NIES-19가 완전히 분해되었다. Sphingo bium herbicidovorans HY0210-AK1와 Anabaena cylin dricaNIES-19를 혼합 배양한 상등액을 여과하여 접종 하였을때는 납조류 성장 저해 효과가 나타나지 않았다. 따라서 Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 Anabaena cylindrica NIES-19를 직접 공격하여 분해하는 것으로 사료된다. Sphingobium herbicidovorans HY0210-AK1는 Microcystis aeruginosa 분해하였다..