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Analysis, Detection and Prediction of some of the Structural Motifs in Proteins

  • Guruprasad, Kunchur
    • 한국생물정보학회:학술대회논문집
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    • 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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    • pp.325-330
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    • 2005
  • We are generally interested in the analysis, detection and prediction of structural motifs in proteins, in order to infer compatibility of amino acid sequence to structure in proteins of known three-dimensional structure available in the Protein Data Bank. In this context, we are analyzing some of the well-characterized structural motifs in proteins. We have analyzed simple structural motifs, such as, ${\beta}$-turns and ${\gamma}$-turns by evaluating the statistically significant type-dependent amino acid positional preferences in enlarged representative protein datasets and revised the amino acid preferences. In doing so, we identified a number of ‘unexpected’ isolated ${\beta}$-turns with a proline amino acid residue at the (i+2) position. We extended our study to the identification of multiple turns, continuous turns and to peptides that correspond to the combinations of individual ${\beta}$ and ${\gamma}$-turns in proteins and examined the hydrogen-bond interactions likely to stabilize these peptides. This led us to develop a database of structural motifs in proteins (DSMP) that would primarily allow us to make queries based on the various fields in the database for some well-characterized structural motifs, such as, helices, ${\beta}$-strands, turns, ${\beta}$-hairpins, ${\beta}$-${\alpha}$-${\beta}$, ${\psi}$-loops, ${\beta}$-sheets, disulphide bridges. We have recently implemented this information for all entries in the current PDB in a relational database called ODSMP using Oracle9i that is easy to update and maintain and added few additional structural motifs. We have also developed another relational database corresponding to amino acid sequences and their associated secondary structure for representative proteins in the PDB called PSSARD. This database allows flexible queries to be made on the compatibility of amino acid sequences in the PDB to ‘user-defined’ super-secondary structure conformation and vice-versa. Currently, we have extended this database to include nearly 23,000 protein crystal structures available in the PDB. Further, we have analyzed the ‘structural plasticity’ associated with the ${\beta}$-propeller structural motif We have developed a method to automatically detect ${\beta}$-propellers from the PDB codes. We evaluated the accuracy and consistency of predicting ${\beta}$ and ${\gamma}$-turns in proteins using the residue-coupled model. I will discuss results of our work and describe databases and software applications that have been developed.

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포항 로란-C 송신 신호의 기준위상 오프셋 측정 (Measurement of Reference Phase Offset for the Loran-C Transmitting Signal of Pohang)

  • 이창복;원성호;이종구;김영재;이상정;양성훈
    • 한국항해항만학회지
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    • 제36권6호
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    • pp.475-480
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    • 2012
  • eLoran (enhanced Long Range Navigation)의 구축을 위해서는 로란시스템 설비업그레이드, 시스템 정보데이터 채널추가, dLoran (differential Loran) 사이트, ASF(Additional Secondary Factor) 데이터베이스 등이 필요하다. 특히 eLoran 송신국들의 정확한 UTC (세계협 정시, Coordinated Universal Time) 동기는 eLoran 시스템의 항법성능 향상을 위해 필수적이다. 따라서 송신국들의 정확한 UTC 동기를 위해서는 송신국의 절대 지연시간 측정 및 모니터링이 필요하며, 측정된 송신국 지연시간의 변화량을 보정정보로 이용자에게 제공하여야 한다. 본 연구에서는 포항 LORAN-C 송신국(9930M)을 대상으로 수신지점에서의 TOA(Time of Arrival) 산출을 위한 송신신호의 기준시점을 측정하는 방법을 제시하였고 지연측정 시스템 및 송출신호 위상 모니터링 시스템을 개발하여 포항 송신국의 기준시점을 평가하였다. 측정결과 포항 송신국의 기준점 오프셋은 $-2.23{\mu}s$로 측정되었으며 송신 로란펄스의 위상을 관측한 결과 1 개월간에 약 $0.3{\mu}s$ 정도 흐르는 것이 관측되어 로란의 PNT(Positioning, Navigation and Timing) 활용을 위해 위상 모니터링과 보상이 필수적임을 알 수 있었다.

9930M국 로란-C 신호를 이용한 내륙 ASF 측정 연구 (Inland ASF Measurement by Signal of the 9930M Station)

  • 양성훈;이창복;이종구;김영재;이상정
    • 한국항해항만학회지
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    • 제34권8호
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    • pp.603-607
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    • 2010
  • Loran (LOang RAnge Navigation) 신호에 의한 항법은 GPS (Global Positioning System) 활성화 전까지 주요한 항법시스템으로 이용되어 왔으며, 특히 선박들의 중장거리 항행에 있어서 필수적인 기능을 담당하였다. 그러나 산업의 발전과 더불어 항행 외에 항만 근접과 육로 항법으로서의 백업기능 그리고 정밀시각활용 등과 같은 분야에서는 현재 활용할 수 있는 성능 보다 우수한 정확도를 요구한다. 그 정확도를 향상시킬 수 있는 방법으로 Loran 송신국과 사용자 위치 사이의 전파지연 즉, ASF (Additional Secondary Factor)를 정확히 측정하여 보정하는 방법이 이용되고 있다. 본 연구에서는 우리나라 포항의 로란-C 주국(9930M)에서 발사하는 신호를 이용하였으며 TOC (Time of Coincidence) 테이블이 없는 Loran 신호 송출시스템에서 절대시간 지연을 측정할 수 있는 기법을 이용하여 포항 로란송신국으로부터 33 km 이내의 4 지점에서 측정하여 비교하였다. 측정결과 33 km 지점의 경우에 전파지연오차에 의하여 약 210 m의 거리오차가 발생하였지만 ASF 보정에 의해 40 m의 거리오차로 줄일 수 있음을 확인하였다.

디자인 데이터베이스 체계구축 및 운용시스템 개발에 관한 연구 -기초조형교육을 중심으로- (A Development of Design database structure and Database Application System applicable for design Foundation Courses.)

  • 이종호
    • 디자인학연구
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    • 제12권4호
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    • pp.283-292
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    • 1999
  • 최근 들어 네트 을 활용할 수 있는 사회기초 기반구축의 빠른 진척과 더불어 교육환경에서 네트 및 멀티미디어 서비스의 활용에 대한 대내외적 요구는 빠른 속도로 증가하고 있는 반면, 이러한 요구를 충족시켜줄 만한 디지털 시스템을 기반으로 하는 교육 시나이로에 대한 연구는 그 다지 쉽게 찾아 볼 수 없는 실정이다. 특히 시청각 교육을 위주로 하는 교육환경(미술, 디자인 등)에서의 디지털 시스템의 활용에 관한 연구는 데이터베이스의 구조에 관한 연구를 제외하고는 거의 전무한 형편이다. 21세기의 국가 디자인 경쟁력 향상을 위해서도 산재되어 있는 디자인 자료를 디지털화 하여 언제 어디서나 열람할 수 있게 하는 시스템의 개발이 시급한 때이다. 따라서 본 연구에서는 다음과 같은 세 가지의 목적을 가지고 수행되었다. 첫째, 디자인 데이터 베이스 구성요소 추출 및 분류체계 개발. 둘째, 디자인 데이터 베이스 구성요소 추출 및 분류체계 개발. 마지막으로, 디자인 데이터 베이스 활용 방법 개발. 본 목적에 의거하여 두 가지 방향성에 의하여 기초 조사가 수행되었다. 첫째는 기존의 디자인 분류 체계에 관한 체계적 분석이었으며, 둘째는 기초 조형 교육의 교육내용 및 과정분석이 이루어 졌다. 분석된 결과를 토대로 본 연구에서는 다음과 같은 결과를 얻을 수 있었다. 첫째, 디자인 데이터의 감성적 평가에 대한 교육적 요구를 수용하기 위하여 이미지 데이터에 고정적 구성요소이외에 감성요소를 수용할 수 있는 가변적 구성요소를 부가하여 구조를 설계하였다. 둘째, 디자인 데이터 베이스를 운용하여 기초 조형 교육에 활용할 수 있는 체계를 개발하였다. 그리고 마지막으로, 디자인 데이터 베이스 활용 Application의 프로세스가 시나리오 기반 디자인 방법론에 의거하여 개발되어 졌으며, 또한 그에 합당한 UI 도 개발되어졌다.

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MCJ를 이용한 공항서비스 품질지수 평가에 관한 연구 (A Study on the Evaluation of Service Quality Index for International Airport Using MCJ)

  • 이승창;이강석
    • 대한교통학회지
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    • 제23권1호
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    • pp.45-54
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    • 2005
  • 본 연구의 목적은 국제공항의 주요 서비스 항목별 중요도(importance), 이용자의 지각수준(perceived level), 다양한 평가방법(complex index)등을 활용한 주관적 및 객관적 측정 척도를 개발하고자 하며 공항서비스 질에 대한 기준 설정, 주요개선 사항의 발견 및 조치평가 등을 체계적으로 할 수 있는 내부관리용 옴니버스 모니터링 시스템 (OMS : Omnibus Monitoring System)의 개발이다. 이는 국제공항의 주요 서비스 평가를 위한 계량적 분석 도구의 개발과 2차 계량 지료(quantitative Secondary data)활용, 공항이용자에 대한 설문으로 지각된 자료(perceived data)분석, 자료수집-입력-분석 과정의 시스템화, 결과물의 그래픽화에 따른 데이터이미지화, 서비스인카운터(service encounter)계획 및 통제 기능 부여, 국제적 기준을 최저로 경쟁력을 확보하려는 것이다. 또한, 지표의 개발을 위해서 기존의 외국문헌 및 국제공항의 실사에 기초한 사전조사 계획의 수립과 실행이 중요하기에 준비된 사전조사의 결과를 토대로 출국자, 입국자, 상주근문자 등의 주관적 측정정도를 개발하고 보완적인 수단으로써 객관적 지표의 연구가 동시에 이루어졌다. 이러한 절차로 개발된 평가척도의 신뢰성 및 타당성을 실증적, 통계적으로 확보하고, 공항 서비스 척도의 효율적인 운영을 위한 소프트웨어 시스템을 개발함으로써 정규, 비정규적인 공항서비스의 모니터링이 가능하도록 연구가 진행되었다.

3 kW 무선 전력전송을 위한 전력 변환기 회로 특성 (The Power Converter Circuit Characteristics for 3 kW Wireless Power Transmission)

  • 황락훈;나승권;김진선;강진희
    • 한국항행학회논문지
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    • 제24권6호
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    • pp.566-572
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    • 2020
  • 무선 전력전송기에서 두 유도 코일 사이의 무선 전력전송 특성과 영향에 대해서 알아보고, 무선 전력전송 기술을 이용한 전력변환기 회로와 배터리 충·방전기 회로를 제안한다. 무선 전력전송기 및 무선 충전기의 장점은 기존의 플러그인 탑재형 유선 충전기(OBC; on-board charger) 대신 무선으로 전력을 전송하여 배터리에 전력 충전 시 사용자가 외부에서 전원을 연결 시키지 않고 무선으로 충전할 수 있는 점이다. 또한 무선충전의 이점은 2차 측 정류기의 회로와 수신 코일을 사용하여 에너지 효율 향상 효과를 가져올 수 있으나, 대용량의 원거리 무선충전 방식은 전송거리에 대한 한계가 있어 현재 많은 연구가 진행되고 있다. 비 접촉 방식의 전력 전송기의 전력을 전송 할 수 있는 송신부 인 1차측 코일과 수신부인 2차측 코일 및 하프브리지(half bridge) 직렬공진 컨버터를 적용한 무선 전력전송장치의 송신부 회로와 수신부 회로의 연구를 목적으로 무선충전시스템의 전력전송거리 향상을 위한 새로운 토폴로지를 적용하고, 각각의 거리에 따른 실험을 통해 8 cm 전송거리에서 출력 3 kW 일 때, 최대 효율(95.8%)을 확인 할 수 있었다.

K-12 학생 및 교사를 위한 인공지능 교육에 대한 고찰 (Review on Artificial Intelligence Education for K-12 Students and Teachers)

  • 김수환;김성훈;이민정;김현철
    • 컴퓨터교육학회논문지
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    • 제23권4호
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    • pp.1-11
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    • 2020
  • 본 연구의 목적은 최근 초중등 교육에 도입되고 있는 인공지능 교육의 목적, 내용, 방법 등을 교육과정의 측면과 교사교육에 필요한 요인 측면을 조사하고 분석하여 우리나라 초중등 인공지능 교육의 방향을 제안하는 것이다. 1차 문헌으로는 국내외 논문 9편, 2차 문헌으로는 11편의 국내외 정책 보고서를 수집하고 분석하였다. 수집된 문헌을 서술적 고찰방법을 적용하여 분석하였으며, 문헌의 다각도 분석을 위해 교육과정 구성요소 측면과 TPACK 요소 측면에서 분석하여 시사점을 도출하였다. 본 연구의 결과로 인공지능 교육 대상을 인공지능 사용자, 활용자, 개발자의 3단계로 구분하였다. 초중등 인공지능 교육에서는 사용자와 활용자 단계가 적합하고, 사용자 교육을 위해 인공지능 리터러시를 포함해야 한다. 활용자 교육을 위해 현재의 컴퓨팅 사고력 및 코딩 역량을 기반으로 하여 인공지능의 기능을 적용하여 창의적인 산출물을 만들어 낼 수 있는 역량을 목표로 삼는 것이 필요하다는 시사점을 도출하였다. 또한, 교사는 교수 지식 및 플랫폼 사용 능력 외에도 문제해결, 추론, 학습, 인식 영역 및 일부 응용수학, 인지/심리학/윤리에 대한 내용 지식이 필요하므로 이에 대한 연수가 필요하다.

Cache-Filter: A Cache Permission Policy for Information-Centric Networking

  • Feng, Bohao;Zhou, Huachun;Zhang, Mingchuan;Zhang, Hongke
    • KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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    • 제9권12호
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    • pp.4912-4933
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    • 2015
  • Information Centric Networking (ICN) has recently attracted great attention. It names the content decoupling from the location and introduces network caching, making the content to be cached anywhere within the network. The benefits of such design are obvious, however, many challenges still need to be solved. Among them, the local caching policy is widely discussed and it can be further divided into two parts, namely the cache permission policy and the cache replacement policy. The former is used to decide whether an incoming content should be cached while the latter is used to evict a cached content if required. The Internet is a user-oriented network and popular contents always have much more requests than unpopular ones. Caching such popular contents closer to the user's location can improve the network performance, and consequently, the local caching policy is required to identify popular contents. However, considering the line speed requirement of ICN routers, the local caching policy whose complexity is larger than O(1) cannot be applied. In terms of the replacement policy, Least Recently Used (LRU) is selected as the default one for ICN because of its low complexity, although its ability to identify the popular content is poor. Hence, the identification of popular contents should be completed by the cache permission policy. In this paper, a cache permission policy called Cache-Filter, whose complexity is O(1), is proposed, aiming to store popular contents closer to users. Cache-Filter takes the content popularity into account and achieves the goal through the collaboration of on-path nodes. Extensive simulations are conducted to evaluate the performance of Cache-Filter. Leave Copy Down (LCD), Move Copy Down (MCD), Betw, ProbCache, ProbCache+, Prob(p) and Probabilistic Caching with Secondary List (PCSL) are also implemented for comparison. The results show that Cache-Filter performs well. For example, in terms of the distance to access to contents, compared with Leave Copy Everywhere (LCE) used by Named Data Networking (NDN) as the permission policy, Cache-Filter saves over 17% number of hops.

재난 강도에 따른 도로 네트워크의 성능 및 회복력 산정 방안 (Estimation of Road-Network Performance and Resilience According to the Strength of a Disaster)

  • 정호용;최승현;도명식
    • 한국도로학회논문집
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    • 제20권1호
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    • pp.35-45
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    • 2018
  • PURPOSES : This study examines the performance changes of road networks according to the strength of a disaster, and proposes a method for estimating the quantitative resilience according to the road-network performance changes and damage scale. This study also selected high-influence road sections, according to disasters targeting the road network, and aimed to analyze their hazard resilience from the network aspect through a scenario analysis of the damage recovery after a disaster occurred. METHODS : The analysis was conducted targeting Sejong City in South Korea. The disaster situation was set up using the TransCAD and VISSIM traffic-simulation software. First, the study analyzed how road-network damage changed the user's travel pattern and travel time, and how it affected the complete network. Secondly, the functional aspects of the road networks were analyzed using quantitative resilience. Finally, based on the road-network performance change and resilience, priority-management road sections were selected. RESULTS : According to the analysis results, when a road section has relatively low connectivity and low traffic, its effect on the complete network is insignificant. Moreover, certain road sections with relatively high importance can suffer a performance loss from major damage, for e.g., sections where bridges, tunnels, or underground roads are located, roads where no bypasses exist or they exist far from the concerned road, including entrances and exits to suburban areas. Relatively important roads have the potential to significantly degrade the network performance when a disaster occurs. Because of the high risk of delays or isolation, they may lead to secondary damage. Thus, it is necessary to manage the roads to maintain their performance. CONCLUSIONS : As a baseline study to establish measures for traffic prevention, this study considered the performance of a road network, selected high-influence road sections within the road network, and analyzed the quantitative resilience of the road network according to scenarios. The road users' passage-pattern changes were analyzed through simulation analysis using the User Equilibrium model. Based on the analysis results, the resilience in each scenario was examined and compared. Sections where a road's performance loss had a significant influence on the network were targeted. The study results were judged to become basic research data for establishing response plans to restore the original functions and performance of the destroyed and damage road networks, and for selecting maintenance priorities.

옴니채널에서 식품쇼핑의 사용자 경험 디자인 연구 (A Study on Food Shopping User Experience Design of Omni-channel)

  • 김지해;김승인
    • 디지털융복합연구
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    • 제14권7호
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    • pp.403-409
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    • 2016
  • 본 연구는 옴니채널 환경의 식품쇼핑 경험연구이다. 안전한 먹거리에 대한 관심은 IT의 발전에 따라 소비자의 다양한 요구에 합리적 방식으로 진화하며 이를 충족한 다양한 채널 증가로 이어졌다. 옴니채널은 소비자의 필요와 욕구를 채우는 것뿐 아니라 고객 행동 이해와 경험 가치를 부여한 실증적 사용자 유형 고찰이 필요했다. 온라인 설문 결과, (1)오프라인 식품쇼핑은 대 소형 마트, 1개월에 2~3회, 품질상태 고려, 신선식품을 직접 구매하기 위해 방문 (2)온라인 식품쇼핑은 온라인 커머스, 1개월에 2~3회, 가격/혜택을 고려, 과일/견과를 주로 구매로 나타났다. 이후 고관여자 8인의 심층면접에서 식품구매여정 4단계를 통해 식품쇼핑 경험을 파악하였다. '건강'과 '식단'을 식품쇼핑 핵심 가치로 한 퍼소나는 가족과 건강을 중요시하고 '절약'을 우선하는 프라이머리 퍼소나와 일과 개인을 중시하며 '자동수급'을 하는 원하는 세컨더리 퍼소나로 세분된 방안을 제시하였다. 본 연구를 통해 옴니채널 식품쇼핑 경험을 위해서는 건강하고 균형 잡힌 식생활의 맥락에서 기능과 서비스 방안을 모색하는 데 도움이 될 것으로 기대한다.