• Journal of Microbiology
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• 제45권2호
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• pp.113-121
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• 2007

The bacterial diversity inherent to the biofilm community structure of a modified rotating biological contactor wastewater treatment process, referred to as the Rotating Activated Bacillus Contactor (RABC) process, was characterized in this study, via both culture-dependent and culture-independent methods. On the basis of culture-dependent methods, Bacillus sp. were found to exist in large numbers on the biofilm (6.5% of the heterotrophic bacteria) and the microbial composition of the biofilms was quite simple. Only three phyla were identified-namely, the Proteobacteria, the Actinobacteria (High G+C Gram-positive bacteria), and the Firmicutes (Low G+C Gram-positive bacteria). The culture-independent partial 16S rDNA sequence analysis revealed a considerably more diverse microbial composition within the biofilms. A total of eight phyla were recovered in this case, three of which were major groups: the Firmicutes (43.9%), the Proteobacteria (28.6%), and the Bacteroidetes (17.6%). The remaining five phyla were minor groups: the Planctomycetes (4.4%), the Chlorobi (2.2%), the Actinobacteria (1.1%), the Nitrospirae (1.1%), and the Verrucomicrobia (1.1%). The two most abundant genera detected were the endospore-forming bacteria (31.8%), Clostridium and Bacillus, both of which are members of the Firmicutes phylum. This finding indicates that these endospore-forming bacteria successfully colonized and dominated the RABC process biofilms. Many of the colonies or clones recovered from the biofilms evidenced significantly high homology in the 16S rDNA sequences of bacteria stored in databases associated with advanced wastewater treatment capabilities, including nitrification and denitrification, phosphorus accumulation, the removal of volatile odors, and the removal of chlorohydrocarbons or heavy metals. The microbial community structures observed in the biofilms were found to correlate nicely with the enhanced performance of advanced wastewater treatment protocols.

• 식물분류학회지
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• 제43권1호
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• pp.63-68
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• 2013

소나무속내 속생 잎의 수가 1개인 종류와 한 개체에서 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 종류의 기원을 밝히고자 ITS DNA 지역의 염기서열을 조사하였다. 또한 속생 잎 수 변이가 출현하는 지역에서 생육하는 소나무, 리기다소나무 그리고 잣나무 등의 동일지역 염기서열을 비교 조사하였다. 확인된 ITS1, 5.8S 그리고 ITS2 DNA 등 3지역의 총 길이는 종류에 따라서 580~584 염기이었으며, ITS1 지역에서 가장 변이가 크게 나타났다. 5.8S 지역은 잣나무의 2개 염기 치환을 제외하면 조사된 모든 종류에서 일치하였다. 조사된 일부 ITS1 지역은 5.8S 위쪽으로 종에 따라 181~185 염기이며, 1개 또는 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 변이들은 소나무와 동일한 염기서열로 확인되었다. ITS2 지역은 모두 237 염기이며, 소나무와 잎 변이들의 염기서열은 일치하였다. 확인된 염기서열을 이용하여 유집분석을 수행한 결과는 소나무와 속생 잎 수 변이들이 유사도 100%로 유집되었다. 따라서 조사된 속생 잎 수 변이들은 소나무의 속생 잎 수 변이로 최종 판별되었다.

• 환경생물
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• 제29권3호
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• pp.144-153
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• 2011

제주도 한라산에 위치한 국내 최대규모의 고산습지인 숨은물벵뒤 습지의 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria강에 속하는 세균 종의 다양성을 조사하였고, 신분류군 후보 균주 19종을 확보하였다. 신종후보 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 분석하였을 때 표준균주와 98.7% 미만의 유사도를 보이는 균주들을 신종후보균주로 간주하였다. 총 19종의 세균이 Alphaproteobacteria와 Gammaproteobacteria 강에 속하는 신종후보 균주들로 발견되었다. Alphaproteobacteria 강에 속하는 균주들은 Sphingomonadaceae 과 Novosphingobium 속에 속하는 4종과 Rhizobiaceae 과 Rhizobium 속에 속하는 2종이 분리되었다. Gammaproteobacteria 강에 속하는 균주들은 Moraxellaceae 과 Acinetobacter 속에 속하는 2종, Pseudomonadaceae과 Pseudomonas 속에 속하는 3종, Enterobacteriaceae과의 Enterobacter 속에 속하는 1종, Erwinia 속의 2종, Leclercia 속의 1종, Rahnella 속의 1종, Serratia속의 1종, Yersinia 속의 2종이 분리되었다. 분리된 19개 후보신종에 대하여 배양학적 특징, 생리화학적 특징 및 지방산 분석 결과를 정리하였다.

• 한국식품과학회지
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• 제47권1호
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• pp.126-131
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• 2015

본 연구에서는 한국의 전통적인 식품인 비빔밥에서 2005년에서 2011년에 분리한 대장균에 대한 특성을 연구하였다. 전체 1,142건의 비빔밥에서 84 균주(7.4%)의 대장균이 분리되었다. 분리한 균주의 항생제 내성 분석 및 다제 내성 패턴은 ampicillin의 내성이 가장 높았으며 6 균주(7.2%)에서는 다제 내성을 보였다. 분리한 균주의 병원성 유전자 13종의 유무를 확인한 결과 5 균주(5.9%)에서 ent 유전자를 보유하여 STEC/EPEC 형의 대장균으로 분류되었다. 그러나 EIEC, EAEC, ETEC 형은 검출되지 않았다. 병원성 유전자가 검출되지 않은 대장균에 대한 혈청형은 O103 (1.2%), O91 (1.2%), O128 (6.0%)으로 확인되었고 O26, O157, O145, O111, O121 혈청형은 없었다. 동일한 O 혈청형 균주는 독소 유전자를 가지고 있는 것과 없는 것이 동시에 있다고 보고 되어 있고 혈청형으로 병원성 유전자를 구분하는 것은 균주의 특성에 따라 차이가 많이 나므로 향후 연구가 필요하다. 위해 요소가 있는 균주에 대해서 유전적 상동성을 시험한 결과 균주의 상동성이 낮아서 서로 다른 오염원에서 분리 되었음을 유추 할 수 있었다. 비빔밥은 다양한 재료를 사용하며 제조 과정이 복잡하기 때문에 대장균에 의한 오염의 가능성이 매우 높은 식품이다. 그러므로 원재료부터 완성까지 위생적으로 철저하게 조리해야 하며 교차 오염 방지 및 관리를 통해 안심하고 섭취할 수 있도록 해야 한다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제28권2호
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• pp.133-136
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• 2012

The objective of this study was to determine the degree of mitochondrial DNA (mtDNA) divergence between two subspecies of $Mustela$ $sibirica$ from Korea ($M.$ $s.$ $coreanus$ on the Korean Peninsula and ($M.$ $s.$ $quelpartis$ on Jeju Island) and to examine the taxonomic status of ($M.$ $s.$ $quelpartis$. Thus, we obtained complete sequences of mtDNA cytochrome $b$ gene (1,140 bp) from the two subspecies, and these sequences were compared to a corresponding haplotype of ($M.$ $s.$ $coreanus$, downloaded from GenBank. From this analysis, it was observed that the sequences from monogenic ($M.$ $s.$ $quelpartis$ on Jeju Island were identical to the sequences of four ($M.$ $s.$ $coreanus$from four locations across the Korean Peninsula, and that the two subspecies formed a single clade; the average nucleotide distance between the two subspecies was 0.26% (range, 0.00 to 0.53%). We found that the subspecies $quelpartis$ is not genetically distinct from the subspecies $coreanus$, and that this cytochrome $b$ sequencing result does not support the current classification, distinguishing these two subspecies by pelage color. Further systematic analyses using morphometric characters and other DNA markers are necessary to confirm the taxonomic status of ($M.$ $s.$ $quelpartis$.

• Journal of Species Research
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• 제6권2호
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• pp.101-118
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• 2017

In an investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 57 bacterial strains assigned to the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria were isolated from diverse environments. Samples were collected from fresh water, natural caves, soil, paddy fields, lakes, sea water, jeotgal (fermented seafood), salt flats, soil from abandoned mines, plant roots, digestive organs of both Japanese crested ibis (Nipponia nippon) and Burmese python (Python molurus bivittatus) and tidal flats. From the high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.7%) and formation of robust phylogenetic clades with closely related species, it was determined that each strain belonged to an independent and predefined bacterial species within either the Betaproteobacteria or Gammaproteobacteria. There is no official report or publication that describes these 57 proteobacterial species in Korea. Overall, in the class Betaproteobacteria there were 16 species in 12 genera of 4 families in the order Burkholderiales and two species in two genera of one family in the order Neisseriales. Within the class Gammaproteobacteia, there were five species in four genera of four families in the order Alteromonadales, 12 species in 11 genera of one family in the order Enterobacteriales, four species in four genera of three families in the order Oceanospirillales, 11 species in four genera of two families in the order Pseudomonadales, two species in the order Vibrionales and five species in five genera of one family in the order Xanthomonadales. Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical characteristics, isolation source and strain IDs are described in the species description section.

• 한국통신학회논문지
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• 제29권12A호
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• pp.1319-1332
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• 2004

최근 MC DS-CDMA시스템은 차세대 고속 데이타 전송을 위해 활발히 연구되고 있지만 높은 PAPR(peak-to-average power ratio)을 가지는 단점이 있다. 반면 CS-CDMA시스템은 코드 선택 방식을 사용함으로써 부 채널수에 상관없이 일정한 크기의 송신 신호로 인해 낮은 PAPR가진다. 본 논문에서는 MC DS-CDMA와 CS-CDMA의 결합한 새로운 다중접속 방식인 MC CS-CDMA(multicarrier code select CDMA)을 제안한다. MC CS-CDMA 시스템은 특별한 경우로서 MC DS-CDMA시스템과 CS-CDMA시스템을 포함한다. MC CS-CDMA 시스템은 주파수 선택적 다중경로 채널과 MRC를 가진 레이크 수신기에서 성능 및 PAPR을 비교 분석한다. 시뮬레이션 결과 MC CS-CDMA 시스템이 CS-CDMA에 비해 높은 PAPR을 가지지만 MC DS-CDMA에 비해 PAPR을 줄일 수 있다. 또한 수치해석의 결과 MC CS-CDMA 시스템이 확산 이득과 시간 다이버시터 이득의 증가로 인해 MC DS-CDMA에 비해 우수한 성능을 가진다. 그러나, MC CS-CDMA 시스템은 수신기의 복잡도 증가와 가입할 수 있는 사용자수가 감소하는 단점을 가진다.

• 한국보육지원학회지
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• 제8권1호
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• pp.45-64
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• 2012

본 연구는 어린이집 보육계획의 생활주제와 연계한 다문화 이해 프로그램의 효과를 알아보고자 하였다. 아울러 이 프로그램을 어린이집 교사가 단독으로 진행하였을 경우와 훈련받은 결혼이주 여성 교사가 함께 진행하였을 경우의 효과가 어떠한지도 분석하고자 하였다. 연구를 수행하기 위해 경기도에 소재한 3개 어린이집의 만 5세반을 한 학급씩 편의표집하여 실험집단1, 실험집단2, 통제집단으로 구분하였다. 실험집단 1은 다문화 이해 프로그램을 어린이집 교사와 결혼이주여성 교사가 함께 진행하도록 하고, 실험집단 2는 동일한 프로그램을 어린이집 교사가 혼자 진행하도록 하였으며, 통제집단은 정규 보육계획안을 그대로 운영하도록 하였다. 사전 사후검사에 사용된 유아의 다문화 인식 측정 도구는 김판희와 이춘옥(2009)의 유아용 척도를, 또래와의 놀이성 측정도구는 김미숙(2001)의 척도를 사용하였다. 자료의 분석결과 유아의 다문화에 대한 인식은 실험집단 1, 실험집단 2, 통제집단의 순으로 유의한 차이를 보였으며, 유아 다문화 이해 프로그램을 경험한 두 실험집단의 유아는 통제집단에 비해 또래와의 놀이성이 유의하게 높은 것으로 나타났다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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• pp.135-135
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• 2017

The Gramene database (http://www.gramene.org) is a powerful online resource for agricultural researchers, plant breeders and educators that provides easy access to reference data, visualizations and analytical tools for conducting cross-species comparisons. Learn the benefits of using Gramene to enrich your lectures, accelerate your research goals, and respond to your organismal community needs. Gramene's genomes portal hosts browsers for 44 complete reference genomes, including crops and model organisms, each displaying functional annotations, gene-trees with orthologous and paralogous gene classification, and whole-genome alignments. SNP and structural diversity data, available for 11 species, are displayed in the context of gene annotation, protein domains and functional consequences on transcript structure (e.g., missense variant). Browsers from multiple species can be viewed simultaneously with links to community-driven organismal databases. Thus, while hosting the underlying data for comparative studies, the portal also provides unified access to diverse plant community resources, and the ability for communities to upload and display private data sets in multiple standard formats. Our BioMart data mining interface enable complex queries and bulk download of sequence, annotation, homology and variation data. Gramene's pathway portal, the Plant Reactome, hosts over 240 pathways curated in rice and inferred in 66 additional plant species by orthology projection. Users may compare pathways across species, query and visualize curated expression data from EMBL-EBI's Expression Atlas in the context of pathways, analyze genome-scale expression data, and conduct pathway enrichment analysis. Our integrated search database and modern user interface leverage these diverse annotations to facilitate finding genes through selecting auto-suggested filters with interactive views of the results.

• 생태와환경
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• 제53권3호
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• pp.265-274
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• 2020

보구치는 난류성으로 전 세계적으로 널리 분포하며 해양 저층에 주로 서식하는 어종이다. 광양만에 서식하는 보구치의 미토콘드리아 DNA에서 cytochrome c oxidase subunit I (COI) 유전자를 발굴하고 해양 어류종에서의 계통유전학적인 위치를 분석하였다. 발굴된 미토콘드리아 DNA 내 605 bp COI 시컨스의 다중배열 결과 광양만 보구치들에서는 높은 염기서열 상동성을 확인하였다 (98~100%). 하지만 광양만 내해와 외해의 어획지점에 따라 염기서열 변이가 다르게 나타나는 것을 확인하였다. 외해지점의 보구치들에서 COI 내 염기서열 변이가 높게 나타났다(43.2~70.3%). 나아가 13종 어류의 COI 계통유전학적 분석결과 광양만 보구치는 타이완에서 보고된 보구치와 하나의 계통군 (clade)으로 묶이고 진화적 거리는 0.036으로 나타났다. 또한 민어(M. miiuy)와 대두이석태(Pennahia Macrocephalus)에 속한 어종과 진화적 거리가 가까운 것으로 나타났다(0.041~0.048). 본 연구의 결과는 국내산 보구치의 분자 계통유전학적 정보를 제공함으로 연안환경에 따른 어류자원 모니터링 및 종다양성 관리에 주요한 유전적 자료로 활용될 것이다.