• 제목/요약/키워드: semiquantitative RT-PCR

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Transcriptomic Analysis of Rat Brain Tissue Following Gamma Knife Surgery: Early and Distinct Bilateral Effects in the Un-Irradiated Striatum

  • Hirano, Misato;Shibato, Junko;Rakwal, Randeep;Kouyama, Nobuo;Katayama, Yoko;Hayashi, Motohiro;Masuo, Yoshinori
    • Molecules and Cells
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    • 제27권2호
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    • pp.263-268
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    • 2009
  • Gamma knife surgery (GKS) is used for the treatment of various human brain disorders. However, the biological effects of gamma ray irradiation on both the target area, and the surrounding tissues are not well studied. The effects of gamma ray exposure to both targeted and untargeted regions were therefore evaluated by monitoring gene expression changes in the unilateral irradiated (60 Gy) and contralateral un-irradiated striata in the rat. Striata of irradiated and control brains were dissected 16 hours post-irradiation for analysis using a whole genome 44K DNA oligo microarray approach. The results revealed 230 induced and 144 repressed genes in the irradiated striatum and 432 induced and 239 repressed genes in the unirradiated striatum. Out of these altered genes 39 of the induced and 16 of the reduced genes were common to both irradiated and un-irradiated tissue. Results of semiquantitative, confirmatory RT-PCR and western blot analyses suggested that ${\gamma}$-irradiation caused cellular damage, including oxidative stress, in the striata of both hemispheres of the brains of treated animals.

발정주기 동안 생쥐 자궁에서의 Aquaporin-4와 -8 유전자의 발현 (Expression of Aquaporin-4 and -8 Genes in Mouse Uterus during the Estrous Cycle)

  • 이지원;강한승;계명찬;홍석호;신현상;강수만;이성은;김문규
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제8권1호
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    • pp.49-55
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    • 2004
  • Aquaporins(AQPs)유전자는 다양한 조직의 상피세포와 내피세포에 존재하며 다량의 물 이동을 조절하는 막성 단백질로서, 세포간 또는 세포막 사이의 물 이동에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. 발정기의 생쥐 자궁에서는 자궁내막세포의 증식과 함께 수화되는 특징을 보이며, 자궁내강으로 물이 이동되어 자궁내액의 점성이 낮아지는 현상이 나타난다. 따라서, 본 연구에서는 생쥐의 발정주기 동안 자궁에서의 형태학적인 변화와 관련하여 AQP유전자가 물 이동의 매개체로서 중요한 역할을 할 것으로 추측하여, 생쥐 발정주기 동안에 AQP유전자의 발현 양상을 역전사 중합효소 연쇄반응을 통하여 관찰하였다. 또한, laser capture microdissection(LCf을 이용하여 자궁내 세포의 종류에 따른 AQP유전자의 발현 양상을 조사하였다. AQP-4 전령체는 발정주기의 proestrus와 estrus 시기에 발현량이 유의하게 증가하는 반면, AQP-8 전령체는 동일한 시기에 유의하게 감소하는 것으로 관찰되었다. 또한, LCM 기법을 통해서 AQP-4와 -8 전령체가 자궁기질세포보다 자궁내막세포에서 강하게 발현이 유도됨을 관찰하였다. 결과적으로, 생쥐 자궁에서 AQP-4와 -8유전자가 발정주기에 따라 발현량이 변화하는 것으로 보아 난소내 호르몬인 estrogen과 progesterone에 의해 조절될 가능성이 있으며, proestrus와 estrus 시기에 자궁내강으로 자궁내액을 수송하는데 중요한 역할을 할 것으로 사료된다.

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F9 EC 세포에서 레티노산에 의해 유도되는 Hoxc 유전자의 발현에 히스톤 메틸화가 미치는 영향 (Histone Methylation Regulates Retinoic Acid-induced Hoxc Gene Expression in F9 EC Cells)

  • 민혜현;김명희
    • 생명과학회지
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    • 제25권6호
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    • pp.703-708
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    • 2015
  • Hox 유전자는 호메오도메인을 포함한 전사인자로써, 발생 과정 중 전후축을 따라 몸의 형태 형성을 조절하는 역할을 한다. 레티노산(RA)은 발생 과정에서 필수적인 형태형성인자이며 세포의 특성을 결정하는데 중요한 조절자이다. 특히, RA는 생쥐나 인간으로부터 만들어진 배아암종(EC)세포에서 Hox 유전자의 발현을 조절한다고 밝혀져 있다. 또한 RA에 의한 세포 분화와 유전자 조절 과정에 히스톤 변이가 중요한 역할을 하는 것으로 보고되어 있다. 히스톤 변이가 RA에 의해 유도되는 Hox 유전자의 발현에 특이적인 역할을 할 것으로 유추되기 때문에, 이 연구의 목적은 F9 생쥐배아 기형암종세포에서 RA에 의해 유도되는 Hoxc 유전자의 순차적인 발현이 히스톤 변이에 의해 일어나는 것인지를 조사하는 것이다. Hox 유전자의 발현 양상과 히스톤 변이는 semi-quantitative RT-PCR, RNA-sequencing과 chromatin immuno-precipitation (ChIP)-PCR 기법을 이용하여 관찰하였다. RA 처리 후(0일(D0), 1일(D1), 3일(D3)), Hoxc4 유전자의 발현(D1)은 Hoxc5부터 –c10 유전자(D3)보다 먼저 시작되었다. Hox가 발현하지 않는 D0 샘플은 전사 억제 마커인 H3K27me3이 모든 Hoxc 좌위에 강하게 표지 되어 있었으나 D1과 D3 샘플에서는 모든 좌위의 H3K27me3 표지가 확연히 줄어들어 있었다. 전사 발현 마커인 H3K4me3가 Hoxc 유전자의 순차적인 발현과 더 연관성이 있는 것으로 보이는데 D1에서 Hoxc4 발현과 함께 H3K4me3이 표지 되어 있었고, D3에서는 Hoxc 유전자 발현과 함께 모든 좌위에서 H3K4me3 마커가 존재했기 때문이다. 모든 결과를 종합해 보았을 때 F9 세포에서 RA에 의해 유도된 Hoxc 유전자의 순차적인 발현은 Hoxc 좌위에서 H3K27me3가 사라지고, H3K4me3가 표지 되는 히스톤 메틸화의 변이에 의해 결정되는 것으로 사료된다.

한우와 제주흑우, 홀스타인에서 MC1R 유전자형에 따른 melanin 생합성 유전자들의 발현수준과 모색 출현양상의 관계 (Relation of Expression Levels of Melanin Synthesis Genes according to the MC1R Genotypes with the Coat Color Patterns in Hanwoo, Jeju Black Cattle and Holstein)

  • 이성수;양영훈;조인철;김남영;고문석;정하연;한상현
    • 생명과학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.384-389
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    • 2009
  • 본 연구는 한우, 제주흑우, Holstein에서 모색 발현 양상과 MC1R 유전자형의 분포에 따라 melanin 합성에 핵심적인 과정에 참여하는 3 가지 유전자(TYR, TYRP1, DCT) 유전자들의 발현 수준의 상호 연관관계를 구명하기 위하여 수행되었다. 반정량 Real-time RT-PCR 분석을 통하여, 세 가지 유전자의 발현 수준을 MC1R 유전자형이 e/e인 한우의 황갈색 부위, $E^+/E^+$인 제주흑우의 야생형 흑색 부위, $E^D/E^D$인 Holstein의 우성 흑반과 백반부로 대표되는 4 종류의 피부 조직에서 분석하였다. TYR, TYRP1, DCT 유전자 모두 Holstein의 흑반 부위에서 제주흑우의 흑색 부위에 비해 각각 4.5 배, 2.3 배, 2.5 배 이상의 유전자 발현 수준을 나타내었다(p<0.001). 또한, 제주 흑우의 이들 3 가지 유전자들의 발현 수준은 한우에 비해 유의적으로 높은 수준을 나타내었다(p<0.001). 이러한 결과들은 한우와 제주흑우, Holstein의 흑색 부위의 모색 발현 양상들이 이들 3 가지 melanin 생합성 유전자들의 전사 수준과 직접적인 연관이 있는 것으로 사료되며, 이는 한우 e/e, 제주흑우 $E^+/E^+$ Holstein의 $E^D/E^D$ 등 서로 상이한 MC1R 유전자형의 관여가 반영된 결과로 추정되었다. 결론적으로 본 연구는 MC1R 단백질의 상태가 TYR과 일련의 melanin 합성 주관 유전자들의 전사활성을 유도할 뿐만 아니라 소의 피부에서 총 melanin 함량의 수준을 결정함을 제시하고 있다.

볼락(Sebastes inermis)의 성장단계별 차등발현 유전자 탐색 (Investigation of Growth Stage Related Genes in Dark-banded Rockfish Sebastes inermis)

  • 장요순
    • 한국어류학회지
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    • 제23권1호
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    • pp.21-29
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    • 2011
  • 볼락의 성장단계에 따른 차등발현 유전자를 탐색하기 위하여 6개월령 및 18개월령 근육조직을 사용하여 subtracted cDNA library를 제작하였고, 각각의 연령에서 발현량 차이를 나타낸 202개의 cDNA 단편을 확보하였으며, 발현량 차이가 뚜렷한 32개의 cDNA 클론은 성장단계별 특이발현 후 보유전자로 선발하여 염기서열을 분석하였다. Myosin, adenylate kinase, calsequestrin, dystrobrevin beta, diphosphate kinase 유전자는 6개월령 근육조직에서 발현량이 많았으며, desmin, TGFBR2 (transforming growth factor-beta receptor), creatine kinase (muscle type), cathepsin D 유전자는 18개월령 근육조직에서 발현량이 많았다. 볼락의 성장초기와 성장절정기에서 차등발현 양상을 나타낸 유전자는 6, 18, 30, 42개월령 근육조직에서 연령 증가에 따른 발현양상을 분석하였으며, dystrobrevin beta와 diphosphate kinase-Z1은 6개월령 이후에는 발현량이 급격히 감소하여 18개월령, 30개월령 및 42개월령에서는 발현량이 극히 적었으며, creatine kinase (muscle type)와 cathepsin D 유전자는 연령 이 증가함에 따라 발현량이 증가되어 18개월령 이후, 30개월령과 42개월령 근육조직에서도 발현량이 많았다. 이와 같이 성장단계에 따른 차등발현 유전자를 탐색하고 연령 증가에 따른 발현양상을 비교 분석한 결과로부터 본 연구에서는 어류의 성장 초기단계 근육조직에서는 근육수축 관련 유전자가 많이 발현되고, 성장 절정기에는 근육 내 에너지 양 조절 관련 유전자가 많이 발현되는 것을 확인하였다.

황체호르몬 수용체의 발현이 저반응 환자군의 임신에 미치는 영향 (The effect of LH Receptor in the Pregnancy of Poor Responders)

  • 이정복;도병록;김은수;김명희;천은경;정현정;노성일;김문규;윤현수
    • Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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    • 제31권2호
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    • pp.111-117
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    • 2004
  • Objectives: To investigate the effect of LH receptor in folliculogenesis, we confirm the expression level of LH receptor (LH-R) mRNA in human granulosa cells (GCs) and its expression levels were analyzed by comparison to embryo developmental rate and pregnancy rate. Materials and Methods: GCs were obtained at the time of oocyte retrieval from the patients undergoing IVF-ET program. The patients were divided into two groups: Group I (n=20) is poor responder (retrieved oocyte(s)$\leq$3ea), Group II (n=80) is normal responder (retrieved oocytes>3ea). After the extraction of total RNA, semiquantitative RT-PCR was performed and the expression level of LH-R mRNA was normalized by $\beta$-actin. Statistical analysis was performed by using $X^2$ test, Student's t-test and Pearson correlation. Results: In Group II, the relative values of LH-R mRNA (0.680 vs. 0.463, p<0.005) and pregnancy rate (54.7% vs. 23.1%, p<0.05) were significantly higher than in Group I. Number of retrieved oocyte(s) was gradually increased when the expression of LH-R mRNA was increased (p<0.05). But the quality of retrieved oocyte and transferred embryo were not related with the expression of LH-R mRNA. When the pregnancy rate was compared with FSH only group and FSH combined with hMG group in the ovarian stimulation protocol, FSH combined with hMG group was significantly higher than FSH only group in Group I (37.5% vs. 0%), and the expression of LH-R mRNA was significantly higher in hMG combined group than FSH only group (p<0.05). Conclusion: Expression level of LH-R mRNA has important role in ovarian function related with the response to gonadotrophin in human folliculogenesis. Furthermore these data might provide the evidence that additional use of hMG is helpful to poor responders.

The Effects of Mechanical Strain on Bone Cell Proliferation and Recruitment Induced by Osteocytes

  • Ko, Seong-Hee;Lee, Jiy-Hye;Kim, So-Hee
    • International Journal of Oral Biology
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    • 제33권4호
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    • pp.179-186
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    • 2008
  • Several lines of evidence suggest that osteocytes play a critical role in bone remodeling. Both healthy and apoptotic osteocytes can send signals to other bone surface cells such as osteoblasts, osteoclasts, osteoclast precursors, and bone lining cells through canalicular networks. Osteocytes responding to mechanical strain may also send signals to other cells. To determine the role for osteocytes an mechanical strain in bone remodeling, we examined the effects of fluid flow shear stress on osteoclast precursor cell and osteoblast proliferation and recruitment induced by osteocytes. In addition, the effects of fluid flow shear stress on osteocyte M-CSF, RANKL, and OPG mRNA expression were also examined. MLO-Y4 cells were used as an in vitro model for osteocytes, RAW 264.7 cells and MOCP-5 cells as osteoclast precursors, and 2T3 cells as osteoblasts. MLO-Y4 cells conditioned medium (Y4-CM) was collected after 24h culture. For fluid flow experiments, MLO-Y4 cells were exposed to 2h of pulsatile fluid flow (PFF) at 2, 4, 8, $16{\pm}0.6\;dynes/cm^2$ using the Flexcell $Streamer^{TM}$ system. For proliferation assays, MOCP-5, RAW 264.7, and 2T3 cells were cultured with control media or 10-100% Y4 CM. Cells were cultured for 3d, and then cells were counted. RAW 264.7 and 2T3 cell migration was assayed using transwells with control media or 10-100% Y4-CM. M-CSF, RANKL and OPG in MLO-Y4 mRNA expression was determined by semiquantitative RT-PCR. Y4-CM increased osteoclast precursor proliferation and migration, but decreased 2T3 cell proliferation and migration. CM from MLO-Y4 cells exposed to PFF caused decreased RAW 267.4 cell proliferation and migration and 2T3 migration compared to control Y4-CM. However, Y4-CM from cells exposed to PFF had no effect on 2T3 osteoblastic cell proliferation. PFF decreased RNAKL mRNA and increased OPG mRNA in MLO-Y4 cells compared to control(without PFF). PFF had no effect on M-CSF mRNA expression in MLO-Y4 cells. These results suggest that osteocytes can regulate bone remodeling by communication with osteoclast precursors and osteoblasts and that osteocytes can communicate mechanical signals to other cells.

결핵균 항원 자극에 의한 결핵성 흉수 림프구의 IFN-${\gamma}$ mRNA 발현 (IFN-${\gamma}$mRNA Expression in Tuberculous Pleural Lymphocytes After in vitro Stimulation with M. tuberculosis Antigens)

  • 박재석;김윤섭;지영구;이계영
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제57권1호
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    • pp.25-31
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    • 2004
  • 연구배경 : IFN-${\gamma}$는 결핵균에 대한 숙주의 면역학적 방어기전에서 핵심적인 역할을 한다. 그러므로 결핵균 항원들이 IFN-${\gamma}$ 유전자 발현에 미치는 영향을 알아보는 것은 결핵균에 대한 숙주의 방어기전을 밝히고 이를 이용한 백신의 개발에 이용될 수 있을 것이다. 방 법 : 결핵성 흉막염 환자의 흉수에서 얻은 림프구 배양액에 결핵균(H37Rv), PPD, Ag85B, man-LAM, ara-LAM을 첨가하여 자극한 후 림프구의 IFN-${\gamma}$ mRNA의 발현 정도를 역전사 중합효소연쇄반응을 이용하여 비교하였다. 결 과 : 1) 결핵균(H37Rv)이 결핵성 흉수 림프구의 IFN-${\gamma}$ mRNA의 발현을 증가시켰다. 2) 결핵균 항원 중 PPD와 Ag85B는 결핵성 흉수 림프구의 IFN-${\gamma}$ mRNA의 발현을 증가시켰지만 man-LAM은 결핵성 흉수 림프구의 IFN-${\gamma}$ mRNA의 발현을 억제시켰다. 3) LAM 중에서 man-LAM은 용량이 증가함에 따라 결핵성 흉수 림프구의 IFN-${\gamma}$ mRNA의 발현의 억제 정도가 증가하였지만 ara-LAM의 경우 이와 같은 현상이 관찰되지 않았다. 결 론 : 결핵성 흉수 림프구의IFN-${\gamma}$ mRNA의 발현은 PPD와 Ag85B의 자극에 의해 항진되지만 man-LAM의 자극에 의해서는 억제되었다.

미성숙 암컷 흰쥐 시상하부-뇌하수체 축 상의 유전자 발현에 미치는 Vinclozolin 투여 효과 (Effect of Vinclozolin Administration on the Gene Expressions in Hypothalamus-Pituitary Axis of Immature Female Rats)

  • 이우철;이성호
    • 한국발생생물학회지:발생과생식
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    • 제12권1호
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    • pp.97-105
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    • 2008
  • Vinclozolin (VCZ)은 침투성 살균제로써 과일, 채소, 와인산업에 널리 사용된다. VCZ와 그것의 대사산물들인 butenoic acid (M1)과 enanilide (M2)는 안드로겐 수용체를 놓고 항 안드로겐 물질로 작용한다. VCZ가 수컷의 생식생리와 병리에서 내분비계 장애물질(endocrine disrupting chemical, EDC)로 작용함에 대한 증거는 많이 있지만, 암컷 생식생리에 미치는 VCZ의 효과에 대한 증거는 전무하다. 본 연구자들은 이전 연구에서 VCZ가 미성숙 암컷 흰쥐의 사춘기 개시를 유의하게 지연시킴을 보고한 바 있는데, 이는 VCZ에 의해 시상하부-뇌하수체-난소(hypothalamus-pituitary-ovary, H-P-O) 생식 호르몬 축의 활성이 지연되거나 약화됨을 시사한다. 본 연구에서는 미성숙 암컷 흰쥐들의 VCZ 투여가 암컷 흰쥐의 시상하부-뇌하수체 축의 생식 호르몬 관련 유전자들 활성에 미치는 영향을 조사하였다. VCZ (10 mg/kg/day)를 생후 21일부터 첫 번째 질구개방이 관찰되는 날까지 매일 복강주사하였다. 시상하부와 뇌하수체의 표적 유전자들의 전사적인 변화량을 측정하기 위하여, total RNA를 추출하였고 반 정량적 역전사 중합효소반응(RT-PCR)을 실시하였다. VCZ 투여군에서 시상하부의 gonadotropin-releasing hormone (GnRH)의 분비를 조절함이 알려진 nitric oxide synthase-2 (NOS-2)의 전사활성은 대조군보다 유의하게 감소하였다(p<0.01). 유사하게, VCZ 투여군의 시상하부에서의 KiSS-1, G protein-coupled receptor54 (GPR54) 그리고 GnRH mRNA 수준도 감소하였다(p<0.01). 예상대로, VCZ 투여군의 뇌하수체 luteinizing hormone-${\beta}$ (LH-${\beta}$)과 follicle stimulating hormone-${\beta}$ (FSH-${\beta}$) 전사활성도 대조군에 비하여 유의하게 감소하였다(p<0.01). 이번 연구를 통해 미성숙 암컷 흰쥐의 VCZ 노출시 사춘기 개시의 지연효과는 시상하부-뇌하수체 신경내분비 축의 GnRH와 KiSS-1같은 성선자극호르몬들과 그들의 상위조절인자들의 전사 활성의 감소에 의해 야기되고, 아마도 nitric oxide (NO) 신호전달경로에 의해 조절됨을 시사한다.

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Identification of Interleukin 1-Responsive Genes in Human Chondrosarcoma SW1354 cells by cDNA Microarray Technology

  • ;;;;;;;이충기
    • Journal of Yeungnam Medical Science
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    • 제24권1호
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    • pp.24-40
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    • 2007
  • 배경 : 골관절염은 단순 노화로 인한 질병이 아니라 연골대사의 이상으로 인한 기계적 그리고 생화학적 불안정성이 나타나는 질환이다. Transforming growth factor-${\beta}$와 같이 연골세포의 기능을 향상시키는 촉진인자가 있는 반면 Interleukin(IL)-1이나 Tumor necrosis factor-${\alpha}$는 염증반응을 증가시킨다. 이중 IL-1은 골관절염의 병인에서 가장 중요한 염증 유발 인자로 알려져 있으며 이에 대한 자료도 축적되고 있다. 이 논문의 목적은 IL-$1{\beta}$에 대한 human chondrosarcoma cell (SW1353)의 유전자 발현 양상을 파악하여 골관절염 병인의 이해를 증대시키는데 있다. 재료 및 방법 : Chondrosarcoma cell line (SW 1353)은 연골세포의 IL-$1{\beta}$를 통한 세포노화에 대한 유전자 조절을 실험실에서 연구하는데 유용한 것으로 알려져 있다. 골관절염에서 IL-1에 의한 전체적인 유전자 발현의 변화를 연구하고 분석하기 위해 SW1353을 각각 1시간, 6시간, 24시간동안 IL-1에 노출시킨후 각각 총 RNA를 정제하였다. 유전자 발현의 변화는 17k human cDNA microarray로 분석하였고 semiquantitative RT-PCR로 확인하였다. 결과 : Metallothioneins, matrix metalloproteinases, extracellular proteins, antioxidant protein, cytoskeletal proteins, cell cycle regulatory proteins, 세포성장과 세포 자멸사에 대한 단백질, signal protein, transcriptional factor를 포함한 1,200개 유전자에서 2배 이상의 변화가 관찰되었다. 이러한 변화는 초기 관절염에서 보이는 병리생리학적 변화와 상관관계가 있는 것으로 생각된다. 결론 : cDNA microarray 분석으로 유전자 발현의 의미있는 변화를 관찰하였으며 골관절염 발병기전에서 분자생물학적 변화에 대한 인식과 치료 목표를 정립하는데 대한 새로운 자료로서 가치가 있을 것으로 생각된다.

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