Maize has high food and industrial value, whereas has difficulties in research because of their complex and huge size genome. Nested association mapping (NAM) was constructed to better understand maize genetics. However, most studies were conducted using the reference genome B73, and only a few studies were conducted on tropical maize. Ki3, one of the founder lines of the NAM population, is a tropical maize. We analyzed the genetic characteristics of Ki3 by using RNA sequencing and bioinformatics tools for various genetic studies. As results, a total of 30,526 genes were expressed, and expression profile were constructed. A total of 1,558 genes were differentially expressed in response to drought stress, and 513 contigs of them come from de novo assemblies. In addition, high-density polymorphisms including 464,930 single nucleotide polymorphisms (SNPs), 21,872 multiple nucleotide polymorphisms (MNPs) and 93,313 insertions and deletions (InDels) were found compared to reference genome. Among them, 15.0 % of polymorphisms (87,838) were passed non-synonymous test which could alter amino acid sequences. The variants have 66,550 SNPs, 5,853 MNPs, and 14,801 InDels, also proportion of homozygous type was higher than heterozygous. These variants were found in a total of 15,643 genes. Of these genes, 637 genes were found as differentially expressed genes (DEGs) under drought stress. Our results provide a genome-wide analysis of differentially expressed genes and information of variants on expressed genes of tropical maize under drought stress. Further characterization of these changes in genetic regulation and genetic traits will be of great value for improvement of maize genetics.
Wang, Shu;Ma, Yi Jia;Li, Yong Shi;Ge, Xu Sheng;Lu, Chang;Cai, Chun Bo;Yang, Yang;Zhao, Yan;Liang, Guo Ming;Guo, Xiao Hong;Cao, Guo Qing;Li, Bu Gao;Gao, Peng Fei
Animal Bioscience
/
제35권7호
/
pp.975-988
/
2022
Objective: In this study, we aimed to identify long non-coding RNAs (lncRNAs) that play important roles in starvation stress, analyze their functions, and discover potential molecular targets to alleviate starvation stress to provide a theoretical reference for subsequent in-depth research. Methods: We generated a piglet starvation stress animal model. Nine Yorkshire weaned piglets were randomly divided into a long-term starvation stress group (starved for 72 h), short-term starvation stress group (starved for 48 h), and the control group. LncRNA libraries were constructed using high-throughput sequencing of piglet ileums. Results: We obtained 11,792 lncRNAs, among which, 2,500 lncRNAs were novel. In total, 509 differentially expressed (DE)lncRNAs were identified in this study. Target genes of DElncRNAs were predicted via cis and trans interactions, and functional and pathway analyses were performed. Gene ontology functions and Kyoto encyclopedia of genes and genomes analysis revealed that lncRNA-targeted genes mainly participated in metabolic pathways, cellular processes, immune system processes, digestive systems, and transport activities. To reveal the mechanism underlying starvation stress, the interaction network between lncRNAs and their targets was constructed based on 26 DElncRNAs and 72 DEmRNAs. We performed an interaction network analysis of 121 DElncRNA-DEmRNA pairs with a Pearson correlation coefficient greater than 0.99. Conclusion: We found that MSTRG.19894.13, MSTRG.16726.3, and MSTRG.12176.1 might play important roles in starvation stress. This study not only generated a library of enriched lncRNAs in piglets, but its outcomes also provide a strong foundation to screen key lncRNAs involved in starvation stress and a reference for subsequent in-depth research.
Yoo, Seung Min;Keum, Ki Chang;Yoo, So Young;Choi, Jun Yong;Chang, Kyung Hee;Yoo, Nae Choon;Yoo, Won Min;Kim, June Myung;Lee, Duke;Lee, Sang Yup
Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
/
제9권2호
/
pp.93-99
/
2004
Pathogens pose a significant threat to humans, animals, and plants. Consequently, a considerable effort has been devoted to developing rapid, convenient, and accurate assays for the detection of these unfavorable organisms. Recently, DNA-microarray based technology is receiving much attention as a powerful tool for pathogen detection. After the target gene is first selected for the unique identification of microorganisms, species-specific probes are designed through bioinformatic analysis of the sequences, which uses the info rmation present in the databases. DNA samples, which were obtained from reference and/or clinical isolates, are properly processed and hybridized with species-specific probes that are immobilized on the surface of the microarray for fluorescent detection. In this study, we review the methods and strategies for the development of DNA microarray for pathogen detection, with the focus on probe design.
This study was conducted to detect quantitative trait loci (QTL) affecting meat quality in an $F_2$ reference population of Korean native pig and Landrace crossbreds. The three-generation mapping population was generated with 411 progeny from 38 $F_2$ full-sib families, and 133 genetic markers were used to produce a sex-average map of the 17 autosomes. The data set was analyzed using least squares Mendelian and parent-of-origin interval-mapping models. Lack-of-fit tests between models were used to characterize the QTL for mode of gene expressions. A total of 10 (32) QTL were detected at the 5% genome (chromosome)-wise level for the analyzed traits. Of the 42 QTL detected, 13 QTL were classified as Mendelian, 10 as paternal, 14 as maternal, and 5 as partial expressed QTL, respectively. Among the QTL detected at 5% genome-wise level, four QTL had Mendelian mode of inheritance on SSCs 5, 10, 12, and 13 for cooking loss, drip loss, crude lipid and crude protein, respectively; two QTL maternal inheritance for pH at 24-h and shear force on SSC11; three QTL paternal inheritance for CIE b and Hunter b on SSC9 and for cooking loss on SSC15; and one QTL partial expression for crude ash on SSC13, respectively. Most of the Mendelian QTL (9 of 13) had a dominant mode of gene action, suggesting potential utilization of heterosis for genetic improvement of meat quality within the cross population via marker-assisted selection.
Background: The present study investigates the potent skin whitening ability of ethanol extract from the brown alga, Padina boryana (PBE) which was collected in the shores of Fulhadhoo Island, the Maldives, and its specific pathways of action. The effect of PBE which contains a rich amount of polyphenols was evaluated using B16F10 murine melanoma cells and provides insight to the underlying mechanisms with reference to the inhibition of melanin formation. Methods: Melanin synthesis and cellular tyrosinase inhibition were assessed in the α-MSH-stimulated melanocytes. Melanogenic pathway-related protein expressions were investigated via Western blotting. ERK 42/44 was particularly examined considering its involvement in the melanogenic pathway. Further, RT-qPCR techniques were involved in gene expression analysis. Results: PBE dose-dependently inhibited the cellular melanin synthesis and tyrosinase levels. Western blotting revealed the potential of PBE to downregulate microphthalmia-associated transcription factor (MITF), tyrosinase, and tyrosinase-related protein-1 and protein-2 (TRP-1 and TRP-2). Moreover, results explained the phosphorylation of ERK was sustained via PBE and hence declined the ultimate melanin synthesis. Gene expression analysis reinforced the results obtained. Conclusions: The study provides substantial evidence to express the potential of PBE to inhibit B16F10 melanoma cell melanin synthesis. Concisely, results suggest the ability of PBE to be involved in medicinal and cosmeceutical applications.
Park, Seung-Won;Kang, Seok-Woo;Goo, Tae-Won;Kim, Seong-Ryul;Lee, Gwang-Gill;Paik, Soon-Young
BMB Reports
/
제43권7호
/
pp.480-484
/
2010
The Bombyx mori Microarray Database (BmMDB; http://silkworm.swu.edu.cn/microarray) provides information for tissue-specific gene expression by using the whole-genome oligonucleotide microarray in the silkworm. We analyzed the tissue-specific expression patterns in the silk gland, fat body, and midgut five days of fifth instar larvae during the development of B. mori. To verify the tissue-specific expression, analysis was conducted using quantitative Real-time RT-PCR and the highly expressed endogenous Actin RNA as an intrinsic reference. Finally, we confirmed five genes, (sw15872, sw00692, sw20990, sw05300,and sw2250), out of 18 candidates expressed in two different tissues, which was consistent with the data published by Dr. Xiang's group, thereby supporting the BmMDB. Further studies for promoter regions of candidate genes can be applied in creating transgenic silkworms as biomedical insects for use in producing biomaterials, and to serve as well-characterized models for understanding the mechanism for the genetic regulation of tissue-specific development.
Huoyan goose is a Chinese local breed famous for its higher laying performance, but the problems of variety degeneration have emerged recently, especially a decrease in the number of eggs laid. In order to better understand the molecular mechanism that underlies egg laying in Huoyan geese, gene profiles in the pituitary gland of Huoyan geese taken during the laying period and ceased period were investigated using the suppression subtractive hybridization (SSH) method. Total RNA was extracted from pituitary glands of ceased period and laying period geese. The cDNA in the pituitary glands of ceased geese was subtracted from the cDNA in the pituitary glands of laying geese (forward subtraction); the reverse subtraction was also performed. After sequencing and annotation, a total of 30 and 24 up and down-regulated genes were obtained from the forward and reverse SSH libraries, respectively. These genes mostly related to biosynthetic process, cellular nitrogen compound metabolic process, transport, cell differentiation, cellular protein modification process, signal transduction, small molecule metabolic process. Furthermore, eleven genes were selected for further analyses by quantitative real-time PCR (qRT-PCR). The qRT-PCR results for the most part were consistent with the SSH results. Among these genes, Synaptotagmin-1 (SYT1) and Stathmin-2 (STMN2) were substantially over-expressed in laying period compared to ceased period. These results could serve as an important reference for elucidating the molecular mechanism of higher laying performance in Huoyan geese.
Phoma glomerata는 식물 잎이나 열매에 병을 일으키는 식물병원균으로 알려져 있다. 국내에서는 아직 피해사례가 없기 때문에 P. glomerata는 국내의 식물검역균으로 관리되고 있다. 본 연구는 국내에 들어오는 목재나 과일에 P. glomerata를 검출할 수 있는 방법 개발코자 수행되었다. Phoma 균주들의 translation elongation factor 1 alpha 유전자 염기서열에 기초하여 P. glomerata 특이적 PCR 프라이머를 디자인 하였고 그 특이성을 검정하였다. PCR 수행 결과 P. glomerata에서만 170 bp 크기의 밴드가 증폭되었고, 다른 비교 균주에서는 밴드가 증폭되지 않았다. 검출 감도를 평가하기 위해 기존 PCR방법과 real time PCR 방법을 이용하여 실험한 결과 최소 10 pg과 1 pg까지 각각 검출할 수 있었다. 본 연구결과는 디자인된 PCR 프라이머가 P. glomerata를 특이적으로 검출하는데 유용할 것임을 보여준다.
Qi Xu Feng;Li Ming Shun;Choi Jae Young;Kim Yang-Su;Wang Yong;Kang Joong Nam;Choi Heekyu;Je Yeon Ho;Song Ji Zhen;Li Jian Hong
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
/
제11권1호
/
pp.57-61
/
2005
A strain of Bacillus thuringiensis that showed significantly high toxicity to Plutella xylostella was isolated from a dust sample collected from Chinese tobacco warehouse and characterized. The isolate named B. thuringiensis LY-99 was determined to belong to subsp. alesti (H3a3c) by an H antisera agglutination test and produced bipyramidal inclusions. Plasmid and crystal protein patterns of the LY-99 were different from those of the reference strain, subsp. alesti. PCR analysis with specific primers revealed that this isolate contained abundant cry genes including crylAa, crylAc, crylB, crylD, crylE, crylF and cry2 genes, which was absolutely different from cry gene profile of the subsp. alesti. In addition, insecticidal activity of the LY-99 against P. xylostella larvae was about 44 times higher than that of the subsp. alesti.
우리나라에서 미승인 품목인 유전자변형 감자 EH92-527-1를 검출하기 위한 duplex PCR 검사법이 개발되었다. 감자의 내재유전자로 UDP-glucose pyrophosphorylase (UGP)가 선별되었고, 14개 다른 작물을 이용하여 특이성이 확인되었다. 유전자변형 감자에 삽입된 T-DNA 영역과 감자 게놈 사이의 연결 부위를 증폭하도록 프라이머 EH92-F/R 쌍이 제작되었고, 몇 개의 다른 유전자 변형 작물을 이용하여 특이성이 확인되었다. 서론에서 언급한 바와 같이 BASF사에서 각 개발된 유전자변형 감자 EH92-527-1과 BPS-A1020-5가 GBSS 유전자를 동일하게 포함하고 있으나 본 연구에서 개발한 검사법은 event-specific primers를 이용하였기 때문에 유전자변형 감자 EH92-527-1에만 특이성을 나타낸다. 이와 같이 개발된 duplex PCR 검사법의 검정한계치는 약 0.05%이다. 이러한 duplex PCR 검사법이 우리나라에 미승인 유전자변형 감자의 모니터링에 유용하게 사용될 것으로 판단한다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.