• Journal of Plant Biotechnology
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• 제44권4호
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• pp.372-378
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• 2017

과육색이 다르게 발현되는 사과(Malus domestica L.) 품종의 유전자 발현을 비교하기 위해 2개의 cDNA library를 제작하였다. 붉은 색 과육 품종인 'Redfield'와 백색 과육 품종인 'Granny Smith'의 유전자 발현 차이를 보기 위해 차세대 염기서열 분석(NGS) 기술을 사용하였고 두 품종으로부터 얻은 EST의 염기서열을 결정하고 기존에 보고된 유전자와의 상동성을 분석하였다. HRM 기술은 붉은 색 과육 품종 사과와 백색 과육 품종 사과의 짧은 PCR 증폭산물에서 한 개의 서로 다른 염기서열을 구분하여 분리해낼 수 있다. 'Redfield'와 'Granny Smith'의 EST database로부터 103쌍의 단일염기다형성(SNP) 분자표지를 선발하였고, 붉은 색 과육 품종 10개와 백색 과육 품종 11개를 구분할 수 있는 SNP 분자표지를 HRM 방법으로 분석하였다. 본 연구에서는 사과 EST database를 기반으로 HRM 분석 방법을 이용하여 사과 품종의 적육계와 백육계를 구분할 수 있는 효율적인 SNP 분자표지를 개발하였다. 이러한 SNP 분자표지는 사과육종에 유용하게 사용할 수 있으며 사과 품종의 다양한 색 변화에 관한 분자 기작 연구에 좋은 참고자료가 될 수 있을 것이다.

• 미생물학회지
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• 제50권1호
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• pp.73-83
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• 2014

단백질이 풍부한 식품을 고온 하에서 조리하는 과정 중에 주로 발생되는 돌연변이원 heterocyclic amines (HCAs)에 대한 유산균의 결합력 및 제거능을 조사하였다. 당 발효능 및 16S rRNA 염기서열 분석을 통해 동정된 19종의 유산균 중 Lactobacillus acidophilus D11, Enterococcus faecium D12, Pediococcus acidilactici D19, L. acidophilus D38, Lactobacillus sakei D44, Enterococcus faecalis D66 및 Lactobacillus plantarum D70의 세포이나 배양 상등액은 3-amino-1,4-dimethyl-5H-pyrido[4,3-b]indole (Trp-P-1)과 3-amino-1-methyl-5Hpyrido[4,3-b] indole (Trp-P-2)에 의한 Salmonella typhimurium TA98 및 TA100의 돌연변이 유발을 억제할 수 있었다. HCAs에 대한 유산균 세포의 결합력은 cell wall, exopolysaccharide 및 peptidoglycan 보다 높게 나타났다. 한편, 이들의 결합력은 단백질 분해효소, 가열, sodium metaperiodate 및 산 처리에 의해 유의하게 감소되었으므로 세포벽에 존재하는 당이나 단백질 성분이 이들 HCAs을 결합시키는데 중요한 역할을 하는 것으로 확인되었다. 또한 E. faecium D12, L. acidophilus D38 및 E. faecalis D66의 결합력은 SDS나 금속이온에 의해 감소되었으므로 이들세포와 돌연변이원 사이에는 이온 결합이나 소수성 결합이 작용하는 것으로 추정되었다. 한편, HCAs 결합력이 높은 L. acidophilus D38과 L. plantarum D70은 장관 상피세포에 대한 부착력이 낮으므로 돌연변이원을 세포에 결합시켜 체외로 배출함으로써 독성물질을 제거하는데 효과적인 것으로 확인되었다.

• 대한화장품학회지
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• 제41권4호
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• pp.375-382
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• 2015

진세노사이드(인삼 사포닌)는 인삼의 대표적 약리성분 중의 하나로 생물학적 활성을 가진 배당체 화합물이다. 이들 사포닌은 가수분해 되어 저분자화 되었을 때, 항주름 및 항산화, 항암 등에 높은 약리효능효과를 나타낸다. 본 연구에서는 인삼 esculin 배지를 활용하여 ${\beta}$-glucosidase 활성을 가진 균주를 분리하였고 인삼 사포닌 전환을 미생물을 이용하여 수행하였다. 본 균주들을 16S rRNA sequencing을 통하여 동정하여 본 결과 Stenotrophomonas rhizopilae strain GFC09로 확인되였다. 균주의 최적 활성 조건을 결정하기 위해 조효소 1 mM와 인삼사포닌 $Rb_1$과 함께 배양한 후 생물학적 전환을 TLC, HPLC를 사용하여 확인하였다. 조효소에 의한 인삼 사포닌 $Rb_1$의 전환 경로는 다음과 같다. LB: RbNeobio R&D center, Gyeonggi-do 16954, Korea${\rightarrow}$Rd${\rightarrow}$FNeobio R&D center, Gyeonggi-do 16954, Korea${\rightarrow}$compound K, TSB: $Rb_1{\rightarrow}Rd{\rightarrow}F_2$. 가수분해된 생성된 물질은 NMR로 구조 동정하였다. 전환 산물의 효능 분석결과, 콜라겐 생성을 농도 의존적으로 증가시키는 것이 관찰되었다. 이에 본 연구에서는 ginsenoside $F_2$와 compound K 함유 인삼 전환 산물의 주름 개선 소재로서 활용가능성을 확인하였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제58권5호
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• pp.551-558
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• 2020

The flaviviruses are small single-stranded RNA viruses that are typically transmitted by mosquitoes or tick vectors and are etiological agents of acute zoonotic infections. The viruses are found around the world and account for significant cases of human diseases. We investigated population of culicine mosquitoes in central region of Korean Peninsula, Incheon Metropolitan City and Hwaseong-si. Aedes vexans nipponii was the most frequently collected mosquitoes (56.5%), followed by Ochlerotatus dorsalis (23.6%), Anopheles spp. (10.9%), and Culex pipiens complex (5.9%). In rural regions of Hwaseong, Aedes vexans nipponii was the highest population (62.9%), followed by Ochlerotatus dorsalis (23.9%) and Anopheles spp. (12.0%). In another rural region of Incheon (habitat of migratory birds), Culex pipiens complex was the highest population (31.4%), followed by Ochlerotatus dorsalis (30.5%), and Aedes vexans vexans (27.5%). Culex pipiens complex was the predominant species in the urban region (84.7%). Culicine mosquitoes were identified at the species level, pooled up to 30 mosquitoes each, and tested for flaviviral RNA using the SYBR Green-based RT-PCR and confirmed by cDNA sequencing. Three of the assayed 2,683 pools (989 pools without Anopheles spp.) were positive for Culex flaviviruses, an insect-specific virus, from Culex pipiens pallens collected at the habitats for migratory birds in Incheon. The maximum likelihood estimation (the estimated number) for Culex pipiens pallens positive for Culex flavivirus was 25. Although viruses responsible for mosquito-borne diseases were not identified, we encourage intensified monitoring and long-term surveillance of both vector and viruses in the interest of global public health.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제32권4호
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• pp.405-418
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• 2022

Simotang oral liquid (SMT) is a traditional Chinese medicine (TCM) consisting of four natural plants and is used to alleviate gastrointestinal side effects after chemotherapy and functional dyspepsia (FD). However, the mechanism by which SMT helps cure these gastrointestinal diseases is still unknown. Here, we discovered that SMT could alleviate gastrointestinal side effects after chemotherapy by altering gut microbiota. C57BL/6J mice were treated with cisplatin (DDP) and SMT, and biological samples were collected. Pathological changes in the small intestine were observed, and the intestinal injury score was assessed. The expression levels of the inflammatory factors IL-1β and IL-6 and the adhesive factors Occludin and ZO-1 in mouse blood or small intestine tissue were also detected. Moreover, the gut microbiota was analyzed by high-throughput sequencing of 16S rRNA amplicons. SMT was found to effectively reduce gastrointestinal mucositis after DDP injection, which lowered inflammation and tightened the intestinal epithelial cells. Gut microbiota analysis showed that the abundance of the anti-inflammatory microbiota was downregulated and that the inflammatory microbiota was upregulated in DDP-treated mice. SMT upregulated anti-inflammatory and anticancer microbiota abundance, while the inflammatory microbiota was downregulated. An antibiotic cocktail (ABX) was also used to delete mice gut microbiota to test the importance of gut microbiota, and we found that SMT could not alleviate gastrointestinal mucositis after DDP injection, showing that gut microbiota might be an important mediator of SMT treatment. Our study provides evidence that SMT might moderate gastrointestinal mucositis after chemotherapy by altering gut microbiota.

• 생태와환경
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• 제56권1호
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• pp.36-44
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• 2023

자연생태계에서 환경유전자 (eDNA)는 세포의 내부(intracellular)와 외부(extracellular) 형태로 존재할 수 있다. 유해남조류를 대상으로 할 때, 세포 외부 eDNA는 남조류의 흔적, 세포 내부 eDNA는 남조류의 발생 잠재성을 의미한다. 하지만 기존의 퇴적물 eDNA 분석법인 silica bead를 이용한 파쇄법으로는 존재 형태를 구분할 수 없기 때문에 실질적인 유해남조류 발생 잠재성을 파악하기 어렵다. 본 연구는 기존의 파쇄법의 한계를 극복하고자 퇴적물 내 세포 내 eDNA를 선택적으로 분석할 수 있는 퇴적물 전처리 방법인 밀도구배 원심분리법(Ludox method)의 적용성을 분석하였다. 그 결과, 기존의 파쇄법은 퇴적물을 그대로 사용하여 eDNA를 추출하기 때문에 eDNA에서 증폭한 mic 유전자가 세포 내 존재하는지 혹은 세포 외 DNA로만 존재하는지 알 수 없었다. 하지만 Ludox method는 여과 및 밀도 구배를 통해 퇴적물의 세포 내 eDNA를 농축하므로 남조류 세포 내부에 존재하는 mic 유전자만을 증폭할 수 있었다. 결론적으로 Ludox method는 충분한 세포내부 유전자 농도를 확보하고 세포 내부와 외부의 eDNA를 명확히 구분함으로써 보다 정확하고 세밀한 잠재성 분석이 가능하였다. 이는 퇴적물 유해남조류의 유전자 활성을 확인할 수 있는 eRNA 분석과 차세대염기서열분석(next generation sequencing; NGS)을 이용한 meta-barcoding에 Ludox method를 활용함으로써 보다 현실적인 잠재성을 분석할 수 있을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제17권8호통권88호
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• pp.1082-1089
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• 2007

혈청학적 유전자 검색 방법(SEREX)은 암 환자의 면역계를 인식하는 종양 면역유전체(Cancer Immunome)를 형성하는 수많은 종양항원의 발견을 이끌어왔다. 본 연구는 정상인의 고환 조직으로 만들어진 cDNA liabary을 사용하여 폐암환자의 혈청으로부터 40개의 종양항원을 동정하여 그 항원들을 KP-LuT-1부터 KP-LuT-40까지 명명하였다. 이들 항원 중에서 20개는 기존의 다른 종류의 암에서 분리된 것이며 20개는 본 실험에서 새롭게 동정 된 항원들이었다. 유전자 분석을 통하여 분리된 26개의 항원들은 그 단백질의 기능이 알려진 것이었고 14개의 항원들은 기능이 분석되지 않은 유전체의 산물이었다. 이들 항원 중에서 hypothetic단백질 KP-LuT-6는 정상조직에서 제한적으로 발현되었다. RT-PCR에 의한 발현분석 결과에서 16개의 정상조직 중 고환에서만 강력하게 발현 하였고 다른 조직에서는 발현되지 않으나 폐암(3/10), 위암 (3/10) 과 유방암(1/5)들에서 발현 하였다. 이 결과는 KP-LuT-6의 항원이 암 면역치료를 위한 잠재적 유전자로 사용될 수 있는 Cancer/Testis(CT) 항원과 비슷한 유전 자로 사료된다.

• KSBB Journal
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• 제24권2호
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• pp.149-155
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• 2009

김치유래 유산균 단호박 발효음료의 개발을 위해 김치에서 유산균 19종을 분리하였다. 이후 진행된 인공 위액 및 인공 담즙산 실험에서 살아남은 유산균 1종을 선별하였고 이를 C332라 명명하였다. 이 C332는 앞으로 진행되는 모든 실험에서 종균으로 사용하였다. C332는 인공 위액에서 1.66 ${\times}$ $10^5$ CFU/m${\ell}$, 담즙산에서 1.49 ${\times}$ $10^6$ CFU/m${\ell}$ 만큼의 생균수를 측정하였다. C332를 단호박 배지에서 호기적과 혐기적으로 배양한 결과 광밀도, pH에서 큰 차이를 발견하지 못하여 통성혐기성 미생물임을 확인하였고, E.coli에 대한 항균활성 측정결과 14 mm의 클리어존이 생겨나 E.coli에 대한 항균활성을 확인하였다. 발효가 끝난 단호박 배지는 pH가 3.8까지 떨어졌으며, 산도는 1.41%이다. 16s rRNA full sequencing을 통해 C332는 Lactobacillus plantarum으로 동정되었다. 이후 관능검사를 통해 발효 시간별, 농도별로 발효음료가 유의수준 5%로 유의성이 있음을 검증하였다. 저장성평가를 통해 12일간의 저장기간 중 약간의 산도증가 경향과, 약간의 pH 저하경향을 확인하였고, 우리나라 호상요구르트의 유산균 기준치 (1.0 ${\times}$ $10^8$ CFU/m${\ell}$)를 상회하는 생균수 (발효 후 경과 12일 1.15 ${\times}$ $10^8$ CFU/m${\ell}$)를 확인하여 저장성이 우수한 것으로 나타났다.

• 생명과학회지
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• 제30권9호
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• pp.804-812
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• 2020

본 연구에서는 아메리카왕거저리에 대한 기능성 연구의 일환으로 아메리카왕거저리 유충의 유전체 분석을 통해 선별된 조포바신 1의 항균 및 항염증 활성을 확인하였다. 선행연구에서 RNA 시퀀싱을 통해 아메리카왕거저리의 전사체를 분석하였으며, 결과를 바탕으로 인실리코(in silico) 분석을 수행하여 전사체 유래 항균 펩타이드를 스크리닝하고 선발하였다. 수행된 항균활성 및 용혈활성 테스트에서 조포바신 1은 세균 및 칸디다 진균에 대해 광범위한 항균활성을 나타낸 반면 마우스 적혈구에 대한 용혈활성은 전혀 없었다. 다음으로 마우스 대식세포주 Raw264.7 세포를 이용하여 조포바신 1의 항염증활성을 확인하였다. 그 결과 조포바신 1은 LPS로부터 유도된 Raw264.7 세포들의 산화질소 생성을 감소시키는 결과를 보여주었다. 뿐만 아니라 실시간 역전사 중합효소 연쇄반응(qRT-PCR) 방법과 효소결합면역흡착측정법(ELISA)을 통해 조포바신 1이 Raw264.7 세포에서 전염증성 사이토카인(IL-6, IL-1β)의 발현을 감소시킨다는 것을 확인할 수 있었다. 또한 염증반응의 신호전달인자들(MAPKs, NF-κB)의 인산화를 억제하는 것을 확인하였다. 게다가 조포바신 1은 LPS와의 상호작용을 통해 결합한다는 것을 확인하였다. 이러한 연구결과들은 아메리카왕거저리 유전체 분석을 통해 확인된 조포바신 1이 항균 및 항염증 치료를 위한 물질로서 개발하는데 가능성이 있을 것으로 사료된다.