• BMB Reports
• /
• 제40권6호
• /
• pp.952-958
• /
• 2007

We isolated many genes induced from pepper cDNA microarray data following their infection with the soybean pustule pathogen Xanthomonas axonopodis pv. glycines 8ra. A full-length cDNA clone of the Capsicum annuum ankyrin-repeat domain $C_3H_1$ zinc finger protein (CaKR1) was identified in a chili pepper using the expressed sequence tag (EST) database. The deduced amino acid sequence of CaKR1 showed a significant sequence similarity (46%) to the ankyrin-repeat protein in very diverse family of proteins of Arabidopsis. The gene was induced in response to various biotic and abiotic stresses in the pepper leaves, as well as by an incompatible pathogen, such as salicylic acid (SA) and ethephon. CaKR1 expression was highest in the root and flower, and its expression was induced by treatment with agents such as NaCl and methyl viologen, as well as by cold stresses. These results showed that CaKR1 fusion with soluble, modified green fluorescent protein (smGFP) was localized to the cytosol in Arabidopsis protoplasts, suggesting that CaKR1 might be involved in responses to both biotic and abiotic stresses in pepper plants.

• BMB Reports
• /
• 제47권11호
• /
• pp.625-630
• /
• 2014

Defensins, which are small cationic molecules produced by organisms as part of their innate immune response, share a common structural scaffold that is stabilized by three disulfide bridges. Coprisin is a 43-amino acid defensin-like peptide from Copris tripartitus. Here, we report the intramolecular disulfide connectivity of cysteine-rich coprisin, and show that it is the same as in other insect defensins. The disulfide bond pairings of coprisin were determined by combining the enzymatic cleavage and mass analysis. We found that the loss of any single disulfide bond in coprisin eliminated all antibacterial, but not antifungal, activity. Circular dichroism (CD) analysis showed that two disulfide bonds, Cys20-Cys39 and Cys24-Cys41, stabilize coprisin's ${\alpha}$-helical region. Moreover, a BLAST search against UniProtKB database revealed that coprisin's ${\alpha}$-helical region is highly homologous to those of other insect defensins.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
• /
• 제14권11호
• /
• pp.6347-6350
• /
• 2013

Post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD) is a common complication of therapeutic immunosuppression after organ transplantation. Gene expression profile facilitates the identification of biological difference between Epstein-Barr virus (EBV) positive and negative PTLDs. Previous studies mainly implemented variance/regression analysis without considering unaccounted array specific factors. The aim of this study is to investigate the gene expression difference between EBV positive and negative PTLDs through partial least squares (PLS) based analysis. With a microarray data set from the Gene Expression Omnibus database, we performed PLS based analysis. We acquired 1188 differentially expressed genes. Pathway and Gene Ontology enrichment analysis identified significantly over-representation of dysregulated genes in immune response and cancer related biological processes. Network analysis identified three hub genes with degrees higher than 15, including CREBBP, ATXN1, and PML. Proteins encoded by CREBBP and PML have been reported to be interact with EBV before. Our findings shed light on expression distinction of EBV positive and negative PTLDs with the hope to offer theoretical support for future therapeutic study.

• 한국지진공학회논문집
• /
• 제9권6호
• /
• pp.41-52
• /
• 2005

서울시 모델 구역의 건축물을 대상으로 가상 시나리오 지진에 의한 피해를 추정하였다. 다양한 주거 및 구조 특성을 대표할 수 있고 지반 증폭 효과를 고려할 수 있는 지역을 모델 구역으로 선정하였다. 모델 구역 내 건축물은 구조 형식에 따라 11 종류로 분류하였으며 HAZUS에서 제시한 값을 사용하여 역량 곡선(capacity curve)과 취약도 곡선(fragility curve)을 생성하였다. 가상 시나리오 지진의 지반 운동은 인공 지진 운동 생성 방법을 사용하여 생성하였으며 모델 구역을 표토층 두께에 따라 3개의 구역으로 나누고 지반응답해석을 수행하였다. 건축물의 피해 확률은 역량 스펙트럼 방법과 취약도 곡선을 사용하여 계산하였다. 최종적으로 GIS 데이터베이스를 활용하여 모델 구역 내 건축물의 전반적 피해 정도를 추정하였다.

• 한국작물학회:학술대회논문집
• /
• 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
• /
• pp.111-111
• /
• 2017

The development and productivity of maize (Zea mays L.) is frequently impacted by water scarcity, and consequently to increased drought tolerance in a priority target in maize breeding programs. To elucidate the molecular mechanisms of resistance to drought stress in maize, RNA-seq of the public database was used for transcriptome profiling of the seedling stage exposed to drought stress of three levels, such as moderate, severe drought stress and re-watering. In silico analysis of differentially expressed genes (DEGs), 176 up-regulated and 166 down-regulated DEGs was detected at moderated stress in tolerance type. These DEGs was increasing degradation of amino acid metabolism in biological pathways. Six modules based on a total of 4,771 DEGs responses to drought stress by the analysis of co-expression network between tolerance and susceptible type was constructed and showed to similar module types. These modules were discriminated yellow, greenyellow, turquoise, royalblue, brown4 and plum1 with 318, 2433, 375, 183, 1405 and 56 DEGs, respectively. This study was selected 30 DEGs to predicted drought stress response gene and was evaluated expression levels using drought stress treated sample and re-watering sample by quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction (qRT-PCR). 23 genes was shown increasing with drought stress and decreasing with re-watering. This study contribute to a better understanding of the molecular mechanisms of maize seedling stage responses to drought stress and could be useful for developing maize cultivar resistant to drought stress.

• 한국컴퓨터산업학회논문지
• /
• 제3권7호
• /
• pp.921-926
• /
• 2002

B+-Tree는 데이터베이스 관리 시스템에서 대용량의 데이터를 효율적으로 관리하기 위해서 가장 널리 사용되는 인덱스이다. 하지만 기존의 B+-Tree는 데이터베이스를 처음 구성할 때나, 인덱스를 새로 구성할 시, 많은 DISK/IO가 발생하고, 삭제 연산이 빈번할 시에는 색인 구조 변경연산이 많이 발생하여 동시성이 떨어진다는 단점이 있다. 이러한 문제점을 해결하기 위해서 대부분의 데이터베이스 시스템에서는 일괄구성과 지연삭제를 이용한다. 하지만 일괄구성 및 지연(Lazy) 삭제 방법을 적용한 B+-Tree를 데이터 베이스 관리 시스템에 적용 하려면 동시성 제어 및 회복 기법이 필수적으로 요구되지만, 이에 대한 연구가 미흡하여 실제 시스템에 적용하기에는 문제가 있다. 본 연구에서는 일괄구성과 지연삭제 방법을 적용한 B+-Tree를 실제 데이터베이스 시스템에 적용할 수 있도록 동시성 및 회복기법을 제안했다. 제안기법은 트랜잭션 Pending 리스트를 사용하여 연속적인 철회(Cascade Rollback)가 발생하지 않고, 재구성시 베이스 테이블에 대한 삽입, 삭제를 가능하게 하여 동시성을 높였으며, 시스템 Queue를 사용하여 일괄구성 연산을 사용자의 트랜잭션에서 수행하지 않고 따로 시스템 트랜잭션으로 처리하여 사용자의 트랜잭션의 응답시간을 줄였다.

• 한국전자거래학회지
• /
• 제22권4호
• /
• pp.103-115
• /
• 2017

세계적으로 자연재해의 빈도와 그 규모가 커지고 있으며, 그에 따른 피해도 늘어나고 있다. 몇 년 간 자연 재난 피해에 비추어 볼 때, 우리나라도 그러한 피해에서 자유롭지 못한 것이 사실이다. 본 연구에서는 재난 피해가 발생하였을 때, 복구자원을 효율적으로 관리하는 프로세스를 제안하였다. 사물인터넷 기술을 활용하여 실시간으로 자원 현황을 파악하고, 자원행동인지 모듈을 통하여 복구자원의 상태 및 움직임을 실시간으로 파악할 수 있도록 프로세스를 구성하였다. 또한 이를 실제로 구현하는데 필요한 데이터베이스 설계와 스마트폰 센서들을 이용한 자원행동인지 모듈을 개발하고 실험하였다. 이를 통하여 신속하고 효율적인 재난대응시스템 구축에 기여하고자 한다.

• 한국산학기술학회논문지
• /
• 제13권1호
• /
• pp.333-342
• /
• 2012

이 논문에서는 인간 청각 시스템에 기반한 모음 개시 지점 (VOP) 탐지 방법을 제시하였다. 이 방법을 통해 '지각의' 주파수 범위, 즉 선형 음향 주파수에서의 Mel Scale을 보여준 후 일련의 삼각 Mel-weighted Filter Bank를 만들어 인간의 청각 시스템에서 대역 필터링 기능을 시뮬레이션하였다. 이러한 비선형 임계 대역 Filter Bank는 데이터 차원수를 크게 감소시키고 비선형적으로 간격을 둔 Mel 스펙트럼에서 더욱 효과적으로 포먼트를 생성하기 위해 조파들의 영향을 제거해준다. Mel 스펙트럼의 첨두 에너지 합은 각 프레임의 특징으로 추출하고 에너지 진폭이 급격히 상승하기 시작할 때의 특성은 Gabor 윈도우를 사용하여 VOP로 탐지한다. 실험 결과를 통해서 다른 종류의 자음들과 연결된 12개의 모음들을 포함하는 한 단어 데이터베이스에 대한 제안된 방법의 평균 정확도는 단시간 에너지와 zero-crossing 비율에 기반을 둔 다른 모음 탐지 방법들보다 높은 72.73% 이상임을 확인하였다.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제20권1호
• /
• pp.46-51
• /
• 2004

Host resistance is usually parasite-specific and is restricted to a particular pathogen races, and commonly is expressed against specific pathogen genotypes. In contrast, resistance shown by an entire plant species to a species of pathogen is known as non-host resistance. Therefore, non-host resistance is the more common and broad form of disease resistance exhibited by plants. As a first step to understand the mechanism of non-host plant defense, expressed sequence tags (EST) were generated from a hot pepper leaf cDNA library constructed from combined leaves collected at different time points after inoculation with non-host soybean pustule pathogen (Xanthomonas axonopodis pv. Glycines; Xag). To increase gene diversity, ESTs were also generated from cDNA libraries constructed from anthers and flower buds. Among a total of 10,061 ESTs, 8,525 were of sufficient quality to analyze further. Clustering analysis revealed that 55 ％ of all ESTs (4685) occurred only once. BLASTX analysis revealed that 74％ of the ESTs had significant sequence similarity to known proteins present in the NCBI nr database. In addition, 1,265 ESTs were tentatively identified as being full-length cDNAs. Functional classification of the ESTs derived from pathogen-infected pepper leaves revealed that about 25％ were disease- or defense-related genes. Furthermore, 323 (7％) ESTs were tentatively identified as being unique to hot pepper. This study represents the first analysis of sequence data from the hot pepper plant species. Although we focused on genes related to the plant defense response, our data will be useful for future comparative studies.

• 한국항공우주학회지
• /
• 제44권6호
• /
• pp.537-543
• /
• 2016

KF-16의 1/33 축소 모형 공력 데이터베이스를 기반으로 풍동실험에 적응적 실험설계법을 적용하는 경우 실험의 정확도뿐만 아니라 풍동 실험에 소요되는 비용을 최소화할 수 있도록 추가 실험점 선택 방법에 대한 연구를 수행하였다. 라틴방격법을 이용하여 초기실험점을 선택하였고, Gaussian Process를 통해 불확실성이 가장 크면서도 실험에 소요되는 비용이 상대적으로 적은 추가 실험점을 선택하였다. 공력계수 모델링은 가장 비선형성이 큰 피칭모멘트계수를 정확히 모델링 하는 것을 목표로 하였다. 실험 비용을 고려한 적응적 실험설계법을 적용한 경우, 기존의 적응적 실험설계 방법론에 비해 모델의 정확도와 실험에 소요되는 비용에 어떤 영향을 미치는지 알아보았다.