• 제목/요약/키워드: spectral sequence

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위치 종속 유사도 스펙트럼을 이용한 단백질 서열의 아미노산 조성 추정 (Estimating Amino Acid Composition of Protein Sequences Using Position-Dependent Similarity Spectrum)

  • 지상문
    • 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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    • 제37권1호
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    • pp.74-79
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    • 2010
  • 단백질의 아미노산 조성은 생물정보학의 여러 문제를 해결하기 위한 기초적인 정보로 자주 활용된다. 본 논문에서는 아미노산간의 진화적인 연관성을 정의한 BLOSUM 행렬에서 유도한 유사도 함수를 사용하여 아미노산 조성을 결정한다. 이러한 방법은 생물학적인 연관성이 있는 단백질 서열일수록 비슷한 아미노산 조성을 갖도록 한다. 또한 단백질의 구조와 기능에 중요한 역할을 하는 위치-특이적인 아미노산의 분포를 추정하기 위해서 레이더나 음성 신호의 스펙트럼 분석에 사용되는 개념인 시간-종속 분석, 시간 해상도와 주파수 해상도의 개념을 적용하였다. 제안한 방법을 단백질의 세포내 위치예측에 적용하여 기존의 아미노산 조성 추정 방법을 사용하는 것보다 크게 향상된 성능을 보임을 확인하였다.

MAGNETOSTATIC MODELS OF STARSPOTS

  • YUN HONG SIK;PARK JONG-SUH
    • 천문학회지
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    • 제26권2호
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    • pp.89-98
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    • 1993
  • Magnetostatic models of starspots of late type main sequence stars$(G5V\~K5V)$ have been constructed to investigate their physical characteristics by using the similarity law suggested by Schluter and Temesvary(1958) and later employed by Deinzer(1965) and Yun(1968). The starspots are assumed to be single, circular and in horizontal magnetostatic equilibrium. In the present study we considered only those model spots whose area covers less than $12\%$ of the entire stellar surface as suggested by observations. The computed surface field strength of our model spots ranges from $10^3$\;to\;several\;10^3$ gauss and their magnetic flux is found to be $10\~100$ times that of sunspots. The field strength is sensitive to spectral type, which increases with later spectral type. In contrast to the field strength, the area of starspots depends strongly on the total magnetic flux. Finally, it is noted that the computed field strength of model spots belonging to $G0V\~G5V$ falls below the equipartition field strength at their parent stellar surface unless the coverage is less than $2\%$. This suggests that the observed spot on $G0V\~G5V$ stars is likely to be a group of small starspots.

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다중 반송파 부호분할 다중접속 통신에서의 주파수 효율 향상을 위한 효율적인 전력 및 전송률 적응화 기법 (Efficient Power and Rate Adaptation Strategy for Improved Spectral Efficiency in Multi-Carrier DS-CDMA Communications)

  • 이예훈;김동호
    • 한국통신학회논문지
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    • 제38A권8호
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    • pp.697-703
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    • 2013
  • 다중 반송파를 사용하는 직접 대역확산 부호분할 다중접속 통신시스템에서 주파수 효율 향상을 위한 전송 전력 및 전송률 적응화 시스템을 제안하고 그 성능을 분석하였다. 본 논문에서는 수신단에서 이상적인 채널상태 정보를 알고 있다는 가정 하에, 주파수 영역에서는 각 사용자의 부채널 중에서 가장 채널상태가 좋은 한 대역을 선택하여 전력을 할당하고 시간 영역에서는 목표 수신 품질을 만족하도록 전송률을 결합 조정하는 것을 제안하였다. 수학적 분석을 통하여 평균 전송 전력이 고정되어 있을 때 제안한 방식의 평균 데이터 전송률을 구하고 전력 혹은 전송률 적응화가 적용된 단일 반송파 부호분할 다중접속 통신시스템과 그 성능을 비교하였다.

Comprehensive Proteome Analysis of the Excretory/Secretory Proteins of Toxoplasma gondii

  • Lee, Won-Kyu;Ahn, Hye-Jin;Baek, Je-Hyun;Lee, Chong-Heon;Yu, Yeon Gyu;Nam, Ho-Woo
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제35권10호
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    • pp.3071-3076
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    • 2014
  • Proteomic analyses of the excretory/secretory proteins from the RH strain of Toxoplasma gondii have been performed to understand their functions in the host-parasite interaction. A total of 34 proteins were identified from LC/MS/MS analysis and their abundance was estimated by spectral counting methods. Among them, 8 species of micronemal proteins (MICs), 2 species of rhoptry proteins (ROPs), and 6 species of dense granular proteins (GRAs) were confirmed. Besides these, 18 species of protein were newly identified, and their cellular functions were estimated from sequence analysis. The three most abundant of the 34 identified extractor/secretory proteins-GRA1, GRA7 and GRA2-were confirmed to be highly expressed in T. gondii using the spectral count method. This phenomenon is another demonstration of the importance of GRA proteins for the penetration and survival of T. gondii.

Dual positional substrate specificity of rice allene oxide synthase-1: insight into mechanism of inhibition by type II ligand imidazole

  • Yoeun, Sereyvath;Rakwal, Randeep;Han, Oksoo
    • BMB Reports
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    • 제46권3호
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    • pp.151-156
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    • 2013
  • Phylogenetic and amino acid sequence analysis indicated that rice allene oxide synthase-1 (OsAOS1) is CYP74, and is clearly distinct from CYP74B, C and D subfamilies. Regio- and stereo-chemical analysis revealed the dual substrate specificity of OsAOS1 for (cis,trans)-configurational isomers of 13(S)- and 9(S)-hydroperoxyoctadecadienoic acid. GC-MS analysis showed that OsAOS1 converts 13(S)- and 9(S)-hydroperoxyoctadecadi(tri)enoic acid into their corresponding allene oxide. UV-Visible spectral analysis of native OsAOS1 revealed a Soret maximum at 393 nm, which shifted to 424 nm with several clean isobestic points upon binding of OsAOS1 to imidazole. The spectral shift induced by imidazole correlated with inhibition of OsAOS1 activity, implying that imidazole may coordinate to ferric heme iron, triggering a heme-iron transition from high spin state to low spin state. The implications and significance of a putative type II ligand-induced spin state transition in OsAOS1 are discussed.

주파수 변조 단속 지속파를 이용하는 고해상도 밀리미터파 탐색기의 스퓨리어스 제거를 위한 스펙트럼 분석 기법 (Spectral Analysis Method to Eliminate Spurious in FMICW HRR Millimeter-Wave Seeker)

  • 양희성;전주환;송성찬
    • 한국전자파학회논문지
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    • 제23권1호
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    • pp.85-95
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    • 2012
  • 본 논문에서는 주파수 변조 단속 지속파(Frequency Modulated Interrupted Continuous Wave: FMICW) 시스템을 기반으로 한 고해상도(HRR: High Range Resolution) 레이더 탐색기에서 발생하는 스퓨리어스(Spurious)를 제거하기 위한 스펙트럼 분석 기법에 대해서 연구하고 새로운 제거 기법을 제안한다. 주파수 변조 지속파(Frequency Modulated Continuous Wave: FMCW)를 기반으로 하는 고해상도 레이더 시스템과 다르게 FMICW를 사용한 시스템은 주기적으로 나타나는 비연속적 IF(Intermediate Frequency) 신호에 의해 스펙트럼 상에서 스퓨리어스가 생기게 된다. 이러한 스퓨리어스를 제거하기 위해서 대역 통과 필터(band pass filter)를 사용하면 FMICW 시스템의 정확도가 이전 추정된 거리 값에 의존적이 되고 random interrupted sequence를 사용하면 noise floor가 증가하며, staggering process를 사용하면 중복된 정보를 위해 여러 개의 파형을 송신해야 되는 단점이 있다. 최근 소개된 IAA(Iterative Adaptive Approach) 또는 SPICE(SemiParametric Iterative Covariance-based Estimation method)와 같은 스펙트럼 분석 기법을 이용하면 이러한 단점 없이 FMICW 시스템에서의 스퓨리어스를 효과적으로 제거할 수 있다. IAA 또는 SPICE를 사용하기 위해서는 신뢰할 수 있는 데이터(reliable data)와 신뢰할 수 없는 데이터(unreliable data)를 구분하고, 신뢰할 수 있는 데이터만 이용하여야 하는데, 이를 위해서 STFT(Short Time Fourier Transform)가 적용된다.

Human Proteome Data Analysis Protocol Obtained via the Bacterial Proteome Analysis

  • Kwon, Kyung-Hoon;Park, Gun-Wook;Kim, Jin-Young;Lee, Jeong-Hwa;Kim, Seung-Il;Yoo, Jong-Shin
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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    • pp.91-95
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    • 2005
  • In the multidimensional protein identification technology of high-throughput proteomics, we use one-dimensional gel electrophoresis and after the separation by two-dimensional liquid chromatography, the sample is analyzed by tandem mass spectrometry. In this study, we have analyzed the Pseudomonas Putida KT2440 protein. From the protein identification, the protein database was combined with its reversed sequence database. From the peptide selection whose error rate is less than 1%, the SEQUEST database search for the tandem mass spectral data identified 2,045 proteins. For each protein, we compared the molecular weight calibrated from 1D-gel band position with the theoretical molecular weight computed from the amino acid sequence, by defining a variable MW$_{corr}$ Since the bacterial proteome is simpler than human proteome considering the complexity and modifications, the proteome analysis result for the Pseudomonas Putida KT2440 could suggest a guideline to build the protocol to analyze human proteome data.

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System operator가 다단계재고동적(多段階在庫動的) system 에 미치는 영향(影響)에 관(關)한 연구(硏究) (Effect of System Operator on Dynamic Multi-Stage Inventory Problems)

  • 김만식
    • 대한산업공학회지
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    • 제3권1호
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    • pp.39-47
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    • 1977
  • Most of the current literature on inventory theory has been devoted to the study of single stage models. A class of inventory problems which is of great interest is the multistage inventory system which involves a series and hierarchical sequence of stations. This study analyzes some aspect of the series type and multi-stage inventory system, using the fixed cycle ordering which bas a modificatory control function in the system equations. The objective of this study is to clarify the dynamic behavior of the system. The author has derived the theoretical formulas of variation of ordering quantity and stock fluctuation of each stage due to power spectral density function. Influence of parameters such as, (1) intensity of autocorrelation of demand sequence ($\lambda$), (2) forecasting exponential smoothing factors of each stage (${\alpha}_1,\;{\alpha}_2,\;{\alpha}_3$) and (3) production control factor of the 3rd stage ($\gamma$), as operators of the system on the variation of ordering quantity and stock fluctuation of the system. is also clarified. As a result of this study, the relations between the variation of ordering quantity, stock fluctuation and the parameters of the system, have been found. The principles and the theorical analysis presented here will be applicable to more complex type of discrete control systems in constructing the specific condition of the system to minimize inventory variances.

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An Approach to Eliminate Ambiguity of Blind ML Detection for Orthogonal Space-Time Block Codes

  • Pham, Van-Su;Le, Minh-Tuan;Mai, Linh;Kabir, S. M. Humayun;Yoon, Gi-Wan
    • 한국정보통신학회:학술대회논문집
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    • 한국해양정보통신학회 2007년도 추계종합학술대회
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    • pp.83-86
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    • 2007
  • In the blind Maximum-likelihood (ML) detection for Orthogonal Space-Time Block Codes (OSTBC), the problem of ambiguity in determining the symbols has been a great concern. A solution to this problem is to apply semi-blind ML detection, i.e., the blind ML decoding with pilot symbols or training sequence. In order to increase the performance, the number of pilot symbols or length of training sequence should be increased. Unfortunately, this leads to a significant decrease in system spectral efficiency. This work presents an approach to resolve the aforementioned issue by introducing a new method for constructing transmitted information symbol. Thus, by transmitting information symbols drawn from different modulation constellation, the ambiguity can be easily eliminated in blind detection. Also, computer simulations are implemented to verify the performance of the proposed approach.

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사물지능 통신을 위한 고효율 저복잡도 대역 확산 알로하 기법 (High-Efficiency and Low-Complexity Spread Spectrum ALOHA for Machine-to-Machine Communications)

  • 노홍준;박형원;임재성
    • 한국통신학회논문지
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    • 제41권12호
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    • pp.1700-1706
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    • 2016
  • 본 논문은 동시 전송 가능한 사물지능 통신 트래픽의 수를 늘리기 위하여 doubly truncated cyclic code shift keying (DTCCSK)을 활용한 대역 확산 알로하 기법을 제안한다. 제안하는 DTCCSK는 정사각형으로 표시되는 cyclic code shift keying 코드셋의 우측과 하단을 절삭함으로써 생성 가능하며, spreading factor와 심볼 길이를 자유롭게 설계할 수 있는 특징을 가진다. 또한 DTCCSK는 대역 확산 알로하의 변복조 기법으로 주로 사용되는 direct sequence 보다 높은 주파수 효율을 보이면서도 M-ary 시그널링 기법에 비해서는 낮은 구현 복잡도로 구현이 가능하다. 본 논문은 사물지능 통신을 위해 대역 확산 알로하를 채택한 S-band mobile interactive multimedia 표준을 참고하여 시뮬레이션 환경을 구성하였고 DTCCSK의 성능을 검증하였다.