Kim, Su Cheol;Kim, Hye Soo;Park, So Yeon;Ryu, Jae-San;Cho, Soo Jeong
Journal of Mushroom
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v.12
no.3
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pp.226-231
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2014
In this study, SCAR marker that differentiates Pleurotus eryngii strains adaptable to high-temperature from control strain was developed. Genomic DNAs of 7 control strains of Pleurotus eryngii and 7 Pleurotus eryngii strains adaptable to high-temperature were analyzed by bulked segregant analysis (BSA) using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD). Onehundred twenty RAPD primers were screened on bulked DNA samples and a unique DNA fragment with the size of 385 bp was yielded by OP-A06 primer from the Pleurotus eryngii strains adaptable to high-temperature. A sequence characterized amplified region (SCAR) marker, designated as OP-A06-1-F and OP-A06-1-R, was designed on the basis of the determined sequence. The PCR analysis with the OP-A06-1 primer showed that this SCAR marker can clearly distinguish the Pleurotus eryngii strains adaptable to high-temperature from the control strains.
Hur, Gi Yeun;Lee, Jong Wook;Koh, Jang Hyu;Seo, Dong Kook;Choi, Jai Koo;Jang, Young Chul;Oh, Suk Joon
Archives of Plastic Surgery
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v.35
no.5
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pp.521-526
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2008
Purpose: Most burn scar contractures are curable with skin grafts, but free flaps may be needed in some cases. Due to the adjacent tissue scarring, local flap is rarely used, and thus we may consider free flap which gives us more options than local flap. However, inappropriate performance of free flap may lead to unsatisfactory results despite technical complexity and enormous amount of effort. The author will discuss the points we should consider when using free flaps in treating burn scar contractures Methods: We surveyed patients who underwent free flaps to correct burn scar contractures from 2000 to 2007. We divided patients into two groups. The first group was those in which free flaps were inevitable due to exposure of deep structures such as bones and tendons. The second group was those in which free flap was used to minimize scar contracture and to achieve aesthetic result. Results: We performed 44 free flap on 42 patients. All of the flaps were taken well except one case of partial necrosis and wound dehiscence. Forearm free flap was the most common with 21 cases. Most of the cases(28 cases) in which free flaps were inevitable were on the wrist and lower limbs. These were cases of soft tissue defect due to wide and extensive burns. Free flaps were done in 16 cases to minimize scar contracture and to obtain aesthetic outcome, recipient sites were mostly face and upper extremities. Conclusion: When using free flaps for correction of burn scar contractures, proper release and full resurfacing of the contracture should be carried out in advance. If inadequate free flap is performed, secondary correction is more challenging than in skin grafts. In order to optimize the result of reconstruction, flap thickness, size and scar of the recipient site should be considered, then we can achieve natural shape, and minimize additional correction.
Schisandra nigra Max., a dioecious plant native to Jeju Island in Korea, is cultivated on a small scale for fruit production. As fruit-producing female individuals are generally considered to be more valuable than male, early identification of plant sex at the seedling stage is important. In this study, a sequence-characterized amplified region (SCAR) marker associated with a female-specific region in the genome of S. nigra was investigated. Of 120 randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) primers, one primer (OPB-03) consistently amplified a 749 bp band in female plants. The female-specific PCR product was isolated and cloned, and the nucleotide sequences were then determined. Southern hybridization performed using the female-specific fragment as a probe produced positive signals only in genomic DNA from the female plants. This result revealed that the 749 bp segment of DNA was present in the genome of female plants but absent in the genome of male plants. A SCAR primer pair was designed based on the RAPD marker to amplify a 436 bp fragment in the genomic DNA of female plants. This primer pair amplified the expected size of DNA fragment in female plants and four monoecious individuals collected from a natural population. The SCAR marker identified in this study can be used to distinguish female-flowering individuals at the seedling stage.
Kim, Wook Jin;Yang, Sungyu;Noh, Pureum;Park, Inkyu;Choi, Goya;Song, Jun-Ho;Moon, Byeong Cheol
The Korea Journal of Herbology
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v.34
no.5
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pp.13-20
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2019
Objectives : To ensure the safety, quality and pharmacological efficacy of Batryticatus Bombyx, it is important to discriminate with adulterants. In Korean Herbal Pharmacopoeias (KHP), the authentic species of Batryticatus Bombyx is defined only Bombyx mori. Therefore, the aim of this study is establishment of PCR assay method using the sequence characterized amplified region (SCAR) marker based on COI DNA barcode for discriminating six species related to Batryticatus Bombyx. Methods : Seventeen samples of six species (Bombyx mori, Bombyx mandarina, Rhodinia fugax, Oberthueria caeca, Actias artemis, and Caligula japponica) were collected from different habitate and nucleotide sequences of cytochrome c oxidase subunit I(COI) barcode regions were analyzed by Sanger sequencing methods. To develop SCAR-based PCR assay method, we designed species-specific primers based on COI sequence variabilities and verified those specificities using 17 samples of six species as well as commercial herbal medicines. Results : In comparative multiple analysis of COI sequences, six species were distinguished by species-specific nucleotides at the species level. To develop rapid and reliable PCR assay method for genetic authentication of Batryticatus Bombyx, therefore, we designed species-specific SCAR primers based on these nucleotide sequences and confirmed those specificities. Using these SCAR primers, We also established simple conventional PCR assay method using these SCAR primers at the species level. Conclusions : The comparative analysis of COI sequences and SCAR-based PCR assay methods represented equal results for distinguishing authentic Batryticatus Bombyx and adulterations at the species level. Therefore, our results are expected protecting adulteration of herbal medicine Batryticatus Bombyx.
Choi, Jangyoun;Jung, Ee Room;Cho, Jin Tae;Seo, Bommie Florence;Choi, Jong Yun;Kwon, Ho;Jung, Sung-No
Journal of the Korean Burn Society
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v.22
no.2
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pp.30-33
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2019
Purpose: Wound healing and scar management of donor site after skin graft should not be overlooked. Patients continue to complain of dryness, itching sensation. Such discomfort can cause irritation to the patients and lead to delayed healing or secondary infection. Thus, the author predicted Eucalyptus Oil, which acts on Transient Receptor Potential Melastatin 8 would be effective in regulating scar by reducing itching sensation in donor site when combining conventional silicone materials. Methods: The study was performed on 30 patients who underwent split thickness skin graft with lateral thigh as donor site between January 2017 and August 2018. First, primary evaluation of fully epithelized donor site scar three weeks after surgery was conducted. Control group (n=15) applied silicone gel (Kelo-cote, USA) solely two times a day. study group (n=15) applied Eucalyptus oil, combined with silicone gel. After 3 months of follow up, donor scar was evaluated using Vancouver scar scale and VAS scores of subjective patient reports regarding pain and itching sensation. Results: It was confirmed that both groups showed stable scar improvement comparing scar quality for 3 months. After 3 months, scar quality in study group showed superiority in pigmentation, pliability and pruritus compared to control group. Conclusion: Application of Eucalyptus Oil combined with conventional silicone gel is favorable to scar management and may give additional benefit of alleviating pruritis symptoms.
A sequence characterized amplified region (SCAR) marker, which was tightly linked with the A1 mating type locus in Phytophthora infestans, was developed. During the random amplified polymorphic DNA-based phylogenic studies of 33 isolates of P infestans collected from year 2002 to 2004, we found an A1 mating type-specific DNA fragment. This 573-bp DNA fragment was generated only in the genomic DNA of the A1 mating types, when OPC-5 primer was used. Based on the specific DNA sequence, we designed the primer sets for generating the A1 mating type-specific 569-bp DNA fragment. When 33 genomic DNAs of P. infestans were subjected to PCR amplification using different primer combinations, the A1 mating type-specific DNA was amplified, when LB-1F and LB-2R primers were used. The specific 569-bp DNA fragment was generated only from all 18 A1 strains, but not from 15 A2 mating type strains. These results corresponded to the mating type discriminating bioassay of 33 isolates of P. infestans. Therefore, the primer combination of LB-1F/LB2R was chosen as a SCAR marker. Overall, this study indicates that the SCAR marker could be developed into a useful tool for mating type determination of P. infestans.
Lee, Young Mi;Moon, Byeong Cheol;Ji, Yunui;Seo, Hyeong Seok;Kim, Ho Kyoung
Korean Journal of Medicinal Crop Science
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v.21
no.3
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pp.165-173
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2013
The fruits of Schisandra chinensis have been used as an edible ingredient and traditional medicine in Korea. Due to morphological similarities of dried mature fruits, the correct identification of S. chinensis from other closely related Schisandrae species is very difficult. Therefore, molecular biological tools based on genetic analysis are required to identify authentic Schisandrae Fructus. Random amplifed polymorphic DNA (RAPD) and Sequence Characterized Amplified Region (SCAR) were used to develop an easy, reliable and reproducible method for the authentication of these four species. In this paper, we developed several RAPD-derived species specific SCAR markers and established a multiplex-PCR condition suitable to discriminate each species. These genetic markers will be useful to distinguish and authenticate Schisandrae Fructus and four medicinal plants, S. chinensis, S. sphenanthera, S. repanda and K. japonica, in species level.
Chung, Sung Jin;Park, Su Jeong;Choi, Young In;Kim, In-Kyung;Lee, Ka-Yeon;Kim, Hun-Joong;Lee, Geung-Joo
Korean Journal of Agricultural Science
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v.40
no.2
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pp.115-121
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2013
Polymorphic bands of two fine-leaf zoysiagrass mutants (CNU 70-1, CNU 70-2) induced via a gamma-ray irradiation on seeds of Zoysia japonica were obtained by using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) primers. The genotype-specific fragments were then converted into PCR-based sequence characterized amplified region (SCAR) markers, which are now amenable to detecting them among other zoysiagrass species widely noticeable in Korea. The CNU 70-1-specific primer set amplified about 900 bp successfully, while the CNU 70-6 marker produced the expected 1,500 bp band, by which those markers were nominated by CNU 70-1_900 and CNU 70-6_1500 SCARs, respectively. The developed SCAR markers can be an applicable tool in sod industry where illegal appropriation hampers breeder's right and profits due to the turfgrass plant vegetatively propagating.
Park, Pue Hee;Chae, Young;Kim, Hyun-Ran;Chung, Kyeong-Ho;Oh, Dae-Geun;Kim, Ki-Taek
Korean Journal of Breeding Science
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v.42
no.2
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pp.139-143
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2010
Late blight caused by Phytophthora infestans is historically a serious epidemic disease in potato and tomato cultivations. Accession L3708 (Solanum pimpinellifolium), a new source for late blight resistance was identified in AVRDC, and carries the resistance gene, Ph-3, incompatible to P. infestans race 3. The AFLP markers linked to Ph-3 were previously developed from the L3708 accession (Chunwongse et al. 2002). To facilitate tomato breeding with the Ph-3 gene, an attempt was made to convert AFLP markers to sequence-characterized amplified region (SCAR) markers. Among 6 AFLP markers, only one AFLP marker, L87, was successfully converted to SCAR marker. The resistance-specific 230 bp AFLP fragment was cloned and sequenced, and the PCR primer amplifying a 123 bp fragment was designed. This SCAR marker could discriminate resistant and susceptible individuals with high stringency. The developed SCAR marker could be used for the marker assisted-selection in tomato breeding programs.
The treatment of keloid and hypertrophic scars (HTSs) remains one of the most difficult challenges, with a high recurrence rate regardless of the method of treatment. The latest trend in scar management is a combined approach using multiple modalities that are individualized to the patient and that would provide successful results for keloid and HTSs. There are previous reports that stromal vascular fraction (SVF) is effective for scar remodeling. Based on these reports, we introduced the concept of a combination treatment using SVF injection and fractional ablative CO2 laser. In this report, we present a 21-year-old woman who was involved in a car accident. A defect on her foot was covered with a skin graft, but the scars became elevated, which turned out to be HTSs. She was treated with a fractional ablative CO2 laser for five sessions. A month later, SVF injection and fractional ablative CO2 laser were conducted simultaneously. The result of a year's follow-up showed a flattened scar with resolution of pigment deposition. In conclusion, the combination treatment for HTSs with SVF injection and ablative fractional CO2 laser is one of the modalities to achieve an excellent outcome for treating HTS.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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