• 제목/요약/키워드: reverse mapping

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In Vitro Transcription Analyses of Autographa californica Nuclear Polyhedrosis Virus Genes

  • Huh, Nam-Eung
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제4권3호
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    • pp.183-190
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    • 1994
  • Cell-free extracts prepared from cultured insect cells, Spodoptera. frugiperda, were analyzed for activation of early gene transcription of an insect baculovirus, Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcNPV). The template DNA used for in vitro transcription assays contained promoter sites for the baculovirus genes that have been classified as immediate early ($\alpha$) or early genes. These genes are located in the HindIII-K/Q region of the AcNPV genome. Nuclei isolated from the AcNPV-infected Spodoptera frugiperda cells were also used for in vitro transcription analysis by RNase-mapping the labeled RNA synthesized from in vitro run-on reaction in the isolated nuclei. The genes studied by this technique were p26 and pl0 genes which were classified as delayed early and late gene, respectively. We found that transcription of the genes from the HindIII-K region was accurately initiated and unique in the whole cell extract obtained from uninfected cells, although abundance of the in vitro transcripts was reverse to that of in vivo RNA. With isolated nuclei transcription of the p26 gene was inhibited by $\alpha$-amanitin suggesting that the p26 gene was transcribed by host RNA polymerase II. However, transcription of the pl0 gene in isolated nuclei was not inhibited by $\alpha$-amanitin, but rather stimulated by the inhibitor. We also found that the synthesis of $\alpha$-amanitin-resistant RNA polymerase was begun before 6 hr p.i., the time point at which the onset of viral DNA replication as well as the appearance of a-amanitin-resistant viral transcripts were detected. These studies give us strong evidence to support the previous data that early genes of AcNPV were transcribed by host RNA polymerease III, while transcription of late genes was mediated at least by a novel $\alpha$-amanitin-resistant RNA polymerase.

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Sequence Characterization, Expression Profile, Chromosomal Localization and Polymorphism of the Porcine SMPX Gene

  • Guan, H.P.;Fan, B.;Li, K.;Zhu, M.J.;Yerle, M.;Liu, Bang
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제19권7호
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    • pp.931-937
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    • 2006
  • The full-length cDNA of the porcine SMPX gene was obtained by the rapid amplification of cDNA ends (RACE). The nucleotide sequences and the predicted protein sequences share high sequence identity with both human and mouse. The promoter of SMPX was sequenced and then analyzed to find the promoter binding sites. The reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) revealed that SMPX has a high level of expression in heart and skeletal muscle, a very low expression in lung and spleen and no expression in liver, kidney, fat and brain. Moreover, SMPX has a differential expression level in skeletal muscle, the expression in 65-day embryos being higher than other stages. The porcine SMPX was mapped to SSCXp24 by using a somatic cell hybrid panel (SCHP) and was found closely linked to SW1903 using the radiation hybrid panel IMpRH. An A/G single nucleotide polymorphism (PCR-RFLP) in the 3'-untranslated region (3'-UTR) was detected in eight breeds. The analysis of allele frequency distribution showed that introduced pig breeds (Duroc and Large White) have a higher frequency of allele A while in the Chinese indigenous pig breeds (Qingping pig, Lantang pig, YushanBlack pig, Large Black-White pig, Small Meishan) have a higher frequencies of allele G. The association analysis using an experimental population (188 pigs), which included two cross-bred groups and three pure-blood groups, suggested that the SNP genotype was associated with intramuscular fat content.

GaAs 웨이퍼의 대역단 영상에 대한 정량적 해석 (Quantitative Analysis on Near Band Edge Images in GaAs Wafer)

  • 강성준;나철훈
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제21권5호
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    • pp.861-868
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    • 2017
  • 도핑 되지 않은 반 절연 LEC GaAs내의 EL2와 얕은 준위 분포를 영상화하기 위해 대역단 적외선 영상 기법을 활용했다. 대역단 적외선 투사 매핑에 근거한 본 기법은 분석 속도가 빠르고 비파괴적인 방법이다. EL2 흡수 영상이 콘트라스트 반전되는 대역단 부근에 대한 정량적인 해석은 아직 보고되지 않고 있다. 본 논문은 대역단 부근에서 영상의 특정 부분(cell, wall)에 대한 포토퀀칭 메커니즘의 스펙트럼-, 공간- 및 온도- 종속성을 논하고 있다. 결함 부분별(EL2w, EL2b)로 포토퀀칭 개시점이 다른 것은 불순물 종류의 차이로 인한 서로 다른 전기적 작용에 기인한 것으로 해석할 수 있다. 전위(dislocation) 밀도가 높은 곳에서는 EL2b 밀도는 약간 적은 반면 EL2w 밀도는 보다 많다는 것을 정량적 해석으로부터 확인 했다.

색을 가진 이중 부등호에서 방향에 대한 견고한 부적 일치 효과 (Invulnerable negative compatibility effect for direction of colored double-headed arrows)

  • 한재현;김민식
    • 인지과학
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    • 제21권4호
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    • pp.535-557
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    • 2010
  • 이중 부등호를 이용한 여러 실험을 통해 부적 일치 효과(negative compatibility effect: NCE)가 일관적으로 관찰되었다. 그러나 왜 이 현상이 발생하는가에 대해서는 몇 가지 서로 다른 가설이 제기되어 왔다. 본 연구에서는 부적 일치 효과의 발생 원인으로 가정되어 온 자동 억제, 정보의 업데이트 및 하향적 통제 등과 같은 요인들의 타당성을 확인하고자 하였다. 색이 다른 이중 부등호로 구성된, 차폐된 점화자극과 목표자극의 배열에 대해서 목표자극인 부등호의 방향에 대해 판단하는 경우에, 참가자들은 부등호의 방향과 손의 반응이 일관적인 과제 (실험 1), 부등호의 방향과 손의 반응이 반대인 과제 (실험 2)에서는 물론, 색 반응 과제 (실험 3) 에서도 방향에 근거한 부적 일치 효과를 나타냈다. 이 결과는 부적 일치효과의 주된 원인이 지각적 우세성이나 자극과 반응 사이의 본질적 속성에서 기인할 수 있음을 시사한다.

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지리정보시스템(GIS)을 이용한 토양지질도 분포와 실내라돈 상관성 연구 : 화천 및 장수의 사례를 근거로 (The Research for Relationships between Concentration of Indoor Radon and Distribution of Soil Geological Map using GIS : Based on the Hwacheon and Jangsu Areas)

  • 권명희;이재원;김성미;이정섭;정준식;유주희;이규선;송석환
    • 한국산업보건학회지
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    • 제27권4호
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    • pp.333-351
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    • 2017
  • Objectives: This study examines the relationships between indoor radon concentrations and distribution from soil geological mapping in the Hwacheon and Jangsu areas. Methods: GIS and a pivot table were used for inquiries about indoor radon contents, soil characteristics, and geological differences. Results: The Hwacheon area was characterized by the presence of normal and reverse faults as a passage of runoff for radon, sufficient occurrences of minerals containing uranium within granite as a radon source, a high concentration of radon within the granite area and clear differences of radon concentrations between granitic and metamorphic areas. The Jangsu area was characterized by the presence of normal faults, wide distributions of alluvium, and ambiguities on radon concentrations indoors among areas of geological differences. Considering the granite area and alluvium surrounded with granite areas, the characteristics of radon concentrations within soils and indoors in the Jangsu area are similar to those of the Hwacheon area. High concentrations are found with entisol and inceptisol in the Hawcheon area, but with entisol, inceptisol, and ultisol in the Jangsu area. High radon concentrations are found in sandy loam and/or loam. High concentrations are found in recently constructed or brick buildings, but low concentrations in traditional or prefabricated houses showing a high possibility of outward flow. Conclusions: The overall results suggest that radon concentrations in the Hwacheon and Jangsu area are dominantly influenced by geological characteristics with additional artificial influences.

Extrapolation of Hepatic Concentrations of Industrial Chemicals Using Pharmacokinetic Models to Predict Hepatotoxicity

  • Yamazaki, Hiroshi;Kamiya, Yusuke
    • Toxicological Research
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    • 제35권4호
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    • pp.295-301
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    • 2019
  • In this review, we describe the absorption rates (Caco-2 cell permeability) and hepatic/plasma pharmacokinetics of 53 diverse chemicals estimated by modeling virtual oral administration in rats. To ensure that a broad range of chemical structures is present among the selected substances, the properties described by 196 chemical descriptors in a chemoinformatics tool were calculated for 50,000 randomly selected molecules in the original chemical space. To allow visualization, the resulting chemical space was projected onto a two-dimensional plane using generative topographic mapping. The calculated absorbance rates of the chemicals based on cell permeability studies were found to be inversely correlated to the no-observed-effect levels for hepatoxicity after oral administration, as obtained from the Hazard Evaluation Support System Integrated Platform in Japan (r = -0.88, p < 0.01, n = 27). The maximum plasma concentrations and the areas under the concentration-time curves (AUC) of a varied selection of chemicals were estimated using two different methods: simple one-compartment models (i.e., high-throughput toxicokinetic models) and simplified physiologically based pharmacokinetic (PBPK) modeling consisting of chemical receptor (gut), metabolizing (liver), and central (main) compartments. The results obtained from the two methods were consistent. Although the maximum concentrations and AUC values of the 53 chemicals roughly correlated in the liver and plasma, inconsistencies were apparent between empirically measured concentrations and the PBPK-modeled levels. The lowest-observed-effect levels and the virtual hepatic AUC values obtained using PBPK models were inversely correlated (r = -0.78, p < 0.05, n = 7). The present simplified PBPK models could estimate the relationships between hepatic/plasma concentrations and oral doses of general chemicals using both forward and reverse dosimetry. These methods are therefore valuable for estimating hepatotoxicity.

기존 프로그래밍 원시코드에서 자바 바이트 코드로의 변환 (Program Translation from Conventional Programming Source to Java Bytecode)

  • Jeon-Geun Kang;Haeng-Kon Kim
    • 한국컴퓨터산업학회논문지
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    • 제3권8호
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    • pp.963-980
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    • 2002
  • 소프트웨어 재공학은 기존 시스템의 유지보수 문제에 대한 해결책으로 많은 연구가 이루어 지고 있다. 재공학은 역공학과 순공학을 이용하여 기존 시스템에 대한 이해와 새로운 시스템의 개발을 의미하며 기존 시스템에서의 컴퍼넌트들로부터 필요한 기능을 가져와 재구성 하는 것이다. 본 논문에서는 기존의 프로시져 언어에 의해 컴파일된 바이너리 코드를 입력으로 받아서 웹 기반 자바 바이트 코드로 변환한다. 즉 바이너리-바이너리 단계에서 수행되는 소프트웨어 시스템을 제안한다. 이를 위해 먼저 Pascal-L 에 의해 작성된 기존의 프로그램 언어를 Jasmin 이라는 어셈블리 코드로 먼저 번역하고 사용자 읽기 가능한 자바 바이트 코드 상태인 Jasmin 어셈블리가 실제 자바 코드로 변환된다. 이 시스템은 결국 기존의 원시코드가 번역기를 통해 실행 가능한 바이너리 코드 형식으로 실행된다. 이 번역과정은 먼저 주어진 바이너리코드에서 언어구조를 식별하는 과정과 변수 객체의 위치를 분석하고 초기화 하는 과정 그리고 주어진 바이너리 코드를 Jasmin 코드로의 매핑하는 단계등으로 구성된다.

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북동태평양에서 형광 기법을 이용한 용존유기물의 기원 및 분포 (Sources and Distributions of Dissolved Organic Matter by Fluorescence Method in the Northeastern Pacific Ocean)

  • 손주원;손승규;주세종;김경홍;김웅서;박용철
    • Ocean and Polar Research
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    • 제29권2호
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    • pp.87-99
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    • 2007
  • This study was conducted to understand the source and behavior of organic matter using the fluorescent technique (excitation-emission matrix) as a part of environmental monitoring program in the Korea manganese nodule mining site in the Northeastern Pacific Ocean. Water samples were collected at $0^{\circ},\;6^{\circ}N$, and $10.5^{\circ}N$ along $131.5^{\circ}W$ in August 2005. The concentration of total organic carbon (TOC) ranged from 58.01 to $171.93\;{\mu}M-C$. The vertical distribution of TOC was characterized as higher in the surface layer and decreased with depth. At $6^{\circ}N$, depth-integrated (from surface to 200 m depth) TOC was $337.1\;gC/m^2$, which was 1.4 times higher value than other stations. The exponential decay curve fit of vertical profile of TOC indicated that 59% of organic carbon produced by primary production in the surface layer could be decomposed by bacteria in the water column. Dissolved organic matter is generally classified into two distinctive groups based on their fluorescence characteristics using three-dimensional excitation/emission (Ex/Em) fluorescence mapping technique. One is known as biomacromolecule (BM; protein-like substance; showing max. at Ex 280/Em 330), mainly originated from biological metabolism. The other is geomacromolecule (GM; humic-like substance; showing max. at Ex 330/Em 430), mainly originated from microbial degradation processes. The concentration of BM and GM was from 0.42 to 7.29 TU (tryptophan unit) and from 0.06 to 1.81 QSU (quinine sulfate unit), respectively. The vertical distribution of BM was similar to that of TOC as high in the surface and decreased with depth. However, the vertical distribution of GM showed the reverse pattern of that of BM. From these results, it appeared that BM occupied a major part of TOC and was rapidly consumed by bacteria in the surface layer. GM was mainly transformed from BM by microbial processes and was a dominant component of TOC in the deep-sea layer.

소매점 유통경쟁구조의 이해 (The Understanding of Retailing Competition Structure)

  • 박성용;신지용
    • 산학경영연구
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    • 제13권
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    • pp.107-132
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    • 2000
  • E-mart, LG-mart같은 대형할인점의 중소토시에의 진입은 중소상인, 재래상가등에 커다란 영향을 미치고 있다. 이러한 현상을 되돌리는 것은 거의 불가능하다. 고객의 욕구와 필요를 만족시키지 못하는 소매업태는 생존할 수 가 없다. 그러므로 이렇게 급변하는 환경에서 소비자입장에서 소매유통경쟁구조를 이해하는 것은 아주 중요하다. 유통경쟁에 관한 과거의 연구들은 전략적 소매믹스변수들을 중심으로 다른 형태의 소매점들을 비교, 분석하는 데 중점을 두었으나, 소비자입장을 고려하지 않았다. 또한 우리는 쇼핑에 대한 의미를 완전히 이해하고 있지 않다. 쇼핑은 실용적 쇼핑뿐만 아니라, 향락적 쇼핑을 포함하는 광의적 개념으로 해석되어야 한다. 소비자들은 소매점 선택시 실용적 측면도 중요하게 여기고, 향락적 측면도 선호한다. 중소상인, 재래상가가 현대적인 대규모 소매업자들과 경쟁할 수 없는 주요 이유이다. 쇼핑장소와 관련하여 거시적 소매업 유통경쟁구조를 이해하기 위하여 세가지 다른 방법들을 이용한다. 요인분석, 다차원 척도법, MCA등이 소매유통경쟁에 관한 소비자들의 지각도를 작성하기 위해 이용된다. 소비자들의 수요가 점차 고금 지향적으로 옮아오고 있기 때문에, 백화점과 대형할인점들은 주요 경쟁자이지만, 소비자들이 선호하는 형태들로서 주요한 유통형태가 되고 있다. 그러므로 중소상인들, 재래상가는 급격한 변화없이는 생존하기 힘들다.

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PCA 기반 특징 되먹임을 이용한 중요 영역 추출 (Extraction of Important Areas Using Feature Feedback Based on PCA)

  • 이승현;김도연;최상일;정구민
    • 한국정보전자통신기술학회논문지
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    • 제13권6호
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    • pp.461-469
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    • 2020
  • 본 논문에서는 손글씨 숫자 데이터셋, 얼굴 데이터셋의 중요영역 추출을 위한 PCA 기반의 특징되먹임방법을 제안한다. 이전의 LDA 기반의 특징되먹임 방법을 확장하여 PCA 기반 특징되먹임 방법이 제안된다. 제안된 방법에서 데이터에 차원 축소 머신러닝 알고리듬 중 하나인 PCA 기법을 적용하여 데이터를 중요한 특징 차원들로 축소한다. 차원 축소과정에서 도출되는 weight를 통해 축소된 각 차원 축에서의 데이터 중요 지점을 확인한다. 각 차원 축은 축의 고유값의 크기에 따라 전체 데이터에서의 가중치가 다르다. 이에 각 차원 축의 고유값의 크기에 비례하는 가중치를 부여하여 각 차원 축에서의 데이터 중요 지점을 합하는 연산 과정을 거친다. 연산 과정을 통해 얻어진 데이터에 Threshold를 적용하여 데이터의 중요 영역을 구한다. 그 후 도출된 데이터의 중요 영역에 원본데이터로 역매핑을 유도하여 원본 데이터 공간에서 중요영역을 선택한다. MNIST 데이터셋에 대한 실험 결과를 확인하고 기존의 LDA 기반의 특징되먹임 방법을 통한 결과와 비교를 하여 PCA기반 특징되먹임을 기반한 패턴 인식 방법의 유효성과 가능성을 확인한다.