Le, Xuan The;Pham, Dung Tien;Pham, Tuan Anh;Tran, Tung Thanh;Khuat, Thanh Huu;Le, Hoa Quang;Vu, Ut Ngoc
Fisheries and Aquatic Sciences
/
v.22
no.8
/
pp.17.1-17.9
/
2019
Bacillus is a diverse genus consisting of more than 200 species with extensive genetic diversity. Their beneficial effects in industrial shrimp farming have been well documented. However, little is known about the biodiversity of the Bacillus spp. in this aquaculture system. Taxonomic analysis by 16S rRNA sequencing does not always allow species-level identification of Bacillus spp. In this study, 26 Bacillus isolates from two industrial Litopenaeus vannamei shrimp ponds in Bac Lieu Province, Vietnam, were analyzed for their genetic diversity by multi-locus sequence typing (MLST). A total of 22 sequence types were identified and segregated into four distinct clusters, corresponding to B. subtilis, B. velezensis, B. siamensis, and B. licheniformis. Bacillus subtilis and B. velezensis accounted for more than 73% of the Bacillus isolates. Notably, the MLST scheme exhibited high discriminatory power and might be further simplified to be a convenient method to identify species of the genus Bacillus.
Journal of Satellite, Information and Communications
/
v.12
no.1
/
pp.120-124
/
2017
In this paper, effect of antenna diversity on pseudorandom noise (PN) code acquisition performance is analyzed and simulated for a direct sequence/code division multiple access (DS/CDMA) overlay system where a CDMA user and a narrowband user coexist in the same frequency band. From the simulation results, it is shown that the antenna diversity is very effective in improving the PN acquisition performance. The results of this paper can be applied to design of synchronization scheme for a DS/CDMA overlay environment.
Gastrodia elata, an achlorophyllous orchid plant, is rare medicinal plant. We investigated the genetic diversity in G. elata from 4 locations by using Inter-Simple Sequence Repeats (ISSR) markers. Shannon's information Index (S.I.) indicating genetic diversity ranged from 0.255 (Pocheon) to 0.322 (Muju) with the mean of 0.29. The level of genetic diversity was lower than other plant and most genetic diversity was allocated among individuals within populations (26.81%). The UPGMA dendrogram based on genetic distance failed in showing decisive geographic relationship. In the case of gastrodin (GA), the major components in G. elata, Sangju was highest. The ergothionine (ERG) was detected a lot of contents in Muju and Pocheon. In conclusion, our results is very important information for explaining relationship of genetic variation and functional substances without the effects of environment factors and developing genetic marker by ISSR in G. elata, which may be responsible for the development of breeds with a lot of functional substance in G. elata.
The objective of this study was to perform genetic diversity analysis of 13 strains isolated from South Korean foods by multilocus sequence typing (MLST). For typing, seven housekeeping loci (atpA, dnaA, dnaK, gyrB, pheS, pyrG, and rpoA) were selected, amplified and analyzed. Fifty-one polymorphic sites varying from 1 to 22 in each species were identified. Thirteen sequence types were generated with allele numbers ranged from 2 to 10. The overall relationship between strains was assessed by unweighted pair group method with arithmetic mean dendrogram and minimum spanning tree. In addition, combined spits tree analysis revealed intragenic recombination. No clear relationship was observed between the isolation sources and strains. The developed MLST scheme enhanced our knowledge of the population diversity of Leu. citreum strains and will be used further for the selection of industrially important strain.
$Kalopanax$$pictus$ is a long-lived deciduous perennial tree in the family Araliaceae mainly distributed in the East Asia. In Korea, this species is of ecological and medical importance. Because typical populations of this species are small and distributed in patches, $K.$$pictus$ has been considered as a narrow habitat species. To understand the genetic diversity and population structure of this species, the sequence variation of the nuclear ribosomal DNA (nrDNA) internal transcribed spacer (ITS) region was analyzed among 18 different $K.$$pictus$ populations in the present investigation. The nrDNA ITS sequences of Korean populations investigated in this study showed identical of 616 bp in length, and no any nucleotide variation was found in the entire nrDNA ITS region sequence. This result suggested that the $K.$$pictus$ populations in Korea might belong to the same isolate, and no mutation was found in the nrDNA ITS region. Compared with other known ITS sequence sources from $K.$$pictus$ populations, only four variable nucleotide sites were found within the entire ITS region. Very narrow genetic diversity appearing in the population level of $K.$$pictus$ makes us hypothesize that their relatively isolated habitats. The long-lived traits might be one main reason. However, another probability was that the nr-DNA ITS region might be noneffective in classifying populations of $K.$$pictus$. Thus, to further understand the phylogenetic relationship of $K.$$pictus$ populations, more samplings should be performed based on more DNA sequences.
Development of an effective vaccine is critically needed for the prevention of malaria. One of the key antigens for malaria vaccines is the apical membrane antigen 1 (AMA-1) of the human malaria parasite Plasmodium falciparum, the surface protein for erythrocyte invasion of the parasite. The gene encoding AMA-1 has been sequenced from populations of P. falciparum worldwide, but the haplotype diversity of the gene in P. falciparum populations in the Greater Mekong Subregion (GMS), including Thailand, remains to be characterized. In the present study, the AMA-1 gene was PCR amplified and sequenced from the genomic DNA of 65 P. falciparum isolates from 5 endemic areas in Thailand. The nearly full-length 1,848 nucleotide sequence of AMA-1 was subjected to molecular analyses, including nucleotide sequence diversity, haplotype diversity and deduced amino acid sequence diversity and neutrality tests. Phylogenetic analysis and pair-wise population differentiation ($F_{st}$ indices) were performed to infer the population structure. The analyses identified 60 single nucleotide polymorphic loci, predominately located in domain I of AMA-1. A total of 31 unique AMA-1 haplotypes were identified, which included 11 novel ones. The phylogenetic tree of the AMA-1 haplotypes revealed multiple clades of AMA-1, each of which contained parasites of multiple geographical origins, consistent with the $F_{st}$ indices indicating genetic homogeneity or gene flow among geographically distinct populations of P. falciparum in Thailand's borders with Myanmar, Laos and Cambodia. In summary, the study revealed novel haplotypes and population structure needed for the further advancement of AMA-1-based malaria vaccines in the GMS.
Molecular markers are useful tools for evaluating genetic diversity and determining cultivar identity. Present study was conducted to evaluate the genetic diversity within a diverse collection of rice accessions used for Korean breeding programs. Two hundred eighty-seven rice cultivars, composed of temperate japonica, tropical japonica, indica, and Tongil-type of Korean crossing parents were evaluated by means of 15 simple sequence repeat (SSR) markers. A total of 99 alleles were detected, and the number of alleles per marker ranged from 4 to 11, with an average of 6.6 per locus. Polymorphism information content (PIC) for each of the SSR markers ranged from 0.2924 to 0.8102 with an average of 0.5785. These results, with the result that use of only 15 SSR markers made all rice cultivars examined could be uniquely distinguished, imply the efficiency of SSR markers for analysis of genetic diversity in rice. Cluster analysis was performed on similar coefficient matrics calculated from SSR markers to generate a dendogram in which two major groups corresponding to japonica (Group I) and indica and Tongil type rice (group II) with additional subclasses within both major groups. The narrowness of the Korean breeding germplasm was revealed by the fact that most of the Korean-bred and Japan-bred temperate japonica cultivars were concentrated into only 2 of the sub-group I-1 (143 cultivars) and I-2 (58 cultivars) among six sub-groups in major group of japonica. This is because of the japonica accessions used in this study was a very closely related ones because of frequent sharing of the crossing parents with similar genetic background with synergy effect of the inherited genetic difference between indica and japonica. A rice breeding strategy with the use of molecular markers was discussed for overcoming of genetic vulnerability owing to this genetic narrowness.
Eighty-five Enterococcus faecalis isolates collected from animals (40 isolates), meju (a Korean fermented soybean product; 27 isolates), humans (10 isolates), and various environmental samples (8 isolates) were subjected to multilocus sequence typing (MLST) to identify genetic differences between samples of different origins. MLST analysis resulted in 44 sequence types (STs), and the eBURST algorithm clustered the STs into 21 clonal complexes (CCs) and 17 singletons. The predominant STs, ST695 (21.1%, 18/85) and ST694 (9.4%, 8/85), were singletons, and only contained isolates originating from meju. None of the STs in the current study belonged to CC2 or CC9, which comprise clinical isolates with high levels of antibiotic resistance. The E. faecalis isolates showed the highest rates of resistance to tetracycline (32.9%), followed by erythromycin (9.4%) and vancomycin (2.4%). All isolates from meju were sensitive to these three antibiotics. Hence, MLST uncovered genetic diversity within E. faecalis, and clustering of the STs using eBURST revealed a correlation between the genotypes and origins of the isolates.
Human caliciviruses (HuCVs) cause sporadic cases and outbreaks of acute gastroenteritis (AGE). Three major genogroups of HuCVs have been described including the Norwalk virus (NV)-, the Snow Mountain virus (SMA)-, and the Sapporo-genogroups. This study describes the detection and genetic variation of HuCVs from hospitalized infants with AGE in Korea by RT-PCR and sequencing. The cDNA fragments of 206 to 470bp corresponding to the region of 3 primer pairs (36/35, 35/51 or 3/51) in the polymerase region of NV were generated. Of 185 stools screened, 8% were positive by RT-PCR and their sequences showed that all strains contained the GLPSG and YGDD motifs which are conserved for HuCVs. Amino acid (aa) sequence analysis showed that these strains can be divided into 3 major genogroups. High conservation was observed in that one strain shares 100% of aa sequence with Southampton virus, another shares 99% with the Sapporo virus, and six strains share 90 to 95% with Snow Mountain virus. However, significant sequence variation was also found in other strains. This study indicates that all major genogroups of HuCVs are circulating in Korea.
Toxoplasma gondii is an opportunistic protozoan parasite that can infect almost all warm-blooded animals including humans with a worldwide distribution. Micronemes play an important role in invasion process of T. gondii, associated with the attachment, motility, and host cell recognition. In this research, sequence diversity in microneme protein 6 (MIC6) gene among 16 T. gondii isolates from different hosts and geographical regions and 1 reference strain was examined. The results showed that the sequence of all the examined T. gondii strains was 1,050 bp in length, and their A + T content was between 45.7% and 46.1%. Sequence analysis presented 33 nucleotide mutation positions (0-1.1%), resulting in 23 amino acid substitutions (0-2.3%) aligned with T. gondii RH strain. Moreover, T. gondii strains representing the 3 classical genotypes (Type I, II, and III) were separated into different clusters based on the locus of MIC6 using phylogenetic analyses by Bayesian inference (BI), maximum parsimony (MP), and maximum likelihood (ML), but T. gondii strains belonging to ToxoDB #9 were separated into different clusters. Our results suggested that MIC6 gene is not a suitable marker for T. gondii population genetic studies.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.