• 식물병연구
• /
• 제17권2호
• /
• pp.211-215
• /
• 2011

모자이크증상을 나타내는 열무로부터 Cucumber mosaic virus의 한 계통을 분리하고 특성을 조사하였다. Vigna unguiculata, Chenopodium amaranticolor and Gomphrena globosa에서 분리 바이러스의 기주반응과 dsRNA 분석, RT-PCR 검정, PCR-RFLP, 혈청학적 분석을 통하여 CMV의 한 계통임을 확인하였다. 이 CMV 계통을 다양한 지표식물에 접종하였을 때, Nicotiana benthamiana와 N. glutinosa, N. tabacum, 고추, 오이 그리고 멜론에서는 전형적인 강한 모자이크 병징이 나타났으나, 열무, 배추, 적갓은 매우 약한 병징을 나타내는 특징을 보였다. 새롭게 분리된 CMV 계통은 가지과, 박과 및 배추과 등 광범위한 작물에 감염성을 나타내었으며, 배추과에서의 감염성 차이를 근거로 Gn-CMV로 명명하였다. Double-stranded (ds) RNA를 분리한 분석에서 Gn-CMV는 기 보고된 CMV 계통과 마찬가지로 3.3, 3.0, 그리고 2.2 kb의 독립된 게놈으로 구성되어 있었으며, SDS-PAGE와 Western blotting 분석으로 통하여 28 kDa의 외피단백질을 확인할 수 있었다. RT-PCR로 얻어진 증폭산물을 Cac8I, ClaI and MspI을 이용한 PCR-RFLP를 통하여 CMV subgroup I 임을 확인할 수 있었다.

• 대한미생물학회지
• /
• 제35권3호
• /
• pp.263-271
• /
• 2000

A clinical isolate of Klebsiella pneumoniae K7746 produced the extended-spectrum ${\beta}$-lactamase (ESBL) SHV-12. A 6.6 kb BamHI fragment containing the $bla_{SHV-12}$ gene of K7746 strain was cloned into pCRScriptCAM vector resulting in the recombinant plasmid p7746-Cl. The restriction map of 3.6 kb inserted DNA and sequences immediately surrounding $bla_{SHV-12}$ of p7746-C1 were homologous to plasmid pMPA2a carrying $bla_{SHV-2a}$. In addition, both $bla_{SHV-12}$ and $bla_{SHV-2a}$ were expressed from a common hybrid promoter made of the -35 region derived from the left inverted repeat of IS26 and the -10 region from the $bla_{SHV}$ promoter itself. The results indicate that $bla_{SHV-12}$ and $bla_{SHV-2a}$ may have evolved from a common ancestor in the sequential order of $bla_{SHV-2a}$ first, followed by $bla_{SHV-12}$. Furthermore, by the PCR mapping method using primers corresponding to the IS26 and $bla_{SHV}$, the association between IS26 and $bla_{SHV}$ was studied in 12 clinical isolates carrying $bla_{SHV-2a}$, 27 clinical isolates carrying $bla_{SHV-12}$, and 5 reference strains carrying $bla_{SHV-1}$ to $bla_{SHV-5}$. All 39 strains carrying $bla_{SHV-2a}$ or $bla_{SHV-12}$ were positive by the PCR, providing confirmative evidence that IS26 has been involved in the evolution and dissemination of $bla_{SHV-2a}$ and $bla_{SHV-12}$. But 5 reference strains carrying $bla_{SHV-1}$ to $bla_{SHV-5}$ were negative by the PCR. Therefore, we concluded that the molecular evolutionary pathway of $bla_{SHV-2a}$ and $bla_{SHV-12}$ may be different from that of other $bla_{SHV-ESBL}$, e.g., $bla_{SHV-2}$, $bla_{SHV-3}$, $bla_{SHV-4}$, and $bla_{SHV-5}$.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제21권11호
• /
• pp.1544-1550
• /
• 2008

The retinoids (vitamin A and its derivatives) play a critical role in vision, growth, reproduction, cell differentiation and embryonic development. Using the IMpRH panel, porcine cellular retinol binding protein genes 5 and 7 (RBP5 and RBP7) were assigned to porcine chromosomes 5 and 6, respectively. The complete coding sequences (CDS) of the RBP5 and RBP7 genes were amplified using the reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) method, and the deduced amino acid sequences of both genes were compared to human corresponding proteins. The mRNA distributions of the two genes in adult Wuzhishan pig tissues (lung, skeletal muscle, spleen, heart, stomach, large intestine, lymph node, small intestine, liver, brain, kidney and fat) were examined. A total of nine single nucleotide polymorphisms (SNPs) were identified in two genes. Three of these SNPs were analyzed using the polymerase chain reaction-restriction-fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method in Laiwu, Wuzhishan, Guizhou, Bama, Tongcheng, Yorkshire and Landrace pig breeds. Association analysis of genotypes of these SNP loci with economic traits was done in our experimental populations. Significant associations of different genotypes of $RBP5-A/G^{63}$, $RBP5-A/G^{517}$ and $RPB5-T/C^{intron1-90}$ loci with traits including maximum carcass length (LM), minimum carcass length (LN), marbling score (MS), back fat thickness at shoulder (SBF), meat color score (MCS) and hematocrit (HCT) were detected. These SNPs may be useful as genetic markers in genetic improvement for porcine production.

• Applied Biological Chemistry
• /
• 제41권2호
• /
• pp.125-129
• /
• 1998

한국 토양에서 분리된 Xanthomonas sp.는 Candida albicans에 대한 용균성을 나타내며 분비효소로서 chitinase를 분비하는 것으로 사료되었다. 특히 chitinase활성은 chitin배지에서 배양했을 때 3일 배양에서 최대치를 나타내었다. 이러한 특성이 있는 Xanthomonas의 chitinase 유전자를 cloning하기 위하여 cosmid vector를 이용한 genomic library를 작성하였으며, 다른 박테리아 chitinase 유전자와 homology를 가진 지역의 DNA sequence를 oligonucleotide로 합성하여 probe로 사용한 결과 4개의 독립된 positive clone을 cloning 하였다. 이중 pXCHl(1.2 kb insert) 이라고 명명한 clone에 대해 해석한 결과 이 크론의 전사산물은 chitin 배지에서만 유도됨을 확인하였으며 대장균 발현 vector를 이용한 이 유전자의 대장균에서의 발현에 대한 실험의 결과 약 35 kDa의 단백질을 생산하는 것으로 확인하였다. 또한 이 산물의 chitinase활성을 측정한 결과 유전자가 포함되지 않은 산물에 비해 약 10배의 활성을 나타내어 이 유전자를 Xanthomonas sp.의 chitinase유전자임을 증명하였다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제44권3호
• /
• pp.301-310
• /
• 2006

Two pathways of ammonium assimilation and glutamate biosynthesis have been identified in microorganisms. One pathway involves the NADP-linked glutamate dehydrogenase, which catalyzes the amination of 2-oxoglutarate to form glutamate. An alternative pathway involves the combined activities of glutamine synthetase, which aminates glutamate to form glutamine, and glutamate synthase, which transfers the amide group of glutamine to 2-oxoglutarate to yield two molecules of glutamate. We have cloned the large subunit of the glutamate synthase (GOGAT) from Salmonella typhimurium by screening the expression of GOGAT and complementing the gene in E. coli GOGAT large subunit-deficient mutants. Three positive clones (named pUC19C12, pUC19C13 and pUC19C15) contained identical Sau3AI fragments, as determined by restriction mapping and Southern hybridization, and expressed GOGAT efficiently and constitutively using its own promoter in the heterologous host. The coding region expressed in Escherichia coli was about 170 kDa on SDS-PAGE. This gene spans 4,732 bases, contains an open reading frame of 4,458 nucleotides, and encodes a mature protein of 1,486 amino acid residues (Mr =166,208). The EMN-binding domain of GOGAT contains 12 glycine residues, and the 3Fe-4S cluster has 3 cysteine residues. The comparison of the translated amino acid sequence of the Salmonella GOGAT with sequences from other bacteria such as Escherichia coli, Salmonella enterica, Shigella flexneri, Yersinia pestis, Vibrio vulnificus and Pseudomonas aeruginosa shows sequence identity between 87 and 95%.

• 식물병연구
• /
• 제14권1호
• /
• pp.71-75
• /
• 2008

전형적인 모자이크 증상을 나타낸 토끼풀로부터 Peanut stunt virus(PSV)를 분리하여 Tr-PSV로 명명하였다. 이 연구에서는 Tr-PSV의 특성을 기주반응, 혈청학적 성질, dsRNA분석, RT-PCR 및 RFLP 분석 등을 통하여 지금까지 잘 알려진 ER-PSV Fny-CMV 및 LS-CMV와 비교하였다. Tr-PSV는 접종한 Nicotiana속 식물에서는 모두 전신감염되었으며, C. amaranticolor에서는 접종엽에 국부병반을 형성하였다. 그러나 동부에서는 대조로 이용한 ER-PSV와 마찬가지로 전신감염되어, 접종엽에 국부병반을 형성하는 대조의 CMV계통과는 구분되었다. Tr-PSV에 감염된 N. benthamiana 잎으로부터 추출한 dsRNA는 대조의 PSV나 CMV와 유사한 분자 크기의 4종의 dsRNA가 확인되었고, satellite RNA의 존재는 인정되지 않았다. Cucumovirus 특이적 프라이머를 이용하여 증폭시킨 PCR산물은 약 950 bp의 cDNA가 얻어졌고, 이를 이용하여 조사한 RFLP패턴은 ER-PSV와 같았다. 이와 같은 RFLP분석과 Er-PSV의 항혈청을 이용한 혈청학적 성질의 결과로부터 Tr-PSV는 ER-PSV와 같은 서브그룹 I에 속하는 PSV의 한 계통으로 판단되었다. 국내에서 토끼풀로부터 PSV가 분리 동정된 것은 이 논문이 처음이다.

• Molecules and Cells
• /
• 제23권3호
• /
• pp.323-330
• /
• 2007

The mature wheat embryo is arguably one of the best explants for genetic transformation because of its unlimited availability and lack of growth season restriction. However, an efficient regeneration system using mature wheat embryos (Triticum aestivum L.) is still not available. To identify genes related to the tissue culture response (TCR) of wheat, QTLs for callus induction from mature embryos and callus regeneration were mapped using an RIL population derived from the cross of 'Wangshuibai' with 'Nanda2419', which has a good TCR. By whole genome scanning we identified five, four and four chromosome regions conditioning, respectively, percent embryos forming a callus (PEFC), percent calli regenerating plantlets (PCRP), and number of plantlets per regenerating callus (NPRC). The major QTLs QPefc.nau-2A and QPcrp.nau-2A were mapped to the long arm of chromosome 2A, explaining up to 22.8% and 17.6% of the respective phenotypic variance. Moreover, two major QTLs for NPRC were detected on chromosomes 2D and 5D; these together explained 51.6% of the phenotypic variance. We found that chromosomes 2A, 2D, 5A, 5B and 5D were associated via different intervals with at least two of the three TCR indexes used. Based on this study and other reports, the TCRs of different explant types of wheat may be under the control of shared or tightly linked genes, while different genes or gene combinations may govern the stages from callus induction to plantlet regeneration. The importance of group 2 and 5 chromosomes in controlling the TCRs of Triticeae crops and the likely conservation of the corresponding genes in cereals are discussed.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제24권1호
• /
• pp.45-50
• /
• 1985

Bacillus thuringiensis 변종(變種)들로부터 Extrachromosomal DNA를 추출분리(抽出分離)코저 종래(從來)의 방법(方法)을 보완(補完)하여 적용(適用)한바 분자량(分子量)의 크기가 1 Megadalton에서 135 Megadalton에 이르는 plasmid들을 분리(分離)함에 보다 효과적(效果的)이었고 또 이 plasmid들을 이용(利用), 제한효소(制限酵素)에 의(依)한 유전자배열작성(遺傳子配列作成) 및 gene Cloning을 하는데 비교적(比較的) 안정(安定)된 많은 양(量)의 세포용해물(細胞溶解物)을 얻을 수 있었다. 파리목과 나비목에 각기(各其) 독성(毒性)이 다른 Bacillus thuringiensis 6개(個) 변종(變種)으로부터 plasmid들을 분리(分離)한 결과(結果) 분자량(分子量)이 큰 50 Megadalton 이상(以上)의 plasmid들이 공시(供試) 된 모든 변종(變種)으로부터 추출(抽出)되었으며 이들 plasmid의 수(數)를 보면 israelensis로부터 8개(個) kurstaki로부터 10개(個) $aizawa{\ddot{u}}$로부터 13개(個) dendrolimus로부터 2개(個), finitimus로부터 1개(個) 그리고 yunnanensis로부터 6개(個)가 각각(各各) 검출(檢出)되었다. 공시(供試)된 변종중(變種中) 4개(個)의 변종(變種)으로부터는 2 Megadalton 이하(以下)의 적은 plasmid들도 추출(抽出)되었다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
• /
• 한국작물학회 2022년도 추계학술대회
• /
• pp.25-25
• /
• 2022

Drought becomes frequent and severe because of continuous global warming, leading to a significant loss of crop yield. In soybean (Glycine max [L.]), most of quantitative trait loci (QTLs) analyses for drought tolerance have conducted by investigating yield changes under water-restricted conditions at the reproductive stages. More recently, the necessity of QTL studies to use physiological indices responding to drought at the early growth stages besides the reproductive ones has arisen due to the unpredictable and prevalent occurrence of drought throughout the soybean growing season. In this study, we thus identified QTLs conferring wilting scores and moisture contents of soybean subjected to drought stress in the early vegetative stage using an recombinant inbred line (RIL) population derived from a cross between Taekwang (drought-sensitive) and SS2-2 (drought-tolerant). For the two traits, the same major QTL was located on chromosome 10, accounting for up to 11.5% of phenotypic variance explained with LOD score of 12.5. This QTL overlaps with a reported QTL for the limited transpiration trait in soybean and harbors an ortholog of the Arabidopsis ABA and drought-induced RING-D UF1117 gene. Meanwhile, one of important features of plant drought tolerance is their ability to limit transpiration rates under high vapor pressure deficiency in response to mitigate water loss. However, monitoring their transpiration rates is time-consuming and laborious. Therefore, only a few population-level studies regarding transpiration rates under the drought condition have been reported so far. Via employing an Arduino-based platform, for the reasons addressed, we are measuring and recording total pot weights of soybean plants every hour from the 1^st day after water restriction to the days when the half of the RILs exhibited permanent tissue damage in at least one trifoliate. Gradual decrease in moisture of soil in pots as time passes refers increase in the severity of drought stress. By tracking changes in the total pot weights of soybean plants, we will infer transpiration rates of the mapping parents and their RILs according to different levels of VPD and drought stress. The profile of transpiration rates from different levels of severity in the stresses facilitates a better understanding of relationship between transpiration-related features, such as limited maximum transpiration rates, to water saving performances, as well as those to other drought-responsive phenotypes. Our findings will provide primary insights on drought tolerance mechanisms in soybean and useful resources for improvement of soybean varieties tolerant to drought stress.

• 식물병연구
• /
• 제14권1호
• /
• pp.15-20
• /
• 2008

산박하(Isodon inflexus)의 Is-CMV, 깽깽이풀(Jeffersonia dubia)의 Jd-CMV 및 파리풀(Phryma leptostachya var. asiatica)의 Pla-CMV 등, 3종의 잡초에서 분리한 Cucumber mosaic virus(CMV)를 공시하여, 기주반응 실험, dsRNA 분석, 혈청학적 성질조사, RT-PCR및 RFLP등의 실험을 통하여 각 바이러스를 동정하고, 특성을 구분하였다. 잡초로부터 분리 한 3종의 CMV는 Nicotiana benthamiana, N. tabacum cv. Xanthi nc, N. glutinosa, Cucubita pepo cv. Black Beauty에는 모두 유사한 모자이크 병징을 발현하였으며, Chenopodium amaranticolr와 Vigna unguiculata cv. Kurotanesanzaku에서는 국부 괴사병반이 발현되었다. 한편 고추(Capsicum anmuum cv. Chungyang)에서는 Jd-CMV와 Pla-CMV는 전형적인 모자이크 증상을 발현하였으나, Is-CMV는 병징이 나타나지 않고 무병징으로 감염되는 특성을 보였다. Is-CMV, Jd-CMV 및 Pla-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 dsRNA는 모두 약 3.4, 3.2, 2.1 및 1.0kbp의 분자크기를 갖는 4종의 dsRNA 밴드가 검출되었으며, 대조로 이용한 Fny-CMV의 dsRNA 패턴과 같았다. Is-CMV, Jd-CMV 및 Pla-CMV에 감염된 N. benthamiana의 즙액을 항원으로 이용하여 Fny-CMV의 항혈청과 한천겔이중확산법으로 조사한 혈청학적 실험 결과는 모든 항원이 한 종의 뚜렷한 침강선을 형성 하였으며, Fny-CMV의 항원에 의해서 형성된 침강선과 융합함으로서 서브그룹 I에 속하는 계통들로 판단되었다. 또한 Is-CMV, Jd-CMV 및 Pla-CMV에 감염된 N. benthamiana로부터 추출한 RNA를 이용하여 CMV-specific 프라이머를 이용한 외피단백질유전자를 포함하는 RNA3의 3' 영역 에 대한 RT-PCR을 실시한 결과, Fny-CMV와 마찬가지로 약 950bp 크기의 cDNA가 증폭되었다. 증폭된 각각의 cDNA를 EcoRI으로 처리하였을 때에는 절단되지 않았으며, HindIII, MspI, SalI 그리고 XhoI에서는 2개의 절편으로 절단되었다. 이와 같은 결과는 Fny-CMV의 절단패턴과 일치하는 것으로 Is-CMV, Jd-CMV 그리고 Pla-CMV는 서브그룹 IA에 속하는 계통으로 확인되었다. 이들 3종의 잡초로부터 CMV가 분리 동정된 것은 이 논문이 처음이다.