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Development of System-Wide Functional Analysis Platform for Pathogenicity Genes in Magnaporthe oryzae

  • Park, Sook-Young;Choi, Jaehyuk;Choi, Jaeyoung;Kim, Seongbeom;Jeon, Jongbum;Kwon, Seomun;Lee, Dayoung;Huh, Aram;Shin, Miho;Jung, Kyungyoung;Jeon, Junhyun;Kang, Chang Hyun;Kang, Seogchan;Lee, Yong-Hwan
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2014년도 추계학술대회 및 정기총회
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    • pp.9-9
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    • 2014
  • Null mutants generated by targeted gene replacement are frequently used to reveal function of the genes in fungi. However, targeted gene deletions may be difficult to obtain or it may not be applicable, such as in the case of redundant or lethal genes. Constitutive expression system could be an alternative to avoid these difficulties and to provide new platform in fungal functional genomics research. Here we developed a novel platform for functional analysis genes in Magnaporthe oryzae by constitutive expression under a strong promoter. Employing a binary vector (pGOF1), carrying $EF1{\beta}$ promoter, we generated a total of 4,432 transformants by Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation. We have analyzed a subset of 54 transformants that have the vector inserted in the promoter region of individual genes, at distances ranging from 44 to 1,479 bp. These transformants showed increased transcript levels of the genes that are found immediately adjacent to the vector, compared to those of wild type. Ten transformants showed higher levels of expression relative to the wild type not only in mycelial stage but also during infection-related development. Two transformants that T-DNA was inserted in the promotor regions of putative lethal genes, MoRPT4 and MoDBP5, showed decreased conidiation and pathogenicity, respectively. We also characterized two transformants that T-DNA was inserted in functionally redundant genes encoding alpha-glucosidase and alpha-mannosidase. These transformants also showed decreased mycelial growth and pathogenicity, implying successful application of this platform in functional analysis of the genes. Our data also demonstrated that comparative phenotypic analysis under over-expression and suppression of gene expression could prove a highly efficient system for functional analysis of the genes. Our over-expressed transformants library would be a valuable resource for functional characterization of the redundant or lethal genes in M. oryzae and this system may be applicable in other fungi.

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멸구과 8종의 ITS2 DNA 염기서열 비교 분석과 고리매개등온증폭법(LAMP)을 이용한 벼멸구 특이 진단법 (ITS2 DNA Sequence Analysis for Eight Species of Delphacid Planthoppers and a Loop-mediated Isothermal Amplification Method for the Brown Planthopper-specific Detection)

  • 서보윤;박창규;고영호;정진교;조점래;강찬영
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제56권4호
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    • pp.377-385
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    • 2017
  • 멸구과(Delphacidae) 8종의 internal transcribed spacer 2 (ITS2) DNA 염기서열로 종간 차이 추정값을 비교하고 분자계통수를 추론하였다. ITS2 DNA 염기서열 길이는 종(species)마다 550 bp (흰등멸구)에서 699 bp (겨풀멸구)까지 차이를 보였다. 같은 Nilaparvata 속의 겨풀멸구와 벼멸구붙이 사이의 염기서열 차이 추정값($d{\pm}S.E.$)은 $0.001{\pm}0.001$로 가장 낮았으며, 사슴멸구와 일본멸구 사이는 $0.579{\pm}0.021$로 가장 높았다. 벼멸구와 다른 멸구류들과의 종간 염기서열 차이 추정값은 $0.056{\pm}0.008$ (겨풀멸구)에서부터 $0.548{\pm}0.021$ (일본멸구)로 구분되었다. 반면, Neighbor-joining 방법으로 추론된 분자계통수에서는 겨풀멸구와 벼멸구붙이를 제외하고 나머지 멸구류들은 독립된 다른 그룹으로 분지되었다. 벼멸구의 ITS2 염기서열을 참고하여 벼멸구 특이 고리매개등온증폭(loop-mediated isothermal amplification, LAMP) 프라이머 4 세트(BPH-38, BPH-38-1, BPH-207 및 BPH-92)를 제작하였다. 이들 각각을 벼멸구, 흰등멸구 및 애멸구의 게놈 DNA와 $65^{\circ}C$에서 60분간 반응시켰을 때, 벼멸구 시료에서만 증폭 산물들이 관찰되었다. BPH-92 LAMP 프라이머 세트로 $65^{\circ}C$에서 벼멸구 DNA의 양(0.1 ng, 1 ng, 10 ng, 100 ng)과 반응시간(20분, 30분, 40분, 60분)을 달리하여 형광반응을 관찰하였을 때, 20분과 30분 반응에서는 100 ng 까지에서도 발광여부 구별이 어려웠다. 그러나 40분 반응에서는 10 ng 이상에서, 60분 반응에서는 0.1 ng 이상에서 발광여부가 명확히 구별되었다.

포항시 비오톱의 유형 구분, 속성 분석 및 복원 방안 (Classification, Analysis on Attributes and Sustainable Management Plan of Biotop Established in Pohang City)

  • 정성희;김동욱;임봉순;김아름;설재원;이창석
    • 생태와환경
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    • 제52권3호
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    • pp.245-265
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    • 2019
  • 생물의 특징적인 서식공간을 나타내는 비오톱은 도시생태계의 효율적 조성 및 지속가능한 관리를 위해 필수적으로 파악되어야 한다. 본 연구는 우리나라의 대표적 공업도시인 포항시 전역에 성립한 비오톱 유형과 그 속성을 분석하여 이 도시를 생태적으로 관리하기 위한 기초자료를 제공하고자 수행하였다. 포항시에 성립한 비오톱 유형은 삼림(침엽수림, 활엽수림 및 침 활 혼합림), 경작지(논과 밭), 시설녹지 (조경수목식재지), 하천, 저수지, 나지, 주거지역, 공공시설, 상업지역, 공업지역, 도로 및 학교의 12개 유형으로 구분되었다. 비오톱 유형에 따른 속성을 분석한 결과, 도시지역을 대표하는 공업지역, 주거지역 및 상업지역에는 제한된 공간에 주로 도입된 식생이 존재하였다. 더구나 그 식생은 지역과 지소의 특성을 반영하는 자생종 보다는 조경 및 원예용으로 개발된 식물들 중심으로 이루어져 있다. 생산녹지는 도심으로부터 거리에 따라 먼 곳에는 전형적인 농경지의 형태를 나타내었지만, 인접한 곳에서는 시설농업의 형태를 나타내었다. 자연녹지는 하천을 따라 성립한 수변식생과 산림식생으로 구분되었다. 그 중 산림식생은 이차림(7개 군락)과 조림지(3개 군락)로 이루어졌다. 포항시의 도시생태계는 공업지역이 차지하는 면적이 넓고, 그 중 열오염과 이산화탄소 발생량이 높은 철강산업이 주를 이루고 있다. 반면에 녹지는 양과 질 양면에서 모두 매우 부족하다. 본 연구에서는 이러한 문제를 종합적으로 검토한 후 이 지역의 생태적 질을 높이기 위한 방안으로 녹지의 양과 질을 개선할 수 있는 식생 복원방안 및 기존 녹지와 복원 예정 녹지를 묶어내는 녹지축 네트워크화 방안을 제시하였다.

경기도 향토민요 관련 무형문화재의 전승현황과 과제 (Current status and tasks of the transmission of Gyeonggi Province intangible cultural assets (folk songs))

  • 장희선
    • 공연문화연구
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    • 제35호
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    • pp.405-439
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    • 2017
  • 본 논의는 경기도 지역 향토민요 무형문화재의 지정 및 지정 후 재현, 전승 현황을 고찰하고, 전승의 과제와 개선방안을 제시한 글이다. 1998년 지정 후 2016년까지, 경기도 향토민요 관련 무형문화재로 최대 13종 지정이후 9종으로 감소하여, 문화재 관리, 운영의 문제가 예상된다. 우선 북서부 지역 위주의 분포와 농요, 의례요 등 유사한 민요의 지정현황은 발굴 복원과정에서 일정부분 상호 전이되거나 정형화 경향과, 일부의 원형 훼손 가능성, 지정 전승 과정상의 한계 등을 의미한다. 그리고, 문화재 종목의 '(세시)놀이'와 '민속음악'의 유형분류와 민요구성의 관계가 모호하여, 재검토가 요구된다. 민요와 놀이 의례의 연계성 등은 원형에 대한 인식과 관련된다. 지정문화재의 명칭과 종목 번호도 올바른 문화재 지정 여부에 대한 지표가 될 수 있다. 보존회의 전수교육은 정기적인 회원 강습과 일반인 대상교육으로 구분가능하고, 원형전승과 현대적 계승의 이원화된 공연양상을 띤다. 의례(일) 과정과 연계된 다양한 유형의 소리 발굴 및 지나친 양식화에 따른 원형훼손에 유의할 필요가 있다. 전승의 과제와 개선방안으로, 첫째, 문화유산의 가치와 보존에 대한 인식 재고, 둘째, 문화재 지정과 해제 과정의 지표화, 셋째, 문화재의 기록화와 기록물 보존의 체계화, 넷째, 지역사회와의 연계, 다섯째, 전문인력 구성과 지원관리의 체계적 정립 등을 주요 논점으로써, 제안하였다.

한국전통발효식품에서 분리한 Probiotics의 특징 및 Synbiotics 항균활성 효과 (Characteristics of Probiotics Isolated from Korean Traditional Foods and Antibacterial Activity of Synbiotics)

  • 문채윤;허문수
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제49권4호
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    • pp.552-558
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    • 2021
  • 세계 각국의 민족은 자신의 국토의 삶과 기후 풍토, 지역 특산 산물과 식습관 및 식생활 등에 따라 색다른 전통식품이 만들어 진다. 한국은 오랫동안 농경을 중심으로 먹거리를 해오며 쌀과 함께 곁들일 채소류를 중심으로 조미료가 발달되었고, 염절임 기법을 통해 발효식품을 만들었다. 이러한 발효식품에서 주로 찾아볼 수 있는 종은 Lactobacillus sp.과 Pediococcus sp. 및 Bacillus sp. 등과 같은 유산균을 분리할 수 있었고 다양한 방법으로 동정 되어왔다. 본 연구에서는 시장에서 시판되고 있는 한국전통발효식품을 통해 유산균을 분리 및 동정하였고, 유해세균에 대한 항균능력이 우수한 균주를 선별하였다. 그리고 우수 후보 균주의 인공위액 및 담즙액에 대한 내성과 용혈능 등을 검토하여 최종 균주를 선별하였다. 최종 선별된 유산균은 3종의 prebiotics와 혼합한 synbiotics로서의 항균활성 능력을 평가하였다. 1차 항균 활성에서 C13은 인체 및 어류질병세균에서 가장 넓은 항균 스펙트럼을 보였고, β-haemolysis를 생산하지 않고 인공위액과 담즙액의 내성을 지닌 M1, K1 및 C13을 synbiotics의 2차 항균 활성을 수행하였다. Prebiotics 3종(FOS, GOS, Inulin)과 선별된 균주가 혼합된 synbiotics에서는 이전 보다 항균 활성이 증진 또는 저해됨을 알 수 있었다. 16 rDNA 염기서열 결과, K1과 M1은 Bacillus tequiensis 99.72%, Bacillus subtilis 99.65%, Bacillus inaquosorum 99.72%, Bacillus cabrialesii 99.72%, Bacillus stercoris 99.58%, Bacillus spizizenii 99.58%, Bacillus halotolerans 99.58%, Bacillus mojavensis 99.51%로 분석되었다. 그리고 C13은 Bacillus velezensis 99.71%, Bacillus nematocida 99.36%, Bacillus amyloliquefaciens 99.44%, Bacillus atrophaeus 99.22%, Bacillus nakamurai 99.44%로 분석되었다.

세대단축시스템을 이용한 국내 밀 품종의 등숙기 강우에 의한 품질변이 평가 (Influence of Artificial Rainfall on Wheat Grain Quality During Ripening by Using the Speed-breeding System)

  • 박현진;차진경;이소명;권영호;최지수;오기원;이종희
    • 한국작물학회지
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    • 제68권3호
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    • pp.188-196
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    • 2023
  • 밀 등숙기 강우의 영향을 분석하기 위해 백립계인 조경과 적립계인 황금알을 이용하여 출수기 이후 시기별 인공강우처리에 의한 품질을 분석하였다. 그 결과, 종자 단면은 출수기 이후 35일부터 분상질화되기 시작하였고, 출수기 이후 40일부터 ΔL값과 ΔE*ab 값이 증가하기 시작하였다. 출수기 이후 55일에 조경은 종자 단면 전체가 분상질화 되었지만, 황금알은 초자질 비율이 높게 유지되어 품질변이에 강할 것으로 예상되었다. 주사전자현미경을 이용한 종자 내 전분입자 촬영 결과, 조경은 출수기 이후 40일부터, 황금알은 50일부터 A-, B-granule이 분해되는 것을 관찰할 수 있었다. 종자 품질분석 결과, 단백질 함량은 처리시기별 경향성을 나타내지 않았으나, 회분은 출수기 이후 45일 처리부터 유의하게 증가하였고 침전가는 출수기 이후 35일부터 감소하였다. 따라서 밀 등숙 전반기에는 강우의 영향을 적게 받지만, 출수기 이후 40~45일부터는 강우에 의한 품질변이에 취약할 것으로 예상된다. 또한 적립계 밀 품종은 백립계에 비하여 수발아에 강한 것으로 알려져 있으며, 본 연구에서도 황금알이 조경에 비해 등숙 후반기 강우에도 품질이 높게 유지되는 것으로 나타났다. 따라서 밀 종피색와 품질변이 간 관계에 대한 추가적인 검토가 필요할 것으로 판단된다.

해외농업투자에 따른 유통체계 개선방안에 관한 연구 (A study on the improvement of distribution system by overseas agricultural investment)

  • 선일석;이동옥
    • 유통과학연구
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    • 제8권3호
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    • pp.17-26
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    • 2010
  • 세계경제 및 환경의 변화에 따라 농산물의 불안정적인 수급으로 인한 문제점이 노출되고 있으며, 우리나라의 경우 농산물의 안정적인 확보를 위하여 국가 전략적 차원에서의 해외농업투자의 필요성이 요구되고 있다. 하지만 정부차원의 지원 미진, 해외 농업에 대한 정보 및 기술 미비, 개발자금 확보의 어려움, 장기간의 투자금 회수기간, 사후관리 미흡 등의 이유로 성과를 이루지 못하고 있는 실정이며, 특히 해외 농산물의 국내 반입 시 관세의 장벽, 물류 유통비용 등으로 가격 경쟁력이 떨어지고 있어 국내에 반입되지 못하고 있는 실정이다. 이에 본 연구에서는 우리나라의 해외농업투자의 기본개념 및 실태를 살펴보고 해외농업투자의 필요성과 고려사항, 문제점 등을 도출하여 해외에서 재배된 농산물의 경쟁력을 위한 유통 측면에서의 개선방안을 정부의 간접적인 지원, 유통 현대화 및 유통정보기능 강화, 유통시설, 수송루트, 하역업무개선, 경쟁력 확보를 위한 정부의 정책적 지원, 교육 훈련을 통한 전문인력 양성 등 다섯 가지 측면에서 제시하였다.

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한국의 지역개발과 댐건설 (Regional Development And Dam Construction in Korea)

  • 안경모
    • 물과 미래
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    • 제9권1호
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    • pp.38-42
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    • 1976
  • Because of differences in thoughts and ideology, our country, Korea has been deprived of national unity for some thirty years of time and tide. To achieve peaceful unification, the cultivation of national strength is of paramount importance. This national strength is also essential if Korea is to take rightful place in the international societies and to have the confidence of these societies. However, national strength can never be achieved in a short time. The fundamental elements in economic development that are directly conducive to the cultivation of national strength can be said to lie in -a stable political system, -exertion of powerful leadership, -cultivation of a spirit of diligence, self-help and cooperation, -modernization of human brain power, and -establishment of a scientific and well planned economic policy and strong enforcement of this policy. Our country, Korea, has attained brilliant economic development in the past 15 years under the strong leadership of president Park Chung Hee. However, there are still many problems to be solved. A few of them are: -housing and home problems, -increasing demand for employment, -increasing demand for staple food and -the need to improve international balance of payment. Solution of the above mentioned problems requires step by step scientific development of each sector and region of our contry. As a spearhead project in regional development, the Saemaul Campaign or new village movement can be cited. The campaign is now spreading throughout the country like a grass fire. However, such campaigns need considerable encouragement and support and the means for the desired development must be provided if the regional and sectoral development program is to sucdceed. The construction of large multipurpose dams in major river basin plays significant role in all aspects of national, regional and sectoral development. It ensures that the water resource, for which there is no substitute, is retained and utilized for irrigation of agricultural areas, production of power for industry, provision of water for domestic and industrial uses and control of river water. Water is the very essence of life and we must conserve and utilize what we have for the betterment of our peoples and their heir. The regional and social impact of construction of a large dam is enormous. It is intended to, and does, dras tically improve the "without-project" socio-economic conditions. A good example of this is the Soyanggang multipurpose dam. This project will significantly contribute to our national strength by utilizing the stored water for the benefit of human life and relief of flood and drought damages. Annual average precipitation in Korea is 1160mm, a comparatively abundant amount. The catchment areas of the Han River, Keum River, and Youngsan River are $62,755\textrm{km}^2$, accounting for 64% of the national total. Approximately 62% of the national population inhabits in this area, and 67% of the national gross product comes from the area. The annual population growth rate of the country is currently estimated at 1.7%, and every year the population growth in urban area increases at a rising rate. The population of Seoul, Pusan, and Taegu, the three major cities in Korea, is equal to one third of our national total. According to the census conducted on October 1, 1975, the population in the urban areas has increased by 384,000, whereas that in rural areas has decreased by 59,000,000 in the past five years. The composition of population between urban and rural areas varied from 41%~59% in 1959 to 48%~52% in 1975. To mitigate this treand towards concentration of population in urban areas, employment opportunities must be provided in regional and rural areas. However, heavy and chemical industries, which mitigate production and employment problems at the same time, must have abundant water and energy. Also increase in staple food production cannot be attained without water. At this point in time, when water demand is rapidly growing, it is essential for the country to provide as much a reservoir capacity as possible to capture the monsoon rainfall, which concentarated in the rainy seaon from June to Septesmber, and conserve the water for year round use. The floods, which at one time we called "the devil" have now become a source of immense benefit to Korea. Let me explain the topographic condition in Korea. In northern and eastern areas we have high mountains and rugged country. Our rivers originate in these mountains and flow in a general southerly or westerly direction throught ancient plains. These plains were formed by progressive deposition of sediments from the mountains and provide our country with large areas of fertile land, emminently suited to settlement and irrigated agricultural development. It is, therefore, quite natural that these areas should become the polar point for our regional development program. Hower, we are fortunate in that we have an additional area or areas, which can be used for agricultural production and settlement of our peoples, particularly those peoples who may be displaced by the formation of our reservoirs. I am speaking of the tidelands along the western and southern coasts. The other day the Ministry of Agriculture and Fishery informed the public of a tideland reclamation of which 400,000 hectares will be used for growing rice as part of our national food self-sufficiency programme. Now, again, we arrive at the need for water, as without it we cannot realize this ambitious programme. And again we need those dams to provide it. As I mentioned before, dams not only provide us with essential water for agriculture, domestic and industrial use, but provide us with electrical energy, as it is generally extremely economical to use the water being release for the former purposes to drive turbines and generators. At the present time we have 13 hydro-electric power plants with an installed capacity of 711,000 kilowatts equal to 16% of our national total. There are about 110 potential dams ites in the country, which could yield about 2,300,000 kilowatts of hydro-electric power. There are about 54 sites suitable for pumped storage which could produce a further 38,600,000 kilowatts of power. All available if we carefully develop our water resources. To summarize, water resource development is essential to the regional development program and the welfare of our people, it must proceed hand-in-hand with other aspects of regional development such as land impovement, high way extension, development of our forests, erosion control, and develop ment of heavy and chemical industries. Through the successful implementation of such an integrated regional development program, we can look forward to a period of national strength, and due recognition of our country by the worlds societies.

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