• 한국임상수의학회지
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• 제31권3호
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• pp.194-198
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• 2014

Methicillin 내성 포도상구균은 전세계적으로 사람과 동물에서 중요한 병인체로 주목 받고 있다. 본 연구는 국내 말과 말을 취급하는 사람에서의 methicillin 내성 포도상구균 발생현황을 조사하고자 실시하였다. 국내 경주마 목장에 소재하는 총 195두의 말과 18명의 말을 취급하는 사람(8명의 수의사, 7명의 말 관리사, 3명의 동물병원 직원)을 대상으로 하였다. 면봉을 이용하여 한쪽 비강에서 시료를 채취하여 세균수송배지에 보관 후 5% 양 혈액배지에서 $37^{\circ}C$ 3일간 배양하여 포도상구균 존재여부를 확인하였다. 포도상구균은 16S rRNA 유전자 분석을 실시하여 동정하였으며, 동정된 포도상구균은 coagulase 검사를 실시하였다. Methicillin 저항성을 확인하기 위하여 oxacillin 디스크 검사와 함께 mecA 유전자 존재를 PCR을 통하여 확인하였다. 검사를 실시하였던 말 195두 중 64두가 포도상구균으로 동정되었으며, 이중 29두(44.6%)가 methicillin 내성 포도상구균으로 확인되었다. 말을 취급하는 18명 중 14명의 시료에서 포도상구균이 동정되었으며, 이중 12명(85.7%)의 시료에서 methicillin에 내성을 가지고 있는 포도상구균으로 확인되었다. 말과 사람에서 동정된 모든 methicillin 내성 포도상구균은 coagulase 음성으로 확인되었다. 또한 항생제의 사용기간이 긴 개체에서 사용기간이 짧았던 개체군보다 methicillin 내성 포도상구균이 높은 것으로 나타났다(p = 0.002). 본 연구결과는 사람과 말 사이에서 인수공통전파가 일어날 수 있음을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제12권6호
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• pp.821-834
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• 2002

알렉산드륨 적조생물의 리보소옴 알엔에이 유전자의 ITS1, 2 및 5.8S부위를 대상으로 종간 혹은 종내의 유전적 다양도를 조사하기 위하여 지리적으로 격리된 33 스트레인 유전자의 염기서열를 비교했다. 진해만에서 분리된 AT-2, AT-6, AT-10, AT-A, AT-B 5클론은 일본종 OFX151-A과 동일한 유전자임을 발견했다. ITS부위에서 가장 짧은 종은 A. margalefi로 481 bp이며 가장 긴 종은 A. affine으로 528 bp로 나타났다. ITS1과 ITS2 염기서열에 대한 상호관계는 역으로 나타낸 반면에, G＋C 함량에 대한 상호관계는 플러스로 나타났다. 유전적 변이율은 0.3% (1 bp)에서 53% (305 bp)였다. A. tamarense과 가장 적게 유전적 변이율을 보인 종은 A. fundyense(1.2-2.3% ＝ 6-12 bp)인 반면에, A. catenella와는 큰 변이율 (19.8% ＝ 102 bp)을 보였고, A. catenella와 A. fundyense은 19.7% 상이하였다. 알렉산드륨 적조생물의 bootstrap은 약하게 지지되는 데도 불구하고, A. catenella 분리종은 독립적인 그룹으로 형성하여 상호간에는 강력한 bootstrap 값은 PAUP과 NJ 분석에서 보였다. A. cohorticula와 A. frateculus 적조생물은 항상 sub-group 내에서 높은 bootstrap을 가졌다. 결론적으로 ITS부위의 염기서열 분석은 알렉산드륨 적조생물의 집단내 혹은 집단간의 계통분류을 밝히는데 유용한 것으로 보였다.

• 한국임상수의학회지
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• 제25권3호
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• pp.207-210
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• 2008

Trichophyton erinacei is a dermatophyte pathogen that infects both humans and hedgehogs. A two-month old female four-toed hedgehog presented to the Chonbuk Animal Medical Center with pruritus, excoriation and crust on her face for ten days. The owner of the hedgehog also exhibited the clinical signs of scaly erythema with fine vesicles on her neck. A presumptive diagnosis of dermatophytosis was made based on the results of an acetate tape preparation in which hyphae and chains of arthroconidia were observed. The crusts from the lesions were then cultured on Sabouraud Dextrose Agar for identification. After 10 days of incubation, downy colored colonies that had a central umbo with a white granular surface and a yellow pigment ring in the reverse were observed. Microscopic analysis revealed the presence of numerous teardrop shaped microconidia singly attached to the sides of the hyphae. In addition, 2-6 roomed macroconidia that were somewhat irregular in shape and size were present, and abundant intermediate sized spores were observed between the micro and macro conidia. To confirm that the culture was T. erinacei, the internal transcribed spacer region of the 5.8S phase of the ribosomal RNA gene (ITS1-5.8S-ITS2 rDNA) was amplified by PCR and then sequenced. A 679-base pair fragment of DNA was then compared with sequences in GenBank and found to be 99% homologous with sequences of T. erinacei (Z97997 and Z97996. The clinical signs were resolved after four weeks of treatment with oral and topical ketoconazole and chlorhexidine. To the best of our knowledge, this represents the first case of T. erinacei isolated from a four-toed hedgehog in Korea.

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.19-25
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• 2006

치아우식중의 원인균 중 하나인 Streptococcus mutans를 종 수준에서 동정할 수 있는 중합효소연쇄반응 프라이머를 개발하기 위하여 본 연구를 시행하였다. 표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$및 본 연구에서 이용된 S. mutans 균주들의 16S rRNA 유전자 핵산염기서열을 바탕으로 S. mutans 종-특이 중합효소연쇄반응 프라이머(ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2)를 설계 및 제작하였다. 프라이머의 특이도는 S. mutans 11균주와 구강 내 존재하는 12세 균 종(22균주)을 대상으로 실시하였다. 프라이머의 민감도는표준균주인 S. mutans ATCC $25175^T$의 유전체 DNA를 추출하여 실시하였다. 프라이머의 특이도 실험결과 10균주의 S. mutans 유전체 DNA에서만 종-특이 중합효소 연쇄반응 산물이 증폭되었고, 다른세균종의 유전체 DNA에서는 증폭되지 않았다. 또한 감수성 실험 결과 본 연구에서 사용된 프라이머는 direct PCR에 의해 S. mutans ATCC $25175T\^T$ 유전체 DNA 100 pg까지 검출 할 수 있었다. 또한 27F와 1492R 프라이머로 16S rDNA를 먼저 증폭한 다음, 이 증폭물 10배 회식한 것을 표적으로 해서 nested PCR을 시행한 결과 S. mutans ATCC $25175^T$ 유전체 DNA를 2 fg까지 검출할 수 있었다. 이상의 결과를 종합할 때, ChDC-SmF2와 ChDC-SmR2 프라이머들은 S. mutans 균주 유전체 DNA에 대한 높은 민감도를 가지고 있으며, 종-특이적으로 동정 및 검출하는 데 이용될 수 있을 것으로 생각된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권18호
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• pp.8281-8285
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• 2016

Background: Helicobacter pylori is a cause of chronic gastritis, peptic ulcer disease, and gastric malignancy, infection being a serious health problem in Thailand. Recently, clarithromycin resistant H. pylori strains represent the main cause of treatment failure. Therefore this study aimed to determine the prevalence and pattern of H. pylori resistance to clarithromycin in Suranaree University of Technology Hospital, Suranree University of Technology, Nakhon Ratchasima, Northeastern Thailand, Nakhon Ratchasima province, northeast of Thailand. Materials and Methods: This hospital-based cross-sectional study was carried out between June 2014 and February 2015 with 300 infected patients interviewed and from whom gastric mucosa specimens were collected and proven positive by histology. The gastric mucosa specimens were tested for H. pylori and clarithromycin resistance by 23S ribosomal RNA point mutations analysis using real-time polymerase chain reactions. Correlation of eradication rates with patterns of mutation were analyzed by chi-square test. Results: Of 300 infected patients, the majority were aged between 47-61 years (31.6%), female (52.3%), with monthly income between 10,000-15,000 Baht (57%), and had a history of alcohol drinking (59.3%). Patient symptoms were abdominal pain (48.6%), followed by iron deficiency anemia (35.3%). Papaya salad consumption (40.3%) was a possible risk factor for H. pylori infection. The prevalence of H. pylori strains resistant to clarithromycin was 76.2%. Among clarithromycin-resistant strains tested, all were due to the A2144G point mutation in the 23S rRNA gene. Among mutations group, wild type genotype, mutant strain mixed wild type and mutant genotype were 23.8%, 35.7% and 40.5% respectively. With the clarithromycin-based triple therapy regimen, the efficacy decreased by 70% for H. pylori eradication (P<0.01). Conclusions: Recent results indicate a high rate of H. pylori resistance to clarithromycin. Mixed of wild type and mutant genotype is the most common mutant genotype in Nakhon Ratchasima province, therefore the use of clarithromycin-based triple therapy an not advisable as an empiric first-line regimen for H. pylori eradication in northeast region of Thailand.

• 한국어류학회지
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• 제18권2호
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• pp.65-77
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• 2006

우리나라 주요 담수 어종인 미꾸라지(Misgurnus mizolepis)를 실험 모델로 이용하여 실험적으로 설정한 고온 노출($32^{\circ}C$)에 특이적으로 반응하는 유전자들을 cDNA microarray 분석을 통해 탐색하였다. 미꾸라지 간조직 expressed sequence tag (EST) 데이터베이스 분석을 통해 1,124개의 unigene들을 선발하여 제작한 cDNA microarray을 이용하여 $23^{\circ}C$ 및 $32^{\circ}C$에 4주간 노출된 실험어의 간(liver)조직의 전사 발현 양상을 3반복 분석하였다. 다양한 유전자군이 $32^{\circ}C$ 고온 노출에 전사 발현의 증감 또는 감소 양상을 보였으며 $23^{\circ}C$에 비해 $32^{\circ}C$군에서 2배 이상의 발현 증가를 보인 클론들은 총 93종류로서 에너지 대사, 단백질 대사, 면역/항산화 기능, 세포골격 및 구조, 물질수송 및 세포 신호전달등에 관여하는 단백질들을 암호화하는 유전자들이었고 최대 15배 이상의 전사발현이 관찰되었다. 반면 고온 노출군에서 유의적인 발현 감소(50% 이하)를 보인 유전자들(n=85) 역시 탐색되어 상기 단백질 분류군외에 vitellogenin 전구체들 및 리보좀 단백질류에서 특이적인 전사활성의 저하가 관찰되었고, vitellogenin 유전자에서 가장 많은 mRNA 수준의 감소가 관찰되었다.

• 한국균학회지
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• 제26권4호통권87호
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• pp.466-477
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• 1998

진흙버섯류 22개 균주를 균총의 형태와 PCR 기법을 사용하여 종간의 구분 방법을 찾고자 하였다. PDA등 4가지 배지에서 균사생장 및 배지의 변색여부 등을 기준으로 특성을 구분할 때 목질진흙버섯의 균총 색깔은 진한 황색으로 균사생장이 늦고 배지를 푸르게 변색시켰다. rDNA 분석 결과 $ITSI{\sim}II$ 부위는 목질진흙버섯이 약 800 bp, 말똥진흙버섯은 약 700 bp였고, IGRI 부위는 목질진흙버섯은 약 700 bp, 말똥진흙버섯은 균주에 따라 약 500, 600, 700, 800 bp에서 4가지 각기 다른 밴드를 보였다. $ITSI{\sim}II$와 IGRI부위의 증폭된 DNA를 6개의 제한효소로 절단하여 다형성을 비교해 본 결과 $ITSI{\sim}II$의 HaeIII 절단으로 목질진흙버섯과 말똥진흙버섯을 구분할 수 있었으며 이들 밴드를 이용하여 유연관계를 조사한 결과 목질진흙버섯은 95%의 유사도를 보였으며, 말똥진흙버섯은 89%의 유사도로 complex를 형성하였다. 목질 진흙버섯은 RAPD 분석과 AP-PCR에 의한 밴드양상으로도 확실한 구분이 가능하였으며, $ITSI{\sim}II$ 부위의 HaeIII 제한효소 처리로 나타난 벤드는 이종의 특이적인 marker로 사용할 수 있을 것으로 본다.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.72-79
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• 2001

폐수 처리장의 방류수에 페놀을 첨가한 후 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 방법을 이용하여 세균군집의 구조와 변화를 조사하였다. 시료로부터 얻은 16S rRNA gene은 eubacterial primer로 증폭하였으며, 한 primer는 5'말단에 biotin을 부착하였다. 증폭된 product는 HaeIII와 AluI으로 각각 절단하였고, 절단된 단편 중에서 terminal restriction fragment (T-RF)를 streptavidin paramagnetic particle을 이용하여 분리하였다. 분리된 T-RF는 전기영동과 silver staining을 통하여 확인하였다. 본 실험의 유용성을 검증하기 위하여 표준 균주 10 균주를 대상으로 실험하였고, 균주마다 특징적인 T-RF를 가지는 것과 그 크기가 Ribosomal database project (RDP) 자료로부터 계산된 결과와 일치하는 것을 확인할 수 있었다. 한편, 대조군으로 사용된 페놀을 첨가하지 않은 방류수 시료에서는 Acinetobacter, Bacillus, Pseudomonas 속 등이 우점종을 차지하고 있었고, 페놀 (최종농도 250mg.$l^{-1}$)을 첨가한 방류수 시료에서는 Acinetobacter, Comamonas, Cytophaga, Pseudomonas 속 등이 우점종을 차지함을 알 수 있었다. Gel에서 분리한 Acinetobacter와 Cytophaga에 해당되는 T-RF는 재증폭 및 염기 서열 분석이 가능하였는데, database의 염기서열과 비교한 결과 Acinetobacter junii와 유연관계가 가깝다는 것을 확인하였다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제38권3호
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• pp.255-262
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• 2010

본 연구팀은 태백산 지역에서 토양 시료들을 채취하여 다양한 균주들을 분리 탐색하는 과정에서 BCNU 2001 균주를 분리하였다. 분리균주의 생화학적 특징과 16S 리보좀 RNA 유전자 염기서열 분석 결과, 분리균주가 Pseudomonas aeruginosa에 속함이 확인되었다. 분리균주 BCNU 2001의 상등액은 다양한 세균과 진균에 대해 항균활성이 있었으며 특히 분리균주 BCNU 2001는 Micrococcus luteus, Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, 그리고 Aspergillus niger의 생육을 크게 저해할 수 있었으며, Micrococcus luteus, Proteus mirabilis, Proteus vulgaris, 그리고 Aspergillus niger에 대하여 각각 18.5mm, 19.0mm, 17.0mm 그리고 13.5mm 크기의 저해환을 나타내었다. 분리균주 BCNU 2001의 핵산 분획물과 디클로로메탄 분획물은 세균에 대해 높은 항균력을 보였으며 디클로로메탄 분획물과 에틸아세테이트 분획물은 진균에 대해 높은 항균력을 보였다. 또한 Pseudomonas sp. BCNU 2001 균주는 그람양성 세균, 그람음성 세균 그리고 진균을 포함한 다양한 미생물들에 대하여 항균력이 있는 항균 펩타이드를 가지고 있음이 확인되었다. 실험을 통하여 얻은 결과는 Pseudomonas sp. BCNU 2001 균주의 유용성에 대한 예비적인 기초를 제공한다.

• Korean Journal of Acupuncture
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• 제23권3호
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• pp.133-160
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• 2006

Objectives : Scolopendrae Corpus has a broad array of clinical applications in Korean medicine, including treatment of inflammatory conditions such as arthritis. To explore the global gene expression profiles in human Raw cell lines treated with Scolopendrae Corpus herbal-acupuncture solution (SCHAS), cDNA microarray analysis was performed. Methods : The Raw 264.7 cells were treated with lipopolysaccharide (LPS), SCHAS, or both. The primary data was normalized by the total spots of intensity between two groups, and then normalized by the intensity ratio of reference genes such as housekeeping genes in both groups. The expression ratio was converted to log2 ratio. Normalized spot intensities were calculated into gene expression ratios between the control and treatment groups. Greater than 2 fold changes between two groups were considered to be of significance. Results : Of the 8 K genes profiled in this study, with a cut-off level of two-fold change in the expression, 20 genes (BCL2-related protein A1, MARCKS-like 1, etc.) were upregulated and 5 genes (activated RNA polymerase II transcription cofactor 4, calcium binding atopy-related autoantigen 1, etc.) downregulated following LPS treatment. 139 genes (kell blood group precursor (McLeod phenotype), ribosomal protein S7, etc.) were upregulated and 42 genes (anterior gradient 2 homolog (xenopus laevis), phosphodiesterase 8B, etc.) were downregulated following SCHAS treatment. And 10 genes (yeast saccharomyces cerevisiae intergeneic sequence 4-1, mitogen-activated protein kinase 1, etc.) were upregulated and 8 genes (spermatid perinuclear RNA binding protein, nuclear receptor binding protein 2, etc.) were downregulated following co-stimulation of SCHAS and LPS. Discussions : It is thought that microarrays will play an ever-growing role in the advance of our understanding of the pharmacological actions of SCHAS in the treatment of arthritis. But further studies are required to concretely prove the effectiveness of SCHAS.